西暦2000年。日本アルプスで謎の古代墳墓が発見された。遺跡に記された古代文字の解析を任された沢渡桜子はそこから「死」と「警告」という不吉な意味を読み解く。その夜、発掘現場で異常が発生。翌朝、現場に到着した五代雄介は遺跡で不思議なベルトを目撃。雄介は桜子にベルトの古代文字の解読を依頼する。

五代雄介が白い戦士に変身し、クモのような怪人と死闘を繰り広げたその夜。長野市内では、翼を持った謎の存在が人々を襲撃する怪事件が起きていた。未確認生命体と命名された怪人を追う長野県警の一条刑事は、事件現場に向かう途中、雄介と再会し、雄介がベルトの力で白い戦士に変身して戦っていたことを知る。

怪我を負った一条刑事を病院に運んだ五代雄介は、東京へと戻って行った。雄介を戦いに巻き込んだ自責の念をぬぐえない一条は、本部長から未確認生命体の射殺命令を通達されてしまう。自分の命を救った白いクウガ＝未確認生命体第2号と赤いクウガ＝未確認生命体第4号は射殺の対象から除外すべきと主張する一条だが……。

未確認生命体第4号と第5号が出現したという情報を聞いた一条は、雄介の安否に危機感を募らせていた。未確認生命体の射殺命令が通達されていたのだ。そんな時、東京の本庁に捜査本部が設置され、一条が長野県警代表として出張することに。一条は、雄介を呼び出し、クウガに変身しないよう説得しようとするのだが……。

一条刑事は関東医大病院の椿秀一の元に雄介を連れていき、身体の調査を行った。その結果、雄介の身体は他の未確認生命体の体組織と同じような特徴を持ち、ベルトから全身に神経組織のようなものが広がっていることが判明。いずれ雄介も他の未確認生命体のように戦うための兵器になってしまうのではないかと危惧を抱く。

杉並区に出没した未確認生命体第6号ズ・バヅー・バとの闘いの中で、身体が赤から青に変化したクウガ。しかしジャンプ力は増したものの、パンチ力が衰え、ズ・バヅー・バに追いこまれてしまう。この戦いで重傷を負った雄介だが、平気な顔をして病院を抜け出してしまう。一方、桜子は雄介の妹・みのりに会ってみることに。

一連の事件が発生してから3ヶ月が経ち、解決の糸口さえ見出せない一条は、苛立ちを隠せないでいた。そんな中、一条の元に未確認生命体事件の遺族が訪ねてきた。第0号の謎を解明してほしいと訴える遺族に、一条は城南大学の桜子を紹介する。その頃、街では何かに頭頂部から身体を貫かれるという事件が次々と発生していた。

空から迫る怪人メ・バチス・バとの戦いの中で、身体が青から緑に変化したクウガだったが、知覚が増大したことで怒濤のように押し寄せる周囲の音と映像に困惑。バランスを崩し、怪人と対峙していた高所から墜落してしまう。雄介は、椿医師の検診をうけ、体内の霊石の疲弊によりあと2時間は変身できないことを告げられる。

これまでの捜査で、未確認生命体がひとつの場所に集まるという習性を確認した一条刑事らは、未確認生命体の特殊なフェロモンを嗅ぎ分ける警察犬を導入することで、彼らが集まる場所をつきとめようという結論を出した。一方、雄介と桜子は、白、赤、青、緑に続く、クウガの変身形態を解明するため、碑文の解読を進めていた。

怪人メ・ギイガ・ギと戦うクウガだが、その攻撃は怪人の柔らかい身体に吸収されてしまう。一条と合流した雄介は、碑文に書かれている、剣を持つという未知の形態のクウガならば怪人に勝てると考え、剣道の訓練を始めた。一方、みのりは戦いに明け暮れる雄介の姿に、兄は変わってしまったのではないかと不安を募らせる。

3月25日。雄介はある約束のため、母校の小学校へ向かっていた。そんな時、未確認生命体第22号怪人ズ・ザイン・ダが出現。雄介は、桜子に約束の相手へのメッセージを託して、ズ・ザイン・ダに立ち向かう。果たして雄介が交わした約束とは……。

怪人ズ・ザイン・ダの猛攻を受け、大ピンチのクウガ。だが、そこへ新たな怪人が現れ、戦いは中断された。その頃、桜子は13年前に雄介が再会の約束を交わした恩師・神崎昭二と出会い、再会場所である雄介の母校へ向かっていた。ズ・ザイン・ダの前に苦戦する雄介は、果たして恩師との約束を果たすことができるのか。

