ゴーレムウイルスに感染しながらも、響（竹内涼真）の子を身篭った来美（中条あやみ）が“謎の男”（キム・ジェヒョン）と姿を消して10ヶ月——— 。 響と結月（横溝菜帆）は、食料を強奪し殺戮を繰り返す集団“X”のもとで来美が生きていると信じ、行方を追っていた。 そんな中、響はかつてゴーレムから助けたことがあるシンジ（須賀健太）と遭遇、 “ゴーレムに噛まれても死なない男”の噂を聞く。 そんな矢先、響たちは“ゴーレムの死体”を集める謎の宗教団体『光の紋章』と鉢合わせて……。 生存者の伊織（桜井日奈子）、梶浦（和田正人）と共に光の紋章に保護された響たちは、教団の聖地＝サリートへ。なぜか豊富な食料が揃う教団で、響は教祖・ワンティーティ（玉山鉄二）がゴーレムに噛まれるも感染しないという信じられない姿を目の当たりにする……！

来美（中条あやみ）を救えるというワンティーティ（玉山鉄二）の言葉と、ゴーレムに噛まれても感染しないという人間離れした能力を目の当たりにし、心が揺れる響（竹内涼真）。 そんな矢先、響はサリートに連行された等々力（笠松将）と思わぬ再会を果たす。 かつて教団に身を寄せた等々力は、佳奈恵（飯豊まりえ）と共に“ある理由”で教団の施設を破壊し、逃走していた。 等々力を助けるため、話し合いで解決しようとする響だが、教団に不信感を持つ等々力と激しく衝突してしまう！ さらに、突然姿を消した結月（横溝菜帆）を探す響は、施設内の隠された部屋で教団の思わぬ目的を知り……！？ そんな中、等々力が謎の儀式『マリス』に処されることに。謎に満ちた教団『光の紋章』の恐ろしい実態が明らかに……！

等々力（笠松将）を助けるため、ワンティーティ（玉山鉄二）を人質にとった響（竹内涼真）。佳奈恵（飯豊まりえ）とジアン（玄理）も駆けつけ、形勢逆転したかに見えたが……。 そんな中、食料を求める集団“X”（エックス）の一群が教団施設に侵入し、信者たちを襲っていく！ 混乱の中、響たちの前に現れたのはエックスの１人・カイ（キム・ジェヒョン）。その姿は、死んだはずのミンジュンと瓜二つで……！？ 子供たちを人質に取り、アジトへと引き上げていくエックスたち。響は、来美（中条あやみ）の居場所を突き止めるため、一群の後を追う！ しかし、その前に思わぬ人物が立ちふさがる！ 一方、エックスの車に忍び込み、アジトにたどり着いた結月（横溝菜帆）とシンジ（須賀健太）の前には、想定外の出来事が待ち受けていた！

エックスのアジトで、冷酷に変わり果てた来美（中条あやみ）に再会した結月（横溝菜帆）。来美はエックス内で、病に伏せるリーダー・郷田（栗田芳宏）の主治医となっていた。 そんな中、薬が不足し郷田に生命の危機が。シンジ（須賀健太）から薬のありかを聞き出したエックスたちは研究施設を目指す。 一方、負傷した響（竹内涼真）は、等々力（笠松将）の力を借りてエックスのアジトに向かっていたが、再び信者たちに捕まってしまう。教団は、エックスより先に薬を手に入れる為、響たちを研究施設に向かわせる。 等々力の無事を願う佳奈恵（飯豊まりえ）は、自分を置いて逃げるよう告げるが……。素直になれない等々力と佳奈恵に別れの時が……!? そして、ワンティーティ（玉山鉄二）の体にはある異変が現れ始める。

研究施設で深手を負い、意識を失った響（竹内涼真）。 そんな中、来美（中条あやみ）を乗せたエックスの車両が到着する。ついに訪れた響と来美の再会の時。響は、来美から思いもしなかった言葉をかけられる。 そしてエックス内部では、祖国との『約束の日』をめぐり、対立が勃発。祖国との連絡手段をただ一人知る病床の郷田（栗田芳宏）に対し、しびれを切らしたイナバ（水石亜飛夢）達が反旗をひるがえす！ 一方、教団の施設へと戻った響たちを出迎えた佳奈恵（飯豊まりえ）は、そこに等々力（笠松将）の姿がないことに気づき……。 途方に暮れ、教団施設の聖堂へと足を踏み入れた響は、教祖・ワンティーティ（玉山鉄二）から声をかけられる。ついに、人知を超えた力を持つワンティーティの過去と秘密が明らかになる……。

来美（中条あやみ）のためにできることがまだあると信じる響（竹内涼真）は、再びエックスのアジトへ。 その頃、エックスでは、郷田（栗田芳宏）に『約束の日』の情報を聞き出し、イナバ（水石亜飛夢）たちが、アジトを去っていた。 しかし、カイ（キム・ジェヒョン）を手当するため、アジトに残った来美は、郷田から想定外の事実を知らされる。 響のもとへ向かうと心を決めた来美は、響が近くに来ていたとは知らず、結月（横溝菜帆）らと自分の子を連れ、教団の施設へ……。 ワンティーティ（玉山鉄二）の正体が明らかになった今、教団内は無秩序状態。子供を奪われた来美は、牢屋に入れられてしまう！ さらに、来美を追うエックスたちが攻め込んできて……！？過酷な運命に抗う響、来美、そして二人の子供を、衝撃のラストが待つ！