ジョミー・マーキス・シンは近頃、同じ夢を何度も見ていた。美しい少女や少年、そしてミュウという言葉が決まって出てくるのだ。友人たちは彼の「目覚めの日」が近いせいではないかと言う。「目覚めの日」とは両親のもとを出て行き成人検査を受け、そして大人への一歩を踏み出す14歳の誕生日のことだ。そして当日、ジョミーは子供のころに行った遊園地へと足をのばす。自分の運命が大きく動くことを知らずに……。

不適格者の烙印を押され保安隊に包囲されたジョミー。彼を救ったのはリオと名乗るミュウの青年だった。アタラクシアを離れ、ミュウの母船に導かれたジョミーを迎え入れたのは、人類の迫害を逃れた多くのミュウたちだった。

ソルジャーブルーの許しを得てアタラクシアに戻ったジョミー。帰宅した彼を待っていたのは、両親の居なくなった真っ暗な我が家であった。帰る場所を失い、途方にくれるジョミーの姿をユニバーサルの監視カメラが捕らえる時、運命の輪が再び動き始める。

ミュウの力に目覚め、成層圏へ向かって飛び続けるジョミー。彼を護ろうと雲海の底から浮上するミュウの母船シャングリラ。ユニバーサルとの激しい戦闘の中。単身、ジョミー救出に向かったブルーは残された命を掛けて、自らの記憶と想いを伝えるのだった。

ミュウの母船の存在を知ったテラズナンバー５は、サイオン・トレーサーの開発を命じた。次々と惑星全域に投下されるサイオン・トレーサー。ミュウ因子を持った少年とジョミーが出会う時、シャングリラは決死の惑星脱出を試みる。

エリート育成を目的とした教育ステーションE-1077。そのステーションにキース・アニアンは居た。新入生を乗せた宇宙船が事故を起こし、館内の通信機能が麻痺する中、キースは独断で新入生の救助に向かうのだった。

成長し、メンバーズ候補生となったキース、サム、スウェナ。最終学年生となった彼らの前にセキ・レイ・シロエが新入生として現れる。学年トップの成績を修めながら、反体制的な言動をとるシロエ。彼の感情がキースに向けられる時、鋼の心が震えだす。

思わずシロエに手を上げてしまったキース。初めて感じる、その抑えようのない感情に困惑する彼をマザー・イライザは順調な成長と判断する。虚空の宇宙(そら)からミュウのメッセージが届く時、キースは何を感じるのか？

瀕死のシロエをかくまったキース。だが、そんな彼の行動をあざ笑うように現体制への憎悪を独白するシロエ。ミュウの思念波によってステーションの機能が止まる時、２人の思いが闇の中に交差する。

アタラクシアを脱出して12年。ミュウたちの苦悩の旅は続いていた。地球を目指し、人類との共存を模索する戦いは彼らの身も心も疲弊させていた。タロットが運命の星を指し示した時、ミュウたちの心はその星に引き寄せられていく。

ジルベスター星系、第７惑星(ナスカ)。降り立ったミュウたちを優しく迎え入れたその星の空はラベンダー色に輝いていた。平穏な日々が微かな希望に変わろうとしていた時、星に近づく一隻の船影があった。

大地と共に生きる喜びが、地球への思いを薄れさせる中、ミュウたちの間に世代間の亀裂が広がっていく。世代の狭間で苦悩するジョミー。同じころキースは辺境に潜んでいた一人のミュウと出会う。

マツカを伴いジルベスター星系へ向かうキース。彼の接近はジョミーに新たな火種となって降りかかる。撃墜され、拿捕されるキース。「少佐は生きている」その確信に似た思いがマツカを突き動かす時、ミュウたちの未来に深い影が落とされてゆく。

囚われの身と成ったキース。 ミュウたちは彼からテラの情報を聞き出そうと心理探査を試みる。 フィシスの中に広がる彼への焦がれるような思い。 ２人の記憶が闇の中に交差する時、ターフル上のタロットが運命の胎動を指し示す。