未確認生命体による水上バス惨殺事件の現場で、首にタトゥをした不審な人物が逮捕された。蝶野という名のその男は、未確認生命体ともとれる発言で警察を挑発する。念のため一条は、椿医師に蝶野の検査を依頼。椿の元に呼ばれた雄介は、未確認生命体に憧れる彼に疑問を抱く。そんな中、未確認生命体第23号が出現した。

未確認生命体第23号怪人メ・ビラン・ギの前に苦戦するクウガは、一条刑事の助けで辛くも危機を脱した。激戦の中で負った傷の手当をするため、関東医大の椿医師のもとを訪れた雄介は、そこで蝶野と再会。生きることに背を向ける蝶野に語りかけるが……。

事件が解決したのも束の間、未確認飛行体の出現で捜査本部は緊迫していた。そんな中、一条に思いを寄せる婦警・望見は、一条に誕生日のプレゼントを手渡そうとするが拒否される。落ち込む望見に榎田は、一条の誕生日は父の命日でもあり、特別な日なのだと聞かされる。一方、怪人を追うクウガの頭上に未確認飛行体が現れた。

クウガのもとに飛来した未確認飛行体はトライチェイサー2000と合体し、新しいマシン・トライゴウラムとなった。だが、それも束の間、未確認生命体第24号怪人メ・ギャリド・ギが運転するトラックに激突されてしまう。間一髪、危機を脱したクウガは敵を爆発の中に葬った。一方、一条の母が倒れたという知らせが入る。

未確認生命体第24号事件が解決したのも束の間。未確認生命体第25号怪人メ・ガドラ・ダが現れた。一条からの連絡をうけた雄介は、直ちに現場に急行。警官を惨殺するメ・ガドラ・ダに挑むが、戦いの中で、トライチェイサーのコントロールパネルを破壊されてしまった……。

すがすがしく晴れ渡ったある日、1808番目の技・ストンプの練習をしていた雄介の元に、一条から未確認生命体出現の知らせが入る。雄介は現場に急行、未確認生命体第26号怪人メ・ギノガ・デと対決する。赤いクウガに変身した雄介は第26号に対して優位に立ったと見えたが、怪人が吐いた毒胞子を吸い込んでしまった。

未確認生命体第26号怪人メ・ギノガ・デに毒胞子を吹きかけられ、緊急入院した雄介は、懸命の救急措置を受けたにも関わらず心停止状態に陥り、椿の努力も空しく、遂に死亡してしまう。椿から雄介の死を知らされた一条は事実を受け入れ、みのりに事態を告げる。しかし、みのりは雄介の生還を信じ続けていた。

死の淵から生還し、第26号を倒した雄介は、その身体を調べるために、一条と共に椿のもとを訪れた。さらに2人は、雄介の安否を心配していた桜子、みのり、奈々、そして榎田たちを次々と訪問。雄介は元気な笑顔を振りまいていく。しかしその頃、第26号の破片から新たなる怪人、ギノガ変異体が誕生しようとしていた。

東京・長野間を往復して謎の行動をとる未確認生命体第3号怪人ズ・ゴオマ・グが目撃され、合同捜査本部では未確認生命体の新たな動向に警戒を強めていた。一方、雄介は、ゴウラムを調査したいと希望する桜子とジャンを科警研の榎田のもとに案内していた。そんな中、未確認生命体第31号怪人メ・ガルメ・レが現れる。

クウガと未確認生命体第3号怪人ズ・ゴオマ・グの戦いは、謎のライダーによってさえぎられた。雄介と合流した一条は、第3号が残した超音波の航跡をもとに、未確認生命体たちの集合場所を突き止め、そこでバラのタトゥの女と遭遇する。しかし女は、一条を全く意に介さず、バラの花びらだけを残して再び姿を消してしまう。

未確認生命体と戦っている内に、体に電流が走ったような感覚を意識するようになった雄介は、その謎を解くため、桜子にさらなる碑文の解読を頼んでいた。しかし桜子は、ある碑文を見つけたことから思い悩み、関東医大病院の椿を訪ねる。その帰り道、桜子が乗った電車の中には、なんと未確認生命体B郡6号の人間体が……。

クウガはトライゴウラムで未確認生命体第36号怪人メ・ガリマ・バに立ち向かうが、通用しない。一条たちは、第36号の殺人の法則性を探るため、被害者の多くが持っていた遺留品のライターを手がかりとして、聞き込み捜査を続ける。一方、図書館に出かけた桜子のバッグには、第36号の被害者が持っていたライターが……。

紫のクウガが強化された姿に変わってから1ヶ月。雄介はあのビリビリの影響で、紫のクウガのほかに、赤、青、緑のクウガも強化されそうだと予感していた。その頃、未確認生命体第37号怪人ゴ・ブウロ・グが暗躍を開始。そんな中、雄介の恩師である神崎先生の教え子が、栃木から東京へ向ったという連絡が飛び込んできた。

