遺伝子疾患に対する臨床試験に参加した後、奇妙な症状に苦しみ始めた3人の被験者は、遺伝学者のアレックス・サルコフに助けを求める。

サルコフの居場所を突き止めるため、ウェルネス・プログラムに参加した別の被験者を捜す"インパーフェクト"たち。だが、新しい能力が引き起こす面倒な事態にも対応する羽目に。

サルコフを捜すフアン、アビ、ティルダの3人は、とんでもない状況に陥る。ターゲットを襲い始める謎の女。

フアンが家族と再会している頃、固有の特殊能力を手に入れた別の被験者と遭遇するアビとティルダ。インパーフェクトらに追っ手が迫る。

ティルダとフアンは、サルコフの自宅で衝撃的な事実を知る。フィンチがバーク先生を狙っているのではないかと心配するアビとハンナ。

バークとサルコフは、バーク自身の体を使って治療薬を作り始める。政府の武装部隊に包囲されたインパーフェクトたちは、それぞれの力を生かして反撃に出る。

変異体の出現後、ある襲撃事件について調べるアビ、フアン、ティルダの3人。サルコフは治療薬の完成に少しずつ近づいていき、バークは突破口を見いだす。

治療薬を配布するナノボットがほしいサルコフは、チームに任務を託し、アイダホに送り込む。クレイン博士を出し抜くために、手を組むバークとフィンチ。

家族からの悪い知らせにショックを受けつつ、治療薬の複製を試みるアビ。パーティーに参加するフアン。ティルダがサルコフにナノボットの危険性を警告するが...。

意外な人物と手を組んでサルコフを追うアビとティルダ。サルコフはフアンに対して壮大なたくらみを実行しようとする。新事実が判明し、新たな問題に直面する面々。