霊王宮から瀞霊廷へ戻ろうとする一護を、今のままではユーハバッハに勝てないと引き留める兵主部。一方、見えざる帝国では星十字騎士団が並び立つ中、ユーハバッハが「後継者」の指名を行う。壇上に現れたのは、この世に生き残った最後の滅却師・雨竜だった。突然の展開を受け騎士団内には緊張が走り、不満を隠し切れないバズビーはハッシュヴァルトにくってかかる。そして雨竜自身も、ユーハバッハに問いを投げるのであった。

瀞霊廷が消えた。ユーハバッハによる「世界の終わる 9 日間」が始まり、影の領域に呑まれた瀞霊廷に星十字騎士団が侵攻してくる。 京楽のもとに現れたハッシュヴァルトは、「瞬時に全軍を殲滅」するよう命を受けていると語り、死神たちはその言葉通り敵に蹂躙される一方だった。 そんな中、聖兵を先導し攻め進むバズビーの前に日番谷と乱菊が立ちはだかる。 卍解を失ったままの日番谷が、バズビーの炎に対抗する手段とは...。

バズビーのもとに現れた蒼都は、止めを刺そうと卍解・大紅蓮氷輪丸で日番谷に迫る。 他の隊士たちも、各地で敵の攻撃に対し劣勢を強いられていた。 その頃、技術開発局のマユリの所に、浦原からの通信が入る。 浦原はキルゲとの戦いで得た情報を元に、奪われた卍解を取り戻す方法を虚圏で探していたのだった。 各隊⻑・副隊⻑に宛てた天挺空羅の呼びかけは、BG9 と対峙していた砕蜂・大前田希千代のもとにも届き...。

隊長たちが卍解を取り戻したことで、形勢は逆転かと思われた。だが、滅却師・完聖体の力が解放された星十字騎士団は、さらに死神たちを追い詰めていく。逆撫の力で優位に戦っていた平子真子はバンビエッタの爆撃を喰らって倒れるが、そこに鎧を纏った姿の狛村左陣が戻ってきた。一方、京楽と静かに向き合っていたハッシュヴァルトは、戦況の拮抗を崩さんと動き出すが、的確にその攻撃を阻む伊勢七緒の術を称賛するのだった。

敵に撃破されていく死神たち。 死者・負傷者は増え続け、いまや護廷十三隊の戦力は3割以下にまで落ちていた。 総隊⻑として態勢の立て直しを図る京楽の指示が、各地の隊士たちへと飛ぶ。 一方、倒れた檜佐木修兵、斑目一角、綾瀬川弓親に代わりマスキュリンとの戦闘に入った六車拳⻄は、手ごたえのなさに拍子抜けしていた。 共に駆け付けた鳳橋楼十郎も出る幕なしと静観していたが、意識が戻った檜佐木は必死に警告する。

霊王宮での修業を終えた一護は、既に滅却師の侵攻が始まっていると聞き、すぐざま飛び出す。瀞霊廷を目指し降下する中、浦原との通信で、自分が必ず何とかすると告げる一護。その頃、雨⻯を連れて銀架城の処刑場へ赴いたハッシュヴァルトは、敗北した蒼都・BG9を容赦なく処断し、ユーハバッハがいかなる存在かを語り始める。一方、エス・ノトと対峙したルキアは、“恐怖”を前に臆すことなく袖白雪を振るう。

拳⻄たちの治療にあたっていた勇音とやちるは、姿ばかりか自らに関する相手の記憶まで自在に消す能力を持つ滅却師・グエナエルの襲撃を受ける。 「初対面」を繰り返すやちるたちだったが、やちるは本能と反射で見えない敵に一矢報いると、斬魄刀を抜き始解してさらに攻撃を仕掛ける。 その始解の能力は勇音を驚かせるとともに、グエナエルを追い詰めていく。 だがその時、もう一人の敵が音もなく結界の内側に現れた。

グレミィを倒したのも束の間、キャンディスの雷撃に撃たれる剣⼋。 特記戦⼒である剣⼋を狙って、ミニーニャやジゼル、キャンディスも集結し、4 ⼈の激しい攻撃は辺り⼀⾯を破壊し死神たちを餌⾷にしていく。 剣⼋の霊圧の変化を察知したルキアと⽩哉は、同時に、別のよく知る霊圧が上空から迫るのを感じ取る。 そして、その霊圧の主が⼫魂界に降り⽴つのを待っていたかのように、ユーハバッハもまた⾏動を開始するのだった。

死神vs滅却師の全面戦争・第二幕が開戦。ユーハバッハによる「世界の終わる9日間」が始まり、壮絶な血戦が幕を開けた。 己の出生の秘密を知った一護は新たな力を手に、大切な仲間を、全てを護るため、決意と共に再び立ち上がる。 一方、滅却師の末裔・石田雨竜は一護とは異なる行動をとっていた…。やがて訣別の刻が訪れる――。

ユーハバッハの狙いが霊王宮にあると知り、阻止しようとする一護たち。 そこに立ちはだかったのは雨⻯だった。 死神と滅却師という互いの立場は分かりつつも、予期せぬ再会に動揺する一護。 虚圏から駆け付けた織姫やチャドと語らいながら、雨⻯と共に戦った日々を思い起こした一護は、ひとつの決断に至る。 その頃、ルキア・恋次はバズビーと、一角・弓親はジゼルと対峙していた。 ジゼルの掛け声を受け飛び出してきたのは...。

破面たちとも共闘し、ジゼルの操るゾンビと戦う一角と弓親。だが、次なる手駒としてジゼルが用意していたのは、十番隊隊長・日番谷だった。ゾンビ化した日番谷の容赦ない攻撃の前に、倒れる一角たち。日番谷はさらにマユリにも斬りかかるが、マユリはものともせず、試したい薬があると言い放つ。一方、ロバートたちと戦っていた白哉のもとに、檜佐木がやってきて刀を振るう。しかし、檜佐木の刀の先にいたのは…。

ついに霊王宮・表参道へと⾜を踏み⼊れ、⼤内裏を⾒上げるユーハバッハ。 ハッシュヴァルトと⾬⻯を連れた滅却師の王を出迎えたのは、零番隊・修多羅千⼿丸だった。 「霊王の刃」に命じ戦闘を開始するが、影より現れたニャンゾルの能⼒により攻撃は通らない。 だが、修多羅の表情は変わることなく…。そして旧⼗⼆番隊隊舎の地下では、設けられた砲台を利⽤し霊王宮へ上がろうとする⼀護や織姫たちの前に、岩鷲が現れる。

偽の霊王宮に仕掛けられた檻からひとり抜け出したユーハバッハは、真の霊王宮を守る兵主部と向かい合う。 巨⼤な筆のような斬魄⼑を振るい、気安く名を呼ぶなと⾔う兵主部。 続けて発現させた巨⼤な平⼿が、ユーハバッハを参道から叩き出す。⼀⽅、「産褥」の中では、ナックルヴァールの能⼒が王悦を苦しめ、麒麟寺は激しくハッシュヴァルトに斬りつけていく。 そして、修多羅と対峙することになる⾬⻯だったが…。

ユーハバッハの聖別により力を与えられ、倒れたはずの親衛隊は完聖体となり再び立ち上がる。それぞれに繰り広げられる、修多羅vsジェラルド、曳舟vsペルニダ、麒麟寺vsナックルヴァール、王悦vsリジェの激戦。親衛隊との熾烈な戦いの中、零番隊は新たな一手を打つ決意を固める。強大な霊圧による衝撃が、尸魂界から現世にまで届く。ユーハバッハと兵主部の死闘も壮絶を極め、そして…。