ルフィの夢の果て──それを初めて知った麦わらの一味。最後のロードポーネグリフを発見できればラフテルに辿り着けるが、その手がかりが全くないのだった。

新たな冒険へと出港した麦わらの一味は、海上で巨大なサメと遭遇する。その勢いでルフィ、チョッパー、そして海中から出て来た謎の少女は海に落下してしまう。

サニー号を持った巨大ロボから出て来たのがドクター・ベガパンクと知り、興奮するフランキー。一方、サンジはドクター・ベガパンクが美女であることに興奮する。

世界政府の船がエッグヘッドへ向かっている。船内では、ロブルッチ、カク、ステューシー……サイファーポール・イージス０の三人が話し合っていた。

新世界「勝者島」にて、最悪の世代・黒ひげとローの激突！悪魔の実狩りで次々に仲間たちを能力者に変えてきた黒ひげはロード・ポーネグリフを狙ってローを強襲してきた。

くまの姿をしたパシフィスタが、ルフィ、ジンベエ、チョッパー、ボニーを捕らえようと襲い掛かって来た。攻撃を繰り返すパシフィスタに、ジンベエは反撃を試みる。

セラフィム・Ｓ-シャークが、ラボ内部のナミたち五人に襲いかかった。攻撃を食らったナミを見たサンジの怒りが爆発し、ロビン、ウソップ、フランキーとともに反撃する。

ベガパンクのサテライトの一人・シャカによって明かされる、歴史から抹消された王国の真実。それはロビンの故郷であるオハラが滅びた理由とも関係していた。

「オハラの意志は生きている」シャカの言葉に涙をこぼすロビン。さらにシャカは、バスターコールによって廃墟となったオハラでとある人物と遭遇したことを語りだす。

スクラップ場で語られる、ベガパンクの過去。なんとルフィたちの目の前に佇む巨大なロボットは、かつて聖地マリージョアを襲った伝説の鉄の巨人だった。

エッグヘッド近海では、サイファーポールの船とシービーストウェポン達が対峙していた。撤収を要請するピタゴラスに埒が明かないとみたルッチは強襲を決行する。

エッグヘッドに上陸を果たしたルッチたち、CP0。対抗するベガパンクだったが、成すすべもなく倒されてしまう。そこにルフィたちが駆け付ける。

ギア５を発動するルフィに、ルッチも覚醒し、激化する戦闘。その最中、背中を貫かれ戦桃丸が倒れる。追撃を加えようとするルッチだったが間一髪、ルフィが防ぐ。

ドクター・ベガパンク抹殺をもくろむＣＰ０のルッチ、カク、ステューシー。戦桃丸が倒され、強力な攻撃力を有するセラフィムは再びＣＰ０のものとなってしまう。

エッグヘッドの雲の上に停泊しているサニー号とベガフォース１を発見したCP０。船を破壊しようと攻撃を放つカクだったが、ゾロがそれを迎え撃つ。

研究層内のある部屋で肉球型のエネルギー体を見つけたボニー。引き寄せられるように近づくボニーをベガパンクは制止する。エネルギー体には秘密が隠されていた。

突如、カクとルッチを無力化する、スチューシー。実はスチューシーは、２０年以上に渡って諜報機関に潜伏していたドクター・ベガパンク側のスパイだった。

ベガパンク逃走を阻止すべく、エッグヘッドの工場層を制圧したＣＰ０諜報員。さらに施設を破壊しようとするも、どこからか放たれたレーザー攻撃に圧倒される。

エッグヘッドの研究層ルームＮＩＫＹＵでくまの記憶に潜り込むボニー。そこで、くまの悲惨な幼少期を知る。一方、ルフィ達はベガパンクを手分けして探す。

ウソップ、フランキーの前に現われたＳ-スネークは、ヨークを石に変えたばかりか、命令を無視し攻撃を続ける。シャカと連絡を取ろうとするリリスだったが……。

命令に背き、攻撃をはじめたセラフィム達。拘束したルッチとカクを守りながらの戦闘に、ルフィとゾロは苦戦する。そこにルッチから一時休戦の申し出があった。

ルッチ、カクと共闘するルフィらは、セラフィムに連続で攻撃を叩き込む。だが、平然と起き上がってくるＳ-ベア達。その姿にゾロは以前戦ったある相手を思い出す。

大将・黄猿が百隻の軍艦と共にエッグヘッドに向かっているという衝撃の事実に、驚く戦桃丸。ただ事ではない政府の構えに、ステューシーはその理由を語る。

