冒険心にあふれる少年シュウは、幼馴染のクルックらと共に、のどかな生活を送っていた。 ある日、村を訪れた二人組の剣士と出会うシュウ達。そこに突如、強大なグランキングダムの軍隊がやってきて、村を襲い始めるのだった。 村の一大事に、シュウは二人組の剣士に手助けを頼むも、断られてしまう。自分達の手で護るしかない、そう決意するシュウの必死の抵抗も、軍の力の前にはどうすることも出来ない。 しかし、クルックや村のみんなの身に危機が迫った時、「護りたい！」と強く叫ぶシュウの身体に異変が起きる。
ブルードラゴンという影の能力を手にしたシュウは、ゾラからこの世界を支配しようと企むグランキングダムの王・ネネの野望を阻止するための戦いを強制される。 勝手な言い分に反発するシュウ。しかし、力を持った自分が居る事で、村が危険にさらされると聞き悩む。そしてその言葉通り、グランキングダムの新手が現れ再び村を襲う。
"ゾラ指導の元、いまだ影を出す事すらままならないシュウの修行が始まる。シュウはジーロへのライバル心から、足手まといにならぬよう必死についていく。ジーロもまた、シュウに感化され、互いに競い合っていく。 束の間の休息。少しでもみんなの役に立てればと料理に腕を振るうクルック。やってきたジーロにふと彼の旅の目的を聞くが、思いも寄らぬ答えに言葉を失ってしまう。 そこへ、グランキングダムの新たな刺客である影使い・ドルスクが現れる。"
"破壊された街へきたシュウ達。そこに新たな影使い・マルマロが現れ、敵と思い込んで襲いかかってくる。説得を試みるシュウ達だが失敗に終わってしまう。 しかし、シュウ達の言葉に迷い始めていたマルマロ。その迷いも、駐屯した軍の兵と捕えられた街の人々を見つける事で振り払われ、単身で乗り込んでいく。そこへシュウ達も駆けつけ共に戦うのだが、敵の影使いイワノフ・グスタフ兄弟の攻撃に翻弄され続け"
グランキングダムの前線基地へとやってくるシュウ達。一行は、連れ去られた捕虜の奪還と、そこにいる敵遠征軍の中心人物ゼネラル・ロギを倒すために乗り込む。 しかし、ロギの圧倒的な強さの前にゾラさえも敗れ、一同は窮地に陥る。そしてロギはイワノフ・グスタフに後を任せ、ネネの待つ本国へと帰還していく。 ロギとの戦闘で既に傷ついた一同は、兄弟の攻撃に成す術がない。自らの意思でブルードラゴンを発動できないシュウは完全に足手まとい。目の前で倒れていく仲間の姿を、シュウはただ見ていることしか出来ないのだった。
レゴラスを連れジブラル城を目指す事となったシュウ達。立ち寄った村で絡まれていたウエイトレスのブーケを助け、そのお礼を受ける一行だったが、ことごとく悲惨な目に遭い追い返してしまう。だがブーケ本人に自覚は無く、落ち込む所かさらにやる気を出す。 村を後にするシュウ達の前に、今度はモンスターが現れる。各々の影で戦い始める一行だが、何か様子がおかしい事に気付く。
ジブラル城へたどり着くシュウ達。しかし街では今幽霊騒ぎが起きていた。そして、レゴラスがその騒ぎの容疑者として連行されてしまう。実は、レゴラスは死亡した事になっていたのだ。レゴラスにジブラルへ送り届ける報酬として王との謁見を頼んでいたゾラはその手立てを失ってしまうのだが、シュウの提案でレゴラスの濡れ衣を晴らす事でその目的を果たそうと犯人探しを始める。
ジブラル王と謁見するシュウ達。そこでゾラは「はじまりの書」と呼ばれる世界最古の本の閲覧を希望し、王よりその許可を得る。一方シュウは、王の傍らにいた人物コンラッドこそが憧れのナイトマスターであると知り、胸を躍らせていた。 そこへグランキングダムのドラグノフ部隊が攻めて来る。応戦するコンラッド率いるジブラル軍だが、敵の新兵器である本体を持たない影部隊・影黒壱式の投入により危機的状況に陥る。
