クロフト邸から謎めいた翡翠(ひすい)の箱が盗まれた! 恐れ知らずの考古学者であり冒険家でもあるララ・クロフトは、凄腕の泥棒を追い、盗まれた箱を奪い返すための新たな冒険へと乗り出していく。

泥棒の行方を追って中国の小さな村にたどり着いたララとジョナ。村から姿を消してしまった子供たちを探すことになった2人は、地下の墓地で驚くべきものを発見する。

"滅びの石"を集める本当の理由を明かす敵デヴェロー。その心は復讐に燃えていた。イスタンブールに飛んだララは、悪名高いギャングのボスの屋敷へと忍び込む。

ララとインターポール捜査官のカミラ・ロスは、パリのとある教会堂に向かう。その地下深くに眠る墓地で、神話で語られていた滅びの石とテンプル騎士団の関係が明るみに。

スカイダイビングでイランに降り立ち、高速で走る列車に乗り込んだララは、石の力にとりつかれた乗客たちを払いのけ、同じくデヴェローの邪悪な力に操られる古くからの友人を救い出そうとする。

神話に出てきた星座を手がかりに戦場の跡地へと急ぐララ。言い伝えが正しければ、最後の石は黄金の木の真下に眠っているはずだが…。

残された時間はあとわずか。ララとカミラはデヴェローから石の杖(つえ)を奪うため、決死の作戦を実行する。だが、デヴェローの体は恐ろしい変化を遂げていき...。

神話の舞台となった崑崙山(こんろんざん)の頂上。ララは女神が与える数々の試練、そして、かつてない猛威にも立ち向かう。果たしてララは、世界の均衡を取り戻すことができるのか?