セラフィム達の暴動の黒幕はヨークだった。あらかじめ命令を下し、ルフィらを襲うよう仕向けていたのだ。その頃、エルバフ近海でも戦闘がはじまろうとしていた。

黒ひげが支配する海賊島ハチノス。ペローナになりゆきで助け出されたコビーだったが、脱出の情報は瞬く間に知れ渡り、島中の海賊達に狙われる。

海賊島ハチノスの牢から脱出したコビーだったが、海賊達に囲まれ、窮地に陥る。一斉に放たれる銃弾に絶体絶命かと思われたが、弾丸はなぜかお花に変わっていた。

クザンは過去の出来事を思い起こしていた。かつて黒ひげ海賊団の船員を凍らせ、黒ひげとあわや一触即発の事態となった時のことを……。

苦しむ民衆を救うことに心血を注ぎ続けたＴボーン中将が襲われる。事件の引き金となったのは、クロスギルドが海兵に懸けた懸賞金だった。

カマバッカ王国に帰還したサボは、聖地マリージョア襲撃の真相を語る。革命軍の働きもあり、成功した８か国革命。だが、そのうちの一国が謎の消失をする。

聖地マリージョア・パンゲア城の護衛室ではサボが衛兵達と戦っていた。サボが全ての衛兵を倒した時、突如ドアが開く。そこに立っていたのはボニーだった。互いの目的が同じであることを知り、二人は行動を共にする。その目的とは、くまや奴隷達を拘束する錠の鍵の奪取であった。革命軍の情報を知っていたボニーは、父であるくまの解放をサボ達に託す。その時、衛兵達の追手が迫る──間一髪、ボニーと共に天井の柱に隠れるサボ。そこで、見てしまった者は消えてしまうという〝幻の部屋〟に関する噂を聞く。ボニーと共に城の外へと脱出したサボだったが、〝幻の部屋〟の件が気になり、再び城内へと戻る。 一方、パンゲア城の玉座の部屋では、コブラが世界政府の成り立ちとネフェルタリ王家の謎について、五老星に問いかけていた。しかし、「８００年も昔の話」とサターン聖は取り合わない。 パンゲア城の社交の広場では、リュウグウ王国王女しらほしをチャルロス聖の命令を受けたくまが鎖で拘束していた。その様子を黙って見ているしかない他の国の王族達。しらほしの兄、フカボシ、マンボシ、リュウボシが助けに来るも、くまに返り討ちにされてしまう。それでもなんとか立ち向かおうとするフカボシ達であったが、そこへドレスローザのレベッカ＆レオ、八宝水軍１３代棟梁サイと世界貴族ドンキホーテ・ミョスガルド聖が駆け付ける。レオとサイの強烈な攻撃を浴びたチャルロス聖は地面に杭の様に突き刺さった。 その頃、コブラ王と五老星のいる玉座の部屋では、突如イムが現れ、「リリィ」と呟くと、誰も座ることが許されないはずの〝虚の玉座〟に座るのだった。

パンゲア城の玉座の間にて、コブラ王の目の前にイムが姿を見せた。イムの言葉に、コブラはこの部屋から生きて出ることは叶わない……と確信する。さらに、その思いを裏付けるように五老星達も言う。「イム様の姿を見た瞬間から、運命は決まっている」。 ついにイムによって、体を貫かれるコブラ。そこに、サボが火拳と共に飛び込んできた。そして、イムと五老星に向かって『王手飛車』の攻撃を放つも、イムは姿を変化させると、炎を噛み砕いてしまう！ さらには、五老星達も続々と能力を発動。姿を変え、サボを包囲するように迫りくる。応戦するサボに、コブラは息も絶え絶えに「キミはルフィ君の兄だな」と呼びかける。さらに「彼は恩人だ」とコブラが告げると、サボは「ルフィらしい」と笑うのだった。コブラと共に脱出を試みるサボだったが、そこにイムが攻撃を仕掛ける！ 絶体絶命の中、コブラはサボに、ルフィとビビへのメッセージを託す。「我々も、Ｄである」と──。その言葉にサボは、エースとルフィの名前に「Ｄ」が入っていることを疑問に感じていた過去を思い出す。 コブラはサボを逃がすため、イム達の前に立ちはだかる。そんなコブラの覚悟を無駄にするまいと、サボはその場を後にする。 そして、この悲劇を偶然にも目撃していた人物がいた。ワポルである。衝撃的な場面に怯え、ワポルは一目散に逃げだす。その最中、思いがけずCP0にとらわれていたビビを助け出すと、妻のキンデレラも無視して、ひた走るのだった。

