無作為に選ばれた中学3年の1クラスを最後まで殺し合わせるBR法を生き延びた七原秋也(藤原竜也)は3年後、反BR法のテロ集団ワイルド・セブンを組織し首都を爆破、すべての大人たちに宣戦布告する。一方大人たちは通称"BRII"と呼ばれる新法を制定、孤島に立てこもる七原たちに、青井拓馬(忍成修吾)ら全国から問題児ばかりを集めた鹿之砦中学校3年B組の生徒、教師キタノの娘シオリ(前田愛)を含む42名を送り込む。
前作とは戦う目的が全く違うので残り人数をカウントする必要はない。首輪のペア制度も意味がない。わざわざ人数を減らしてどうするのか。七原の思想が理解できなかった。