正月の昼間、小五郎はサングラスをかけ、人目を避けるように喫茶「ポアロ」に入ってくる。この日、小五郎は厄介な奴らに追われていた。小五郎は自分がここに来ている事を伏せて欲しいとウェイトレスの梓に頼む。その時、窓の外に追っ手のシルエットが浮かび上がり、小五郎は急いでトイレへと逃げ込む。梓は追っ手に小五郎の事を訊かれ、思わずトイレにいると口走ってしまう。 小五郎は慌てて窓から外へと逃げ、新たに自分の身を隠す場所を探す事に。小五郎を追っているのは謎の5人。次に小五郎がやってきたのは競馬場だった。木の葉を隠すなら森の中、小五郎は人混みに紛れれば見つからないだろうと考える。だが、安堵したのも束の間、観客席に「米花町からお越しの毛利小五郎様、5番ゲートまでお越し下さい」というアナウンスが流れる。すでに追っ手はここまで来ているのだ。小五郎は呼び出しを無視するが、周りの人たちに気付かれ、逃げるように競馬場を後にする。 小五郎はこの日の深夜0時まで逃げ切れば良く、友人に電話をしてこれから麻雀をしようと持ちかける。すると友人は小五郎を捜している連中から連絡があった事を明かす。小五郎と会う事になったら連絡して欲しいと頼まれたという。小五郎は慌てて電話を切り、追っ手も知らない自分だけの隠れ家へ。それは小五郎が最近見つけたカフェ「ラウル」だった。小五郎は食事をしながら奴らをやり過ごす方法を考えようとするが、そこに蘭と英理がやってくる。コナンが小五郎の机から店のマッチを見つけて蘭に教えてしまったのだ。小五郎は蘭と英理に気付かれそうになり、そそくさと店を出て行く。 車を運転中、小五郎は沖野ヨーコの主演映画のポスターに気付いて映画館に入る。上映中は暗闇、休憩中はトイレに隠れれば0時までやり過ごせると考える小五郎だったが…。日売テレビの女子アナウンサーが突然取材を始めてすぐに小五郎を見つけてしまう。追っ手の5人は街頭テレビに流れる生中継の映像を見ていた。小五郎はすぐに映画館を出て、身を隠す場所を考える。そして、小五郎は追っ手が来る可能性が極めて低い場所を思いつくが…。

コナンは、刑事たちに追われる怪しい男と衝突する。男が落とした手帳には「E2」と「麻」の文字が記されていた。平次と協力して暗号を解読し、取引場所は大阪の戎橋で、白いバラが待ち合わせの目印とにらむ。

麻薬の密売人の手帳を拾ったコナンたちは、大阪の平次と協力して暗号を解読。現場では白いバラが目印だったが、そこには強面の男、髪飾りの女、金髪に鼻ピアスのチャラ男がいた。取引時間から1分が経過して…。

凧揚げ大会に参加したコナンたち。そして、チームカフェ廉野が凧を揚げる順番になった。そこへ、廉野が浮気していた女性の兄・加倉由敏が現れる。そして、チームカフェ廉野の八越も妹にぞっこんだったと告げる。

凧揚げ大会に参加した廉野亮太が凧を持ったまま後退りして川に落ちる事故が起きた。泳げない廉野は溺れて意識不明の重体に。コナンは犯人と誘導したトリックを見破るが、それを裏付ける証拠がなかった。

コナンは阿笠博士や元太たちと共にペンション・アイスルームを訪れ、氷室三姉妹に迎えられる。元太たちは雪合戦を始め、哀は雪像を作る。この後、コナンは雪玉が顔に直撃した元太をペンションに迎えに行く。

仲良くなったミツルの自宅を訪ねた哀は、強盗に監禁される。その頃、テレビではミツルの元夫・檜垣直志が殺害されたという事件を報じていた。コナンはミツルが殺人事件のアリバイに哀を利用したと推理する。

警官に追われる男が、コナンたちの前に現れる。彼は歩美を抱き上げると、意識を失って昏倒。財布には、政財界のスキャンダル記事が入っていた。何気ない会話からヒントを得たコナンは、事件の真相にたどり着く。

高坂樹理が入院している個室に、同級生たちが見舞いにやってきた。みんなで紅茶を飲み比べた後、彼女たちの悲鳴が上がる。病室では伶菜が絶命していた。コナンは彼女に毒を飲ませた犯人の目星を付ける。

