雷門イレブンがホーリーロードで優勝してから３か月。サッカーを教えるため全国を回り、久しぶりに雷門中に戻ってきた天馬。早速サッカー部のメンバーに会いにいくと、神童や三国たちは、サッカーのことも天馬のことも覚えていなかった。そして「雷門中にサッカー部など存在しない」と告げる。

謎の少年・アルファに襲われた天馬。彼を救ったのは、200年後の未来からやってきたという少年・フェイだった。アルファのチームとサッカーで勝負することになった天馬とフェイであったが、すべてにおいて常識を超えたアルファたちのプレイに、天馬は全く歯が立たず…。

雷門中サッカー部を、そしてサッカーそのものを消滅させるために活動する『エルドラド』。彼らの暴挙を止めるため、雷門中サッカー部始まりの場所である過去の雷門中--入学したばかりの円堂守の元へと天馬とフェイはタイムジャンプする。

アルファとの試合を終えて、円堂の雷門中サッカー部設立を守った天馬たちは、歴史が元に戻ったかどうかを確かめるべく雷門中へと戻る。すると、神童をはじめ、他のメンバー達はサッカー部に戻っていたが、剣城の姿だけが見当たらない。それは、試合に協力してくれた剣城の兄・優一の存在が影響をしていた。

何があろうと勝利して、絶対に歴史の改変を許さない。弟のため、強く心に誓った優一と共に戦い、剣城がいる雷門中サッカー部を取り戻した天馬たち。しかし、その喜びもつかの間、政府が出した法律で、サッカーが禁止され、雷門中サッカー部も廃部になってしまう。

日米親善試合でアメリカチームに代わりプロトコル・オメガ2.0と戦う雷門イレブン。試合に臨んだ雷門イレブンを、激しいラフプレイで責め立てるプロトコル・オメガ2.0は、審判の出したレッドカードを無視して、さらなる暴挙に出る。このままでは、危険で野蛮なスポーツとしてサッカーが禁止される歴史を変えることはできない。しかし、思いもむなしく、なす術なく雷門イレブンは倒されていき…。

サッカー禁止の歴史は変えられず、孤立してしまう天馬たち。歴史を元に戻すには、自分たちが強くなって、プロトコル・オメガ2.0を倒すしかない。そのためには自分たちの力を高めて、化身アームドを出せる実力を身につける必要がある。雷門中の伝統にのっとって、天馬たちは特訓を始める。

エルドラドの歴史介入を許すわけにはいかない。そんな天馬たちの前に意外な人物が現れる。そして、その者により天馬たちが導かれたのは、かつてフィフスセクターが究極の選手を生み出すために使っていた訓練施設、ゴッドエデンであった。「化身の声を聞く」という言葉を手掛かりに、化身アームドの特訓を始めた天馬たちであったが…。

ついに本当の化身アームドの力を手にした天馬。しかし、サッカー禁止令によってサッカーに関わるものが次々と消されていく中、天馬たちは、最強のサッカーチームの秘密が記されたといわれている『覇者の聖典』を手に入れる為、未来へとタイムジャンプする。

『覇者の聖典』を手に入れた天馬たちであったが、聖典は暗号で書かれておりまったく解読できない。悩む天馬たちの前に現れた春奈と秋は、その聖典について、驚きの事実を告げる。

雷門中とプロトコル・オメガ2.0との戦いで監督になると申し出る円堂大介。大介のアドバイスをもとに、優位に試合を進める雷門イレブンであったが、ついに本気を出したプロトコル・オメガ2.0は、これまで見せたこともない桁違いのパワーを発揮して雷門を圧倒する。

最強のイレブン実現に向けて、時空を超えてメンバーの力を集めることになった天馬たち。まずは織田信長の力を手に入れるため、戦国時代にタイムジャンプする。そこで出会った少年達と仲良くなるものの、謎の集団によって彼らはさらわれてしまい……。

さらわれた太助たちを救うため、プロトコル・オメガ2.0のベータが操る白鹿組との試合に挑む天馬たちであったが、試合は苦戦を強いられる。焦る天馬たちであったが、木下藤吉郎が妙案を思い付き……。

信長に近づくため、踊り子に化けて花見の宴に侵入する作戦に出る天馬たち。一方、神童は化身アームドの特訓に励む。ようやく花見の宴に侵入した天馬たちに待ち受けていたものとは--。

ベータの策略によって曲者にされ、信長から詮議を受けることになった天馬たち。そこに今川義元の家臣になりすましたプロトコル・オメガ2.0が現れ、サッカーの勝負を挑んでくる。

ついに始まった蹴鞠戦。天馬たちは太助と共に気を引き締めて臨むが、プロトコル・オメガ2.0の圧倒的な攻撃の前に太助たちは自信を無くしてしまう。その様子を見ていた、藤吉郎はこの局面を打開すべく、驚くべき作戦を打ち出して…。

