聖域に降りかかる惨劇、そしてロズワールの屋敷やアーラム村を狙うエルザたち。次から次へと襲い来る脅威の全てが残酷に仕組まれた罠であることを告げられたスバルは、どうしようもない八方塞がりな状況に絶望してしまう。そんなとき事態を打破する方法を思いつくことのできないまま自問自答を続けるスバルの前にオットーが現れ、スバルを殴りつける。様々な想いが込められたオットーの拳を受けて、スバルはまた希望を取り戻す。

人以外の生き物たちと会話をすることができる恩寵、言霊の加護を持って生まれたオットー・スーウェンの人生はまさに波瀾万丈と呼ぶにふさわしいものだった。能力によって故郷を追われ、行商人として独り立ちしてからは魔女教に襲われ、スバルと出会い、そして今もまた文字とおり命懸けの鬼ごっこの真っ最中。オットーは与えられた役割を果たすため、ガーフィールの猛攻をかわしながら、必死に時間を稼ぐ。

姿を消したエミリアは墓所の中にいた。パックが消えてしまったことで蘇り始めたエミリアの失われていた記憶。大切なことを忘れてしまっていた自分自身に戸惑い挫けそうになるエミリアに、スバルはありったけの気持ちを伝える。そして墓所を出たスバルたちを待っていたのは、オットーとラムの協力によって満身創痍となったガーフィール。墓所の入り口を塞ぎ、聖域の解放を阻止しようとするガーフィールとスバルの戦いが幕を開ける。

第一の試練に挑み、かつて暮らしていたエリオール大森林に降り立ったエミリア。あれだけの醜態をさらして、よくも顔を出せたものだと嫌味を言うエキドナに対して、エミリアは不敵な笑みを浮かべ、同じ魔女の悪意になんて屈してあげないと言い返す。森の奥へと進んでいく二人は、開けた場所にそびえ立つ大樹へとやってくる。その根本には閂のついた小さな扉があり、そこは幼いエミリアが遊んでいたお姫様部屋だという。

自由に外へ出ることを禁じられるなど、小さな不満はありながらも、母様と呼び慕っていたフォルトナと共にエルフの集落で平和に暮らしていた幼いエミリア。しかし、その平穏は魔女教大罪司教「強欲」担当、レグルス・コルニアスの出現によって脅かされようとしていた。一方、墓所の前でエミリアが試練を突破するのを待っていたスバルたちの元にやってきたシーマは、まだ聖域が聖域と呼ばれる前の出来事について話し始める。

ジュースとフォルトナの前に立ちはだかる虚飾の魔女パンドラ。ジュースとフォルトナは持てる力の限りを尽くして、パンドラに立ち向かう。その頃、幼いエミリアは封印のある場所を目指して走っていた。パンドラが求めるものを渡せば、皆を助けることができるかもしれない。しかし、必死の思いで辿り着いた封印のある場所には既にパンドラが待ち受けていた。幼いエミリアにパンドラは封印を解くのための鍵を渡して欲しいと告げる。

それは遥か昔、遡ること400年前の出来事。嬉しそうにエキドナとの馴れ初めを語るロズワールに、気安く馴れ初めなんて言葉を使うなと返すベアトリス。言い合う二人の間に入ったリューズは、自らもまたエキドナに救われた一人であると話す。三者三様の三人に共通しているのは、エキドナへの感謝であった。しかし、喧嘩しながらも仲良くエキドナのことを話し合う当たり前のような毎日は、一人の男の出現によって終わりを告げる。

ロズワールとの話し合いで、屋敷への襲撃を止めようとしたスバル。しかし、ロズワールは400年もの長きの間ずっと抱き続けてきた信念を曲げることはなかった。エルザたちを止めるため、一刻も早く屋敷へと向かわねばならないスバルは、ガーフィール、オットーともにパトラッシュが引く竜車へ乗り込む。一方、第一の試練を突破したエミリアに対して、ラムはとある願いを口にする。そしてラムの強い想いに触れたエミリアは、ラムに手を差し伸べる。

エルザの攻撃に徐々に押されていたフレデリカ。そこへ両腕に銀色の手甲を身につけたガーフィールが駆けつける。数年ぶりとなる姉との再会も束の間、激突して激しく火花を散らすガーフィールの手甲とエルザのナイフ。そんな中、スバルはベアトリスのいる禁書庫へと向かっていた。禁書庫に現れたスバルに驚くベアトリス。400年もの永きに渡り、呪いのような契約に縛られ続けたベアトリスを、外に連れ出すと告げる。

ありうべからざる今を受け入れ、エミリアは第二の試練を突破し、第三にして最後の試練に挑む。そしてラムはパックと共にロズワールを阻止すべく戦いに身を投じていた。すべてはそれぞれが成すべき役目を果たすため。またロズワールの屋敷で繰り広げられているガーフィールとエルザの戦いも激しさを増していく。ギルティラウに追いかけられていたスバルは、現代知識無双の出番だと意気込み、小部屋へと誘い込む。

最後の試練を突破して、墓所の外に出たエミリアが目にしたものは、視界を奪うような猛吹雪だった。辺り一面が真っ白な雪に覆われた目の前の広場で、聖域とアーラム村の人々は肩を寄せ合っていた。彼らの周りに氷の壁を作り、凍てつくような寒さから守っていたのは、かつて契約を結んでいた大精霊。意を決してエミリアが氷の壁に触れてると、手のひらを通じて何かが流れ込んでくる。ふと聞こえた声に頷くようにエミリアは行動を開始する。

ロズワールが発動させた天候を操る大魔法よって、大量のマナが発生していることを嗅ぎつけた大兎は、徐々に聖域へと集まり始める。ロズワールとラムを連れて墓所へと避難するエミリアたちだったが、まるで全てを覆い尽くすような大兎の群れが迫っていた。絶体絶命かと思われたそのとき、エミリアの元にスバルとベアトリスがやって来る。三大魔獣の一翼である大兎を相手に、スバルとベアトリスの初陣が幕を開ける。