奪われた文書は「エクストラセブン」と呼ばれる世界に二つと存在しない７ページ。そこには影にまつわる重大な事が記された可能性があり、ゾラの目的はまさにそれだった。だが現状どうすることもできず、ゾラ一行はグランキングダムへの侵攻作戦を進めていると云うコンラッドらと互いの健闘を祈り、一路グランキングダムを目指し海へ出る。 船上で海にまつわる噂話を耳にするシュウ達。そこにシュウを追って船に忍び込んでいたブーケが姿を現す。
ミーティア共和国に上陸するシュウ達。そこはグランキングダムの隣国で、一行は警備の薄い渓谷からの越境を始める。しかし、そこにネネからシュウ達の討伐を命じられたゼネラル・ロギが部下のギリアム、シンシアら五人の影使いを率いて姿を現す。 予期せぬ事態に戸惑うシュウ達は敵の攻撃によって戦力を分断されてしまう。
ロギと対峙したシュウは、動く事さえもできなかった以前とは違い、ブルードラゴンと共に戦いを挑む。しかし、ロギの力にはまだ到底及ばず、そればかりかブルードラゴンの力を引き出しきれていない自分の未熟さに迷いばかりが生じていた。一方、各所の戦闘も激しさを増していく中、ゾラはルメールを倒し先に行かせたシュウの後を追う。 いまだ攻略の糸口を見つけられず、ロギの言葉に翻弄され続けるシュウ。そんなシュウの様子を見かねたブルードラゴンが檄を飛ばす。すると、その言葉でシュウは迷いを振り払い、ブルードラゴンの秘めた力の一部を引き出すのだった。その力を目の当たりにしたロギの表情からそれまでの余裕は消える。ついにロギが本気の力でシュウに襲い掛かろうとした瞬間、そこにゾラが現われる。
ロギ部隊の突然の撤退により危機を逃れたシュウ達。散り散りとなった各々が集合地点を目指す中、シュウは無人の村で敵の司令官ドラグノフと出会う。しかし、ジブラルでの戦闘で対峙する事の無かった二人は、互いの素性を知らないまま行動を共にする。するとそこに、ゾラ達と交戦を始めたグランキングダム軍からの通信が入る。打ち解けかけた相手が敵だと分かり、戸惑いながらも戦闘態勢に入ろうとするシュウに、ドラグノフはその意思を見せない。さらに戦場では容赦しないと告げシュウの前から去っていくのだった。 そしてドラグノフ指揮の下、新たに影黒弐式も投入された部隊にゾラ達は苦戦を強いられる。そこへ駆けつけたシュウは、いまだドラグノフと戦う事に戸惑いを見せるも、ついにその覚悟を決め一騎打ちを始める。
ネネの居城までやってきたシュウ達。間近に迫った決戦の時に、ネネへの復讐を抱くジーロの胸中は穏やかではない。その様子を心配したクルックはジーロの口から幼い頃にネネによって家族を殺されていた事を聞く。 一方、付近では既にジブラル連合軍がグランキングダムと戦闘を始めていた。その戦いに紛れて内部に侵入するシュウ達は、奇妙な装置のある部屋へ辿り着く。するとそこへメカ将軍のザボが現われ、一同はその装置が影の力を吸収する機械であり、これまで連れ去られた人々がこの機械の餌食になっていた事を知る。さらに、ジーロの村を襲った中にザボがいた事も分かると、ザボの挑発に乗せられて怒りに我を失ったジーロが装置の中に取り込まれるのだった。
ネネとの直接対決を迎えるシュウ達。しかし、ゾラの想像以上にネネの力は圧倒的で全く歯が立たない。さらに、影を発動させたネネの前にゾラさえも敗れてしまうのだった。 絶体絶命の危機に、どうすることもできずにいたクルックが無謀にもネネに立ち向かう。すると、仲間を護りたいと強く願うクルックの想いに、彼女の中に眠っていた影・フェニックスが応え、その姿を現す。それを見たネネは空間を消し去るほどの強大な力をクルックに向けて放ち大爆発が起きる。そして、シュウ達の姿が跡形も無く消し去ったのを確認したネネは、完成させた空中要塞ガレオンを始動し全世界へ宣戦布告を行う。