杯戸中央病院で見舞いに来た須東伶菜が殺害された。死因は毒物による窒息死で、彼女と一緒に紅茶を飲んでいた4人は高校の同級生だった。コナンに促された安室は、犯人や伶菜に毒を飲ませたトリックを暴いていく。

蘭にとって、米花水族館は新一を思い出す場所だった。その中の水中回廊の壁際で、ある男性が絶命していた。蘭は叫び声すらないのに、新一が事件に気付いたことに驚く。新一は被害者についてある判断をして…。

新一と目暮警部は被害者が連絡を取った尾城那穂、中桐鹿子、仁部浩大から話を聞く。3人はアリバイの証拠となる動画を見せるが、新一は誰が犯人かを見破り、1人だけ奇妙な動画を撮っていると言う。

ムンクの名画「叫び」を載せて走っていた車が突然ルートを外れて消えた。蘭は新一に電話して相談をする。その直後、「叫び」を載せた車が美術館に到着。新一は電話越しにこの事件の謎を解明していく。

目暮警部に協力を要請された小五郎は、強盗団に潜入して捜査をする。金庫破りの名人に変装した小五郎は廃工場で強盗団ボスのMr.ヘッドと対話。彼の声は金属的に加工され、年齢も性別も分からなかった。

コナンは逃走車のトランクに隠れるが、運強盗団のMiss.リップに見つかってしまう。コナンと正体がばれた小五郎はMr.アイズ、Mr.ノウズ、Mr.マウス、リップと共にMr.ヘッドが待つ倉庫へ向かう。

シルバー探偵団の老人4人は盗まれた自転車を見つけ出し、黒田という若者が殺害された事件では第一発見者となった。これに光彦らは違和感を抱き、シルバー探偵団を調査。その話を聞いたコナンは事件の真相に気付く。

小五郎たちは魚津を訪れ、画家・青木の水死体を見つける。また、彼らはカメラに10日前の夜の画像がないことに気付く。酒井警部は事故ではないと判断。一方、コナンは魚津が蜃気楼でも有名なことを思い出す。

杯戸小学校の教師・澁谷夏子は階段から突き落とされ、意識不明の重体となった。知人のジョディは、コナンと共に現場へ向かう。夏子のバッグには答案用紙が大量に入っていたことから、コナンはある推理を働かせた。

杯戸小学校の教師・夏子が階段から突き落とされる事件が発生。犯人は学校で夏子を気絶させ、公園まで運んでから突き落とした可能性が高まった。コナンと安室は、テストの写真から犯人に気付くが…。

夏子の容態が悪化したという連絡を受け、ジョディとコナンは病院へ向かう。一方、ベルモットはキャメルから楠田の自殺を聞き出す。このことを安室に報告すると、安室は赤井が生きていると推理するが…。

来葉峠の遺体が楠田とにらんだ安室は、沖矢を訪ねる。同じ頃、キャメルが運転する車でジョディも同じことを考えていた。沖矢は赤井に違いない、と考えた安室は、マスクを取るよう要求。沖矢はそれに素直に応じ…。

ジョディは来葉峠でキャメルが運転する車に乗り込んで、公安から逃げていた。その時、赤井秀一が現れて発砲。振り切ることに成功するが、赤井はすぐに戻れと指示。公安から携帯を受け取り、通話中の安室と会話する。

園子の知人・詠美が設置した箱に、事件予告の手紙が入れられていた。事件は3日前と前日にも起きていて、現場に「本日日没とともに、TBに死を」という手紙が残っていたことを詠美は打ち明けるが…。

勝又力との名人戦の対局を控えた秀吉は封筒を受け取る。手紙には、彼の恋人・宮本由美を誘拐したと書かれてあった。秀吉は第一局の暗号文を解読し、明治神宮へ向かい、そこでコナンたちに偶然会う。

名人戦中の羽田秀吉に、彼の恋人・由美を誘拐したという脅迫文が届く。コナンは暗号から、幽霊坂の墓地へ向かう。コナンたちは、暗号が示す福島正則の供養塔の裏に貼り付けられていた駒で、由美の居場所を確信する。

