ウォーカーの大群が押し寄せ、農場を追われたリック一行はひと冬を越し、ローリの出産が間近に迫っていた。仲間の絶対的リーダーとなったリックだが、シェーンを殺したことでローリとの間には壁ができていた。長期滞在できる場所を求めて転々とするうちに、思いがけず刑務所を見つける。柵に囲まれており、中のウォーカーを一掃すれば、安全に生活し出産もできると期待するが、そこには予想を超える数のウォーカーがいた。

ウォーカーにかまれたハーシェルの脚を、リックはとっさの判断で切断した。キャロルたちが懸命に手当てするが、なかなか意識が戻らない。一方で、刑務所の食堂に閉じ込められていたウォーカーでない５人の囚人を発見。彼らは外の様子をまったく知らずに過ごしていた。食料の半分をもらう代わりに、新たな独房棟のウォーカーを一掃し、彼らの居場所の確保に協力することにするが、リックは暴力的な1人の男に脅威を感じていた。

アンドレアとミショーンの目の前でヘリコプターが墜落し、そこへ男たちが乗った車が近づいて来た。ヘリの中を確かめる彼らは、生存者を助けているようにも、とどめを刺しているようにも見える。身を潜め様子をうかがう２人に背後から近づいたのは、アンドレアの知る人物だった。彼らの集落へ連れて行かれた２人は、そこでウォーカーから隔離された街ウッドベリーの存在を知る。この街のリーダーは“総督”と呼ばれる男だった。

刑務所で暮らし、平穏な日々を取り戻したかのように見えるリックたち。生き残った囚人から仲間に入れて欲しいと懇願されるが、２人を信用できないリックは受け入れない。そんな中、突然ウォーカーが襲ってくる。誰かがゲートを開けたのだ。男たちが塀の外からすぐには駆けつけられず、散り散りに逃げることに。さらに追い打ちをかけるように大音量の警報が鳴り始める。そしてカールと逃げていたローリに陣痛が始まってしまう。

ローリを失ったリックは１人でウォーカーのいる棟に入っていき、ウォーカーを殺し続けていた。グレンが呼び戻そうとするが突き放し、聞く耳を持たない。ウッドベリーではパーティーが開かれ、住民は穏やかで楽しい日々を過ごしていた。しかし不信感を抱くミショーンは総督の住居を探り、ウォーカーたちが捕らえられた牢を見つける。この街は何かがおかしいと確信したミショーンはアンドレアを説得し共に街を出ようとする。

リックが１人でいる時に刑務所へ電話がかかってきた。かけてきたのは若い女性で、仲間とウォーカーのいない安全な場所にいると言う。リックは受け入れてくれないかと打診するが、彼女は仲間と相談しないと分からないと言い、懇願するリックを無視し電話を切ってしまう。メルルは森へ去ったミショーンの捜索に出ていた。街を出た者を抹殺するためだったが、そんな街の闇の部分に気づかないアンドレアは総督との関係を深めていた。

メルルはグレンとマギーをウッドベリーへ連れていき、仲間の居場所を聞き出そうとグレンに拷問を加えていた。連行現場を目撃していたミショーンは刑務所に向かい、２人が連れ去られたことを打ち明け、リックたちと共にグレンとマギーを救うべく街を目指す。ウッドベリーのミルトンはウォーカーには記憶が残っていると信じ研究を続けていた。それを証明するため、街の病人を被験者にし、アンドレアの前で転化の実験を始める。

グレンとマギー救出のため、ウッドベリーに侵入したリックたち。アンドレアに見つかってしまうことを恐れた総督の命令により処刑される寸前の２人を見つけ出すものの、激しい銃撃戦になってしまう。一方、刑務所では女性の叫び声が聞こえる。数名のグループがウォーカーから逃れ、中に入ってきたようだ。そのうちの１人はウォーカーに噛まれ、瀕死の状態。彼らを誘導し助けたのは、父に代わって仲間を守っていたカールだった。