ネネとの戦いに敗れたシュウ達。フェニックスを発動させたクルックのおかげで一同は一命を取り留めたものの、そのクルックの意識が戻らない状態は続く。そんなクルックの姿に、シュウは守れなかった自分の所為だと落ち込む。そこへジーロが現れ、二人は互いの思いをぶつけ合って喧嘩を始めてしまう。 気持ちはバラバラとなり、これからどうするのかさえ見えなくなった一同の前に、盗まれた「エクストラセブン」の情報を持ったレゴラスがやってくる。
世界中の本が集められているロジックの街へと訪れるシュウ達は、街の図書館に所蔵された「はじまりの書」の写本を閲覧する。ゾラは改めてそこに書かれた内容を一同に説明し、そして世界を救った光の戦士達の末裔がシュウ達であると告げる。一方、空中要塞で侵略を開始したネネ。最初の矛先はジブラルへと向けられ、搭載された主砲によって、一瞬にしてジブラル城をその地ごと消し去ってしまうのだった。 そんな事態を知る由も無い一行。図書館での話を終え一人街の外へとやってくるシュウは、ブルードラゴンを呼び出す。
最高の情報師と噂されるホメロンの店を訪れ、文書を奪った女性を探してもらう依頼をするシュウ達。しかし、そこで働く助手からホメロンは死んだと聞かされる。別の情報師を探すしか無い一同。すると、シュウは情報師を雇う為のお金稼ぎにと、一人報酬のでかい危険なモンスターを倒しに向かう。何とか止めようとする助手だが、このモンスターを倒せないようならばネネに勝つ事など出来ないと、ブルードラゴンと共に戦うシュウ。その姿に、助手はシュウが伝説と言われた影使いであると気づく。
シュウ達とはぐれたマルマロは、見つけた宿屋で一晩を過ごす。すると、その宿を営む主人の女房らしき美しい女性を見たマルマロが突如発情し始め、サーベルタイガーは大慌て。しかし、主人は女房などいないと云うのだった。怪しむマルマロ。だが、美味しそうな料理にそんな事など忘れたように夢中で食べる。暫くして主人とマルマロが見た女性が現れると、そこには倒れたマルマロの姿が…。
フェニックスの遺跡を訪れたシュウ達が、何か隠された秘密が無いかと手分けして調査していると、突如クルックだけが遺跡の最深部へと飛ばされてしまい、その意識の中に再びフェニックスが現れる。どうすれば呼び出す事が出来るのか、クルックはその方法を聞くのだったが、その問いにフェニックスは「求めるものは力では無い」とだけ残して消え去る。そして現実へと戻されたクルックは、目の前に落ちてくるクリスタルを手にするのだった。 その頃、文書を奪った女に強力な後ろ盾が控えている事を掴むホメロンの身に命の危険が迫る。
女の背後に潜む組織を暴こうと動き出すホメロン。まずはその可能性が一番高いグランキングダムを調べるため軍事施設に潜入しようというのだが、厳重な警備のせいで容易ではない。そこでホメロンはシュウ達に協力を求めてやってくる。すると、その軍事施設の近くにある収容所にコンラッドが捕えられているという情報も聞いたゾラの提案で、一行は陽動作戦を開始。しかし、作戦よりもコンラッドを助け出す事しか考えていないシュウは、ゾラの指示によりジーロと共に収容所内部へと侵入する。そして無事コンラッドを発見すると、そこからの脱出を試みるシュウとジーロの前にシンシアとルメールが現れる。やむをえず戦うシュウ達だが、敵の連携の取れた攻撃の前に苦戦。
シュウ達の活躍により軍事施設内部への侵入に成功したホメロンは、厳重な警備と幾重にも張り巡らされたセキュリティを次々と突破しコンピュータールームへとたどり着く。 一方、ホメロンの無事を信じて、次の遺跡を目指そうとするシュウ達。そこへ、ギリアムが部下のトッドとビショップを率いて奇襲を掛けてくる。 その頃、グランキングダム本国にあるマスターコンピューターへのアクセスを開始したホメロンも、エクストラセブンに関する情報は一切得られず作業は難航していた。そこへ件の女が軍事施設へと侵入、ホメロンのいる部屋へと迫る。