コナンは蘭、園子とホテルのプールに向かった。ホテルのオーナーの社長令嬢・永美は異母妹の浜香、支配人の豊島と一緒にいた。浜香は永美が付けていたネックレスがないことに気付くが、永美は1人で探すと言う。

社長令嬢・永美の遺体がホテルのプールで見つかる。目暮は永美がプールで1人になってからの豊島、左巻、浜香の行動を調査。コナンと世良はボーイの証言から排水口と壁を見て、誰が犯人なのか気付く。

小五郎が気象予報士の康美と対談。その後、パンという音が響き、続けてシューッという音がした。さらに叫び声と落下音が聞こえる。コナンが駆け付けると康美は絶命していたが、事故ではなく犯人がいると見破る。

スーパー米花堂の地下に現れた男が、マスコットキャラクター・ベカポンの着ぐるみに包丁を刺して逃走。刺されたのは店員の下村で、殺害予告された神崎の代役だった。コナンは不可解な点が多いことが引っ掛かる。

小五郎たちが食事をしていたファミレスで、ウエイターの染谷と同僚の梨元が揉み合いを始める。3日後、高木刑事は染谷を連行するが、彼が車内で暴れたため、パトカーは大破してしまう。染谷は逃げようとして…。

サッカーの帰り道、歩美はアパートを眺めている少年に気付いた。声を掛けると、少年はおばちゃんが殺されたと言い、泣き出す。アパートの部屋ではシナリオライターの駒井保江が絶命していて…。

シナリオライターの駒井保江が自宅で死んでいた。部屋に来た柴苅、阪場、幅中はそれぞれ自分が行った時には彼女は絶命していた、と証言する。コナンは3人の話を聞き、ある事件を調べ、今回の事件の真相に迫る。

小五郎は、何度も命を狙われている女優の羽根木りょうから依頼を受ける。任務はりょうを守り、犯人を突き止めること。彼女と後輩のレイナが湖畔を散策する撮影で、小五郎と民間SPの土橋は警護に当たる。

下校中、歩美が真壁邸を見ると、真壁純が毛布にくるまった状態で、生気のない妻の百合を車に運んでいた。歩美は真壁が妻を殺害したと疑い、元太らと真壁邸へ踏み込む。コナンは殺害以外の可能性もあると指摘する。

ミステリー作家の上林長作が雑居ビルAとBの間の路地に転落し、死亡。目暮警部は窓が開いているビルAから作業中に足を滑らせた事故死と判断。しかし、コナンは向かいのビルBに関して、あることに気付く。

女子大生・中居芙奈子は小五郎に依頼を断られたため、自らが消えた彦根一真を見つけることを誓う。コナンが尾行すると、彼女は彦根のアパートを訪ねていた。芙奈子は彦根が残した犯罪計画書を確認する。

ビルから会社員の袋小路が落下する現場を目撃したコナン。真下には会社員の小松が佇んでいた。そこでコナンがボールを袋小路に向かって蹴ったため、2人とも助かる。翌朝、目暮警部たちが捜査を行うと…。

阿笠博士の知人の屋敷の跡地にあるプールで、男性の遺体が見つかる。跡地に入るには門を通る必要があり、事件は空き地という屋根のない密室で起きていた。少年探偵団は事件解決に協力しようとする。

闇金会社の社長・佐伯と妻・弘子の5歳になる娘・礼奈が誘拐された。犯人は身代金を要求し、運搬役には家政婦の鈴子を指名する。小五郎は発信機でアジトを特定しようしたが、誘拐犯はそれを見越していた。

鳥取にやって来た小五郎たちは、倉吉へ移動し、鳥取県警の山根と岡本に遭遇。強盗が入ったと通報された地元の名家・熊堂家に足を運ぶ。すると、家の居間では熊堂家の長男の妻・修子が両手両足を縛られていて…。

鳥取の名家・熊堂家から家宝・香炉が盗まれた。熊堂家の誰かによる犯人と推理する小五郎。コナンは直美のわざとらしいアリバイを疑い、彼女の伯父・足立を訪ねる。コナンは修子に関して、あることを知る。

2日に1回、異なる児童公園が放火されるという事件が発生。コナンらは、放火魔を捕まえようと張り込んでいたフリーター・釜石と調査を行い、現場の看板や広告の文字が赤く囲まれていることに着目する。