大変動から２０年後。孤島『のこされ島』にはおじいと呼ばれる老人と、大変動の後に生まれた少年コナンが住んでいた。ハナジロと呼んでいるサメをしとめた帰り、コナンは砂浜に打ち上げられている少女ラナを発見する...。

ラナを取り戻すためファルコに飛びついたコナンは、なんとかしようと翼の上で暴れまくる。コナンをピストルで撃ち落とそうとするモンスリー。風圧で押されたコナンは翼から海に落ちてしまうのであった...。

竜巻の荒れ狂う海を乗り越え、ようやくコナンがたどり着いたのは小さな島だった。島の中の人気のない廃墟でコナンは一人の少年と出会う。互いに力自慢をしたのち、コナンはその少年ジムシーと友だちになる...。

コナンとジムシーは夜に乗じて船内に忍び込むことに成功する。だが、調理室に忍び込んだジムシーが酒に酔っぱらって騒ぎを起こしたことによって発覚。酔ったジムシーをかついで逃げるコナンであったが...。

ようやくインダストリアに到着するバラクーダ号。寂れたコンビナート街の中に点在するインダストリアの風景をながめたコナンとジムシーは、その殺風景な有様に愕然とする。コナンはファルコを見つけ、ラナがいることを確認する...。

見回りを倒しラナを独房から救い出したコナンは、三角塔内部を逃げ回る。三角塔の地下にある迷路のような地下街を逃げ回る二人は、そこで巨大な毒蛾のような爆撃機【ギガント】を発見する...。

ラナを手中に納めたダイスは、バラクーダ号で逃亡を開始した。即座に追跡するレプカだったが、霧に包まれた港では思うままに追跡もできず、霧の晴れるのを待つしかなかった...。

ガンボートの追跡から必死になって逃げ回るバラクーダ号。だがダイスは最後の切り札とばかりにラナを船首のポールにくくりつけ、船首をガンボートに向けて反転する...。

広大な砂漠を歩き続けるコナンとラナ。ついに力尽きて気絶していた二人を救ったのは、サルベージ船の親玉であるパッチと呼ばれる隻眼の男であった...。

インダストリアでは、ダイス、ジムシーたちが牢屋に入れられたままだった。ダイスは死んだふりをして脱出を計るのだがレプカに見破られてしまう...。

サルベージ船に到着したファルコは、ラオ博士たちが脱出したのを知り、ただちに捜索に飛び出してゆく。一方コナンたちは、ラオ博士が砂漠に隠したフライング・マシンによって砂漠を渡ろうとしていた...。

三角塔の地下深く侵入していくフライング・マシン。危険ではあったが、集積回路の寿命も尽きかけており、脱出するためにはどうしてもコアブロックに降りてパーツを探す必要があった...。

バラクーダ号の甲板に降り立ったフライング・マシン。お互いの無事を喜ぶ一同に、ラオ博士はインダストリアの人々を救うため、単身戻ることを告げる...。

ハイハーバーでの平和な朝、コナンとジムシーは食事を済ませるとラナに村を案内してもらうことになった。ラナの働いていた風車村では、機械織りの少女たちに歓迎を受けて驚く二人。タルコスに村の中を案内されると...。

山向こうの荒地のオーロの村に向かった二人は、突然、馬に乗った不気味な一団に捕まってしまう。彼らはオーロの仲間たちだった。豚の件は村人には関係ないと言う二人に、オーロたちは同じくらいの豚を捕まえることができたら許してやると言う...。

ある朝、ラナはラオ博士の乗るフライング・マシンが炎に包まれる悪夢を見る。岬に立って思いに沈むラナ。そんなラナを発見して、コナンはチートたちとの交易に向かうガルの船にラナを乗せて行く...。

オーロの村の側に上陸したインダストリアの戦闘員は、迎え撃つオーロたちをあっさりと撃退してしまう。早朝、集まった村人たちは村を守るために戦う決意をし、峠の入り口を固めるのだった...。

駆けつけたコナンは、戦闘員を蹴散らしラナを抱えて逃げていく。そのコナンを追い掛けるハンドミサイル。次々と追ってくるミサイルをなんとかよけていたものの、最後の一弾の爆発に巻き込まれ、コナンは気絶してしまう...。

ガンボート沈没の知らせはインダストリアの戦闘兵に大きな衝撃を与えた。だが、モンスリーは動ずることもなく、部下に次の作戦を指示してゆく。部下の去った後、一人で庭にたたずむモンスリーはふと自分の過去に思いを巡らせる...。

大津波の翌朝、ハイハーバーの村人はインダストリアの戦闘員を村の一員として迎え入れることにした。この決定に兵士たちは驚きつつも同意するのだった。一人頑固に村人との会話を拒んでいたモンスリーも...。

ラナ、ダイス、ジムシーを下ろすことはできたものの、フライング・マシンは銃撃を受け、バラック街に墜落してしまう。コナンはモンスリーをかついで脱出するが、爆発に巻き込まれ気絶したところを捕らえられてしまう...。

脱出したコナンは追い込まれ、地下街へと降りていく。途中でレプカが地下街を水没させようとしていることを知ったコナンは、地下街に向かい爆破を食い止めようとする。が、時すでに遅く、一斉爆破と共に地下街に海水がなだれ込んでいく...。

地下の住民も解放され、三角塔が反乱を起こした地下住民の手に渡るのも時間の問題だった。レプカはラナを人質に、屋上からフライング・マシンで脱出を計るが、コナンの攻撃によってマシンは火を吹き、ラナを奪回したコナンは脱出する...。

次第に地震が多発するなど異変の近いことが感じられるインダストリアでは、脱出の準備が着々と進んでいた。だが、その地下では死んだはずのレプカが生きており、ギガントを復活させ、武力で世界を我が物にせんと企んでいた...。

ギガントに乗り移ったコナンたちは砲塔を占拠、ギガント自身に対して砲撃を加えていく。が、その砲塔も吹き飛ばされ、しかたなくコナンたちは翼の上を走って胴体の部分に侵入。内部を次々と破壊していく...。

ハイハーバーへ向かう航海の途中、尾翼の上で助けを待っていたダイスとジムシーが救助された。だが、コナンの行方はわからず、ラナもコナンが生きているのか不安に感じていた...。