行方不明になったコブラとビビを探して、イガラム達従者がマリージョアを駆け回るが一向に手がかりを得られずにいた。渦中のビビはワポルとともに、世界会議を終えた王族の船でマリージョアから脱出しようとしていた。なおも不安なワポルはモルガンズに連絡、匿ってもらう算段をつける。マリージョアを離れる王族の船には、傷ついたサボや腹をすかせたボニーなどが、それぞれ別の船で密航をはかっていた。 一方、パンゲア城では、イムと五老星がエッグヘッドへの対応策を講じていた。イムは、ベガパンクが作った『マザーフレイム』の使用を許可、その実験対象にルルシア王国を指名する。「国民に反乱の兆候があるルルシアを一瞬で消すことは、他国への見せしめにもなる」と五老星も同意する。 ルルシア王国には、密航したサボがたどりついたところだった。この国は革命軍によって反乱が起こりつつあり、王族の船の到着直後に国王夫妻は国民によって囚われてしまう。サボは革命を志す国民達とともにルルシアを脱出するが、船が離れた途端に、『マザーフレイム』の閃光がルルシアを包み込み、島を消滅させるのだった。 これがカマバッカ王国に帰還したサボが語った、一部始終である。サボの話を聞き終えたイワンコフは、イムという名前に聞き覚えがあると口を開く。突拍子もない話と言いつつもイワンコフは、「８００年前、世界を創造した最初の２０人の中に、『ネロナ家のイム聖』なる人物がいた」ことを語る。果たして、イムは同一人物なのか。そしてこの日、マリージョアでミョスガルド聖の処刑が執行された。指揮をとったのは神の騎士団の一人、フィガーランド・ガーリング聖である。

海軍 G1 支部・近海廃船場。ジャンゴとフルボディ、ブランニューは異様な形の戦艦を見上げていた。打ち捨てられた戦艦は、装甲が大きく凹んでいる。しかも同じ状態のものが二つ並んでいた。凹んだ軍艦は、ガープとクザンの『軍艦バッグ』であった。サンドバッグ代わりに軍艦を毎日殴り続けていたのだ。ブランニューは語る。 「英雄達の強さは、生まれ持ったものじゃない！」 ハチノスではコビーと合流したガープ達が、海賊と戦っていた。サンファンウルフをふっ飛ばし、ハチノス脱出を目指すガープ。しかしその時、行く手を塞ぐようにクザンが現れる。対峙するクザンとガープ。ガープはコビーとヘルメッポ、グルスを先に海岸へ行かせようとする。そこに突如悲鳴が響き渡った。海賊に襲われている女性を発見し、助けに行こうとするコビーだったが、それは罠だった。隙を突き、透明化したシリュウがコビーに襲いかかる。しかし危機一髪のところでガープが盾となった。だが、さしものガープも深手を負ってしまう。弱ったガープの姿に、海賊達が一斉に襲いかかる。 いち早くガープの元へ駆けるのはクザンだった。クザンとガープの目が合い、一瞬のうちに過去の出来事が走馬灯のようによぎる。かつてクザンが海兵だったころ、ガープとクザンは師弟関係だった。軍艦バッグの前に二人並んで修業をし、苦楽を共にしていた。 しかし現在の二人は、お互いを睨み合い、拳を振り上げていた。二人の拳が交わり、覇気が炸裂する。一方、ハチノスから脱出しようとする海軍の船に、ピサロのシマシマの実の能力で作られた超巨大な腕が迫り来る――。