一度は勢いを得た天馬たちであったが、尚も力を増すプロトコル・オメガ2.0に再び逆転を許してしまう。神童は化身アームドを試みるも失敗が続く。その焦る神童の姿を見た信長は、ある行動に出る。

プロトコル・オメガ2.0との戦いを終えて、現代に戻ってきた天馬たち。仲間たちの洗脳が解けて、元の姿を取り戻した雷門イレブンであったが、そこには天馬の知らないある少女の姿があって--。

辿り着いた中世フランスの戦場でジャンヌ・ダルクと出会うことができた天馬たちは、彼女とサッカーを通して仲良くなる。一方、新たなキャプテンが率いるプロトコル・オメガ3.0は、突如現れた一人の男に襲われて--。

神のお告げを受けて、長い間、戦争の続くフランスを救うべく立ち上がったジャンヌ・ダルク。敵軍に支配されたオルレアンの街を解放するため、必要となる援軍を求めて、天馬たち共にシャルル王子の元へと向かう。

軍の体制が不十分なまま戦場へと攻め込むジャンヌ・ダルク。彼女を助けに向かった天馬たちの前にザナークとプロトコル・オメガ3.0が立ちはだかる。今までよりも一段とパワーを増した敵の攻撃に苦戦する天馬たちで--。

時空最強イレブン実現に向けて、諸葛孔明と劉玄徳の力を得る為、三国志の時代へとタイムジャンプすることになった天馬たち。そんな彼らの前に、雷門イレブンにとっては馴染みの深い、あの人物が現れる--。

孔明の要塞に潜入した天馬たちに次々と襲いかかってくる罠。劉備の勝手な行動により足止めを食らうことになり、彼に対して不審感を抱く信助。さらに奥へと進む天馬たちの前に、予想だにしない敵が現れて…

ついに孔明と対面した劉備と天馬たちであったが、再びザナークが現れて試合をすることに。ザナーク・ドメインの猛功に防戦一方の雷門イレブン。何とか立ち向かうメンバーの中で、ひとり太陽だけは力を出し切れずにいて…

孔明とミキシマックスした太陽の力でザナーク・ドメインと同点に持ち込んだ雷門イレブン。しかし、化身アームドによって桁外れなパワーを得たザナークは、破壊的なシュートを放ち雷門からゴールを奪う。その絶大な威力に信助は立ち向かう勇気を無くしてしまい･･･。

時空最強イレブン5の力と6の力を得る為、幕末時代へとタイムジャンプした天馬たち。目的の力を求めて歩く彼らの前に突如、まるまると太った男が突っ込んでくる。豪快な性格のその男と天馬たちはサッカーを通じて、仲を深めていくが--。

天馬たちが出会った男は、なんとアノ坂本龍馬本人であった！サッカーを通して仲を深めていく天馬たちと龍馬。一方、フェイたちが沖田総司の情報収集をしている中、新撰組屯所ではある奇怪な出来事が起こっていた--。

危険にさらされながらも、大政奉還をあきらめない坂本龍馬の固い意志を知った天馬たちは彼と共に徳川慶喜の元へ。それはまさに歴史が変わる瞬間。固唾を飲む天馬たち。とその時、突如としてバイクのエンジン音が城に鳴り響いて--。

前半を終えた時、病が再発し倒れた沖田。そんな中、坂本龍馬や剣城の言葉に彼の心は揺らいでいた。自分が守ってきたものとは何だったのか--。そして迎えた後半戦。サッカーを守るため、何度も立ち上がる剣城の姿が、ついに沖田を動かす！

「サッカーやろうぜ！」--それはいつも天馬を励ましてくれた円堂監督の口癖だ。封印された円堂監督とサッカーを取り戻すため始まった時空最強イレブン集めの旅。天馬、フェイ、秋が振り返る、真の円堂守伝説とは--。

ザナークを倒した天馬たちであったが、取り戻せたものは何もなかった…。エルドラドとの戦いに向け、時空最強イレブン第七・第八の力を集めるためタイムジャンプしたのは人類誕生以前のあの時代で…？

恐竜と暮らすトーブという少年に出会った天馬たちは、トーブの案内で獣の谷のボス、ロックスターに会いに行く。しかしその先に、哀しい別れが待っていることを、天馬たちはまだ知らなかった--。

ついに姿を現したパーフェクト･カスケイド！その圧倒的な力の前に、天馬たちはまるで歯がたたない--。一同が悔しさを噛みしめる中、トーブの言葉が天馬たちを奮い立たせる！恐竜VS人間！！命懸けの大特訓が始まった！？

パーフェクト・カスケイドとのリベンジマッチにフルパワーで挑む天馬たち。しかしそこに最悪の事態が発生！あのデスホーンがフェイ目がけて突進してきたのだ。間に合わない…！誰もがそう思ったその時--。

