トレヴァンテは２年前に去った時とは異なる地球に帰還する。ジャミラはこの新しい世界に適応しようと奮闘する。

謎めいたエイリアンの信号により、潜伏していたミツキは姿を現すことを余儀なくされる。ニキルは忠誠心が試される仕事を任される。

アニーシャとクラークの平穏な生活はトレヴァンテとジャミラの訪問によって覆される。ミツキとニキルはポータル基地で答えを探す。

ジャミラとクラークは、インフィニタスを調べ始めたアニーシャを探そうとする。トレヴァンテ、ミツキ、ニキルはWDCの極秘任務に駆り出される。

トレヴァンテ、ミツキ、ニキルは危険な状況から逃れるために戦いを強いられる。アニーシャ、クラーク、ジャミラはインフィニタスと行動を共にする。

エイリアンの侵略が始まった２年前、ヴァーナとジョエルはインフィニタス台頭の火つけ役となった。

部隊はデッドゾーンにたどり着くが、そこには新たな脅威が待ち受けていた。

予想だにしない道遇により苦難の旅へと導かれるミツキ。そこで信仰の危機を目撃する。

トレヴァンテの記憶が戻り衝撃的な真実が明らかに。ミツキはエイリアンへの疑念にさいなまれる。WDCとインフィニタスは戦闘に突入する。

シーズン最終話。トレヴァンテ、ジャミラ、ニキルはエイリアンによる最も深い恐怖に対峙する。アニーシャはインフィニタスに挑む。ミツキは世界を変える決断をする。