下校途中、少年探偵団がサッカーの話題で盛り上がるなか、コナンは別のニュースについて考えていた。八百長騒ぎで失踪中の錦戸棋士が殺害され、遺体で発見された事件。現場には、一本脚を切られた将棋盤があった。コナンが見ていたその事件の記事から、「八百長」の由来について話し合っていたコナンたちのもとに羽田秀吉が現れる。秀吉は、錦戸棋士と対局した際の「特に印象のない棋士だったが、一度だけ彼がトイレから帰ってきて指した手がとんでもない妙手でビックリした」と語る。 髭をキレイに剃り、こざっぱりとした秀吉の姿を見た少年探偵団は、このあと恋人である由美とのデートがあるのだと考えるが、秀吉は「大事な人と会う」とデートを否定して去っていく。 そこに現れたのは由美だった。由美は「おめかししてコソコソ出かけるコトが多くなった」という秀吉を不審に思い尾行していたのだ。「子供連れのほうが尾行に気づかれにくい」と、コナンは由美に連れていかれてしまう。 尾行を続けていたコナンと由美は、ドーナツ屋でたくさん買い込み、女性二人に親しげに話しかける秀吉の姿を目撃。怒りのあまりに飛び出した由美に、秀吉は将棋の勉強会をしていたことを伝える。女性二人は、女流棋士の勝又水菜と瓜生祥子でだった。そこに棋士の菱沼浩輔が合流し、もう一人の参加者である源田安清が待っているマンションへ向かう。しかし、そこで源田は遺体となって発見される。その傍らには脚が切り取られた将棋盤があり……。

秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションを訪れたコナンと由美は、そこで参加者の一人である源田安清が殺害されているのを発見する。傍には脚が二本切られた将棋盤があった。 部屋の鍵は開いており、他の参加者である勝又水菜、瓜生祥子、菱沼浩輔が買い物に出ていた隙に、何者かが侵入したのではと三人は主張する。三人のうちの誰かがこっそり戻ってきて犯行に及んだとも考えられたが、菱沼はぬるくなっていたが温かさの残るコーヒー、水菜はホカホカのパン、祥子は冷えたアイスクリームを購入していた。三人の購入したものの状態は「ついさっき買ってきた」と主張できるものであり、アリバイが成立する。 警察は、先日起こった八百長疑惑で失踪中だった錦戸公春棋士が遺体で発見された事件の現場に、脚が一本切られた将棋盤が残されていたこともあり、連続殺人の線も考え始める。マスコミ発表の時間から、模倣犯は考えにくいと思われたのだ。話を聞くと、源田は錦戸と面識があり、この勉強会はもともと源田と錦戸、岸本雄平棋士と瓜生欣二棋士というメンバーで行われていたらしい。欣二は祥子の兄で水菜の恋人だったが、自ら命を絶ってしまった。その理由は分からず、欣二に目をかけていた岸本はそれ以来うつ病になってしまった。勉強会の人数が足りなくなったことで、現在の三人に声がかかったのだった。岸本の自宅を確認しようと窓から外をのぞくと、その付近で煙があがっているのか見え……。

秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションを訪れたコナンと由美は、そこで参加者の一人である源田安清が殺害されているのを発見する。傍には脚が二本切られた将棋盤があった。さらに、もともとも勉強会に参加していたという岸本雄平の自宅が燃え、遺体が発見される。そこには脚が三本切られた将棋盤があった。 そんな中、秀吉が犯人に拉致される。源田の遺体が発見された際にキッチンの様子を見て何かに気が付き、自首をすすめるため犯人に会いに行ったらしい。 コナンは工藤邸に居る赤井に連絡を取り、合流することになる。優作からの助言で犯人に目星をつけるが、その人物は最近引っ越してしまい、電話も警戒しているようで住所を聞き出すこともできない。秀吉の電話もつながらず、どうやら犯人につかまることを想定して親しい人たちの連絡先が入ったスマホを持っていなかったようだ。 そんな中、赤井はどこかに連絡を始める。それは、赤井と秀吉が内密な話をする時専用のスマホだった。連絡に気が付いた秀吉は通話をつなげ、犯人との目隠し将棋を始める。コナンと赤井は、スマホのＧＰＳ情報から秀吉を助けに向かう。