ライジングペガサスになったクウガは未確認生命体第37号に向けて空気の矢を放つが、とどめを刺すことはできず、エネルギーを失って変身を解除してしまった。変身できなくなった雄介は、恩師・神崎の現在の教え子で、東京に１人で来ているという霧島拓を探すため下町を走り回り、とある神社で拓に声をかける。

夏のある日。雄介と桜子が店番をする一方で、おやっさん、奈々、みのり、みのりの同僚である恵子たちはプールに出かけていた。そんな頃、プールで殺人ゲームを行う未確認生命体第38号怪人ゴ・ベミウ・ギが出現。一条からの連絡で雄介は現場へ向うが、そこへ、あの謎のライダーが現れた……。

謎のライダーが変身した怪人ゴ・バダー・バに、クウガは苦戦を強いられた。戦いの後、一条と合流した雄介は、未確認生命体の犯行に法則性があることを推測する。一方、ついさっきまで泳いでいたプールが未確認生命体の犯行現場になったことを知り、ショックを受けた恵子はお腹に子供を宿していたため、大きな不安を感じる。

クウガの金の力は、雄介の強くなりたい、という意志に呼応して、雄介の体内の霊石アマダムが生み出したものであることが判明。椿はさらなる変化を続ける雄介の体を案じるが……。その頃、未確認生命体第39号が暗躍を開始。事件の中、かつて雄介に命を救われた蝶野潤一が戦いに巻き込まれてしまう。

怪人ゴ・ガメゴ・レの前にクウガは倒れ、雄介は椿の元へ運ばれた。同じ頃、ガメゴ人間体との接触で意識を失った蝶野もまた椿の病院へ運ばれる。やがて、ゴ・ガメゴ・レが再び出現、雄介は赤の金の力を使う決意を固め、怪人に挑む。しかし、その頃、蝶野は椿に向かって雄介の戦いに非難の言葉を浴びせていた……。

未確認生命体第39号怪人ゴ・ガメゴ・レを赤の金の力で倒した雄介だったが、第39号の大爆発による被害は甚大で、マスコミの追求に対して警察当局も第4号の単独行動であることを強調する。そんな中、未確認生命体第41号怪人ゴ・バダー・バが出現。ゲームを開始したゴ・バダー・バは、バイクで人々をひき殺していく。

ゲームを開始した未確認生命体第41号怪人ゴ・バダー・バ。不調のトライチェイサー2000では対抗できないと感じた一条は、科警研が開発したビートチェイサー2000の発動を要請する。だが警察上層部は、第39号の大爆発によって世間が敏感になっていることを受け、ビートチェイサーの使用禁止の通達を出す。

ゴウラムとの合体による金属疲労と怪人ゴ・バダー・バとの戦いによって、ついにトライチェイサー2000はリタイアを余儀なくされる。諦めずにゴ・バダー・バに立ち向かう雄介は、ゴウラムを使ってこれを追うが、超速により振り切られてしまう。万策尽きたかと思われたその時、陽炎の向こうから新たなるマシンが現れた。

緑川学園二年の男子生徒が連続して怪死を遂げるという事件が発生。なんとその被害者が、いずれも4日前に怪しい青年から死を宣告されていた、という噂があることが分かった。一方、長野でも虐殺事件が起こり、現場に残された謎の文字の解読のため桜子は長野へ向かうが……。

緑川学園二年の男子生徒を殺す、というルールを揚げ、殺人を重ねる未確認生命体第42号怪人ゴ・ジャラジ・ダは、獲物としていた生徒のひとりが自殺してしまったため、新たな獲物を狙って暗躍。雄介と一条は、ゴ・ジャラジ・ダに狙われた少年を守るため、少年が保護された病院を警備するが……。

未確認生命体惨殺事件の現場に残された文字を調べる桜子は、一条に対して、その文字が元々グロンギの文字だったのではと語る。一方、東京では怪人ゴ・ザザル・バが殺人ゲームを開始。しかし、そのザザルの前に、謎の破片を腹に押し込み変化したズ・ゴオマ・グが出現。クウガは、互いに争う怪人たちに挑みかかる。

桜子が信濃大学で、復元された遺跡に刻まれた「戦士」の文字を調べる一方、東京では未確認生命体第3号のズ・ゴオマ・グと第43号ゴ・ザザル・バの出現に対して雄介や桜井たちが奔走していた。やがて、一条が長野から帰還。雄介と一条は探知された音波を辿って第3号へ向かう。しかし、第3号が降り立った廃工場には……。

