1986年。葬儀の最中、棺の中の男がファンガイアとなって弔問客に襲いかかった。逃げ惑う人々を容赦なく襲うファンガイアを前に、武器を手にした麻生ゆりが立ちはだかる。一方、その22年後、めがねとマスクで顔を覆った少年・紅渡は魚の骨を必死で集めていた。果たしてその理由とは？

1986年。女性バイオリニストばかりを襲うファンガイアが現れた。次に狙われるのは人気バイオリニストのひとみである可能性が高い。ゆりは嶋の命令でひとみを警護することになるのだが、なんとひとみは音也からレッスンを受けていた。一方、2008年。バイオリンの修理を終えた渡は依頼人に完成品を手渡す。

1986年。街でナンパしまくる音也は武器を探すゆりと再会。偶然現れたファンガイアと戦うことに。それを見た嶋は音也をメンバーに加えたいといい、音也の身辺調査を始める。一方、2008年。渡の元を、綾と名乗る女性弁護士が訪ねてきた。綾によると、音也はかつて多くの人に迷惑をかけてきたという。

2008年。父・音也が他人に迷惑をかけていた事実を知り、落ち込んでしまう渡。偶然知り合った名護に相談を持ちかけると、そこに手配犯が現れた。実はその手配犯もかつて音也に騙された被害者だという。一方、1986年。相変わらずゆりの前で調子がいい音也。そんな音也についての報告書を見た嶋は……。

2008年。明るい青年に生まれ変わることに失敗した渡は、あこがれの名護に弟子入り。さっそく指令を受けて恵を警護するが……。一方、1986年。カフェ・マル・ダムールでゆりを口説こうとした音也は、客の次狼に店から追い出されてしまう。怒った音也は次狼に戦いを挑むが、ゆりを見守る何者かが……。

2008年。恵がシープファンガイアにさらわれてしまった。人間体に戻った昇は、恵をある不気味な男の前に。男は恵をゆりと思い込んでいるらしい。一方、1986年。スパイダーファンガイアに拉致されたゆりが覚醒すると、目の前に不気味な男がいた。危機が迫るゆいを、音也は次狼とともに救出に向かう。

2008年。最近話題のレストランで客が行方不明になるという事件を調査するため、名護は渡をアルバイトとしてレストランへ潜入させる。名護の計画を知った恵は……。一方、1986年。カフェ・マル・ダムールの常連客が相次いで失踪した。ゆりは常連客の次狼を密かにマーク。だが例によって音也に邪魔されてしまう。

1986年。次狼がガルルとなって人間を襲っているとも知らず、ゆりはカフェ・マル・ダムールの常連客という理由で次狼を警護。しかし、そのゆりが何者かの標的となってしまう。一方、2008年。犬飼伯爵が経営するレストランでアルバイトをする渡だが、怪しいところは見当たらなかった。

2008年。バイオリン作りでスランプに陥った渡は、静香からバイオリン修復の第一人者・大村を紹介される。だが、この大村、どこか様子がおかしい……。一方、1986年。次狼が「素晴らしき青空の会」のメンバーとなった。ゆりとともに、あるバイオリンを狙うファンガイアをおびき寄せることになるのだが……。

2008年。フロッグファンガイアの正体が大村とわかった。渡は、イクサに圧倒されるファンガイアを助けてしまう。渡の行動が理解できない名護は、激しく渡を責めるが、 渡はただ謝ることしかできない。一方、1986年。次狼の正体がガルルであることを知った音也は、ゆりたちにすべてを明かすがまるで信用されない。

2008年。渡は、一人エレキを弾く青年・健吾と出会い、その音に魅せられてしまう。健吾からベースを借りて自らもロックに挑戦。静香をドラマーに、バンド活動を開始する。一方、1986年。イクサシステムが完成した。ファンガイアに殺害された母が設計したイクサ。ゆりは母の仇をとるためにもイクサ装着を願い出る。

2008年。イクサとの戦いに敗れたキバ。渡は、ヒジを痛め健吾との練習にも力が入らない。そんな渡のヒジを、何も知らない名護が治療をするのだが……。一方、1986年。イクサシステムを次狼に取られたゆりは納得がいかない。そんなゆりの気持ちを見抜いた音也は次狼にイクサをゆりに、と土下座するが……。