阿笠博士に連れられ、冬の雪山にスキーをしにやってきたコナン、歩美、光彦、元太。スキー場へ向かう道路でスタックしている車を発見し助けたことで、薬品メーカー社長・石橋健吾、医師の横山タケルと知り合う。彼らはライフルを所持しており、スポーツハンティングをやりに行くところだったらしい。連絡先を交換し別れたコナンたちだったが、それを追いかける怪しい車があった。そこには二人の男が乗っており何やら“面倒なこと”に巻き込まれているらしい。 ゲレンデで遊んでいたコナンたちが、リフトに乗ると眼下には森が広がっている。歩美はその切れ間に、もみ合う石橋と横山の姿を発見。ナイフで石橋が横山を殺害するのを目撃してしまう。さらに、石橋は歩美の視線に気付いたようで……。

スキー場で薬品メーカー社長の石橋健吾が、医師の横山タケルを殺害したのを目撃してしまった歩美。それに気づかれたことでコナン、歩美、光彦、元太は、犯人の石橋から追いかけられることになる。逃げだしたもののコースを外れて雪道を歩くことになってしまい、さらにそこには薬品メーカー社員の森正樹と丹内太郎が待ち構えていた。ソリを使って追跡をかわしたものの、二人は石橋と合流し再びコナンたちを探し始める。 小屋にたどり着き外部に連絡を取ろうと試みたコナンがスマホを触っていると阿笠博士に電話がつながる。しかし電波が悪くどこまで伝えられたかわからないまま切れてしまうのだった。コナンは吹雪の中、別の小屋に移動することを提案する。全員をロープで結び、眼鏡を頼りに外に踏み出したコナンたちだったが、風に煽られたトタンがはがれロープに直撃。コナンは歩美、光彦、元太と離れ離れになってしまう。そんなコナンのスマホに非通知着信があり……。

江戸川コナンは、毛利蘭と毛利小五郎が出かけたため喫茶ポアロにやってくる。そこでは、店員の榎本梓がハロウィンのためのジャック・オー・ランタンづくりをしていた。コナンは手伝いをしている中で、最近“カボチャのお化け”が発見され話題になっていることを知る。そこに、大慌てて入ってきた女性・河野タミ江、それに続いて貸山トモミ、水沼郷司がやってくる。三人は家がお隣同士。梓からもらったカボチャで『米花町商店街・ハロウィンカボチャコンテスト』に向け、ジャック・オー・ランタンをつくっていたが、それが盗まれてしまったという。コンテスト三連覇中であるタミ江のものはまだわかるが、他の二人に盗まれるような理由もない。コナンと梓は、それぞれがカボチャを置いていた場所や現場の状態を確認しに行くことになる。

阿笠博士の車でドライブをしていた、コナン、歩美、光彦、元太。その帰り道に通りかかったビルの三階、事務所の電灯が不自然に点滅していた。モールス信号で『ＳＯＳ』を読み取ったコナンたちは、その事務所に向かう。そこには拘束されたバイク便ライダーの団野大がいた。彼はここに爆弾が仕掛けられていると言い、コナンたちは慌てて逃げ出す。 その後、匿名の通報で警察がやってくる。団野は荷物を届けに来た時に、そこにいた男の持っていた拳銃を見てしまい捕まった。拘束されただけだったのは、爆弾を仕掛けて一緒に爆破してしまおうとしていたかららしい。しかし、現場を確認した警察が見つけたのは……。

米花町にある寺の石段からお婆さんが突き落とされる事件が発生。彼女は「若い女性に突き落とされた」と語るが、それ以外の情報がない。そんな中、野次馬の中にお婆さんをじっと見つめる男を見つける。声をかけるが、挙動不審な様子で何も知らないとその場を立ち去ってしまう。どうやら現場を見ていたが、言えない理由があるようだ。 コナンたち少年探偵団は、二手に分かれて男について調査を始める。コナンと灰原は、喫茶店のウエイトレスからの話で、彼は鹿骨町に住む蟹江田という人物だということを知る。ここからは1時間以上かかる町で喫茶店の利用も初めてだが、ウエイトレスは喫茶店にかかってきた電話が蟹江田宛のもので、そのときの様子を覚えていたのだった。その際に忘れていったというライターを託され、コナンたちは蟹江田に接触を試みる。 一方、蟹江田を追跡していた光彦、元太、歩美は、彼が時計を気にしながら米花町内を一時間ほどブラブラ歩き回ったあと、携帯電話で話をしながら米花駅から電車に乗っていったのを見ていた。携帯電話を持っているにもかかわらず、喫茶店の電話を使ったのはなぜなのか？　やはり、コナンは蟹江田の様子に不信感を抱く。コナンたちは蟹江田の向かう駅を特定し追いかける。そこで見たのは、彼と高木刑事たちが一緒にいるところだった。話を聞いてみると、蟹江田と思われていた彼の名前は“臼井栄一”だとわかり……。

