警視庁はSNS等の誹謗中傷の撲滅を目指し市民からの相談にのる専門部署「指殺人対策室」＝指対（ゆびたい）を新設。メンバーは万丞渉（香取慎吾）を始め、一癖も二癖もある変わり者ばかり…。そんな折、誹謗中傷を苦に自殺したモデルの真田梢の両親が訪れ、匿名の人間たちの心ない言葉に娘は殺されたと涙ながらに訴える。それを聞いた新人刑事の碓氷咲良（関水渚）は「絶対に犯人を逮捕してみせます！」と約束してしまうが…。

親友を死に追いやった犯人として、『裏Ｋ察』に名前を書き込まれた古賀有希は、追い詰められて重傷を負う。投稿者の“アノニマス”は警察内部の人間かも…？万丞渉（香取慎吾）ら指殺人対策室に疑念が渦巻く中、新たに芹沢亜里沙（深川麻衣）が相談に訪れる。ネットで炎上中の店員を土下座させる動画の女性が、亜里沙だというデマが拡散しいているのだという。顔写真や勤務先も晒され、世の中からひどい誹謗中傷を受けているという…。

高校生・片山蓮（青木柚）によるホームレス殺害事件…1カ月後、蓮の個人情報が特定、ネット上で晒されたことで大きな話題となっていた。事実とは異なるひどい中傷も多く、蓮の父・遼太郎（戸田昌宏）は、「指殺人対策室」に最初に情報を晒した犯人を捕まえてほしいと依頼。万丞渉（香取慎吾）と碓氷咲良（関水渚）は早速捜査にあたるが、交友関係を調べるうちに蓮の本性が浮き彫りになっていく。

元アイドルの真壁澪（田中美里）が、夫の清二（小松和重）と共に「指殺人対策室」にやってくる。既婚男性とのＷ不倫を報じられてしまった澪。世間から反感を買い批判が殺到、同時に誹謗中傷を伴う芸能人叩きの標的となってしまう。不倫相手は何とマッチングアプリで出会った男だった。『裏K察』という闇サイトでは次々と情報が晒され、さらには、かつて澪へのストーカー行為で逮捕された男が出所して澪をつけ回し出す…。

指対室に、大人気動画配信者さわてぃ（橋本淳）から依頼が。SNSでの誹謗中傷が１カ月前に突然増加し、ついに「死んで詫びろ」という脅迫が届き怖くなったという。その脅迫行為が晒されて大バッシングを浴びることになった星野秀一（萩原利久）は、現実世界はもちろん、ネットの世界でも居場所を失ってしまう。しかし、星野を知る司書の山名栞（鞘師里保）は星野のことをいい人だと言う。さわてぃも何かを隠しているようで…。万丞（香取慎吾）と咲良（関水渚）は、星野の説得を試みるが最後の望みの綱も絶たれた星野は最悪の選択をとることに…。

指対室の誰かとアノニマスが繋がっているとの噂が警察内部で広まり、中でも特に万丞渉（香取慎吾）が疑われる。そんな指対室に匿名の中傷で悩む専門学生・末松香（川島鈴遥）がやって来る。メールの中身は恋人・椚総一郎（田中偉登）への中傷ばかりだという。その相談の最中、総一郎が拉致され、監禁される生配信が始まった！「彼の全てを奪う」という脅しと共に…。

社員をパワハラで自殺に追い込んだブラック企業だとの噂で大炎上したある食品会社。そのSNSに「罪を告白しないなら爆破する」という爆破予告が届く。万丞渉（香取慎吾）らが突き止めた予告犯・小柳祐平（塩野瑛久）はアノニマスの信望者だった。するとアノニマスから裏Ｋ察に新たな動画が投稿される。「次に告発するのはこの国最大の巨悪・警察」。同じ頃、万丞は刑事部長・城ケ崎明文（高橋克実）から、アノニマスの正体を突き止めるよう指示を受けた…。

万丞渉（香取慎吾）の元相棒・倉木セナ（シム・ウンギョン）が凶弾に倒れた２年前の事件の真相、そしてアノニマスの正体に辿り着いた指対メンバーたち。だが、警察の信用を失墜させ、集合知による正義の執行を唱えるアノニマスの暴走は歯止めが効かない。ネット民だけでなく世論までもがアノニマスの支持を始める中、暴走阻止のキーパーソン・城ヶ崎刑事部長（高橋克実）までもが行方をくらまし…。対アノニマス最後の闘いが始まる！