高校生・石平紀一(奥平大兼)は、ケンカに巻き込まれる日々にうんざりしていた。本屋で偶然見つけた小説「放浪する青」が、少年時代に好きだった本と同じタイトルであることに気づく。お金のない石平は、その本を借りようと図書館に向かう。図書館員の早瀬丸小夜香(西野七瀬)から10年前の未返却の本があることを告げられて困惑する石平。弁償担当の図書館員、白井里雪(青木マッチョ)から本の弁償を求められてしまう。

10年前から未返却になっていた児童書を自分で購入して弁償することになる石平(奥平大兼)。本屋で子供向けの本を買うことをためらう石平を見守る早瀬丸小夜香(西野七瀬)と白井里雪(青木マッチョ)。悩んだ末に弁償本を購入して帰宅すると、母親の石平りょうこ(矢田亜希子)が夜の仕事に出かけていく。なんとか弁償を済ませるが、「放浪する青」は貸出中。がっかりする石平だが、さらにアルバイトをクビになってしまう。

バイトをクビになった石平(奥平大兼)。金がないため悪友の灰坂(新原泰佑)と山田(下川恭平)の誘いを断り、図書館へ向かう。借りようとした小説「放浪する青」が破損していることを今村(菊池和澄)と早瀬丸(西野七瀬)に知らされる。本の修理担当の白井(青木マッチョ)から、本のページを破ってしおり代わりにする利用者がいることを聞き、石平は図書館内の本から「放浪する青」の破られた紙片を探すことにする。

書館で小説「放浪する青」のページから破られた紙片を探し続ける石平(奥平大兼)。遊びの誘いを再び断る石平を灰坂(新原泰佑)と山田(下川恭平)は怪しんで尾行し、図書館に入っていくのを目撃する。何日もかかって紙片を見つけ出す石平。早瀬丸(西野七瀬)と白井(青木マッチョ)は、石平の粘り強さに驚き、「放浪する青」は修理され、ようやく借りられることになる。そして、石平は誰も予想していなかった行動に出る。

図書館でアルバイトを始めた石平(奥平大兼)。早瀬丸(西野七瀬)から書架の整理について教わる。灰坂(新原泰佑)と山田(下川恭平)は自分たちを放っておいて、なぜ図書館に行くのかと石平に詰め寄る。ケンカや不良仲間のルールが嫌になったと言って立ち去る石平。山田は石平を尾行し、図書館に入り込む。怪しい山田の行動を、白井(青木マッチョ)と今村(菊池和澄)、早瀬丸(西野七瀬)が心配して集まってくるが・・・

山田(下川恭平)は、とっさに口にした「モテる本」を早瀬丸(西野七瀬)の案内で探すことになる。難しい本ばかりと文句を言う山田に呆れる石平(奥平大兼)。とある本に答えを見つけて喜んで帰って行く山田。少しずつ読み進めている「放浪する青」の作者・十六夜かなきの名前の読み方を早瀬丸から知らされて驚く石平。調べることの面白さを語る早瀬丸。石平は、調べ物をするうちに、幼い頃の父との月夜の記憶を思い起こす。

石平(奥平大兼)は、図書館の本棚の奧から登山地図の本を発見する。それはすでに利用者から同じ本が弁償されている本であることに気づく早瀬丸(西野七瀬)。石平は、白井(青木マッチョ)から利用者が亡くなり、本を紛失しても弁償の必要はなかったのに遺族が弁償を申し出たケースだったことを聞く。早瀬丸が遺族に連絡すると、利用者の自宅で見つかったので返却した。引き取る気はないと言われる。石平はその理由が気になる。

すでに弁償されているのに返却された登山地図の本だが、遺族は引き取りを拒否し、本は廃棄するしかない。そのことにモヤモヤとする石平(奥平大兼)。家に帰ると、母・りょうこ(矢田亜希子)が「放浪する青」を読んで寝てしまっていることに気づく。石平の子供の頃の記憶がよみがえる。引き裂かれた「放浪する青」の本を捨てると言って涙を流す母の姿。ふと登山地図を返却した遺族の気持ちに思いをはせる石平は・・・

石平（奥平大兼）が、白井（青木マッチョ）と歩いていると、灰坂（新原泰佑）が現れ、図書館に行くことをとがめる。灰坂の言葉がひっかかり、図書館の閉館間際に現れてゆっくり過ごす利用者・呉（野口かおる）にも苛立ってしまう石平。雨が降りだし、利用者に傘やビニール袋を渡す早瀬丸（西野七瀬）にどこまでが図書館のサービスなのかと疑問を口にする。さらに自宅に帰ると、母・りょうこ（矢田亜希子）から閉め出されてしまう。

灰坂（新原泰佑）の言葉が気にかかる石平（奥平大兼）。白井（青木マッチョ）は、自分の気持ちに素直でない石平がダサいと言い放つ。動揺する石平。子供の頃に読んだ小説「放浪する青」の新装版を読み進めると、昔と結末が変わっていることに気がつく。モヤモヤした気持ちのまま外に出た石平は、灰坂が男たちに殴られているところに遭遇する。突然、男たちに殴りかかられて、やりたくもないケンカに巻き込まれてしまい・・・