コナンたち少年探偵団は、光彦の知人である青木啓二の住むマンションへやってくる。青木は、大学のサークル仲間である水原なおと、白石和也、緑山咲とフィギュア制作をしており、そのフィギュアを見せてもらう約束をしていたのだ。制作部屋を見せてもらっていたコナンたちが部屋にあるものに驚いたり、興味津々に楽しんだりしている中で、白石は不機嫌そうな態度をみせる。 白石は「俺の将来がかかってる」と言い、現在制作しているフィギュアを出す予定のコンテストに執着しているようだ。もともと、このメンバーに黒瀬ゆりを加えた五人がサークル仲間だった。ゆりは故人であり、今回参加するコンテストに入賞するのが夢だったという。他のメンバーが一次審査の当日である命日にフィギュアをもって墓参りに行く計画を立てている中、白石は「いくらセンスがあっても死んだら意味がない」など、ゆりを侮辱するような言葉を吐き捨てて部屋を出ていく。 別の部屋で遊んでいた少年探偵団の面々から離れ、コナンがトイレに行くために部屋を出たところ、青木と咲の不審な会話を耳にする……。

コナンと小五郎は、通りかかったマンションにパトカーが止まっているのを目撃する。そのマンションでは、一人暮らしの女性が遺体となって発見されていた。彼女はリサ・ヒューイットソン。ナイフで腹部を刺されていた。現場から検出された指紋は三つ。一つ目は交際中の男性・原隆司。二つ目は勤め先の店のオーナー・小牧智のもの。もう一つは登録がないものだった。玄関や窓にこじあけた形跡がないことから、警察は顔見知りの犯行とみて捜査を始める。 原に話を聞きに行くと、彼は犯行時刻に会社の同僚たちと飲んでおりアリバイがある様子。さらに「小牧がリサに言い寄ってきていた、犯人はあいつだ！」と訴える。一方の小牧は何故か「現場には決定的な証拠があるはず」と言い出し、それを否定されると「原が犯人だ！」と訴える。小牧のアリバイを証言できるという妻の小牧美穂子に会いに行くが、自宅の様子はどこか不自然で……。

蘭、園子、世良はクラスメイトの関澤祐美からバースデイパーティーに招かれる。祐美が2月16日生まれ、姉でモデルの関澤礼美が2月15日生まれで2人のお祝いを兼ねているパーティーなのだという。 会場はこじんまりとしていたが、モデルや俳優やタレントといった有名人ばかり。そこには礼美のマネージャーである櫛山認、礼美の同級生でパティシエの初根継男、ヘアメイクの花崎瑞俊という面々もいた。 そんな中、蘭に誘われ会場にやってきたコナンは浮かない顔をしていた。数日前から口内炎ができており会話がしづらい状態だったのだ。コナンは、パーティーが始まる前に薬を飲もうとしてピルケースを取り出すが、世良に覗き込まれたのに気が付き慌てて隠す。そこには修学旅行の時、灰原にもらった『APTX4869』の解毒薬が入っていたのだ。 一方、解毒薬の存在を確認した世良はメアリーに連絡しており……。

コナンは、蘭、園子、世良のクラスメイトである関澤祐美と、その姉でモデルの関澤礼美のバースデイパーティーにやってきていた。 パーティー中、スライドショーのため会場の電気が消えたとき、関澤姉妹に言い寄っていたヘアメイクの花崎瑞俊が苦しむ声が聞こえる。照明が点くと、そこには額に『天罰』の文字が書かれた花崎の遺体があった。 会場に目暮警部たちが到着し現場検証が行われた結果、倒れる直前に食べていたケーキに毒が盛られていた可能性が高いということになる。テーブルの下からは青酸系の毒が入っていた小瓶も見つかる。しかしケーキを口にしていた時間、会場は暗く目撃者はいない。会場には40人近くの人間がおり目暮警部たちは頭を悩ませるが、コナンと世良は容疑者を4人に絞っていた。 一方、世良は母・メアリーが子どもの姿になってしまった日を思い出していた。

