19年前の大戦終結から復興もおぼつかない地球。早乙女研究所とゲッター線の研究を受け継いだ神隼人は謎の敵から地球を守るためD2部隊を組織していた。強力な敵を前にD2は苦戦。新たなるゲッターロボ・アークは完成していたが、それに見合った能力を持つパイロットは、まだカムイ一人しかいなかった。パイロットはあと二人必要だった。一方、母の仇を追う流拓馬は手掛かりを追い、相棒の山岸獏と共に早乙女研究所を目指していた。

早乙女研究所で神隼人と顔を合わせる拓馬。隼人は拓馬と獏にカムイと共にアークに乗れと告げる。拓馬の母の仇の手掛かりは掴めなかったものの、運命の輪は大きく回り始める。拳で理解し合い、急速に絆を強める拓馬とカムイ。新しいゲッターチームが誕生した。そんな中、早乙女研究所の上空に時空転位ポイントが開き敵の大軍団が襲来する。D2部隊が出動するも、まだ合体すら成功させたことのない拓馬たちは早乙女研究所から戦況を見守ることしか出来なかった。

圧倒的物量で早乙女研究所を包囲する蟲軍。隼人は敷島博士の研究所防衛システムの発動と同時に、拓馬、カムイ、獏のゲットマシンを発進させアークを戦場に投入する。敵と味方の凄まじい砲撃が交錯する中、放たれる拓馬、カムイ、獏。三人は隼人が睨んだ通り、窮地を楽しむかのように気合と情熱を滾らせ、期待以上の働きで敵を掃討した。蟲軍が消えた空に、時空を越え、巨大な立体映像が映し出される。それは拓馬が探し求めていた母の仇・マクドナルドだった。

寝付かれない夜、拓馬、カムイ、獏は、それぞれの自室から出て深夜の研究所を歩いていた。早乙女博士の〝ゲッター線〟研究の中に敵の転位システムを解明するヒントがあると直感する隼人。研究所を闊歩する亡霊たち。夜の闇に紛れ、敵の罠が静かに動き出す。何者かに誘われたかのように旧研究所区画へのゲートで合流する拓馬、獏、カムイ。拓馬たちがその先で見たモノは?!　一方、隼人は弁慶を残し〝真ゲッターロボ〟で飛び立ち、初めて蟲と遭遇して戦ったあの日のことを思い出していた。

19年前の光景を幻視した拓馬、カムイ、獏。同じ頃、現実でも早乙女研究所に侵入した女王蟲が大量の蟲軍を操り、ドラゴンの居る研究所の深部を目指していた。通路に溢れる蟲軍を掻い潜り、何とか〝アーク〟に乗り込む拓馬たち。だが防衛システムのクジャクまで敵に乗っ取られ出足を挫かれる。申し子の気迫で立ち上がる拓馬たち。しかし、大量の蟲軍を止めるには、もはや地獄の窯の蓋を開き、ゲッター線を開放するしかない。それはカムイにとって命懸けの作戦だった。

連合軍から訪れた橘翔によりダメージを受けた早乙女研究所の補強は進んだが、拓馬、カムイ、獏は別命を受けてインド沖を目指す。同時期、ハワイ沖にある敵の巨大転位ゲートに対する連合軍の大規模な作戦が決行されるも失敗。世界中に点在するストーカからも時空を転位して蟲軍が襲来する。連合軍の防衛網もおぼつかない。そんな中、連合軍のドローンステルバー隊が苦戦する戦場に突然転位ゲートが開き謎のロボットが出現する。乗っているのは敵か味方か?!

拓馬、カムイ、獏が着いたのは恐竜帝国だった。かつて敵対した地上の人類とハチュウ人類はアンドロメダ流国の脅威の前に手を結んでいた。恐竜帝国のハン博士の協力により〝ジュラ・デッド作戦〟の準備が進められる中、アークを欠き、苦戦を強いられる地上の連合軍。だが、その穴を埋めるかのように正体不明の〝黒い真ゲッター〟が戦場に現れ連合軍を掩護する。恐竜帝国に着いて以来、無理してゴールⅢ世にかしずいているように見えるカムイ。拓馬はその真意をおもんばかる。

〝ジュラ・デッド作戦〟が発動するまで恐竜帝国の指揮下に組み込まれ戦うことになったアークチーム。不満はあるがカムイの真意も気になり、命令に従うしかない拓馬。一方、橘翔は〝黒い真ゲッター〟の正体を確認するため戦場に赴く。恐竜帝国では〝ジュラ・デッド作戦〟の成功を祈願して出陣式を行うことに。ハン博士からカムイの過去を聞かされた拓馬は、カムイとカムイの母が気兼ねなく堂々と逢えるよう一計を案ずる。

アンドロメダ流国の襲撃を受けるマシーンランド。コーメイのナノマシン体が潜入し、拓馬、カムイ、獏の前に立ち塞がる。神隼人は〝ジュラ・デッド作戦〟の即時敢行を決意する。拓馬と獏が掩護するなか、決死の思いでアークに急ぐカムイ。蟲軍の猛攻に満身創痍のゲッター同盟軍。ハン博士が開発した転位装置ゾルドが破壊されれば亜空間の先にアークを送る方法は無くなる。ゾルドに迫る蟲軍。その前に〝黒い真ゲッター〟が現れる。

砂漠が広がっていた。時空転位は成功したのか？ アークの前にヘリ部隊を引き連れた巴武蔵が現れ、状況を確かめる間もなく蟲軍が出現。拓馬たちは〝異星の聖戦〟の真っ只中に送られたことを理解する。冷血極まりない武蔵の行動に戸惑いを隠せない拓馬たち。武蔵の母船に招かれた拓馬たちはゲッターの進化がもたらした恐るべき宇宙の歴史を知らされる。アンドロメダ流国の潜伏部隊をあぶり出すために無差別砲撃を開始する武蔵。迷いを振り切り、拓馬たちはアークを駆る。

惑星ダビィーンから脱出したアンドロメダ流国の宇宙船には拓馬の母の仇・マクドナルドが乗っていた。百鬼帝国の残党であるマクドナルドにとって〝ゲッター〟はブライ大帝の仇であり、アンドロメダ流国にとって〝ゲッター〟は宇宙を蹂躙する悪の元凶だった。必ず斃す！　それぞれの思いをのせ、遂に直接対決が始まる。宇宙船のゲートを開けるため単身潜入したカムイはマクドナルドと対峙し、思わぬ取り引きを持ち掛けられる。

アンドロメダ流国との戦闘の最中、宇宙空間ではぐれたカムイ。一方、敵の自爆から逃れるため、アークで行先もわからない転位ポイントに飛び込んだ拓馬と獏は不思議な空間を漂っていた。カムイ、獏、拓馬……。同じ未来を視ながら、それまでの因縁によって異なる道を選択する三人。アンドロメダ流国の進撃が止まり、閉鎖された早乙女研究所で彼らの帰りを待つ神隼人。共通の敵が倒れれば、相容れることのない思いの先に、新たな衝突が起こることを隼人は予見していた。

地球に戻ったカムイはゴールⅢ世を影から操り恐竜帝国を掌握した。世界中に出現したマシーンランドが地球をハチュウ人類が暮らせる環境に造り変えていく。カムイは地底に眠る〝ドラゴン〟を押さえるため、隼人が待つ早乙女研究所を襲撃する。遅れて地球に戻った拓馬は現状を知り、カムイが乗る最終兵器バグを追う。瓦礫となった都市の上空で対峙する拓馬とカムイ。共に平和を望みながらも因縁の果て、戦うことしか出来ない両者。避けられない戦いの果てに待つものは……?