目安箱に投書された一通の封筒を手にする黒神めだか。 差出人は、箱庭学園理事長の不知火袴だった。 「雲仙君は、風紀委員とは別に、私の主催するプロジェクトに参加してくれていましてね。しばらく静養する彼の代役を、黒神さんに務めて頂きたいのです。」 怪しく微笑む不知火袴より依頼されるプロジェクト“フラスコ計画”とは？

突如、現れた都城王土。 彼の言葉に跪いてしまう善吉・・・。 そこにやって来ためだかは、王土より投書を渡される。 王土の誘いを受けるべく、めだかは自身のバージョンアップを決意する。 箱庭学園の旧校舎“軍艦塔・ゴーストバベル“でめだか達を待ち受ける人物とは？

目安箱から溢れる投書の数々、全て十三組がらみの内容であった。 雲仙の負傷により、大きく動き始める“フラスコ計画”。 「それでは！目安箱への投書に基づき、生徒会を執行する！！」 阿久根と喜界島を残し、時計台へと向かうめだかと善吉。 二人を待ち受けるのは？

めだかと喜界島の機転により、迷宮を進む生徒会のメンバー達。 そこへ現れた一人の男が“フラスコ計画”の研究成果をまとめたという、ＵＳＢメモリを見せつける。 「俺はサーティン・パーティ最強の男！高千穂仕種だ！」 めだか達“生徒会”と“十三組の十三人”の戦いの火蓋が切られた。

時計台内の地下二階に辿り着いた生徒会一行の前に、日本庭園が広がる。 迷宮に続く実験施設で待ち構える、新たな“十三組の十三人”の一人、宗像形。 「僕は誰を殺せばいい？」 物腰こそ穏やかだが、アブノーマルさを滲ませる宗像の相手とは？

地下二階を突破した、生徒会と真黒達の前に現われた動物の檻の数々。 めだかと喜界島の女子二人が、動物を巡り喧嘩をする裏で、阿久根は一人捜索を進める。 「やっほー高貴くん。ちょっくら俺とトークしよーぜ」 元クラスメイトの名瀬夭歌と、その親友の古賀いたみが、阿久根の背後に迫る。

舞台を地下四階に移しながら繰り広げられる戦いの最中、阿久根は古賀の不意打ちを受けてしまう。 ピンチに陥った彼の危機に駆けつけたのは、黒神真黒だった。 「・・・お目にかかれて光栄だぜ、黒神先輩」 ”フラスコ計画”の現統括者・名瀬夭歌は、前統括者・黒神真黒に強い対抗意識を示す。その理由とは・・・？

“フラスコ計画”の続行を宣言した名瀬夭歌こと黒神くじら。 そこに現れためだかは、くじらと六年ぶりの再会を果たす。 真黒、くじら、めだか。三人の思いが交差する中、めだかはくじらの策略により記憶をなくしてしまう。 「ところで、ここはどこで、私は誰で、何のために生まれてきた？」 記憶を失いながらも、現状を把握しためだかは、古賀に戦いを挑むのだが？

行橋未造の催眠ガスで、倒れていく生徒会のメンバー達。 その中で、一人立ち上がったのは喜界島もがなだった。 彼女は完璧超人のめだかを、唯一普通の女の子として見てきた。 「だから私は、絶対にあなたたちをゆるさないんだもん。」 喜界島は、めだかへの強い想いと意思を、行橋へとぶつける。

黒神めだか（改）の前に立ちはだかる善吉。 二人が熾烈な戦いを繰り広げる中、めだかは完全となるべく、自身の過去を振り返る。 「私は何のために生まれてきたのだろうか」 そう考えていた二歳のめだかは、とある病院の託児室で一人の男の子と出会う。 彼女にとっての全ての始まりが、そこにはあった…。

完全復活した黒神めだか。 「“フラスコ計画を今日中に叩き潰す！“確か私はそんな志を胸に抱いて、この地の底までやってきたはずだ！」 決意も新たに、打倒“フラスコ計画”を宣言するめだかを、王土はその最深部へと、自ら案内する。 “生徒会”めだかと、“十三組の十三人”王土による、最後の戦いが、今、始まる。

都城王土を撃破しためだかの前に、突如現れた球磨川禊。 その様子を、無人の教室でテレビ画面を通して見守る安心院なじみ。 「やはり今は彼の話をしよう。 混沌よりも這い寄るマイナス、球磨川禊くんの話を」 水槽学園に通う球磨川と、須木奈佐木咲を描く番外編。 グッドルーザー球磨川の活躍（？）はいかに！！