2008年。ライブが成功し、健吾は渡とのプロデビューを夢見るが、父を超えるバイオリンを作りたい渡にその気はない。そんな渡は三宅という男からスカウトされるが、その申し出を断り、健吾をプロにと三宅に頭を下げる。一方、1986年。ガルルに変身して人間を襲う次狼は、音也にその邪悪な野望を明らかにした。

2008年。プロデビューするための金を稼ごうと、アルバイトに汗を流す健吾と渡。だが、スカウトマンの三宅が実はファンガイアだった。一方、1986年。音也にイクサを返せと迫るゆりだが、音也は聞く耳を持たない。だが、音也はイクサを使用したことで体力を消耗していた。そんな音也を倒そうと次狼が動き始める。

1986年。街に奇妙な男が現れた。「おれはおれに罰を与える」と言っては、自ら感電して倒れ込む。実はこの男、ゆりと次狼との間に浅からぬ因縁があった。この男の正体とは？　一方、2008年。渡と静香は、川で溺れかけた男を助ける。実は、この男こそ22年前のあの“感電男”だった。

2008年。自転車を修理してあげた恵里子と再会した渡と大ちゃん。お礼にと恵里子の父・照義が経営する定食屋でご馳走になる。一方、1986年。手に入れたイクサナックルで母親の仇を討とうと　ルークを探し回るゆり。ルークはとてもゆりが倒せるファンガイアではない。危機感を覚えた次狼は音也に共闘を提案する。

2008年。大ちゃんがルークと呼ばれるファンガイアだった。ショックを受けた渡は戦いに嫌気がさし、一人旅に出る。一方、1986年。ゆりの依頼を受けて音也はマミというバイオリン少女の先生をすることに。張り切る音也だが、例によってとんでもないことばかり教えてしまい…。

2008年。ファンガイアとの戦いに疑問を感じる渡はすっかりやる気をなくし、ファンガイア出現の知らせにも立ち上がろうとしない。一方、1986年。ゆりとデートするため、バイオリンの天才少女・マミの講師になった音也。いい加減な指導がバレてしまい、マミの怒りを買う。そして、オーディション当日を迎える。

1986年。母を殺したルークを見つけたゆりだったが、自らの攻撃を簡単に跳ね返され追いつめられる。近づくルークになすすべもなく立ち尽くすゆり。一方、2008年。渡はロッカーの健吾と久々に再会。健吾はキバの戦いにロックを感じると大興奮。知り合いの霊能者にキバの正体を見てもらおうと提案する。

2008年。渡に音也が取り憑いてしまった。その渡＝音也は左足が動かなくなった恵を仮病だと言い切る。そんな渡の言葉に恵は猛反発。一方、1986年。ゆりを探していた音也は、間違ってある女性に声をかけてしまう。その美しさに思わず息を呑む音也。しかし、女性の正体は……。

1986年。音也に心を開きつつあるゆりに焦りを感じた次狼は、ゆりに婚約指輪を手渡す。驚いたゆりは戸惑い、返事を保留。友人に相談すると、ひょんなことから音也、次狼、さらには力も加わっての合コンをすることに。一方、2008年。戦う名護に「ロックを感じた」と魅せられた健吾は、名護に弟子入り志願する。

1986年。音也は幼なじみの久美に頼まれ、砂利運びのアルバイトをしていた。久美のために一生懸命働く音也がゆりは面白くない。そんな久美をあるブティックで見かけたゆりは、彼女の秘密を知ることに。一方、2008年。深央に一目ぼれの健吾は、深央とさっそくデートするのだが……。

1986年。再びクイーンこと真夜が現れた。例によって顔色ひとつ変えず、人間と恋に落ちたファンガイアを抹殺し……。一方、2008年。恵が深央にモデルの仕事を持ってきた。モデル仲間が急病で仕事に穴が開いてしまったらしい。渡の応援もあり引き受けた深央だが、なかなか笑顔が作れずにいた。

1986年。次狼によって倒されてしまった音也。川に投げ込まれ、流れ着いたところを偶然ファンガイアの伸二と付き合う涼子によって発見される。一方、2008年。ファンガイアの伸二が病気の妻・涼子のために指輪を盗んだ。窃盗犯として追われる伸二は名護の追跡をなんとかかわして病院へ。