毛利探偵事務所に「彼女が“赤いヒツジ”に誘拐された！」と助けを求めて依頼人がやってくる。彼は別府亮太。誘拐されたのは『ラ・ムーチョ』というレストランで一緒に働いている恋人の滝川亜美だ。別府のもとには「亜美を無事に返してほしければ、今夜12時、おまえ一人で米花公園に来い。警察には絶対に知らせるな」と脅迫文が届いていたが、なぜか身代金の要求はない。コナンと蘭は、その様子を見ながら「昔、どこかで見たような気がする」と考えていた。 夜中に指定の公園へ向かった小五郎と別府は、誘拐された様子のない亜美に会う。誘拐の真相は“彼氏の勇気と愛情を試す赤いヒツジゲーム”であり、現在ＳＮＳで流行ってるということを知らされる。 一方、それぞれ“赤いヒツジ”について気になっていたコナンと蘭は夜道で会う。話をしていると、前方のトンネルから不気味な人影が――それは着ぐるみの赤いヒツジだった。黒いボストンバッグを抱えて赤いヒツジが去っていったあとには、胸に包丁が突き刺さった男性が倒れていた。 現場に到着した警察によると、男性は若林哲三郎。小五郎が依頼を受けた別府たちが働くレストラン『ラ・ムーチョ』のオーナー兼料理長だった。コナンたちは誘拐事件との関連を考え、レストラン『ラ・ムーチョ』に向かう。

小五郎が“彼氏の勇気と愛情を試す赤いヒツジゲーム”による偽装誘拐事件の捜査で振り回されていたころ、コナンと蘭は夜道で着ぐるみの赤いヒツジに鉢合わせする。赤いヒツジが去った後には、レストラン『ラ・ムーチョ』のオーナー兼料理長・若林哲三郎の遺体があった。偽装誘拐事件を起こした滝川亜美と、その恋人である別府亮太の勤務先でもあるため、コナンたちは関連を疑い店を訪れる。そこで副料理長の向井幸吉、コックの神尾大輝、レストランの共同経営者である平沢基次郎に会う。アリバイなどを聞く過程で、二、三週間ほど前から動画サイトに赤いヒツジが、デート中のカップルにイタズラをして逃げるという動画がアップされいたという話題が出る。 若林の家を捜査していた警察はパソコンに脅迫メールを発見する。相手は赤いヒツジで、人質はアンリという女性。そして五千万の身代金が要求がされていた。 その後、着ぐるみのレンタル会社で社長の岩見秀人に話を聞き、赤いヒツジの着ぐるみを借りた人物を特定したコナンたちだったが……。

都内の廃工場で山下部巌の遺体が発見される。匿名の通報を受けて現場に到着した目暮警部たちは、遺体の状態から殺害現場がここではなかったと考える。 一方、遺族と連絡が付かないことから山下部の自宅にやってきた地元署の巡査は、荒れた室内にある扉の開いたままの金庫、そして血痕と毛髪のついた置物が床に転がっているのを発見する。 現場を確認した目暮警部たちは、ここが犯行現場であるとし捜査を開始する。二日後、山下部にしつこく付きまとっていた人物が浮上。その人物・手向京助の名前を聞いた目暮警部は動揺する。三年ほど前、ある殺害事件の捜査で目を付けたのが当時都庁に勤めていた手向だった。事件発生時のアリバイについて聞かれ、渋々ながら明かしたのはある業者との密会。殺害事件に関してのアリバイは証明されたが、特定業者との不適切な関係が役所にバレて手向は職を失った。それにより、目暮警部を逆恨みしているというのだ。現在は出版業をしており、社会的に成功した人にすり寄っては自伝を書かせ自費出版させるという方法を取っているらしい。そのターゲットの一人が山下部だったのだ。 手向は殺害時刻にアリバイがあるというが、証人はいないらしい。そして、殺害事件の翌朝に自損事故を起こして自家用車を焼失させていた。目暮警部たちは彼が殺害現場から車で遺体を運び証拠隠滅のために焼失させたと考える。目暮警部は自身の首をかけ手向の逮捕に踏み切るが……。