次の遺跡を目指すシュウ達。訪れた検問所では兵士たちがブーケの話題で盛り上がっている所を目撃すると、ブーケのお色気を使った作戦であっさりと突破していく。検問所の異変に気づいて駆けつけたシンシアは、うわ言のように笑顔でブーケの名を呼ぶ兵士の姿に嫉妬の炎を燃やし、峠を進んでいたシュウ達に襲い掛かる。だが、その攻撃で足場が崩れ、シュウ達だけでは無くシンシア自らも谷底へと落ちてしまう。 谷底でバラバラとなったシュウ達。最悪にもブーケの所へシンシアが現れる。
グランキングダムの元同盟国・サバルでシュウ達と落ち合うホメロン。先の潜入活動により女の正体と文書奪取後に戦艦ノーグに搭乗していた事を掴んだが、渡航データが抹消されていて誰の元へ運んだのかは直接ノーグを調べるしか無いと言う。しかし、肝心のノーグはサバル鎮圧に向かうグランキングダムの艦隊に組み込まれていた。そこで、シュウ達はホメロンの手助けをする為、奪った小艇でサバル艦隊に紛れて戦場へと向かう。 一方のノーグは既に役目を終えた老朽艦だった。クルー達も今回の出撃命令には納得いかないものの、自分達に出来るベストを尽くそうとする。戦闘に乗じ、無事ノーグに乗り込んだホメロンだが、ここのデータも消されていた。
墜落する戦艦ノーグから救命ポッドで脱出し、森に着陸したホメロンとクルー達。そこからサバルに向かおうと進み始めるのだが、ウルバックというモンスターに襲われ、ホメロンと艦長以外のクルー達が捕まってしまう。一方、ホメロンの安否を気遣うシュウはジーロ・マルマロと共に捜索を始める。
エクストラセブンがロギの手にあると判明し、その奪還のためロギの戦艦へと向かうシュウ達。それに対し、ロギは２つの防衛ラインを敷いてシュウ達を迎え撃つ。最初にシュウ達の前に現れたのはギリアムとその部下トッド・ビショップの３人。 ゾラは、あくまでも目的は奪還であるとシュウ達を先へ行かせ、マルマロと二人でギリアムらと戦い始める。均衡した戦闘が続く中、突如ギリアムらが奇妙な機械を発動させる。
ロギ側が投入してきた秘密兵器により、危機的状況へと追い込まれたシュウ達。そこからの突破口を見つけようとするゾラは、攻撃に耐えながら様子を窺う。一方、連携を取りつつシンシアと闘うシュウ達も、いまだ攻略の糸口は掴めず成す術が無い。それでも諦めずに立ち向かうシュウの姿に、ジーロもまた感化されシンシアへの攻撃を続ける。その戦況を見つめるロギは、圧倒的な力の差があるにも関わらず、仕留め切れずにいる現状に何かを感じていた。
ロギの戦艦を目指すシュウ達の前に現れるルメール・シュナイダー・アンドロポフ。対するゾラは、エクストラセブン奪還の鍵を握るブーケをシュウ・クルックと共に先へ行かせる。そこへ、ルメールがゾラとの一騎打ちを仕掛けてきた為、ゾラとも分断されてしまうジーロとマルマロ。二人は先を行くシュウ達の為にと、決死の覚悟でシュナイダーらとの闘いに臨む。一方、シュウ達の前には、これまで戦況を観ていたロギが現れる。
アンドロポフらと戦い続けるジーロとマルマロの二人だが、敵の集中攻撃にマルマロが戦線から脱落。一人となったジーロを襲う絶体絶命の危機に、ゾラが駆けつける。一方、クルックの援護を受けて、ついにロギへのダメージを与える事に成功するシュウ。だが、その代償としてロギの攻撃を一身に受けたクルックが倒れるのだった。その頃、ロギの戦艦へと潜入したブーケは、特殊能力を駆使しエクストラセブンを入手する。しかし、そこにはデルフィニウムが待ち構えていた。