海賊島・ハチノスでは、ガープ達と黒ひげ海賊団との激しい戦闘が続いていた。 深い傷を負ったガープの姿に、コビーはかつて海軍本部で受けたガープの授業を思いだす。シマシマの実の能力を使って巨大な右腕を伸ばし、孔雀やたしぎ達の乗った軍艦を押しつぶそうとするピサロ。軍艦は砲撃を続けるが、右腕はびくともしない。ガープはコビー、グルス、ヘルメッポの三人に、ピサロの右腕を破壊して軍艦を守れと命じる。すぐさま行動に移るコビー達。右腕を駆け上がるが、黒ひげ海賊団がそれを阻む。だが、ヘルメッポが身を挺して彼らを撃退した。 一方、ガープもピサロの本体に接近すると〝拳骨唐竹割（ギャラクシーディバイド）〟を食らわす。衝撃と痛みでピサロに一瞬の隙が生じる。その隙をつき、ピサロを攻撃するコビー。ガープを見習い、つらく厳しいトレーニングを続けてきた成果が〝実直拳骨（オネスティインパクト）〟となって放たれたのだ。 粉々に砕けるピサロの右腕。その落石をグルスが〝粘土（グニョ）の巣〟で受け止め、軍艦を救う。コビー、グルス、ヘルメッポは軍艦に到着し、あとはガープの帰還を待つだけとなった。だが、ガープはクザン達に包囲されていた。 「人の未来を救え、前進せよ」というガープの教えを胸に刻み、コビー達はガープと別れ、海賊島を後にする……。

一夜明け、世界中が驚くニュースが報じられた。海賊島で消息不明のガープ中将、そして四皇麦わらのルフィ立てこもり事件。そんな中、地震が発生。世界各地は混乱に包まれる。 一方、深刻な状況はエッグヘッドでも。ベガパンクを狙う海軍は、バスターコールを凌ぐ戦力で、大将黄猿と共に島を取り囲んでいた。 未だ、ルフィ達の行方が知れぬ中、エッグヘッドからどこかへ向けた通信電波が傍受される。通信先は、聖地マリージョア五老星。それはヨークからだった。ヨークは『マザーフレイム』の製造方法を交渉材料に、自身の身の安全と研究所を傷つけないこと、そして自らを天竜人にすることの約束を取り付ける。しかし、次のヨークの言葉は、五老星達を驚かせた。「あたいを助けて！　麦わらのルフィに殺される～～～！！」。 ヨークは麦わらの一味によって拘束されていたのだった。そこにはボニー、ベガパンクにサテライト達、ルッチ、カクの姿もあった。依然、エッグヘッドは海軍に囲まれており、脱出が危ぶまれる。そんな状況の中、ルフィには何か秘策があるようで……。エッグヘッド脱出作戦が始まろうとしていた。

「Dr.ベガパンクはおれ達が貰った!!!」 五老星に対し、ヨークの命と引き換えにエッグヘッドを包囲する船をどけるよう要求するルフィ。セラフィム達は捕らえ、石化されていたフランキーらも無事元に戻った。あとはフロンティアドームの解除ができれば、ベガフォース0１とサニー号の〝クー・ド・バースト〟で海軍の包囲網を抜け脱出できる。そして目指すは、巨人島エルバフだ。そのためには、なによりもまずヨークが設定した暗証コードを解かなければならない。ベガパンクがコード解除を試みる間、ルフィ達はサニー号を島の裏側に運ぶために走り出す。 一方、ルフィの要求を受けたサターン聖は、部下に『ヨークの身柄』『パンクレコード』『パワープラント』以外は失ってもいいと指示する。島にはまだサイファポールが残っていると戸惑う海兵だが、サターン聖は冷たく言い放つ。 「人間の命など『虫』だと思え。減ってもすぐに繁殖する……！」 さらにロブ・ルッチからの密告により島内部の情報を得たサターン聖とボルサリーノ。ピカピカの実の能力者であるボルサリーノならば、ベガパンクを守る戦桃丸を飛び越えてフロンティアドームに侵入可能だが……。立ち塞がる戦桃丸に筋を通すため、ボルサリーノは先陣を切って島に突入する！

海軍の大艦隊に包囲されたエッグへッド。大将黄猿が先陣を切り、戦桃丸と衝突する。これをきっかけに、中将達も動き出し、パシフィスタやシービーストウェポンらが応戦する。 ラボフェ－ズ司令室で、モニター越しに海岸の様子を見ていたウソップ達は迫る海軍に大慌てするが、ベガパンクは威権順位の高い戦桃丸がパシフィスタ軍団を率いている以上、島の防御は鉄壁だと言う。 激しい戦闘の最中、黄猿は二十数年前の戦桃丸との出会いを思い起こす。そして、容赦なく親友である戦桃丸を倒すと、彼の持つ『威権チップ』を奪い取るのだった。威権順位が移り、黄猿はパシフィスタにシービーストウェポンの撃沈を命令し、形勢逆転。続いて黄猿はレーザーのバリアを通過し、ドーム内に侵入。ベガパンクを消すために動き出す。 事態を知ったウソップ達は大混乱。次の瞬間、ルッチがベガパンクに迫る。間一髪でステューシーが間に入り、身代わりとなって倒れた。一方、サニー号を運んでいたルフィ達の前に、黄猿が現れる。すかさず、ルフィは黄猿に飛び蹴りし、「おれ達は２年前の１００倍強ェぞ」と言い放つ。

