19××年地球の軌道上に浮かぶ軍事惑星デス・マスクが突如分裂し、落下を始める。その2つの破片は千葉の九十九里市とアメリカのダラス市を巨大なクレーターへと変貌させた。時は流れ20××年、タイ…

2199年、地球は謎の異星人・ガミラス帝国による攻撃を受け、滅亡の危機に瀕していた。ガミラスの遊星爆弾により大地は放射能に汚染され、地下へと逃げ延びた人類は、緩やかな滅亡を待つばかりであっ…

ガミラスとの闘いから一年がたった西暦2201年。もとの環境を取り戻しつつあった地球に、白色彗星の脅威が迫っていた。正体不明のメッセージを傍受した古代は地球の危機を知り、かつての乗組員たちを…

西暦2203年。また新たな脅威が地球に迫ろうとしていた。異次元空間から突如銀河星雲が現われ、恒星同士が衝突し崩壊していくのだった。調査のため動き出したヤマト。最後の戦いが今始まる。