ブーケの変身能力によりエクストラセブンの内容を知ることに成功したシュウ達。さっそくその解読を試みるゾラは、古代文字で書かれた上に複雑に仕掛けられた暗号によって一筋縄には行かないものの、冒頭部分の解読に成功する。その内容は光の戦士達がそれぞれの影を封印した件が書かれていた。今までは可能性だけであったパワーアップが実現に近づき、シュウ達の士気は一気に高まる。
タタ村近くの遺跡へ向かう途中、村の様子を遠巻きに窺うシュウ達。そこで復興しつつある村と人々の笑顔を見たシュウは、もう二度と同じ目に合わせない為にもパワーアップしてネネを倒すのだと改めて決意する。 さっそく遺跡の調査を開始した一同。遺跡に仕掛けられた謎を解き、遺跡の最深部へと飛ばされるシュウは、ブルードラゴンと同じ姿をした黒いドラゴンと対峙する。
ジーロの遺跡へ向かう途中、立ち寄った街で仲間の元から離れて行動するジーロ。そこへ、ネネの命を受けたザボが四天王を引き連れて現れる。復讐の相手とあって一人で敵を倒そうと躍起になるジーロだが、気負うあまり本来の力を出し切れず撤退を余儀なくされる。さらに、逃げた事に対してミノタウロスと口論になると、ジーロは“強くなる”と誓った日の事を思い出す。
シュウ達の乗る小艇が故障し、代えの部品を求めて近くの村へ向かうシュウは、道中で盗賊から追われるトントという少年を助ける。そして、村へ案内されたシュウはトントの家が鍛冶屋であることを知ると、壊れた部品が見つかるのではと期待する。しかし、そこにいたのは家業を継いだ姉一人。トントの両親は影使いによって殺されたのだが、その事実を姉の冗談としか受け止めていないトントは、姉に影使いであるシュウの弟子になると言い出す。
次のパワーアップは自分の番だと意気込むマルマロは、故郷と同じ方角を示すエクストラセブン第三章が自身のものであると確信。急ぎ故郷へと向かうと、行方の分からなかった息子の帰還に喜ぶマルマロの両親。その一方で、パワーアップするにはパンツを見る必要があると自分なりに解釈したマルマロは村娘を片っ端から狙い打ち。すると、被害にあった娘が両親の元へ苦情にやって来る。シュウ達にマルマロの暴走を止めるよう指示し居残るゾラは、実は第六章こそがマルマロのものである事に気付く。
クルックとブーケが互いに次に向かうのは自分の遺跡が先だと主張し大喧嘩。そして、クルックの放った「役に立っているのか」という言葉にブーケの表情が一変するも、そこへゾラが仲裁に入る。小艇の燃料が切れかけていたのだ。敵の基地へ補給に向かったシュウ達は、そこで兵士に変装した情報師から、ネネがブーケの遺跡を狙っている事を聞く。 一路ブーケの遺跡へと急ぐ一行の前に、死んだと思われたギリアムが現れる。仲間の仇に執念を燃やすギリアムは、新型の影黒参式をシュウ達と戦わせゾラを狙う。
奪われたブーケの遺跡へと入るシュウ達をネネが待ち構えていた。一同が対峙する中、ブーケが遺跡の力で奥へと飛ばされると、ネネはブーケがパワーアップする前に遺跡を破壊すると言い出す。それを止めようと戦うシュウ達。以前と違い戦いは優勢に見えるが、ネネから余裕は消えない。しかし、思わぬゾラの力に初めて戸惑いを見せる。そこへザボが現れると、ネネはその場をザボに任せ、コンラッドらが集結しているというコリンへ遺跡を落下させる為、空中要塞へと戻っていく。
ブーケのパワーアップが完了し、自身のパワーアップも済んでいる事を話すゾラは、７人目の末裔がネネである事を告げる。驚愕の事実に信じられない一同だが、全てを終わらせるために再び空中要塞へと向かう。 一方、ネネは未だ現れないロギに代わってザボにゾラ達の相手をさせる。大量の影黒が居並ぶ部屋へと誘き出すザボ。次々と影黒を破壊していくシュウ達だが、倒した筈の影黒が元通りとなり困惑する。そんな一同をよそに、パワーアップして自信満々のブーケが影黒へと突っ込むのだが、返り討ちにあう羽目となり落胆。しかし、ヒポポタマスは自身の中に何かを感じていた。