総督の策略で命を懸けて戦わされるダリルとメルル。町民も「殺せ」と怒号を浴びせ異様な光景が繰り広げられる。アンドレアは兄弟の殺し合いを止めようと総督に詰め寄るが、興奮した群衆を収めることはできない。そこへリックたちがダリルを奪還しようと戻ってくる。メルルの誘導もあり、町からの脱出に成功するが、メルルを絶対に許さないというグレンとダリルが対立。兄も仲間に受け入れなければ自分も兄と共に去ると告げる。

ウッドベリーの町民に背を向ける総督に代わって、彼らをなだめたアンドレア。総督は君こそ指導者にふさわしいとアンドレアに総督の代理を頼むが、一方でミルトンに彼女を見張れと指示する。刑務所では怒りに満ちたグレンが暴走しはじめ、精神のバランスを崩しローリの影を追うリックが塀の外で、森では兄を見捨てることのできないダリルが、それぞれ迷走していた。ハーシェルは状況を打開しようとするも、うまくいかずにいた。

総督が刑務所へ行き銃撃戦を繰り広げたと知ったアンドレアはリックたちとの戦いをやめるよう説得するが総督は聞く耳を持たず、幼い町民までかり出して戦闘訓練を始める。刑務所では、逃げるべきだとハーシェルが言う一方、リックたちは全面戦争の構え。自分が交渉に行くしかないと考えたアンドレアはミルトンの手を借りて町を脱出し、刑務所に向かう。だがミルトンは彼女から目を離すなという命令に忠実にそのことを総督に告げる。

ミショーンを連れ、武器を調達しに住んでいた街を訪れたリックとカール。リックが勤めていた保安官事務所の武器庫へ行くが、何者かに先を越され武器は残っていなかった。仕方なく街中へと向かい防犯対策で銃を置いてあったバーに行くことにする。変わり果てた街にショックを受けるカール。静まり帰った街にはウォーカー対策と思われるバリケードが張り巡らされていた。背後から迫るウォーカーに気づくと突然、銃声が鳴り響く。

アンドレアの仲介で話し合うことになったリックと総督。リックは互いに干渉し合わずに暮らしていく方法を提示するが、総督には受け入れる気がない。和解すべきだと言うアンドレアを追い出し、２人きりになると、総督はリックに一方的な条件を突きつけ、従わなければ全面戦争だと脅す。２人が話し合う最中、外で戦闘態勢にあったダリルとマルティネス、ハーシェルとミルトンがそれぞれ言葉を交わし、互いに心を開いていく。

リックたちをワナにはめようとする総督は、ひっそりと拷問室を作っていた。それを見たミルトンはアンドレアに総督がミショーンを狙っていることを打ち明け、リックたちに逃げるよう警告するように促す。タイリースたちが監視する壁から何とか脱出を試みるアンドレア。彼らに総督を信用するなと言い、脱出に成功して刑務所に向かうが、総督本人に追われることになる。タイリースはアンドレアの言葉をきっかけに総督に疑念を抱く。

ミショーンを引き渡せば刑務所の他の者たちには手を出さないという総督の条件に従うことにしたリック。ハーシェルとダリル、そしてメルルだけにそのことを打ち明け、協力を求める。ダリルはリックの言うことに従うと言うがハーシェルは納得がいかず、止めようとする。リックにはそんな冷酷なことはできず、決断を覆すだろうと考えたメルルは、独断でミショーンを連れ出し、２人が総督の元へ向かったと知ったダリルは後を追う。

ウォーカーの捕獲場に火を放ち焼き尽くした人物がミルトンだと知った総督は彼を殴り続け、ミショーンや、やってくる者すべてをウォーカーの餌食にしようとしていたと話す。そしてミルトンにアンドレアを殺せと命じる。更に総督は町民を鼓舞し、刑務所の人々を皆殺しにするために乗り込んでいく。一方メルルの死や、ミショーンを差しだそうとしていたことに納得のいかないカールは、リックのやり方に対して怒りを覚えていた。