かつて、落ちこぼれだった龍山高校から東京大学合格者を輩出し、一躍時の人となった元暴走族の弁護士・桜木建二（阿部寛）。 その後法律事務所を設立し、学校再建のエキスパートとして順風満帆な弁護士人生を歩んでいた── 時は令和。偏差値32で経営破綻寸前の龍海学園で、教頭・高原浩之（及川光博）が桜木による再建案を提案する。 しかし、自由な校風を理想に掲げる理事長・龍野久美子（江口のりこ）は進学校化に反対し、意見が割れていた。果たして桜木、そして彼の元教え子であり法律事務所で一緒に働く弁護士の水野直美（長澤まさみ）は東大合格者を出し、学園を再建できるのか… そして彼らを待ち受けるのは姉思いだが将来に不安を抱え、姉と2人で両親が残したラーメン屋を手伝う瀬戸輝（髙橋海人）、何をやっても長続きしない今どき女子高生の早瀬菜緒（南沙良）、バドミントンのトップ選手の岩崎楓（平手友梨奈）など、それぞれの悩みや問題を抱えた龍海の生徒たち。桜木や水野と出会うことで、彼らの運命は大きく動き出そうとしていた──

龍海学園に東大進学を目指す特別クラス・東大専科が設立された。専科の設立も桜木（阿部寛）のやり方も気に入らない理事長の久美子（江口のりこ）は、桜木にこれ以上問題を起こさせないよう、教頭の高原（及川光博）に釘を刺す。 バドミントン部員の楓（平手友梨奈）は、大学推薦をかけた大事な大会を前に追い詰められていた。調子の上がらない原因は、コンビニでの万引きを桜木に見られたことだ。そんな楓に桜木は「お前に大会は無理だ」とだけ告げる。 一方、東大専科には、弟に劣等感を持つ天野（加藤清史郎）に続き、飽きっぽい自分を変えたいと思う菜緒（南沙良）もやって来る。水野（長澤まさみ）は２人の加入を喜び、さっそく学力テストを行うのだが…

東大合格者を見送るシンボルとして、桜木（阿部寛）が校庭に桜の木を植えた。龍海学園の龍をとって「ドラゴン桜」だ。 そんな中、東大専科には天野（加藤清史郎）、菜緒（南沙良）、楓（平手友梨奈）に続いて、偏差値が学年最下位の瀬戸（髙橋海人）も加わった。 水野（長澤まさみ）は早速ミニテストを行うが、中学レベルの問題にも苦戦する専科メンバーに、桜木はSNSを活用した勉強法を打ち出す。 一方、理事長の久美子（江口のりこ）は専科に生徒が集まり始めたことに焦っていた。 もしも東大合格者が５人出たら辞任しなければならない。早めに専科をつぶそうと、対抗する難関大コースを新設し、理系トップの秀才・藤井（鈴鹿央士）を引き入れる。 東大専科を見下す藤井に、桜木は「お前に東大は無理だ」と断言。 反発した藤井は東大の過去問を使った「東大専科」対「難関大コース」での勝負をもちかけ、負けた方のクラスは即廃止！存続を賭けた勝負は３週間後。果たしてその行方は…！？

瀬戸（髙橋海人）が学校を休んで３日。水野（長澤まさみ）や東大専科の仲間は心配するが、桜木（阿部寛）は勉強に集中するように告げ、ITを活用した勉強法を伝授する。 一方、専科に負けて難関大コースを廃止した理事長の久美子（江口のりこ）は、新たに一流大コースを設立。理系トップの藤井（鈴鹿央士）を再び取り込んで専科に対抗心を燃やしていた。 瀬戸のことが気になる菜緒（南沙良）と楓（平手友梨奈）と天野（加藤清史郎）が学校帰りに「ラーメン瀬戸屋」に立ち寄るも、瀬戸に冷たくあしらわれる。闇金から店への嫌がらせを隠そうとする瀬戸だが、そんな窮状を桜木と水野に知られてしまう… そんな中、菜緒と天野は東大を目指して勉強していることが母親にバレる。 抗議にやって来た２人の母親に、桜木は「受験生の家庭の１０カ条」を打ち出し、さらにある伝説の特別講師を呼んでいた──

東大専科は桜木（阿部寛）が招いた特別講師・柳（品川徹）による数学のスパルタ授業が行われていた。 一方、専科の生徒との勝負に負けた藤井（鈴鹿央士）は苛立っていた。一人追い詰められ、殺気立った様子の藤井を案じた理事長の久美子（江口のりこ）は、東大専科と一流大学コースで再度勝負することを桜木に提案する。 勝負は２週間後。国・数・英の３教科を大学入学共通テスト形式で行うことが決まった。負けた方のクラスは即廃止だ。水野（長澤まさみ）は実力の差があり過ぎると訴え、高原（及川光博）も専科にハンデを提案するが、桜木は「その必要はない」と言い切る。 桜木が藤井に対抗する新たな勉強法として打ち出したのはまさかの“ゲーム”！？そして、東大専科に５人目の生徒がやってくる・・・