コナンは、蘭とともに小五郎が依頼を受けた屋敷に同行する。依頼主はソフトクリーム産業のドンと呼ばれる森川雄山。雄山はガンで余命いくばくもないと診断されており、小五郎に遺産相続のアドバイザーを頼みたいとのことだった。屋敷には主人である雄山を始め、遺産相続候補の森川勇一郎、森川優次郎、森川游三郎の三兄弟、弁護士・大井宏樹、執事長・司徒友嘉がいた。三兄弟の話題は遺産の事ばかり。コナンが屋敷内を回っている際にも、それぞれが遺産を手に入れようと躍起になっている様子が見える。ケンカも絶えず、彼らを幼いころから知っている友嘉は寂しそうな様子だ。 夕食の際、食堂に集まったメンバーの中に優次郎の姿がない。優次郎が来ないまま食事は始まり、食後には「明日の午後、遺言書の書き換えが行われる」という旨が伝えられる。 翌朝の食堂には、優次郎、そして游三郎も現れない。不審に思ったコナンたちはそれぞれの部屋を確認しに行く。優次郎の姿はなく、游三郎は密室で殺害されていた。小五郎は警察を呼ぼうとするが、大井に止められ……。

コナン、蘭、小五郎が依頼を受けてやってきたソフトクリーム産業のドン・森川雄山の屋敷。雄山はガンで余命いくばくもなく小五郎に遺産相続候補の三兄弟を見極めてほしいと依頼する。そこで三男・森川游三郎が密室で遺体となって発見された。さらに、前日から行方不明だった次男・森川優次郎も捜索の結果ソフトクリームのタンクの中で遺体となっていた。「次に狙われるのは僕だ！」と取り乱した長男・森川勇一郎も自身の部屋に籠ってしまう。 コナンたちが部屋に戻り事件について話をしていると、屋敷に銃声が響く。慌てて駆けつけると、そこには勇一郎の遺体があった。銃声のした方に向かったコナンは、執事長・司徒友嘉に鉢合わせする。二人は物置部屋に向かい、そこで勇一郎の命を奪ったと思われるアイフルを発見。現場を確認したコナンはあることに気が付き……。

コナンは、少年探偵団の面々と阿笠博士の家にいた。動画サイトで心霊系配信『恐狩サダオと怖霊屋トシコの突撃！心霊スポット』を観て、その映像に夢中になっている歩美、光彦、元太。コナン、灰原は「心霊スポットに幽霊を撮りに行こう！」と盛り上がる三人に付き添って廃病院を訪れることになる。 最上階の三階にあるという幽霊の棲む“開かずの間”をゴールにして撮影をスタート。ここには、“赤鬼の赤ちゃん”や“車椅子に乗った包帯男”、“長い黒髪の女医”といった幽霊が出るらしい。病院内で噂の通り赤ちゃんの泣き声を聞いたコナンたちはそちらへ向かうが、そこには猫がいるだけだった。「幽霊の正体なんてこんなものだ」と話しながら先に進もうとしている中、コナンだけは猫に違和感を覚えていた。その後、五人が向かった二階には……。

コナン、歩美、光彦、元太、灰原は、担任の小林澄子先生、副担任の若狭留美先生とともにバスで鳩山牧場へ向かっていた。学校で世話をする新しいニワトリを譲ってもらうことになっていたのだ。バスには同じ牧場へ向かう日塚順哉、南武敬、加納昭吾が乗っており、彼らの目的は取材や研究だという。しかし何やら険悪な様子だ。そんな中、加納がスマートフォンで観ていた映像に興味を持った歩美と光彦。光彦はその映像を自身のスマートフォンで撮影、作品について調べようとしたところで見つかりトラブルになる。そこで同乗していた安室透に助けられるのだった。安室も牧場に何か用事がある様子で……。 牧場についたコナンたちだったが、そこは閑散としている。どうやら牧場を潰してゴルフ場の一部にするため、閉場の準備をしていたようだ。牧場主が現れるまで目当てのニワトリを確認しに行くことにしたコナンたち。しかし養鶏場にニワトリはいなかった。壁に大きな穴が開いており、どうやらニワトリたちはそこから逃げ出してしまったようだ。ニワトリを探す前に、トイレ休憩をすることにした面々だったが、その際に歩美の姿が見えなくなってしまう。

コナン、歩美、光彦、元太、灰原、担任の小林澄子先生、副担任の若狭留美先生は、鳩山牧場へ向かうバスの中で安室に会う。バスには何か目的のあるらしい日塚順哉、南武敬、加納昭吾も乗っていた。 牧場での時間を過ごしていたコナンたちの前に、牧場主の弟を名乗る人物・鳩山海輔が現れる。海輔は歩美を人質に取り、コナン、安室、光彦、小林は事務所にあった地下室に閉じ込められてしまう。そこには、牧場主・鳩山義輔の遺体と、風見裕也の姿があった。 コナンは地上に残った灰原たちに連絡を取ることに成功するが、そこへバスに同乗していた三人と海輔がやってくる。果たして、彼らの目的とは？