チームのプレイを導く神童・太陽と自分を比べてしまう天馬。キャプテンの役割とは何なのか--。悩む天馬の気持ちはさておき、次なるタイムジャンプはなんとアーサー王と円卓の騎士の物語の世界！しかし途中、TMキャラバンに異常事態が発生し！？

無理なタイムジャンプのせいで、アーサー王と円卓の騎士の世界に組み込まれてしまった天馬たち。見習い騎士として向かった先で待ち構えていたのは、神童率いる円卓の騎士団とのサッカー対決だった！

賢者の知恵を持つマスタードラゴンが突如としてアーサー王の城を襲った！葵をかばい囚われの身となった黄名子を救うべく、天馬たちはアーサー王とともに嘆きの洞窟へと向かうが--。

マスタードラゴンを洗脳していた黒い騎士の正体はレイ・ルクだった！猛攻を前に、キャプテンの自分がチームを導けていないとますます自信をなくしてしまう天馬。そんな時、試合を静かに見守っていたアーサー王が、天馬に預けた一言とは--。

アーサー王と別れを告げた天馬たちは、突如見知らぬ場所へと転送される。そこにはなんと三国たち雷門メンバーの姿も！一同困惑の中、現れたのはエルドラドの議長・トウドウだった。警戒を強める天馬たちに、トウドウの口から語られた驚愕の真実とは--。

セカンドステージ・チルドレンの攻撃を受け崩れ去るビル。なんとか逃げ出した天馬たちの前に現れたのは、謎の少年・ＳＡＲＵ。どこか天馬に似ている彼は、最終決戦・ラグナログの開幕を高らかに宣言する！未知の敵を前に、ラグナログ第一試合が始まった--。

始まったラグナロク第1試合。敵チームのザンにはなんとザナークの姿があった！ザンの激しいラフプレーにより剣城が怪我を負い、なおも壮絶な攻防戦を繰り広げるエルドラド01。次々とゴールが奪われてゆく中、フェイの身に予期せぬ事態が…！

SARUによってすべての記憶を取り戻したフェイは、天馬の引止めも虚しく自らチームを去っていった…。一方第2試合を直前に控えたエルドラドチーム02は、未だプロトコル・オメガメンバーたちとの連携が取れず、チームには暗雲が立ち込めていた--。

ピンチの続くエルドラドチーム02に、誰もが仰天の強力な助っ人が現れた！それでもギルに3点リードを許したまま前半は終了を迎える。連携の取れないチームプレイにいらだつ神童に、監督のサカマキは謎の数値を告げてきて--。

ラグナロク第3試合の朝。スタジアムにはひとりたたずむ天馬がいた。フェイとまたサッカーがしたい--そんな天馬の想いはフェイに届くのか。迎えた最終戦、天馬率いるエルドラドチーム03を待ち受けていたのは……。

危険なプレイと冷徹な言葉で天馬たちを追い込むフェイ。チーム・ガルの一方的な攻撃によって前半が終了する。意気消沈する天馬たちの前に現れたのは、ついに時空最強イレブン11人目の力を手に入れたあの男だった--。

ある男の登場により、一気に士気の上がったエルドラドチーム03はチーム・ガルを相手に互角の戦いを繰り広げる。訴え続ける天馬の言葉を必死に振り切ろうとするフェイ。そこに追い討ちをかけるかのように、ＳＡＲＵはフェイに残酷な命令を下す--。

最後は引き分けに終わったラグナロク第３試合。決着をつけるためフェーダとの延長戦が決定した！そんな中、謎に包まれていた支援者Ⅹの口から明かされたのは、フェイにまつわる衝撃の事実であった……。

とうとう時空最強イレブン11人全員が集結し、チーム名は「クロノストーム」に決まった！そして舞台はＳＡＲＵの率いるザ・ラグーンとの最終決戦へ。序盤、戦いは拮抗しているかに見えたが--。

SARU率いるザ・ラグーンに次々と得点を決められ、その力の差に圧倒されるクロノストーム。それでも勝利をつかむため挑み続ける天馬たちだったが、それをあざ笑うかのように、更なる恐怖が天馬たちを襲う--！

俺たちのサッカーを見せるんだ--全員が思いを新たにピッチへと向かってゆくクロノストーム。それぞれがアツい想いを胸に、ザ・ラグーンにぶつかってゆく！双方ともに限界を超えた激戦！果たして勝負の結末は……！？

セカンドステージ・チルドレンとの戦いはついに幕を閉じ、現代に戻ってきた天馬たち。長い戦いの日々を振り返ると、そこにはいつもサッカーがあった--。イナズマイレブンGO クロノ・ストーン感動の最終回、ここに完結！