科学者で黒ずくめの組織の一員、宮野志保【コードネーム シェリー】は、神秘的な毒薬 APTX(アポトキシン)4869 を開発する。 それは、工藤新一を幼児化させた薬だった!しかし、黒ずくめの組織が、姉・明美を殺害したと知ったシェリーは、組織を裏切り、自身もAPTX4869 を飲んでしまう。薬によって幼児化した彼女は、灰原哀と名乗り、身を隠しているのだが......。 少しずつ、だが確実に、黒ずくめの組織が、彼女に影を落とす。 組織の幹部、ジンと最悪の再会を果たし、命を狙われた『黒ずくめの組織との再会』 バスジャックに遭遇した車内で、組織のメンバーの気配を感じ、死を覚悟した『謎めいた乗客』 クライマックスは、豪華列車の中で窮地に追い詰められた『漆黒の特急(ミステリートレイン)』 ベルモット、そしてバーボンとの直接対決に敗れた灰原は、組織の思惑通り、貨物車の爆発に巻き込まれ、死亡したと思われたのだが......。 トンネルを抜けた先に見えた真実とは? 組織との新たなる対決は「名探偵コナン 黒鉄（くろがね）の魚影（サブマリン）」(2023年4月14日公開)へ!
（C）青山剛昌／小学館・読売テレビ・TMS 2023
