250年の時を経て、新しい体で再生したタケシ・コヴァッチは、自分を所有するという大富豪から、自らが被害者である殺人事件の捜査を依頼される。

バンクロフトに殺害脅迫を送った人物を突き止めようとするコヴァッチ。一方オルテガは、規則を破ってでもコヴァッチの動向を監視する。

バンクロフト主催のパーティーのため、意外な人物を援護役として雇ったコヴァッチ。同じパーティーに招待されたオルテガは、悪趣味な余興を目にする。

捕らわれの身となり拷問を受けるコヴァッチは、はるか昔エンヴォイとして受けた訓練を思い出す。 祝日を祝う家族の集まりで、皆を驚かすオルテガ。

自分のスリーヴの正体を知ったコヴァッチは、オルテガから詳しい話を聞く。ポーがもたらした情報が、バンクロフトの捜査を大きく進展させることに。

オルテガが運命の分かれ道に立つ中、バンクロフト一家に驚くべき事実を報告するコヴァッチ。さらに、因縁の敵がコヴァッチの前に立ちはだかり…。

自らの過去を知る人物と再び出会ったコヴァッチ。その脳裏に、保護国、反乱軍、そしてクウェルをめぐる複雑な歴史がよみがえる。

衝撃の真実を知ったコヴァッチは、バンクロフトの捜査を終わらせるためディッパーを要請する。ファイトドロームにいた謎の女の正体を追うオルテガ。

痛ましい事件の発生をうけ、コヴァッチと仲間たちはヘッド・イン・ザ・クラウズへの潜入を企てる。それは、死の危険を伴う大胆な計画だった。

空の上で敵に追い詰められたコヴァッチだが、そこに現れた思いがけない救世主が流れを大きく変える。さらに隠されていた秘密が明らかになり…。