東大専科は３日間の勉強合宿を行うことになった。桜木（阿部寛）が声をかけた麻里（志田彩良）も健太（細田佳央太）の付き添いとして参加し、先日の勝負に破れた藤井（鈴鹿央士）も約束通りやって来た。 合宿初日、１６年前に地獄の合宿で飛躍的に成長した経験をもつ水野は、地獄のカリキュラムを発表する。しかし、桜木が発表したカリキュラムは驚くべきものだった！そしていよいよ始まる東大専科の合宿。受験に挑むために最適な食事、運動、生活習慣などあらゆるメソッドを駆使し、令和の合宿に挑む一同。藤井、麻里の存在が彼らに与える影響とは… そして更なるレベルアップを目指し、桜木はくせ者の国語講師を招へいする。東大合格に向けて着実に前進しているかにみえる彼らに不穏な空気がただよっていた…

東大専科の７人が東大模試を受けることになった。模試で合格の見込みがないと判断された者は専科をやめなければいけない。今の学力では何人かは最低のＥ判定になることは明白だ。桜木（阿部寛）が出したあまりに高いハードルに、生徒たちは混乱し、水野（長澤まさみ）も不安に襲われる。 模試に備え、新たに桜木が招へいした英語の特別講師によるリスニング力強化のための驚くべき勉強法が始まる。さらに桜木は、模試に役立つ「東大模試６カ条」を授けるが、菜緒（南沙良）と天野（加藤清史郎）は、焦りから追い詰められていた。 模試当日、プレッシャーに押しつぶされそうな７人は、それぞれの思いを胸に会場に向かう。 一方、龍海学園では先代理事長・恭二郎（木場勝己）が、何やら新たな動きを見せていた…。

東大合格者が５人出たら学園は売却される…。 桜木（阿部寛）宛に送られてきたファイルから、先代理事長・恭二郎（木場勝己）による久美子（江口のりこ）の理事長退任と学園売却計画が発覚。その背後に不穏な動きもあり…。 最大の危機に見舞われる一方で、桜木は生徒７人にオーダーメイドの勉強法を伝授する。それぞれの学力を考慮した受験科類と選択科目の提案、それに合わせた攻略法だ。また、水野（長澤まさみ）からは夏休みを前に変わった対策法が伝授される。 そんな中、楓（平手友梨奈）は一人悩んでいた。桜木はその様子に気づくが…そして、アクシデントが楓を襲う。 さらに、桜木の前に意外な人物が現れる…

大学入学共通テストまでのカウントダウンが始まった。 今までに招へいした特別講師陣たちと試験に向け追い込みに入っている生徒たちに、桜木（阿部寛）はいよいよ共通テストの出願書を渡す。 そこで決意の表情を見せる専科メンバーに、桜木は「共通テストの心構え５か条」を授ける。 そして迎える共通テスト本番。 ６回の模試を乗り越えてきた瀬戸（髙橋海人）をはじめとする、東大専科の生徒たちの決戦の時が来た。 しかし、彼らをただならぬ緊張とプレッシャーが襲う。 共通テストを終えた瀬戸に襲いかかる試練･･･藤井（鈴鹿央士）の決断とは！？ 一方、水野（長澤まさみ）は弁護士として、学園の売却を阻止する方法を必死に探っていた。 学園の先代と直接対決を迎える桜木たち。 さらに、桜木・水野に襲いかかる驚愕の真実が･･･。

２次試験が迫る中、桜木（阿部寛）はますます厳しい状況に追い込まれていた。 学園買収には教頭の高原（及川光博）が関わり、坂本（林遣都）と米山（佐野勇斗）も加担していた。 水野（長澤まさみ）は心を痛め、久美子（江口のりこ）は「生徒たちのために奇跡を起こして」と桜木に頼む。 共通テストで思うような点数が取れなかった藤井（鈴鹿央士）は、ある決意を桜木に伝える。 専科から離脱した瀬戸（髙橋海人）は、果たして…。 ２次試験に向けてラストスパートに突入する東大専科。生徒たちは、最後の追い込みで東大の過去問を必死にやり遂げる。 そんな生徒たちに桜木が用意した大逆転の秘策とは？果たして、結果は？ そして、龍海学園の行く末は…？