バラのタトゥの女に傷を負わされた一条は、関東医大に運ばれた。一条の分までがんばろう、と思う雄介は、未確認生命体第43号ゴ・ザザル・バのゲームのルールに思いを巡らせる。しかし、そんな中、再び未確認生命体第3号ズ・ゴオマ・グが、行動開始。2体の未確認生命体に対して雄介は苦慮するが……。

都内で殺人ゲームを続ける未確認生命体第43号ゴ・ザザル・バと、千葉県で暴れる未確認生命体第3号ズ・ゴオマ・グ。急行した雄介は桜井の援護を受け、第43号をからくも打ち倒した。さらに一条と合流した雄介は、警官たちを襲う第3号に挑むが、より強力な姿、ズ・ゴオマ・グ究極体に変貌した3号に圧倒されてしまう。

未確認生命体第0号が、他の未確認生命体の大量惨殺を続ける中、雄介たちは城南大学でそれぞれの研究の成果を報告していた。復元された遺跡の壁に描かれた碑文。桜子はその中に、第0号を表すと思われる4本ヅノの「戦士」と似た文字を見つけていた。そんな時、新たな未確認生命体が旅客機を襲撃したという報告が入る。

未確認生命体第44号怪人ゴ・ジャーザ・ギに迫るクウガは、突如海中から攻撃を受けて傷を負った。一方、オーディションに出掛けた奈々は、ポレポレに着くなり「誰かを殺したいと思ったことない」と言うと、おやっさんの言葉も聞かず店を飛び出してしまう。事情を知った雄介は、奈々を捜しだし、奈々に語りかける。

未確認生命体第45号怪人ゴ・バベル・ダが現われ、これまでにない大規模な殺人を街中でくり広げていた。駆けつけたクウガも苦戦を強いられるが、一条の放った未確認生命体用強力弾（筋肉弛緩弾）によってなんとか危機を脱した。その後、科警研で会議を終えた一条は、長野から久々に上京した夏目実加を訪ねる。

ゴ・バベル・ダを倒し、束の間のやすらぎを許された一条は、夏目実加が参加するフルート演奏コンクールの会場へ向かった。そこで一条は昔の同僚・桂木と出会う。会場で不審人物を見かけたという通報があり、その後コンクールの主催者も会場から姿を消したため捜査に入っているという。桂木は捜査への協力を申し出るが……。

次々と強力になる未確認生命体に対して危機感を強めた合同捜査本部は、科警研の榎田に対策を依頼。ひかりは第3号の解剖結果などに基づき、新装備の開発を進めていた。一方、クウガとしての強化を図る雄介は、ジャンの言葉をヒントにして椿のところへ向かう。そんな中、未確認生命体第46号怪人ゴ・ガドル・バが出現する。

ついに未確認生命体第46号怪人ゴ・ガドル・バがゲゲルを開始した。新たなる力を身につけたゴ・ガドル・バの前に、クウガも瀕死の状態に追い込まれてしまう。一方、第46号の出現によって息子・冴の授業参観への出席を断念し、神経断裂弾の開発に取り組む榎田ひかり。しかしそのため冴は傷つき、部屋にひきこもる。

第0号との戦いのために金の力を強化しようとしていた雄介は、金の力を操るようになっていたゴ・ガドル・バによって倒された。雄介の想いを桜子から聞いた椿は、再び雄介への電気ショックを試みる。一方、ひかりが完成させた神経断裂弾でゴ・ガドル・バ、さらにはラ・ドルド・グに挑む一条は、バラのタトゥの女と遭遇する。

クウガや警察の活躍によって怪人ゴ・ガドル・バは倒された。しかし、それは同時に第0号が究極の闇をもたらすことを意味していた。雄介は、黒の金のクウガとなってこれに挑むが、ダグバの完璧な非道さの前に敗れ去る。なんとしてもダグバを倒したい雄介は、遂に一つの結論にたどりつき、そのことを一条に打ち明ける。

第0号を倒すため「凄まじき戦士」になることを決意した雄介は、最終決戦を前に、彼を支えてくれた人々に改めて挨拶をするため、一人バイクを走らせていた。一方、バラのタトゥの女と遭遇した一条は強化型神経断裂弾を撃ち込み、その存在を海に沈めることに成功。そして雄介は一条と共に、第0号の待つ九郎ヶ岳へと向かう。

究極の闇をもたらす者、ン・ダグバ・ゼバを倒すため、凄まじき戦士、アルティメットフォームに変身した雄介。白一色の雪原を赤い血で染めながら続いた文字通りの死闘は、ついに決着した。そして、それから3ヶ月の時が経った……。