1986年。次狼に代わって音也が「素晴らしき青空の会」の正式メンバーになった。一方、2008年。弁当屋のバイトも珍しく順調な深央だったが、周囲の人間たちが次々に死んでいく不可思議な現象に襲われた。自分のせいなのか？　脅える深央の前に一人の謎めいた男が現れた。その男とは？

2008年。深央にクイーンとしての運命を受け入れよ、と迫るビショップ。しかし、深央にはファンガイアが人を愛することが罪だとは思えない。そんな深央にビショップはやがて新しいキングが現れるという。一方、1986年。記憶を失った音也は真夜を、愛するゆりと信じ込んでしまう。そんな音也を利用する真夜だが……。

2008年。ライジングイクサが完成する中、恵と嶋が次々と逮捕されてしまう。「素晴らしき青空の会」に恨みを持つ人間の陰謀ではと、名護は健吾とともに真相を探るが……。一方、1986年。生活をともにすることになった音也とゆり。そのための買い物などに出かけると、不可思議な男が現れた。

1986年。音也からイクサを奪わなければ「青空の会」が危ない。タイムスリップした名護は22年前の嶋らに説明するが、誰も彼の話など信じようとしない。一方、2008年。頼みの名護も失踪し、さすがに気落ちする嶋は、面会にやってきた渡と健吾を「青空の会」の臨時会員に。さっそく特訓を開始する2人だったが……。

2008年。深央と再会、仲直りした渡は有頂天に。深央も積極的に渡をデートに誘うが、ビショップが現れ、クイーンはキングと結ばれる運命、と水を差す。一方、1986年。音也との生活に幸せを満喫するゆりだが、母の仇・ルークのことが忘れられない。音也は次狼に誘われ、力、ラモンとともにルーク打倒に乗り出す。

2008年。実家に連れ戻されそうになりながらも、母・ゆりが憎んでいたファンガイア、ルークに挑む恵。渡は深央をデートに誘おうとするが、巧み静香に邪魔されてしまう。一方、1986年。傷つきながらも打倒ルークに執念を燃やすゆり。音也はそんなゆりをルークから遠ざけようと、次狼らに頼んでひと芝居うつ。

1986年。音也と次狼、力にラモンと4人でルークに挑んだが完敗。傷だらけの4人にもう打つ手はない。だが、ゆりだけは何か考えがあるらしい。一方、2008年。実家に帰ろうという弟の光秀とケンカしながら、ルークの弱点を探る恵。そして、恵は名護にイクサを貸して欲しいと懇願するのだが…。

2008年。渡とは知らずにキバに襲い掛かるパールシェルファンガイア。キバも深央とは知らずに応戦、互角の戦いを繰り広げる。変身を解除した渡は傷ついた深央を発見。何も知らない2人は傷を治療し合う。一方、1986年。ルークを倒し、母の仇を討ったゆりは幸せいっぱい。音也との結婚をほのめかすが……。

1986年。真夜の正体がファンガイアであることを知った音也はぼう然。が、真夜はそんなことは関係ないと、音也に自分に相応しいバイオリンを作れという。その気になる音也だが……。一方、2008年。太牙を訪ねた渡は婚約者を紹介してもらうことになった。そこで渡は初めて深央が太牙の婚約者であることを知る。

2008年。失恋パーティーで深央を忘れようとした渡だったが、何も知らない太牙は親切心から渡を誘って深央と遊園地へ。気まずくなる渡と深央。深央は本心を渡に告げようとするのだが、渡は聞く耳を持たない。一方、1986年。音也は魅入られたように真夜とバイオリン作りに熱中する。バイオリンは完成するのか？

2008年。落ちぶれた先代のクイーン、真夜と会った深央はクイーンをやめたいと訴える。人間の男に恋をしたのでは、という真夜の問い掛けに言葉を失う深央。そんな深央に真夜は自らの体験を語る。一方、1986年。真夜とともにバイオリンを作る音也だが、真夜はあるものが足りないという。そのあるものとは？

2008年。キャッスルドランの壁に突き刺さる謎の剣、ザンバットソード。ラモンはもちろん、力の怪力をもってしてもビクともしない。どうやらソードは持ち主を選ぶらしい。一方、1986年。真夜とともにブラッディ・ローズの完成を祝う音也。ゆりのためにも、もう真夜とは会わない。そう決めた音也だが……。

