さらなる混乱を避けるため、クロロフォルムで眠らされ、スカイツリーの地下へと連れてこられたピクル。武蔵はおもむろにピクルの顔面を打ち、一同を驚かせる。

ガイアは最新鋭の武器を駆使し、武蔵に挑む。一方、ピクルは一切の食事を拒み、迫りくる戦いの時を待ちながら集中力を高めていた。

戦国期最強の剣豪と白亜紀最強の戦士が激突。戦いは開始から異次元の攻防へと展開する。果たしてピクルは、筋肉の力だけで武蔵の剣を止められるのか?

本部が長年かけて培った技が、ついに日の目を見るときがやってくる。仲間を守るため、彼は戦国時代に使われていた、ありとあらゆる戦闘術を武蔵に仕掛けていく。

全国放送のニュース番組出演中に、司会者を"エア斬殺"し気絶させてしまったことで、警視庁に追われる身となった武蔵。光成の屋敷を出て、一人、機動隊に対峙(たいじ)する。

身柄を拘束しようと集結する警視庁機動隊の精鋭たちを相手に、武蔵は大立ち回りを見せる。一方、アメリカでは、大統領が"オーガ"こと範馬勇次郎との面会に備える。

機動隊を相手に抵抗を続け、死屍(しし)累々たる惨状を引き起こす武蔵。事態を重く見た警視総監の内海は意外な人物を訪ね、国のために戦ってくれるよう必死で頭を下げる。

新宿で、底なしの闇を見つめながら武蔵と対峙(たいじ)する花山。その独特の構えから拳が繰り出された瞬間、武蔵はそのあまりの白さとまぶしさに、思わず目を閉じてしまう。

パンチ、アイアンクロウ、抑え込み技。武蔵に向けてあらゆる技を繰り出す花山。だがその"肉の宮"は、武蔵による刀傷に耐え切れるのか。

武蔵を"殺す"、と決めた刃牙は、闘いを前に道場を訪ねる。一方の武蔵は、ピクルを訪ねて下水道へ向かう。

地下闘技場で、ついに幕を開ける世紀の対決。大勝負を前にした伝説の剣豪、武蔵の目に、これまでとはまったく異なる光景が広がる。そして刃牙は、己のすべてを出し切る覚悟で闘いに臨む。

容赦ない反撃を繰り出し、素手であっても天下無双であることを証明する武蔵。だが刃牙も武蔵を葬るため、近代格闘技の真髄を結集する。闘いのゆくえは?