殴りかかってきた男たちを一人で倒した石平（奥平大兼）。「お前はこっち側の人間だ」と言う灰坂（新原泰佑）の手を振り払い立ち去る。石平の様子が変だと心配する早瀬丸（西野七瀬）に、石平に悪口を言ったと話す白井（青木マッチョ）。ケンカで顔が傷だらけの石平に、人前に出ないで済む作業をお願いする早瀬丸。石平は、早瀬丸から白井がマッチョになったいきさつを聞く。石平は、変わることについて思いを巡らせる。

自分が納得してないことをごまかしてやるのはダサいという白井（青木マッチョ）の言葉が腑に落ちる石平（奥平大兼）。学校で灰坂（新原泰佑）と山田（下川恭平）にケンカや先輩の機嫌を取るようなことは、もうやらないと告げる石平。図書館で閉館間際にやってきた呉（野口かおる）を親切に案内する石平。以前は呉の行動に怒っていた石平の変化に驚く白井。一方、りょうこ（矢田亜希子）の元になぜか「放浪する青」新装版が届く。

石平(奥平大兼)は、児童図書係の朝野亜沙子(磯山さやか)に、子供たちへの本の読み聞かせの後に、夜の図書館で行われる「ぬいぐるみお泊まり会」を手伝って欲しいと頼まれる。石平は断ろうとするが、ほめるのが上手な児童係のメンバーにのせられて、手伝いを引き受けてしまう。一方、灰坂(新原泰佑)と山田(下川恭平)は、図書館のバイトで忙しくしている石平が、自分たちと一緒に行動しなくなっていることに不満を感じる。

子供たちから預かったぬいぐるみが「夜の図書館」で過ごす様子を写真撮影する「ぬいぐるみお泊まり会」を手伝うことになった石平(奥平大兼)。子供の頃に父と図書館で本を借りたことを思い出す。児童図書係の朝野(磯山さやか)、早瀬丸(西野七瀬)たちと共に、子供たちが喜びそうな写真をアイデアを出しながら撮影していく石平。みんなが帰った後、誰もいなくなった夜の図書館に忍び込んだ石平に不気味な足音が近づいてくる。

石平(奥平大兼)は、児童図書係の朝野(磯山さやか)から絵本の読み聞かせをする「おはなし会」に誘われる。白井(青木マッチョ)は、児童係の仕事に巻き込まれることに注意を促すが、朝野の巧みな説得に、石平は「おはなし会」への参加を引き受ける。山田(下川恭平)とその弟も図書館に現れ、読み聞かせのための絵本を一緒に探すことになる石平。優しすぎず、複雑すぎず、子供たちが面白がれる絵本探しは難航する。

児童図書係の朝野(磯山さやか)は、石平(奥平大兼)に、絵本の読み聞かせの特訓を行う。話し方やページのめくり方などの厳しい教えに、石平は苦戦する。「おはなし会」では、早瀬丸(西野七瀬)、山田(下川恭平)も見守る中、子供たち相手に懸命に読み聞かせをする石平。なんとか「おはなし会」を終えたところに、灰坂(新原泰佑)が現れる。石平は灰坂に、以前とは違う新しい楽しさを感じ始めていることを話す。

新しく異動してきた正規職員・茉莉野美波(大友花恋)が、高飛車な態度で色んな仕事を押しつけてくる。腹を立てる石平(奥平大兼)は、早瀬丸(西野七瀬)、白井(青木マッチョ)、今村(菊池和澄)から、茉莉野が非正規職員を見下している人だと聞かされる。図書館で働く人の大半がアルバイトである自分と同じ、非正規雇用だと知り、驚く石平。茉莉野は、上から高い評価を得られる新しくて目立つ仕事をやろうと企む。

本が多過ぎて、書架がいっぱいになってきていることに気づく石平(奥平大兼)。書庫入れと本の除籍を担当している松浦英理(入山法子)が現れ、図書館で本が選定・購入されてから、利用の少ない本が書庫に運ばれ、廃棄されるまでの流れを石平に教える。廃棄の作業が滞っている原因が、茉莉野(大友花恋)であることを知る。高飛車な発言をする茉莉野に反論する白井(青木マッチョ)を早瀬丸(西野七瀬)は止めようとするが・・・

核心を突く発言で、茉莉野(大友花恋)のプライドを傷つけてしまう白井(青木マッチョ)。よく言ったと白井をほめる石平(奥平大兼)を、早瀬丸(西野七瀬)は言い過ぎだといさめる。石平は、朝野(磯山さやか)からヒントをもらい、ほめられるような目立つ仕事がしたくてしょうがない茉莉野に仕事をさせるためのアイデアを思いつく。本の除籍担当の松浦(入山法子)を巻き込んで、作戦を練る石平だったが・・・

石平(奥平大兼)は、松浦(入山法子)と協力して、茉莉野(大友花恋)が、新しい企画のアイデアを思いつくように一芝居打つ。石平たちの作戦とは気づかず、自分で名案を思いついたと大喜びの茉莉野。特集コーナーを作るため、自らはりきって仕事をする茉莉野。石平と松浦の計画は大成功。石平は、早瀬丸(西野七瀬)と松浦にうまく茉莉野のやる気を引き出し、働かせることが楽しかったと話す。それを知った早瀬丸は・・・