キースの反撃で仮死状態に陥ったトォニィ。フィシスと共に彼を人質に取ったキースはシャングリラからの脱出を試みる。 トォニィの異変を察知し、錯乱状態に陥ったカリナがサイオンバーストを引き起こす中、目覚めたブルーと地表に降りたジョミーは彼らを救うことが出来るのか？

国家騎士団の総力を挙げたミュウ殲滅作戦が動き始めた。 速やかなナスカからの脱出を支持するジョミーの前に立ちはだかる、若者たちとの危機意識の溝。 そして、次々に謎の眠りに落ちてゆくナスカの子供たち。 惑星破壊兵器、メギドシステムの照準がナスカを捉えた時、ジョミーはそしてブルーはどう仲間たちを導くのか？

メギドの火がナスカを襲う。その時、目覚める７人のナスカチルドレン。 地獄の業火を退けたブルーとジョミーの前に、驚くべき能力を秘めたタイプブルーのミュウたちが姿を現す。 キースの指示で、メギドの第二波攻撃が準備される中、ミュウたちのナスカからの避難脱出は間に合うのか？そして、ブルー最後の戦いが…。

ナスカ崩壊、そしてブルーの死。 拠り所を失ったミュウたちに、テラへの進撃と人類との全面戦争を表明したジョミー。 彼は手始めに故郷、アルテメシアの攻略を開始する。 圧倒的な戦闘力を有した、トォニィたちナスカチルドレン。 ミュウたちを追いアルテメシアに向かったスウェナの見たものは…。

スウェナと再会したジョミー。現体制の要の一つテラズNo,５と戦いを決意した彼にスウェナはある人物との謁見を促す。同じ頃、キースは廃校となったE-1077でマザーイライザとの再会を果たしていた。過去との決別。未来への決意。２人の英雄は自らの意思で、大きくその第一歩を踏み出すのだった。

ミュウとの全面対決に向け、着々と足場を固めていくキース。テラ政府の首都惑星、ノア。その惑星に戦時体制下の激しい嵐が吹き荒れる中、国家元首への道を駆け上がるキースの見据えるものは。人類とミュウ、合い入れぬ者たちの狭間で歴史はどんな運命をつむぎだすのか？

木星の周辺に主力部隊を配備し、ミュウたちを迎え撃つキース。対ミュウ戦闘訓練を受けたメンバーズたちとトォニィたちナスカチルドレンの激しい戦闘の末に、散り行く命と残される命。人の悲しみと怒りが星々の狭間に満ち満ちる時、ジョミーは、そしてキースはなにを思うのか？

木星上空に作られたミュウ収容所、コルディッツ。キースは拿捕したミュウたちを盾に、ジョミーたちの戦意を押さえ込もうと画策する。鉄の意志でテラへの進行を決断するジョミー。同じ頃、キース暗殺を単独で決意したトォニィはキース艦『ゼウス』への潜入を決行していた。彼の前に立ちはだかるマツカ。２人のミュウ同士の戦いは…、そしてキースの運命は…。

地球再生機構『リボーン』の拠点、地球。その総本部「ユグドラシル」で、人類とミュウの最終会談が開かれる。全ての判断をコンピュータに頼りきった人類との話し合いは茶番劇にも似た形だけのものだった。グランドマザーとの直接対話を促すキース。その申し出に同意するジョミー。 トォニィたちの反対を押し切り最後の決着をつけるため、グランドマザーの元へ向かうジョミーを待ち受けるものは・・・。

キースと２人、地球の地下深く、グランドマザーの元へと降り立ったジョミー。彼を待ち構えていたのは、驚くべき真実であった。一方、全人類圏へ向けてキースのメッセージが発せられる。人類とミュウ、その相容れることの出来ない二つの種族に共存の道はないのか？