最大の敵であるネネを前にしたシュウ達は、それぞれの決意のもと一丸となって攻撃を仕掛けていく。さすがのネネもパワーアップした一同の攻撃に防戦一方。しかし、自身の影の研究によりネネはキメラを７体に増殖してみせる。これまで優勢に戦いを進めてきたシュウ達だったが、瞬く間に形勢を逆転されてしまう。
ネネとの激戦の中、ゾラが倒され５人となったシュウ達。そしてネネは、増殖させたキメラを今度は１体の巨大な姿へと変化させる。驚愕するシュウ達だが、クルックの指示のもと力を合わせてキメラに向かっていく。しかし、何故か全ての攻撃がキメラに通用せず、シュウはネネの驚異的な力に敗れ意識を失ってしまう。残されたジーロ達は必死に抵抗するも、次々と傷ついていく。そんな中、クルックがキメラ攻略に気付きジーロに伝える。
グランキングダムを倒し捕らわれていた子供達を救出したシュウ達はロジックの街へと帰還する。そこで一同を待っていたのは、コンラッドやレゴラスを始め各国から集まった人々だった。ようやく目的を達した事を実感するシュウ達だが、ジーロはどこか元気が無い。さらに、ゾラがシュウ達の前から姿を消し、自分達の置かれた状況にクルック、ブーケも一抹の不安を抱き始めていた。
グランキングダムから離脱したロギは、影至上主義国家である『ローゼンクロイツ』を旗揚げし、元グランキングダム勢力であった都市を回り自身の傘下におさめていく。そしてアンドロポフには、再び旅を始めたシュウ達を監視させていた。アンドロポフは休息中に仲間から離れ一人となったクルックを狙おうとするのだが、クルックの花を愛でる姿に心を奪われ、その存在が気になり始める。 その頃、秘密裏に入手した情報により、ゾラ達の向かう先が『封印の地』である事を知ったロギは、ゾラの目的を聞きだすため奇襲を掛けてくる。
ロギの居城へと連れ去られたクルックは、影の力を封じられ逃げ出せない状態に陥っていた。そんなクルックに尋問を始めるロギ。ゾラの行動には何か裏があると考え、何を企んでいるのかを聞きだそうとするのだが、仲間であるゾラを信じるクルックに、ロギも思うようには事を進められないのだった。 一方、ゾラはクルックを助けに行くのでは無く、本来の目的通り封印の地を目指そうとする。
封印の地にたどり着いたシュウ達５人。一体ここが何なのか、ここで何をするのかをゾラに問うジーロだが、肝心な事は何も語ってくれない。一同に不安がよぎる中、そこにシュナイダー・アンドロポフと共にロギが現れる。ロギの姿を見たシュウはクルックを助け出すため戦いを挑む。応戦するロギだが、ネネを倒したブルードラゴンの力はヴァルキリーを寄せ付けない。軍配はシュウに上がったかと思われた時、ロギから新たな影・オーディンが姿を現す。
クルックの登場に喜ぶシュウ達。しかし、光の戦士の末裔が封印の地に揃い始めた事により、周囲に結界が生じ閉じ込められてしまう。危機を察するロギは、ゾラの思惑を阻止するため末裔の一人を欠けさせようとするのだが、ゾラが身を呈して守り抜こうとする。その姿に改めてゾラを信じるシュウ達。そこへ、突如デルフィニウムが現れ、この地に隠されていたデスロイを見つけ出すと、その身を捧げキメラを発動させるのだった。