コナンと小五郎が病院で知り合った会計事務所経営者・勝呂隆行、その妻・勝呂さやか、秘書の巻浦建。隆行は余命半年と診断されていたが、残された時間を精一杯生きようとしている様子だった。しかしその数日後、自宅で殺害されているのが発見される。 その日の朝、さやかと巻浦は、隆行に用事を頼まれ出かけた。夕方になって帰ってみると風呂場で手首を切った隆行の姿があった。状況的には自ら手を切ったのではとも思われたが、さやかと巻浦はもちろん、コナンたちも病気を苦にしてこのようなことをする人物ではなかったという考えだった。そこへ隆行の友人・神田用次がやってくる。彼は昨夜、隆行から連絡を貰い自宅に来るように言われていたそうだ。その電話で隆行は誰かに対して憤りを感じていたことを話しており、神田は何かトラブルがあったのではないかと言う。 事件として捜査が行われる中「勝呂の幽霊が現れた！」という噂が町中に広まりだしていた。さらに容疑者として不動産業者・押川将斗が浮上するが……。

コナンと小五郎は、テレビで交通事故の被害者・仏丸大二郎が消えたというニュースを見かける。散歩中に事故を目撃した女性・森房江が仏丸の運転免許証を持って警察に届けたが、加害者である犬飼始は「仏丸を病院に連れていく」と、そのまま行方をくらませてしまったらしい。そんな中、毛利探偵事務所に一本の電話がかかってくる。それは仏丸の妻・仏丸笑子からのものだった。 自宅に向かったコナンと小五郎を出迎えたのは、笑子と秘書の門倉震矢。二人の依頼は「主人を見つけ出し、無事連れ返してほしい」というものだった。そこへ一本の電話がかかってくる。電話の相手は「仏丸の遺体を一千万で買い取ってほしい」と言う。犯人の要求通り警察に知らせることなく一千万払おうとする二人を見て、コナンは違和感を持つ。

コナンは元太、光彦と公園に向かっている途中、二人の女性の悲鳴を聞く。声のした家に向かうと、そこには階段から落ちて倒れている平沢香と平沢聖子の姿があった。後からやってきた平沢良二との会話から二人は彼の嫁と義母で、良二はこの家の婿養子。二人は良二を困らせようとしているだけのようだった。 その後、公園の近くでも良二の苦労している姿を見かけるコナンたち。歩美が言うには、近所でも平沢家については話題になっているようだ。平沢家はかなりのお金持ちであり、良二がやってきた頃は「金目当てでは？」などと言われていたが、現在は召使のように日々扱き使われているらしい。良二を手伝って再び平沢家を訪れることになったコナンたちだったが、入れ違いに外へ出ていった香と聖子がひき逃げにあってしまう。

喫茶ポアロの前を歩く目暮警部の姿を見かけた小五郎。最近起こった事件をスピード解決したことを祝福するが、どうやら誤認逮捕だったらしい。そこにコナンが合流し、二人は目暮警部から事件について聞くことになる。 ある民家で家主の小田原周平が遺体となって発見された。首には絞められたような、そして頭部には殴られたような痕がそれぞれあり、現場にはロープと鉄パイプ。警察は“犯人が窓ガラスを割って侵入し、鉄パイプで気絶させて絞殺した”と考える。さらに恋人である矢口知子の証言から、彼女の元交際相手・香月陽介が犯人として浮上した。 香月に話を聞きに向かった目暮警部たち。そこで彼は「丁度自首しようと思っていたところだ」と小田原の殺害を認める。それにより事件はスピード解決と思われたが……。

