1815年、ナポレオンがエルバ島に流され、王政が復活したフランス。若き船乗りエドモンは嵐の中を航海中、瀕死の船長から「パリに届けてほしい」と手紙を託される。船長は亡くなり、エドモンが船長を引き継いでマルセイユに戻ってくる。マルセイユには恋人メルセデスが待っており、2人は婚約する。メルセデスに恋していた新人将校のフェルナンは嫉妬に燃え、次期船長の座を狙っていたエドモンの同僚ダングラールと共に「エドモンはナポレオンのスパイだ」という、にせの告発状を書く。告発状を受け取った次席検事のヴィルフォールは、自らの保身のためにエドモンに罪を着せる。エドモンは入ったら生きて出られないと言われるイフ城に投獄されてしまう。

投獄されたエドモンは無実を訴えるが聞き入れてもらえない。一方、モレル氏はヴィルフォールから「エドモンは自殺した」と聞かされる。それから10年後のある晩、エドモンの房の壁から、脱出通路を掘っていた隣の囚人・ファリア神父が現れる。二人は協力して脱獄することを誓う。生きる気力を取り戻したエドモンは、神父からあらゆる知恵を授かる。そしてある日、ヴィルフォールにだまされたと知った彼は復讐を心に決める。しかし5年後、脱獄する日を目前に神父が倒れ、「モンテクリスト島に眠る財宝を見つけろ」と遺言を残して亡くなってしまう。悲しみに暮れる中、エドモンはとんでもない方法で脱獄を試みる。果たして、彼の運命は…。

無事に脱獄に成功したエドモンは故郷マルセイユに戻り、父親がすでに他界していることを知る。そして父親の墓石の隣にはなんと自分の墓が建てられていた。街中で出会ったイタリア出身の密輸人ジャコポの船でモンテクリスト島に向かい、ファリア神父から託された財宝を探し出し、ついに大金持ちになる。紳士の身なりをしたエドモンはジャコポに自分の過去を打ち明け、復讐の手伝いをしてほしいとお願いする。記録保管所で、逮捕された当時の資料を調べ「ナポレオンのスパイだ」という、にせの告発状がカドルッス酒場で書かれたものだということを突き止め、現在は酒場を売り払いひとりで宿屋をしているカドルッスに、ジャコポと共に会いにいく。

エドモンは、メルセデスとフェルナンの間に息子がいることを知る。息子アルベールはローマを旅行中だった。エドモンはローマへ行き、アルベールの信用を得ることに成功する。アルベールは、パリで両親やその友人たちにエドモンを引き合わせる約束をする。ほどなくエドモンは２軒の家を購入してパリに住むようになり、モンテ・クリスト伯爵としてメルセデスに再会を果たす。メルセデスは伯爵に言い知れぬ雰囲気を感じて困惑する。エドモンを陥れた検事ヴィルフォール、銀行家になったダングラールにも再会し、郊外の別邸に招待する。その家では過去、ヴィルフォールに暗い影を落とす事件があった…。死よりも重い復讐がここに始まる。

助産師が逃げたことを知ったヴィルフォールは、刑事にモンテ・クリスト伯のことを探らせる。対するエドモンはあらゆる復讐の手はずを整えていた。ダングラールの妻・エルミーヌがデュブレーと不倫関係にあることを利用し、ダングラールをおとしめることに成功する。さらに、フェルナンに恨みを持つ女性を自宅に迎え入れ、フェルナンが主催する舞踏会へ連れていく。またアルベールには、ダングラールの娘・ユージェニーとの望まない結婚を破談にすると約束をする。一方ヴィルフォールの娘・ヴァランティーヌも望まない縁談に逆らえず苦しんでいた。そんな中、エドモンはローマでの借りを返してもらうべく、ヴァンパをパリへ呼び出す。

エドモンは、ヴィルフォール夫妻、ダングラール夫妻、モルセール夫妻を晩さん会に招待した。そこに登場したのはなんとヴァンパ扮する「スパダ伯爵」だった。スパダ枢機卿の財産を相続したというスパダ伯爵の話に興味津々のダングラールは投資事業の計画を持ちかける。また結婚相手を探しているスパダ伯爵に、娘のユージェニーを気に入ってもらおうと試行錯誤する。一方ヴィルフォール家では、いよいよヴァランティーヌとフランツ・デピネーの結婚当日、ノワルティエによる重大な告白により破談になってしまう。ヴィルフォールの妻・エロイーズは多額の財産を相続することになるヴァランティーヌを陥れるため、よからぬ計画を実行する。

ダングラールはスパダ伯爵に取り入るため、娘ユージェニーとアルベールの婚約を白紙にし、スパダ伯爵と婚約させようとする。エドモンのもとで暮らす女性エデは、フェルナンが隠していた過去を知る人物だった。その過去は暴かれ、フェルナンは国会を去ることになる。婚約は破棄され、父親は失脚に追い込まれたアルベールの誇りは深く傷つく。一方、生後すぐ捨てられたヴィルフォールの息子ガストンは助産師である養母に育てられたが、養母は逮捕され、少年は路上生活を余儀なくされていた。エドモンはガストンと養母をヴィルフォールへの復讐に利用しようと画策する。復讐の計画は着々と進むが、それは過去のつらい思いに向き合い、新たな苦しみを生む行いでもあった。

エドモンはヴィルフォールの元を訪れ、侯爵夫人を殺害したのは夫人ではないかとほのめかす。ヴィルフォールは妻に疑いの目を向け、決定的な証拠をつかんで娘の無実を確信するが、検察官という立場ゆえ、娘に有利なように立ち回ることができないでいた。ある日、エドモンはボーシャンに、とある不正を告発する。後日ついに、スパダ伯爵とユージェニーの婚姻の式の日が訪れ、ダングラールの思いのままに運ぶはずだったが、事態は急展開を迎える。一方ガストンの裁判では、例の助産師が現れたことでヴィルフォールは窮地に立たされ、帰宅した彼に更なる悲劇が襲う。一体どんな結末が待ち受けているのか。エドモンの復讐は、いよいよ最終章へ。