聖地マリージョアに到達したくまは、兵士達取り囲まれながらも前進を続ける。どこに向かうのか、何が目的なのか。歩みを止めることなく突き進むくまの前に、サカズキが立ちふさがる。 「自我はとうに消えた筈…!!」と、攻撃を浴びせるサカズキはだったが、くまは再びどこかへ消えてしまうのだった。 混乱のエッグヘッドでは、ルフィと黄猿の戦いが続いていた。 黄猿は姿を光に変えてルフィを翻弄、「殺してェわけねェでしょうが…!! ベガパンクとは長ェ付き合い…」と呟きながらルフィを派手にぶっとばす。ルフィは、サニー号を運ぶベガフォース01をブチ抜き、さらにはバリアまで突き破って外に飛び出してしまった。 その頃、研究層指令室では、ベガパンクがエジソンと共にフロンディアドームの解除に成功していた。沸き立つ一同だったが、突如黄猿が姿を見せ、騒然となる。絶体絶命かと思われたその時、軽快なリズムを響かせながら、ルフィが舞い戻る！

ベガパンクの目前に迫っていた黄猿を間一髪のところで掴んだルフィは、そのまま投げ飛ばす。ルフィが黄猿を止めているうちに、逃げる準備を始める一同。アトラスはパシフィスタの『命令権』を奪うため、工場層へ向かおうとする。島を脱出する際、バリアを解いた途端にレーザーで攻撃されるのを防ぐためだ。それに同行すると言い出すベガパンク。ベガパンクは、黄猿によって工場層へ落とされたボニーを心配していた。 島外まで吹っ飛ばされた黄猿は、〝八尺瓊勾玉〟によって体を光に変え、エッグヘッドに復帰、ルフィとの変幻自在の激戦が始まる。戦いの最中、ルフィの隙を突き、ウソップからベガパンクの居場所を聞き出そうとする黄猿。その時、研究層を突き破り、ベガタンクが飛び出す。ボニーを助けるため、ベガパンクは工場層へ向かおうというのだった。 そこに、黄猿の攻撃が飛ぶ。咄嗟に黄猿から放たれたビームを食べるルフィだったが、口と目、耳、鼻の穴からも光が噴射！　「熱っつ～～～!!!」と叫ぶルフィをしり目に、無事研究層を抜け出したベガパンク達を、今度はパシフィスタの照準がとらえる。アトラスは声高らかに叫んだ。「全パシフィスタよ！　ベガパンクより命令を変更!!　 島の海兵を一掃せよ!!!」

アトラスの命令を受け、再びベガパンクの指揮下に入るパシフィスタ達。だが、海軍中将のブルーグラスはノリノリの実の能力でパシフィスタの一体をコントロールし、ボニーを襲わせた。父親であるバーソロミュー・くまの記憶が脳裏をよぎり、動けなくなるボニー。絶体絶命のボニーのもとへサンジが駆けつけ、間一髪で救う。 一方、研究層で黄猿と戦いを続けていたルフィは、不気味な〝気配〟を感じ取る。その直後、「止まれ……パシフィスタ」という声が島内に響いた。一斉に動きを止めるパシフィスタ達。研究層に巨大な魔法陣が出現し、凄まじいエネルギーが放出され、妖怪のような姿をしたジェイガルシア・サターン聖が出現する。 ボニーを救い出し、工場層からの離脱を試みるベガタンクを黄猿のレーザーが襲う。すんでのところでレーザーを回避するも、ベガタンクはそのまま落下してしまう。さらなる追撃をかけようとする黄猿に〝ゴムゴムの白星銃（スターガン）〟を浴びせるルフィ。だが力尽き、黄猿とともに地上に落下してしまう。落下の衝撃でベガタンクの外へ投げ出されたサンジ達。その眼前に立ちはだかるサターン聖。目を覚ましたボニーの脳裏に、再びくまの記憶がよみがえる。くまの思いを胸に、ボニーはサターン聖に刃を突き立てた。