ゴーレムに占拠された終末世界を来美（中条あやみ）と共に生き抜いた響（竹内涼真）。仲間たちとの生活を続ける響はある日、食料調達に向かった街から物資が消え、謎の印が付けられたゴーレムの死体が増えているのに気づく。 そんな中、シェルター「希望の家」から来たという謎の男・野呂（吉沢悠）が現れるが、何か隠している様子で……。 一方、臨床実験が原因で体に異変が出始めた来美は、自分の感染を疑っていた。時々記憶が曖昧な時間があることに不安を感じる来美。さらにゴーレムのいないはずの島で仲間がゴーレム化する事件が発生！疑惑の目は来美に向けられて……。再び仲間の間に生じる亀裂、症状の進む来美……。そんな来美の前に、シェルターの住人・秋吉（本郷奏多）が現れ……。新たな試練の数々が響を襲う！

高度な生活レベルを維持するシェルター『希望の家』で目を覚ました響（竹内涼真）。急いで来美（中条あやみ）の安否を確認するが、ゴーレム化が迫る来美は、響のことはおろか自分の名前さえ覚えていない状態で……。 さらに響は来美を診察した医師と対面。それは何と、死んだはずの響の父親で……!? 一方、希望の家のリーダー・美沙子（濱田マリ）は、息子・秋吉（本郷奏多）に響と来美を守るよう命じていた。シェルターを率いる二人の間には、何か重大な秘密があるようだが……。 その頃、猿ノ島ではゴーレムに仲間を襲われた坪井（小久保寿人）が暴走。『希望の家』による仕業だと考える坪井は、響の仲間たちを恐怖で支配し、復讐に巻き込んでゆく……。そんな中、平和で安全なはずの『希望の家』に、いるはずのないゴーレムが現れて……！？

一人福島へと旅立った響（竹内涼真）。シェルターに残された来美（中条あやみ）は、自分に苛立ちながらも必死に記憶を取り戻そうともがく。 そんな中、元々リゾート施設の会員だった人たちの間では、後から来た避難民に対する差別が生まれていた。秋吉（本郷奏多）は、『新たな避難民の受け入れは親族に限る』というルールを決め、不満を抑えようとするが……。 一方、復讐に狂う坪井（小久保寿人）と共に等々力（笠松将）たちもシェルターに到着。夕闇が近づく中、ある奇策によって閉ざされた門をくぐることに成功する。そんな矢先、シェルター内で再びゴーレムが発生！襲われたのは臨月の妊婦・菜々子（真魚）で……！？ 同じ頃、ジアン（玄理）と桑田（浅香航大）が残る猿ノ島にも大量のゴーレムが現れる……！大切な人の命を救う為、残された者が選ぶ道とは！？そして、新たな鍵を握る“謎の男”（キム・ジェヒョン）の驚愕の正体とは！？

婚約者だという秋吉（本郷奏多）の嘘のおかげでシェルターに残れることになった来美（中条あやみ）。 しかし、リーダーとして苦悩する秋吉は、つい来美にきつくあたってしまう。お互いに孤独を抱える二人だが……。 そんな中、猿ノ島がゴーレムの大群で全滅したというニュースが入る。島に残った仲間を心配する一同。さらにシェルターでは備蓄が不足し、避難民への風当たりが強くなる。 等々力（笠松将）と佳奈恵（飯豊まりえ）は、自ら調達組に志願し危険なシェルターの外へ。 一方、家族を装いシェルターに身を寄せる甲本（マキタスポーツ）、紹子（安藤玉恵）たちは、あるトラブルをきっかけに嘘がばれ、シェルター追放の危機に！ そんな時、結月（横溝菜帆）が事故に巻き込まれて……。そして、福島へ旅立った響（竹内涼真）の運命もまた、大きく狂い始める！

命がけで戻った響（竹内涼真）が目にしたのは、秋吉し（本郷奏多）と寄り添う来美（中条あやみ）の姿！薬を手に入れられなかった響は、来美が過去を思い出す可能性が低いと知り、やりきれない思いを抱く。 そんな中、響は坪井（小久保寿人）から、シェルター内に仲間を殺した人物がいると聞かされるが……。 一方、何者かに監禁された等々力（笠松将）と佳奈恵（飯豊まりえ）は、迫り来るゴーレムたちを前に絶体絶命の危機を迎える。そして、シェルター内でも、倉庫の備蓄が盗まれる事件が発生。さらには、甲本（マキタスポーツ）、勝利（田中奏生）たちにも危険が迫り……。 そんな折、響は秋吉が無線機で不審な交信をしているのを見かける。その夜、秋吉が会っていた相手、それはミンジュンに似た男（キム・ジェヒョン）で……！秋吉の怪しい行動の目的とは？そして響には辛い別れの時が近づいていた……。

甲本（マキタスポーツ）たちが襲われ、シェルター内はパニックに！狼狽する秋吉（本郷奏多）に変わり、響（竹内涼真）はリーダーシップを発揮する。 そんな中、来美（中条あやみ）の妊娠が発覚。子どもの父親は……？複雑な気持ちの中、新しい命を授かった来美を祝福する響。しかし、感染者である来美が子供を生むことにジアン（玄理）は反対していて……。 その頃、等々力（笠松将）は、左手を失いながらも佳奈恵（飯豊まりえ）と共に監禁場所から脱出しようとしていたが……！？一方、響はシェルター内に、秋吉に交渉を迫っている“奴ら”の協力者がいる可能性を考え始めるが……。 そんな中、響はシェルター開設当時に起きた、ある事件を知る。そして最後の交渉に臨む秋吉には思わぬ危険が迫っていた……！？一瞬も目が離せない、シーズン２最終話。