尾張中村の貧しい農家に生まれた小一郎（仲野太賀）は、田畑を耕し土とともに生きる暮らしに満足しながら日々をすごしていた。ある日、野盗の集団が村を襲い、幼なじみの娘・直（白石聖）が連れ去られそうになる。そのピンチを救ったのは８年ぶりに村に帰ってきた兄の藤吉郎（池松壮亮）だった。若き戦国武将・織田信長（小栗旬）に仕官し、大出世を夢見る藤吉郎は、小一郎に自分の家来になるよう願い出る。

故郷の中村に戻った小一郎（仲野太賀）は、直（白石聖）の縁談が決まったことを知る。自分の気持ちを押し殺して喜ぶ小一郎に、寂しげな表情を浮かべる直。一方清須では、尾張統一を目指す信長（小栗旬）が岩倉城攻めを決行する。清須での居残りを命じられた藤吉郎（池松壮亮）は、信長の妹・市（宮﨑あおい）から呼び出しを受ける。そしていよいよ直の祝言の日。花嫁姿の直が突然、小一郎の前に姿をあらわす。

故郷の中村をあとにした小一郎（仲野太賀）、藤吉郎（池松壮亮）、直（白石聖）の３人は織田信長（小栗旬）の城下町・清須にやってくる。織田家臣の浅野長勝（宮川一朗太）のもとに挨拶に訪れるが、その場で直は長勝の娘・寧々（浜辺美波）の侍女になることが決まる。兄弟の二人三脚の暮らしが始まるが、藤吉郎は小一郎にある秘密の計画を打ち明ける。そしてついに今川義元（大鶴義丹）の大軍が尾張に向けて進軍を始める。

ついに信長（小栗旬）が出陣の決断を下し、小一郎（仲野太賀）と藤吉郎（池松壮亮）は対今川軍の前線基地である善照寺砦に向かう。兄弟にとって初めての大戦が始まるが、彼らの真の狙いはかつて父の命を奪った城戸小左衛門（加地将樹）を討ち果たすこと。信長は善照寺砦に集まった兵たちを前に檄を飛ばし、決戦の地である桶狭間へ向かう。城戸を討つ千載一遇のチャンスを前にした兄弟の決断とは！？

小牧山城に拠点を移した信長（小栗旬）は、織田家中で御前試合を開くことを決定。小一郎（仲野太賀）は、試合で藤吉郎（池松壮亮）のライバル・前田利家（大東駿介）の鼻を明かすべく、一計を案じる。そんな２人に、信長は美濃攻めに不可欠な鵜沼城の調略を申し付ける。だが鵜沼城主・大沢次郎左衛門（松尾諭）は、これまで誰の説得にも応じていないという。果たして小一郎たちは、大沢の心を動かすことができるのか？

大沢（松尾諭）に信長（小栗旬）の暗殺を企てたという疑いがかかった。小一郎（仲野太賀）の機転で、その場での手打ちは免れるが、このままでは鵜沼城に残った藤吉郎（池松壮亮）の命が危ない。翌日までに大沢の無実を証明することになった小一郎は、調査に奔走しつつ、市（宮﨑あおい）に信長への口添えを頼む。だが市はそれを断り、信長のある過去を語って聞かせる。翌日、手詰まりの小一郎は信長の前で驚きの行動に出る。

藤吉郎（池松壮亮）は晴れて寧々（浜辺美波）と夫婦に。だが祝言の日、直（白石聖）が中村に帰ると言いだし、小一郎（仲野太賀）は戸惑う。一方、美濃攻めに乗り出した信長（小栗旬）に対し、藤吉郎は要衝・墨俣の攻略を買って出る。小一郎は攻略の秘策を思いつくが、実現には尾張と美濃の国境を仕切る川並衆の協力が必要。２人は、川並衆の棟梁・蜂須賀正勝（高橋努）とよしみのある織田家臣・前野長康（渋谷謙人）に仲介を頼む。