2008年。渡が好きという、深央の告白に喜びつつも太牙のことを思い悩む渡。ファンガイアが人間を愛することは許されない。太牙はなんとか渡を諦めさせようとする。一方、1986年。音也への思いを断ち切るかのようにラットファンガイアに無茶な戦いを仕掛けるゆり。ファンガイアの攻撃を受けて気を失ってしまう。

2008年。渡がキバで、深央がクイーンファンガイア、そして太牙がサガ……。それぞれの正体を知ってしまった3人はそれぞれに苦悩し、太牙は渡がキバである理由を探るべく、憎むべき母・真夜と再会する。一方、1986年。真夜に惹かれていく音也を責めるゆりは音也の静止を振り切り、真夜に会いに行こうとする。

2008年。自分にもファンガイアの血が流れている。ショックを受けた渡は、どうやって生きていけばいいのか思い悩む。一方、1986年。真夜を見つけたゆりだったが、そこへ次狼、力、ラモンが現れ、真夜に襲い掛かる。そこで初めて真夜の正体を知ったゆりは……。

2008年。名護の言葉で自分を取り戻した渡だが、恵に襲い掛かった事実に自ら恐れを抱き、引きこもりになってしまう。一方、1986年。なおも真夜をつけ狙うゆりだが、音也はなんとかそんなゆりを止めようと必死だった。その一方で真夜とますます親しくなっていく音也にキングの怒りが爆発する。

2008年。自分の居場所はないと完全に引きこもってしまう渡。それでも名護は、なんとか渡を復活させようと必死だった。一方、1986年。自分たちが生き残るには音也を殺すしかない。次狼、力、ラモンは、音也を亡き者にしようとするのだが、どうしても出来ない。あとは逃げるだけ、と3人は逃亡を企てるが……。

1986年。ダークキバに果敢に挑んだイクサだったが、簡単にねじ伏せられてしまった。変身を解除した音也は、キングに「処刑する」と連れ去られてしまう。一方、2008年。太牙との対立を深めていく渡。しかし、名護ら周囲の人たちは人間として生きる渡を大歓迎。嶋も名護の頼みを聞き入れ、キバ抹殺指令を取り下げる。

2008年。太牙の策略で、嶋はファンガイアの能力を移植された。渡は太牙の真意を確かめようとする。嶋は覚悟を決め、自らを倒すように名護に迫る。そして、太牙との結婚式を早めた深央の本心は？　一方、1986年。迷いの森を彷徨うゆりと真夜。心ならずも共闘する2人だが、音也のもとに辿り着けるのか？

1986年。ゆりと真夜に助けられた音也。次狼をキャッスルドランから救い出すため、さっさと退院しようとすると、見たこともない医師に止められる。さらに街を歩いていれば、おかしな易者が想いを寄せている女性と別れろ、とワケのわからないことを……。よく見ると、医師と易者の正体は未来からやってきた渡だった。

1986年。音也と真夜の子供、渡＝キバを目の当たりにしたキングの怒りが爆発。気合いとともにダークキバの鎧をはじき飛ばし、　バットファンガイアとして正体を現す。その圧倒的な攻撃を浴びたキバとイクサの紅父子は……。一方、2008年。深央を失った悲しみに沈む太牙は、ビショップから意外な事実を告げられる。

1986年。キングのファンガイア態＝バットファンガイアに追いつめられる渡と音也。変身を解除させられながらも渡はキバに、音也もダークキバへと変身しバットファンガイアに立ち向かう。一方、2008年。過去から戻った渡は見違えるような強さを発揮。深央を失うような悲劇を繰り返さないために、太牙に戦いを挑む。

2009年。2人だけの戦いでサガを圧倒したキバ。変身を解除した渡は太牙に自分の方が強いと言い放ち、太牙の怒りに火をつける。太牙は社長の座をも失い、さらにビショップからは命を狙われることに。傷ついた太牙はサガに変身しても力を発揮できず、スワローテイルファンガイアになすすべもなく倒されてしまう。

玉座に座り、ファンガイアのキングであることを宣言する渡。目に傷を負いながらも、恵とのコンビでファンガイアと戦いつづける名護。キングの座だけは守らんと、母・真夜を倒し、ダークキバを手に入れた太牙。そして、過去のキングを蘇らせようとするビショップ。彼らのそれぞれの思いが交錯し、ついに最後の戦いが始まる。