毛利探偵事務所に沖野ヨーコがやってくる。その理由は、ある別荘で起こった事件の謎を解いてほしいというものだった。 数日前、ヨーコは日売テレビの塀島湾也プロデューサーと、テレビドラマのロケハンのため軽井沢の別荘に向かった。そこは塀島の姉・馬場宝華が嫁いだ後に失踪してしまった場所だという。到着すると別荘には宝華の夫・馬場貫康、貫康の弟・馬場風悟、その妻の馬場緋美が来ていた。別荘に泊まることにしたヨーコたち。その夜、ドタドタという謎の足音を聞く。不審に思い廊下を確認すると、そこには点々と血痕があった。それを追いかけていったヨーコ。しかし血痕が途切れているだけで何もない。そうこうしているうちに他の人たちも集まってきたのだが、そこで貫康の姿が見えないことがわかる。みんなで探そうとした矢先、貫康から風悟のスマホに“トランプを撮影した奇妙な画像”が届く。画像の意味が解らないまま別荘とその周辺を捜していたが、四日目に屋根裏部屋を調べると背中にボーガンの矢が刺さって亡くなっている貫康の姿があった――。 一通り話を聞いた小五郎は推理を披露しようするが、お腹の調子が悪くなってトイレに籠ってしまう。そこに、いろは寿司の脇田兼則が現れる。小五郎不在の中、コナンと脇田は事件の謎を推理することに！

毛利探偵事務所にやってきた沖野ヨーコが話す、ある別荘で起こった事件。トイレに籠って出てこない小五郎の代わりに、いろは寿司の脇田兼則とコナンは事件について推理することになる。 当時、ヨーコとともに別荘に居た日売テレビの塀島湾也プロデューサーは、事件と関係すると思われる“数年前に失踪した姉・馬場宝華”について詳細を連絡してくる。宝華の夫・馬場貫康、貫康の弟・馬場風悟、その妻・馬場緋美は、彼女とずっと一緒にいた幼馴染。宝華は貫康の妻であり、風悟の初恋の相手で、緋美の大親友だった。 失踪したのは二年前の夏。避暑のためにそれぞれの夫婦で別荘に行き合流するはずだったが、貫康に急用が入り宝華は一人で先に別荘に着くことになっていた。しかし残りの三人が別荘に着いた時に彼女の姿はなく、警察を呼んで捜索してもらったが見つけることができなかったという。今回の事件で殺害されることになった貫康が、その失踪と関係していたとしたらヨーコ以外の全員に動機があることになる。 ヨーコから気になった点を聞きながら推理する中、コナンのスマートフォンにトイレにいるはずの小五郎から連絡が入り……？

川原で放置された車を発見したコナン、灰原、歩美、光彦、元太。非常識だと文句を言っていたものの夕方から雨が降るという予報だったため、五人は急いで遊びに向かうことにする。 サッカーを始めたコナンたちだったが、元太が近くのベンチにいた女性にぶつかりそうになってしまう。彼女はデザイン会社代表の恩田たまき。そわそわした様子でボイスレコーダーに声を吹き込んでいたが、元太と話をしたことをきっかけに華麗なリフティングを見せてくれる。大学時代にやっていたというサッカーで、すっかり仲良くなったのだがそこへ天気予報通り雷の音が聞こえてくる。誰かを待っている様子のたまきを残し、コナンたちはそれぞれ自宅に帰ることになった。 翌日、コナンは“川原に放置されていた車の中からたまきの遺体が見つかった”というニュースを観る。急いで川原に向かうと、そこにはすでに四人の姿があった。コナンたちは廃車の近くに高木刑事、千葉刑事の姿を見つけ、昨日の事を話しに行く。土砂降りだったため、事件当時の目撃者はいない。そんな中、野次馬の中で思いつめた顔をしている小藪竜次が気になったコナン。彼の勤め先である配送会社に向かうと、上司に掴みかかる小藪の姿があった。止めに入った高木刑事たちの話によると、小藪は前科があり、たまきの眼鏡には彼の指紋が残っていたという。さらに、たまきが握りしめていたピアスから、彼女の部下である城崎ゆり菜も浮上する。しかし、二人とも死亡推定時刻にアリバイがあるようで……。

草野鶏卵工場にやってきたコナン、蘭、小五郎。初生雛鑑別師、通称ひよこ鑑定士の全国チャンピオンである難波仁志は「この数週間おかしなことが続いている」と小五郎に相談してきたのだ。内容は、歩いていたらゴムまりのような砲丸が飛んでくる、居眠りしていたら遠くから虫眼鏡で手を焦がされる、スマートフォンが爆発するなどといった奇妙なものばかり。狙われる心当たりもないということで、小五郎は原因の究明と難波のボディーガードをすることになったのだった。 工場の人たちに話を聞きに行くと、社長の草野三郎は「実績も人柄も最高で、誰かに狙われるなんて考えられない」と語るが、同僚の初生雛鑑別師・中村隆司は「外面はいいが……」と含みを持たせた返答をする。経理の平沢真美子に紹介され、雑誌記者の北沢一正に話を聞くことになり、そこで業界のレジェンド・岡部雄二の話題が出てくる。岡部の華々しい記録と比べると難波は「腕が悪いわけではないが、最盛期の岡部に比べると足元にも及ばない」という評価らしい。 午後からの講演にボディーガードのためついていったコナン、蘭、小五郎は、そこで難波が実際に狙われた現場を目撃して……。

