ある村で少年が野生のクマに襲われて以降、男子だけが感染する疫病が全国で流行した話など、シリーズ本編の物語のきっかけとなるエピソードを盛り込んだ拡大版。

有功(ありこと)という名の院主が江戸城に登城。その見目麗しさに目をつけた春日局は、彼に僧籍を捨てて還俗せよと無理強いする。

玉栄とともに新たな人生を歩み始めた有功は、世間に漏れぬよう厳重に守られてきた江戸城の秘事と自分に託された役目を知る。

傷が癒えた後、大奥の御中臈(おちゅうろう)と呼ばれる他の男たちと顔を合わせた有功は、彼らからひどい仕打ちを受ける。

男たちに女の格好をするよう命じ、その姿を見て楽しむ家光。だが、そのとき彼女の脳裏に浮かんでいたのは、春日局の命により家族と引き離された幼き頃の記憶だった。

家光は愛に満ちた幸せな日々を送るも、懐妊の兆しはない。そんな折、春日局は町で、見た目は有功にそっくりだが女たらしな若い男を見つける。

捨蔵を驚くほど快く大奥に迎え入れる有功。すべてが順調に進んでいたある日、事故が起こる。

お忍びで城外に出向き、惨状を目の当たりにした家光は、百姓一揆(いっき)の気運をくじく策を即座に命じる。

春日局の容体が悪化していくなか、彼女亡き後をめぐり懸念が広がる。疫病は大奥にも不穏な影を落とす。

家光が女将軍として公に指揮を執り始めたことを皮切りに、国中が大きく変わり始める。