文科省官僚の御上孝（松坂桃李）は私立隣徳学院3年2組の教壇に立っている。 29人の生徒を前に、御上の授業が始まる。その場にいる29人の生徒は、それぞれの想いをもって、向き合っていくのだが、御上が投げかけるある問いが、波紋となり、生徒たちをつき動かすことになるーー。

試験会場で起きた殺人事件と自分がリークした不倫記事は関係がある。御上（松坂桃李）の言葉が気になった報道部の神崎（奥平大兼）は、隣徳学院を辞めた教師・冴島（常盤貴子）に会いに行く。 事実が明らかになる中で、神崎の記事について生徒たちに討論させる御上。同じ頃、文科省の塚田（及川光博）と槙野（岡田将生）が、動き出す――。 殺人事件、不倫記事、隣徳、文科省、これらには一体どんな関係があるのか、そして殺人犯の目的とは――。

殺人犯・真山弓弦（堀田真由）に面会した御上（松坂桃李）は、事件がこの世に及ぼした影響について語る。御上はなぜ真山のもとを訪れたのか。 一方で、神崎（奥平大兼）は自分が書いた記事の真実を知るために冴島（常盤貴子）に食い下がるのだが･･･。 御上の存在が３年２組を徐々に突き動かしていくのだが、反発も当然生まれていく。対して御上はどのように生徒を導いていくのだろうか。 そして、ついに御上の過去が明かされる――、御上の前に度々現れる謎の青年の正体とは。

冴島（常盤貴子）と国家公務員採用総合職試験会場で起こった殺人事件の関係が公になり、神崎（奥平大兼）は責任を感じ冴島のパート先を訪れるが、すでに辞めた後だった。 そんな中、教室では御上の提案で、生徒たちは議論を始める。 また、隣徳学院に届いたヤマトタケルを名乗る人物からの一枚のFAX、是枝（吉岡里帆）は自分なりの答えに辿り着き――。

神崎（奥平大兼）が御上（松坂桃李）と共に、ついに弓弦（堀田真由）と面会できることに…。明かされる弓弦の過去。心を閉ざす彼女に神崎はどう対峙するのか！？ 一方、3年2組は高校生ビジネスプロジェクトコンクールに向けて動いている。しかし、ここにも大人社会の権力の構図が影響していた。生徒たちは、忖度をもぶち破るプレゼンを目指して議論を深めていくのだが… 生きていく上で、考えなくてはならないことが詰まったエピソード、そして、御上に突きつけられる試練…

週刊誌に記事が出て、生徒たちは御上の兄・宏太（新原泰佑）のことを知る。 「昔のことだ」と、生徒からの問いに答えない御上だが、御上の過去を知るある人物の後押しもあり、静かに口を開く。 果たして御上は何を語るのか――。

ヤマトタケルから3通目のFAXが届き波紋を広げる中、文科省では、津吹（櫻井海音）に悲劇が訪れる。目の当たりにした槙野（岡田将生）は…。 一方、椎葉（吉柳咲良）が行っていたことが判明し、学校は退学処分を下す。心配する生徒たちに御上（松坂桃李）は、椎葉の問題が、社会問題とも通じていることを提起する。 問題に向き合った生徒たちは、思いもよらぬ行動に出る。

御上（松坂桃李）に対して文科省への帰還命令が下される。3年2組の成績が落ちてきたことで、保護者たちが問題視していると言うのだ。生徒たちは反発し、御上を救う方法を考え始める。 そんな中、悠子（常盤貴子）の事件を調べていた神崎（奥平大兼）と次元（窪塚愛流）は、ある人物にたどりつく――。 そして、神崎の記事など学校の機密をリークしていた人物が明るみになり、御上と是枝は、攻撃を仕掛ける。御上と生徒たちによる、権力をぶち壊すための最終決戦が幕をあける。

「助けて」という富永（蒔田彩珠）の元に向かった御上（松坂桃李）と次元（窪塚愛流）、彼らが目にしたのは、聡明で、明るい彼女とは程遠い、苦しみを抱えた姿だった…。 そして悠子（常盤貴子）から語られる隣徳学院で起きた出来事、戸倉樹（高橋恭平）が抱えていた苦悩が明かされ、明らかになり始める隣徳の不正。 そして遂に、3年2組の中に不正入学をした生徒の名前が明かされ、ヤマトタケルが姿を表す。その人物は、本当に味方なのか、それとも敵なのか――。 エピソードはいよいよにファイナル直前、最大のクライマックスを迎える――。

隣徳学院と霞が関と永田町をつなぐ不正の証拠はそろった。 そしてその不正には、千木良（髙石あかり）が巻き込まれていた。 大人たちが、自分たちの利権欲しさに踏み躙ってきた子供たちの未来を、 御上（松坂桃李）は取り戻すべく、生徒たちと考え、立ち向かっていく。 そして迎える卒業の日、最後の授業。 3年2組を待ち受けるのは、未来の光か、それとも――。