宝島に眠るスーパーレアアイテム、プラチナをゲットした千空たち。早速、プラチナを使った科学クラフトで硝酸を作り“復活液無限生産マシーン”を手に入れた！まずは、職人カセキを目覚めさせたい千空だが、石化された科学王国の仲間はイバラたちによって海に捨てられてしまう。そんな中、千空は後宮に運ばれた龍水を先に救出すべく、潜入中のコハクと協力し、仲間の奪還へと動き出す！

狂気のバラバラ脱獄により、見事復活を果たした龍水。クラフトした酸素ボンベを使って海底の大樹を目覚めさせ、共に協力して職人カセキを救出した。カセキの復活により、三次元最強の武器“ドローン”作りを一気に進めていく千空。残りの仲間も次々と復活させ、反撃の準備を進める。一方、後宮に潜入中のコハクたちスパイチームは、島のある重大な秘密に迫っていた……!!

島の頭首が石像である事を暴き、イバラの手によって致命的な傷を負った銀狼。コハクのとっさの判断により二人は自ら石化され、千空たちの助けを待つ。一方、仲間を次々と復活させ、反撃の切り札ドローンをゲットした千空。混乱の中から脱出してきたアマリリスの情報を聞き、敵の内情を探る。そんな中、千空たちの前に突如、石化王国の最強戦士・モズが現れた……!!

モズに隠れ家を突き止められ、窮地に陥る千空たち。しかし、ゲンがとっさに仕掛けたディールゲームによって、お互いの利益の為、一時協定を結ぶ事に。早速、モズと千空たちによる陰謀大作戦がスタート！侵入者のフリをしたモズの闇討ちで石化王国に脅威を与える中、千空たちは密かに戦闘武器をパワーアップ！科学装備も準備して、いよいよ石化王国との最終戦に挑む！

遂に始まった科学王国vs石化王国の最終決戦！勝利条件である敵の石化装置を奪う為、千空たちはフード戦士に扮して先制攻撃を仕掛ける。金狼が先頭で攻め込む中、龍水たちは物陰からドローンを待機。キリサメが石化装置を投げるタイミングを伺うが……。一方、敵の司令塔であるイバラもモズの動きを警戒し、卑劣な手口で千空たちを追い込もうとしていた！

キリサメの持つ石化装置が、イバラの仕掛けたフェイクである事に気づいた千空たち。急遽ラボカーで引き返すも、イバラは島全体を石化光線で包み込もうとしていた！イバラを止める為、ペルセウス号へと乗りこむ千空たちだが、そこへ協定が無効になったモズも現れる！容赦なく襲い掛かるモズに追い詰められた千空は、最後の切り札として、ある男を目覚めさせる……！

頭首の石像を運び出し、イバラの悪事を白日の下に晒した大樹たち。真実を知ったキリサメは、イバラによって石化されてしまう。そんな中、銃を持っていた陽が残り1発の弾丸をイバラに放ち、石化装置をゲット！最強武器を手に入れて喜ぶ陽だが、イバラも必死に奪還を狙う。一方、石化から復活した氷月は、天性の強さを誇るモズとの戦いに苦戦を強いられていて……。

イバラの策略により、石化の光で覆われていく宝島。科学王国の仲間たちや島民も次々と石化され、船上で光を免れたイバラだけが生き残った。しかし、勝利を確信したイバラが島に上陸すると、そこにはたった一人、科学で石化装置に打ち勝った千空が立っていた！遂に石化装置を巡る宝島での戦いも、千空vsイバラの大将戦クライマックスを迎える……!!

ドローンを使った三次元の戦いで、遂にイバラとの大将戦に勝利した千空。早速クロムを復活液で目覚めさせ、他の仲間たちも次々と復活させていく。潜入先で深手を負った銀狼と、共に石化したコハクも無事目覚め、千空と再会を果たす。そんな中、科学王国にいるルリと無線で連絡を取る千空たちは、突如、通信を遮断され、衝撃的なメッセージを受信する！

数百年の石化から目覚めた松風によって、かつて石化装置は、ある日突然空から大量に降って来たという情報をゲットした千空。謎の通信を繰り返すホワイマンは月面にいると確信し、ホワイマンの正体を突き止める為、月に行くと宣言する！まずは科学王国へと戻る為、出航の準備を進める千空たちだが、頭首の息子であるソユーズは、複雑な想いを抱えていた……。

宝島に残るソユーズたちと別れ、科学王国へと帰還した千空たち。ルリや未来との再会を果たし、早速ゲットした石化装置で、コールドスリープされた司を目覚めさせようと試みる。しかし、石化装置は既にエネルギー切れの可能性があり……。