コロナ禍の2021年。待てど暮らせど客は来ない。そりゃそうか…店内の掃除にも飽きたマスターは、しばらく店を閉めることにした。行き場を失った常連たちがマスターの心配をし始めた頃、「めしや」の提灯に明かりがついた。カウンターに並んだ常連客がいつもの料理を頼み、変わらない「深夜食堂」の風景が帰ってくる。

２年前に亡くなった妻・恵美子の月命日に、必ずめしやにやって来る大学教授の広田。偶然めしやを訪れたアメリカ帰りの比嘉は、広田の食べている「にんじんしりしり」を見て、なにか思うことがある様子。比嘉も、昔付き合っていた年上の彼女と、よく一緒ににんじんしりしりを食べていたのだ。

売れっ子漫画家の久保井。昔からめしやに来ると頼むのは、シンプルな「ピリ辛こんにゃく」。売れても変わらないその姿に、常連たちも嬉しそう。ある日久保井は、サイン会で同級生の真季に会う。初恋の相手だった真季とふたりでめしやで飲むようになり、有頂天になる久保井。

リツ子とあずさは、高校の同級生。リツ子は東京でバリバリ働き、あずさは地元の新潟で子育てに励んでいる。ある日あずさの息子・翔太が大学受験のため上京。リツ子はあずさを連れ、食パン持参でめしやを訪れ、高校時代に部活の試合の勝負メシだった「カツサンド」をマスターにリクエストする。

妻に逃げられ、めしやで寂しく夕食を食べる平山。ある日、一見の女性客・久美がめしやで豚汁定食と「イチゴの練乳がけ」を完食した挙句、自分は1円も持っていないとマスターに告げる。めしやでの出会いが縁で、彼女は平山とひとり息子が住む家で家政婦を勤めることに。

マスターに勧められたいくらで「いくら丼」を頼んだケンゴ。酔った勢いで、自分は昔一世を風靡した子役の「藤田ケンゴ」だと常連たちに告白する。ある日、ミュージカル女優として大ブレイク中の桜庭マオがめしやにやってきた。マオは子役時代、人気ドラマでケンゴと共演していた。

めしやで必ず「ハンバーグカレー」を注文する地方公務員の林くんはコスプレイヤー。キャバ嬢のレオンちゃんと、好きなアニメの話で盛り上がる。ある日めしやにレオンちゃんと一緒にやってきた桜庭。彼は林くんの同級生で、林くんをいじめていた。林くんに、昔と変わらず高圧的な態度をとる桜庭。

評判のラーメン屋を切り盛りする大将と妻のキミ子。大将にはひとり娘のサチコがいたが、折り合いが悪く家を飛び出して以来、もう何年も会っていない。入院したキミ子のために、大将はマスターに頼んで好物の「かぼちゃのスープ」を作ってもらった。ある日、キミ子の病室にサチコがやってくる。

めしやの常連で伝説のＡＶ男優・大木が、娘ほどの年齢の女性・ミカを連れて店にやって来た。父親を亡くしていたミカは、大木に自分の結婚式で一緒にバージンロードを歩いて欲しいと頼む。ミカの父は、大木の好きなポテトサラダをアレンジした「ポテサラコロッケ」が大好きな、大木の恩人だった。

今年も年の瀬にチラシ配りのバイトに精を出すゲンとノリ子。ふと足元から妙な音がする…と、突然道路が陥没！めしやのある一帯は突然の断水。常連たちが毎年楽しみにしているマスターの年越しそばは大量に水を使うため、今年は諦めるしかないのか。そこへ、「料亭ほおずき」の女将が登場して。