小一郎（仲野太賀）らは墨俣へ出陣。だが信長（小栗旬）の真の狙いは墨俣ではなく、美濃三人衆の一人・安藤守就（田中哲司）が守る北方城だった。藤吉郎（池松壮亮）は、美濃国主・斎藤龍興（濱田龍臣）の目を北方城から逸らすための捨て石と承知の上で、墨俣に砦を築く大作戦に着手する。一方、直（白石聖）は、小一郎と夫婦になる許しを得るため中村に戻る。意外にも父・喜左衛門（大倉孝二）から手厚く迎えられるが…

直（白石聖）の死を悼む間もないまま、小一郎（仲野太賀）は美濃国主・斎藤龍興（濱田龍臣）の家臣、竹中半兵衛（菅田将暉）の調略に向かう。だが知恵者と名高い半兵衛は相当の変わり者で、小一郎と藤吉郎（池松壮亮）は翻弄される。その一方で、２人は斎藤家重臣・安藤守就（田中哲司）から思わぬ申し出を受ける。兄弟の報告を聞いた信長（小栗旬）は龍興の居城を包囲するも、窮地の龍興の前に半兵衛があらわれる。

信長（小栗旬）はついに美濃を攻略、半兵衛（菅田将暉）は藤吉郎（池松壮亮）の家臣となる。そんな中、足利義昭の使いとして明智光秀（要潤）が信長を訪ねてくる。さきの将軍を亡き者にした三好一族を討ち、上洛して義昭を将軍に擁立してほしいというのだ。申し出を承諾した信長は、上洛の妨げとなる浅井長政（中島歩）に妹の市（宮﨑あおい）を嫁がせ、和平を結ぶことに。市は嫁ぐ前に、あることを小一郎（仲野太賀）に頼む。

畿内を手中に収めた信長（小栗旬）は、小一郎（仲野太賀）と藤吉郎（池松壮亮）に新たな命令を下す。大和を治める武将・松永久秀（竹中直人）を介し、堺の商人・今井宗久（和田正人）らに、矢銭二万貫を納めさせろというのだ。だが堺の商人はくせ者ぞろいで、兄弟は苦戦を強いられる。そんな中、将軍となった義昭（尾上右近）を引きずり下ろしたい三好三人衆が、信長不在の機会を狙い、義昭のいる京の本圀寺を襲撃する。

信長（小栗旬）は義昭（尾上右近）に“天下人の石”と呼ばれる藤戸石を贈る。だが義昭は、信長と目指すものが違うことに気づき始めていた。一方、藤吉郎（池松壮亮）は京都奉行に就任。任務に追われる小一郎（仲野太賀）と藤吉郎は、あるとき信長に連れられ、市（宮﨑あおい）のいる小谷城を訪ねることに。長政（中島歩）と市は幸せに見えたが、裏では織田を快く思わない長政の父・久政（榎木孝明）が不穏な動きをしていて・・・

信長（小栗旬）の指示で、小一郎（仲野太賀）は守就（田中哲司）の娘・慶（吉岡里帆）をめとることに。藤吉郎（池松壮亮）は喜ぶが、慶には悪い噂があり、しかもある理由から織田家を憎んでいた。そんな中、信長は越前・朝倉氏との戦を決意。息子を朝倉へ人質に出している長政（中島歩）と会い、出陣せず後方の守りに徹してくれればいいと告げる。だが戦が始まると、長政は父・久政（榎木孝明）から朝倉方につくよう迫られる。

浅井長政（中島歩）が朝倉方に寝返ったと知った信長（小栗旬）は激高。しかし藤吉郎（池松壮亮）の機転で冷静さを取り戻し、退却を決意する。藤吉郎はわずかな手勢で、信長が京に戻るまで朝倉軍を食い止める「しんがり」を担うことになり、小一郎（仲野太賀）は、その中でも最も危険な役目を引き受ける。兄弟の命がけの撤退戦が始まる！　その頃、京で長政の謀反を知った義昭（尾上右近）は、ある決意を固めていた。