最新デートスポットにやってきたコナン、蘭、園子。不安げな表情でベンチに座る老婆・鴨川ハルを発見し、迷子になってしまったのではないかと声をかけようとする。そこにやってきた一人の男性。見た目からハルの息子だと思ったコナンたちだったが、彼・風間丈治は恋人だという。ハルがかなりの資産家だと見た園子は、息子ほど年齢の離れた風間が金目当てで近づいた可能性を考え助言しようとするが軽くあしらわれてしまう。ムキになった園子が「どーせ『難病の娘の為』とか言われて、大金ふんだくられるに決まってる」と言うと、風間は悲しげな表情に……。 話の流れで紹介されたのは娘・風間ユキだった。百万人に一人の心臓の難病だという彼女は、父である風間の今後を案じている様子。ハルは二人を幸せにすることを誓い、蘭と園子は感動に包まれる。治療費を渡すため車で去っていくハルと風間。それを見送りハッピーエンドかと思われたが、コナンには何か引っかかることがあり……。

コナンと小五郎がいる毛利探偵事務所にやってきた女性・西脇香恵。彼女は「仕事に行っている間、部屋に誰かが忍び込んでいる」と小五郎に助けを求めに来たのだ。ひと月ほど前から現れた侵入者は、空き巣ではなく部屋に贈り物を残していくらしい。奇妙な話であるため、警察には信じてもらえないと考え小五郎の事務所にやってきたということだった。 香恵の住むマンションにやってきたコナンと小五郎は、玄関にリボンのついたトランクを発見。侵入者からの新たなプレゼントだと考え、小五郎が開けてみると中には頭から出血してる日下部竜子の遺体が詰められていた……。 香恵の直属の上司である竜子は厳しいところがあり、香恵は苦手意識をもっていた。そんな竜子の遺体をプレゼントすることで侵入者が「愛しいアナタのため恨めしい相手を始末してあげました」と伝えようとしたのだと推理する小五郎。目暮警部たちの捜索で香恵の部屋から盗聴器が見つかり、ここから情報を得ていたことが分かる。部屋に侵入されていたのはいつも木曜日だったため、務めている場所が木曜定休である可能性。さらに、昨日の深夜大きなトランクを駐車場から運んでくる人影が目撃されていた。しかし、部屋にトランクが運び込まれたのは夜中ではない。それまでいったいどこに隠されていたのか？　そこで、マンションの住人・九十九久の名前が浮上し……。

コナンと小五郎は、横山進歩と今村佐代子の結婚式に参列していた。小五郎の行きつけの飲み屋で花婿の父・横山伸晃と知り合い、盛り上がった勢いで結婚式に招待されることになったのだ。会場にはウェディングプランナー・永島ひろ子や牧師・川須アレックス晴敏といったスタッフ、進歩の親友・山田岳人、佐代子の友人たちの姿があった。 結婚式は始まったが、佐代子がチャペルに入ってきたところで突然苦しみだし、そのまま絶命してしまう。佐代子の友人・水口菜穂をはじめ、会場にいた人々は「当然のむくい」「呪われていた」と不穏な言葉を口にする。 佐代子に外傷はなく、死因は毒殺。検出されたのは毒キノコの成分で、少量でも摂取すれば体全身が麻痺しおよそ一時間で死亡すると言われているらしい。そこでコナンたちは佐代子が口にしたものと、それを渡した人物について調べ始める。

コナンと小五郎は、裏通りにある寂れた盆土商店街を通りかかる。目に入った八百屋『八百𠮷』で買い物をしようとするが、店主である山崎𠮷伸は元気がない様子だ。そこへやってきた“疲れきった商店街を元気にするプロデューサー”マダム・ガガと、その助手・ラビット鈴木。マダムは「商店街の元気を復活させるために、プロレス大会を開催しましょう！」と呼びかける。商店街の店主たちは様々なトレーニングで体を鍛え上げていき、小五郎もレフリーとして参加することになった。 マダムとラビットの指揮により、プロレス大会の準備も着々と行われる。その様子を蘭と見に来ていたコナンは、あることが気にかかる。