惑星国家キビの新造宇宙戦艦アマテラスは、航海実習として、防衛大学生による試験航海を行っていた。間もなく試験航海も終わるという時に、キビに対し強大な軍事力を誇るヘンリエッタ星域惑星国家同盟(=王国)が突如宣戦を布告。急襲により護衛艦を撃破されたキビ政府は、同盟に対し即時降伏を宣言する。アマテラスでは降伏の発表を受け、正規軍人が先に退艦させられ、残ったのはシノン達訓練生だけとなる。しかし残された訓練生達は、同盟と戦う為あるひとつの方法を思い付く。それは、銀河ネットワークをスポンサーとして、同盟との戦いを中継させるということだった。

王国との初戦で勝利を飾ったアマテラスは、これからの戦いのために、キビ前総理である間宮タツマを向かえ、亡命国家として活動することに。これからの方針決定や初戦の破損箇所の修理などの問題を抱えながらも、とりあえず惑星フェニキアへと向かうことになる。そこへ王国の戦闘艦トラファルガーより通信が入り、交戦を希望してくる。迎え撃つ準備を始めるクルー達と放送の準備を始めるディータ。そのころ補給班のイリキ達は、初戦で破損した箇所を修理するために艦外作業を始めていた。

初戦に続き勝利を収めたアマテラスだったが、同時に初の戦死者が出たため、艦内には動揺が広がっていた。そのころ王国では無視できない存在となりつつあるアマテラスに対する対策が協議されていた。アマテラス撃破を声高に主張する各提督を前に、王国報道官のヘルマンは、ある策を提案する。アマテラスでは、先の戦い以来の不満が爆発し騒ぎが起こる。そこへキビの民間船よりサンリの父親である若菜ゲントからの通信が入る。彼は乗員に退艦を進め、サンリにも自分のもとへ帰ってくるように説得する。

王国の揺さぶりにより、動揺の広がっていたアマテラスだが、サンリが銀河ネット生中継で行ったタカイへの告白により落ち着きを取り戻す。心理工作の失敗した王国は、次なる潜航艦アブキールを差し向ける。ただでさえ発見することの難しい潜航艦が相手な上、さらに運の悪いことに探査装置の故障も重なり、不利な状況に追い込まれるアマテラス。そこでシノンは、アブキールを発見するある方法を思いつく。

生活物資が不足気味のアマテラスは、補給の為、王国に対抗している惑星国家シュウへと訪れる。快くアマテラスを向かえいれたシュウ政府は、シノン、ミユリ、アレイを歓迎式典へと招待する。一方キスカ、リオ、間宮総理は政府主催のレセプションへと向かう。アマテラスに残る者、街へ買出しに出かける者とそれぞれに行動するアマテラスクルー。宇宙港へ日用品の買出しに出たアキホとレンナ、しかしその中でレンナは護衛のMPの不審な行動に気づく。

アマテラスが訪れた惑星国家シュウで突如発生したクーデター。その騒ぎでクルーはそれぞれバラバラになってしまう。アマテラスへ戻る為、シノン、ミユリ、アレイ、そして中継を続けるディータはジープで軍事基地へ向かう。キスカとリオは軟禁状態とされ、タツマはシュウ大統領ラウと対峙していた。一方宇宙港の貨物エリアに到着したアキホとレンナはクーデター軍兵士に発見される。応戦するレンナだがアキホをかばい負傷してしまう。負傷したレンナを抱えアキホはアマテラスへと向かうが……

レンナを失った悲しみも冷め遣らぬうちに、シェンロンと共に王国艦隊4隻に立ち向かわなくてはならないアマテラス。シノンは2対4という不利な状況で勝つための作戦に頭を悩ませていた。レンナを失ったショックからか思いつめるシノンにコウキは声をかけるがシノンはかたくなな態度で返すのだった。シノンはキスカを相手に模擬戦のシミュレーションを繰り返すが、何度やっても勝つことができない。あせるシノンに対し余裕のキスカだったが、繰り返すうちにシノンが何かを思いつく。

2対4という圧倒的不利な状況の中ついに艦隊戦が始まる。アマテラスはシェンロンを待機させたまま先行、そのアマテラスにレイテとマリアナが向かう。するとシェンロンが突如作戦と異なる行動を始める。このままでは、アマテラスが援護に回る前に撃破されてしまう。その行動にシノンは、シェンロンが撃破されればシュウ政府は王国に対し降伏せざるを得なくなり、結果的にアマテラスが王国の包囲網から逃げ出すことができることを指摘する。シェンロンは自らを犠牲にしてアマテラスを脱出させようとするのだが。

アマテラスが生死をかけたワープで行方をくらました直後、艦隊へ王国最高会議議長が死亡したという緊急連絡が入る。ヘルマンは急ぎ王国へ帰艦の指示をだすが、エルロイはアマテラスのことが気にかかっていた。無事にワープが完了したアマテラス。運よく中立地帯に出ていたため、補給の要請をだし一息つくことに。しかしシノンはシメイの件、シュウの件、そしてこれからのことに不安を感じていた。王国に帰艦したヘルマンとエルロイだったが、そこではイザベルが議長代理として現場を取り仕切っていた。ヘルマンが去った後イザベルはエルロイへ自分と手を組まないかと持ちかける。警戒するエルロイに彼の以前の部下を戻すことを約束するイザベル。しかし帰りがけ今度はヘルマンがエルロイを懐柔しようとする。その様子に辟易するエルロイだった。

地球連合議会で演説をするために地球へと降り立ったタツマは、旧知の間柄である川路議員とともに会議場へと向かう。補給、修理のためAGI本社のある惑星パルミアへと到着したアマテラス。AGIはクルーを歓迎するためのパーティーを開催する。パーティーに出席するため準備をするクルーたち。告白以来付き合っているシノンとコウキ。シノンは留守番のコウキにパーティーのお土産を持ってくると約束し出かけていく。しかしパーティーの最中、停泊中のアマテラスを王国の部隊が襲撃する。

王国の襲撃によりコウキを失い、さらにAGIからも退去を求められ、王国艦5隻との戦いに赴くアマテラス。圧倒的に不利な戦いを前に作戦を立てるシノンだったが、クルーはその様子に無理を感じていた。作戦が決定すると、シノンは戦闘のライブ中継をピーターに提案する。 遂に始まった決戦。アマテラスに迫る王国戦艦マリアナ、リサの2隻。中継ではアマテラスがマリアナのコードネーム“ドラゴンフライ”に向かう様子が中継されていた。その中継を見て、戦いを避けたアマテラスを嘲笑するリサ艦長ナジャだったが……

王国艦4隻を撃退したアマテラス。しかし最後の1隻コンキスタドールを前にレーザーキャノンの残弾はわずかとなっていた。そこへコンキスタドールからの攻撃が! しかし幾度かの攻撃でも、直撃がない状態から、シノンはコンキスタドールがアマテラスの位置を把握していないと予測する。アマテラスは最後のチャンスを生かすためコンキスタドールへの接近を図る。そのころ地球連合議会では、タツマがアマテラスの正当性を主張し、逆にイザベルはアマテラスの暴挙を非難していた。平行線をたどる議論、しかしタツマは不適な笑みを浮かべていた。

シノンたちが待ち続けていた地球連合軍艦隊がついに戦場に現れる。アマテラスの、シノンたちの戦いの結末は……