突如出現した闇の球体の中にゾラが消え、呆然と立ち尽くすシュウ達。そうしている間にも徐々に広がりつつある闇から影が現れ、大地を、人を飲み込んでいく。応戦するシュウ達だが、決め手となる方法が無く、この地からの離脱を余儀なくされる。そして戦艦へと帰還したロギは、エクストラセブンにはまだ自分の知らない何かが隠されているのではと、その解析を始める。 一方、少し離れた場所へと避難してきたシュウ達の元にやって来たデルフィニウムは、闇の封印を解く鍵となった最後の光の戦士の末裔がデスロイである事を告げると、さらにゾラの思惑によってシュウ達は最初から操られていたのだと指摘。信じたくない一同だが、突きつけられる疑惑に思い当たる節が次々と浮かび上る。
闇に飲み込まれようとする人々の救済活動を行うシュウ達。しかし、いまだ闇そのものに対する手立てはなく、これからどうすればよいのか不安と苛立ちを募らせていた。そんな中、依然としてゾラの事を信じようとしているシュウにジーロが絡み出すと、それをきっかけに一同が言い争いを始めてしまう。 気まずい雰囲気のまま夜を迎え、就寝に付く一行。そこから一人川辺へとやってきたシュウがゾラへの思いに耽っていると、寝付けずに水浴びに来た全裸のブーケが現れる。
闇の封印を解いた７人の光の戦士の末裔の力で再び闇を封印できるのではないかと仮説を立てたシュウは、その協力を求めるためにロギの基地を訪れる。一方、ロギもまたその仮説を立てており、既に闇の中へ入る方法を見つけていた。しかし、そのためにゾラを倒す覚悟ができているのかと問うロギに対し、シュウ達は封印とゾラを倒すのは別だと真っ向から否定。互いに意思を譲らないシュウとロギの二人は、主導権を得るために戦闘を始めてしまう。そこへデルフィニウムが現れ、二人の戦闘に割って入ってくる。
それぞれの目的の為に再び集結した７人の光の戦士達。一同を乗せた戦艦が闇の中へ進入すると、闇の影達が現れ襲ってくる。ロギに指揮を預けられた艦長は戦艦の全砲門による攻撃でこれを対処。しかし、あまりの数の多さに、戦艦内への進入を許してしまう。 一方、部屋でシャワーを浴びるデルフィニウムの所へシュウがやってくる。シュウはホメロンの件を許す事が出来ず、デスロイさえ居れば再封印は可能だと考えデルフィニウムを倒そうとする。
ゾラに会うため再び封印の地を目指すシュウ達の前に、闇の門番達が立ちはだかる。そこでロギは、シュナイダー・アンドロポフと残りシュウ達を先へ行かせようとする。だがシュウは、一緒に残ると言い出すのだった。見兼ねたアンドロポフはクルックに必ず生きて帰ると約束を交わし、シュウの説得を頼む。クルックはその言葉を理解しシュウを説得。そして、ロギ達以外が門を通過した時、シュナイダーが戦闘に乗じてロギも門の内へと閉じ込める。世界を救う為に判断した部下の行動に、ロギは先へ進む事を選ぶ。
封印の地でゾラとの再会を果たしたシュウ達は、闇の封印を解いたのには何か事情があるのではと各々が疑問を投げかける。しかし、ゾラはそれを一切否定。全ては世界を本来のあるべき姿であった闇に戻すために行ったのだと告げる。その目的を邪魔するのならば、シュウ達であっても容赦はしないと。シュウはそんなゾラに自分達は仲間では無かったのかと問う。その答えをも否定するゾラ。だがシュウは最後まで仲間としてゾラを止めようと戦う決意をするのだった。
ブローチを壊され、闇に飲まれ消滅するシュウ。ゾラは残るジーロ達も瞬く間に闇へと葬り、最後の希望は潰えてしまう。闇の中、目を覚ましたブルードラゴンが自身に下半身があるのに気付くと、突如聞える闇の声に、その姿こそが本来在るべき姿だと言われる。 一方シュウは、ブルードラゴンの体内に飲まれていた。そこでブルードラゴンを誘惑しようと、闇が見せる世界の真実を同調して見ていたシュウの身体が消え始める。
キラーバットとの融合により、パワーアップしたゾラ。ジーロ達が闇影達と応戦しながら見守る中、シュウは互角以上の戦いを見せる。それでもゾラから余裕は消えない。遂には無限に供給される闇の力を吸収し、さらなる変貌を遂げるのだった。
