マリンフォード「海軍本部」の処刑台へ続く長い階段を、促されるままにエースがのぼる。白ひげが彼を助けに敵の真っ只中に現れるのか、世界は注視していた。エースの脳裏に、ルフィと自由を誓い合った少年の日の思い出が浮かぶ。

エースはロジャーの息子。センゴクの発表は、全世界を震撼させる。この処刑には、次世代の海賊王の首を取る意味があったのだ。ガープは、獄中のロジャーに産まれ来る子を頼まれた日のことを思い出していた。子を宿していたのはルージュ…。

白ひげ海賊団は、コーティングした船でマリンフォードの湾内に現れた！　ついにその姿を見せる白ひげ！　エースがドーン島を出て、スペード海賊団を旗揚げして名を上げ、ジンベエと戦い白ひげと出会った日々が甦る。

仲間のサッチを殺した黒ひげを追おうとしたエースを、白ひげは止めた。だが、目の前のオヤジは「行けと言った」と言い切る。仲間を傷つけた海軍に啖呵を切る白ひげ海賊団！　怒号を受け止めたのは、三大将と王下七武海だった。

処刑台のエースを巡り、マリンフォードは海軍と白ひげ海賊団の全面戦争に突入した。ミホークが黒刀“夜”を白ひげに一振り！　その斬撃を“ダイヤモンド”ジョズが受け止め、黄猿の放つ光弾“八尺瓊曲玉”をマルコが遮る！

白ひげ海賊団傘下のリトルオーズJr．が現れ、エースを死なせないと突き進む。超巨体で海軍船を持ち上げ、投げつける！　猛者達のあまりのすさまじい激突に、コビーは自分の無力さを痛感。海軍の巨人部隊がオーズJr.に挑む！

くまの“熊の衝撃（ウルススショック）”を受け、ドフラミンゴに右足を切られたオーズJr.は、モリアの“角刀影”に貫かれて倒れる。エースまですんでの所に迫りながら…。遂に逃げ出すコビーだが、赤犬が戦闘を放棄する海兵を手に掛けるのを見る。

大戦争の真っ只中に、船ごと空から降って来たルフィたち！　海からジンベエに救い上げられたルフィは、エースを求めて走る！　全力で走る！　そして処刑台の上にエースの姿を見つける。二人は互いの名を呼び合う！

海賊王になるのはおれだと白ひげに言い放ったルフィは、エースの処刑時刻が早まるのを伝える通信を聞いたと教える。エースへと一直線に走るルフィに、白ひげ海賊団のジョズやジル、ジンベエやイワンコフらも続く。

戦いが激化し、自分の為に仲間達の血が流れるのを見てエースは苦しむ。斬られながらも迷わず走るルフィを見て、苦しみは深まるばかり。心情を察するガープに、もうジタバタしないとエースは言うのだった。その頃、白ひげは…。

ハンコックからエースの手錠の鍵を渡されたルフィは、彼女を強く抱きしめる。先を急ぐルフィが離れると、倒れ込むハンコックは、これが結婚!?…と、ウェディングドレスに身を包んだ二人の結婚式を妄想するのだった。

行く手を阻むミホークの強さを知るルフィは戦いを避けるが、彼の斬撃からは逃れられない！　そこへジンベエが割って入り、ミホークの相手を買って出る。ジンベエを氷の下へ弾き飛ばしたミホークは、ルフィへ容赦なく黒刀を振るう！

マリンフォードでのエースを巡る戦争の開戦より、およそ1時間半を経た頃、海軍が大きく仕掛ける。王下七武海であるくまと同じ姿の人間兵器パシフィスタを、湾頭に複数投入したのだ。海軍とパシフィスタが、白ひげを挟み撃つ！

白ひげ傘下の海賊スクアードが、大剣で白ひげの土手っ腹を貫く！　ルフィたちが凍りつく中、スクアードは叫ぶ。白ひげとセンゴクの間では既に話がついており、傘下の海賊の首と引き替えにエースは助かる事になっていると叫ぶ！

白ひげがモビー・ディック号から降りると、エースへと動き出す。勢いづき一気に駆け込むルフィ達に対し、海軍は退き、湾を囲む包囲壁を作動。出現までの時間を稼ぐため、ジョン・ジャイアントが白ひげの前に立ちふさがる！

赤犬が流星火山が、青雉が凍らせた海を溶かし、海賊達の足場を奪っていく！　姿を現した包囲壁は、白ひげの拳にも耐える！　流星火山は降り注ぎ続け、モビー・ディック号を炎に包み焼き尽くす。

包囲壁を越えたルフィは三大将をすり抜け、エースのもとへと急ぐ！　だが、黄猿がそれを蹴り返し、センゴクが遂にエースの処刑執行を命じる。その首に大刀が振り下ろされようとする瞬間、執行人が弾け飛ぶ！　意外にもクロコダイルの仕業だった！

包囲壁の先、処刑台間近の広場へ降りた白ひげを、青雉が阻む！　そこに“ダイヤモンド”ジョズが割って入り、エースのもとへと進む手助けをする。ルフィはモモンガらからの攻撃を受け、黄猿にさらに蹴り返されるが、白ひげがそれを受け止める。

エースに迫ったマルコをガープが殴り返し、海賊達がどよめく。白ひげが赤犬と戦い、海賊と海軍がさらなる交戦を続ける中、エースは戦場にあふれる自分への思いに打たれ、嬉し泣きの涙を流す。

イワンコフにテンション・ホルモンを施され立ち上がったルフィは、代わりの処刑人が就いたエースのもとへ走る！　イワンコフの援護も受け無数の海兵を倒して突き進むルフィに、彼を慕いながらも立場は真逆の曹長・コビーが挑む。

二度目の処刑執行を妨げたルフィの“覇王色”の覇気に、白ひげやその隊長たち、三大将やガープも驚く。それを無意識に放ったルフィ本人は、一直線にエースのいる処刑台へと走り続ける！　白ひげはルフィを全力で援護するよう叫ぶ！

イワンコフの髪に潜んでいたイナズマが、“チョキチョキの実”の能力で作った処刑台への架け橋。駆け上がっていくルフィの前に、ガープが立ちはだかる！　ルフィの祖父でありながら海軍本部中将。これまでの歳月が脳裏を巡る中、両者が激突する！

遂にルフィがエースを解放した！　絶対不可能な願いを、兄への思いと鍛え抜いた力で叶えてしまったのだ。メラメラの実とゴムゴムの実、無敵のコンビ攻撃が海兵たちに炸裂する！　二人は海へと走る。少年だったあの日に走ったように。

白ひげは一人残り、全員に逃げるよう最後の船長命令を下した！　覚悟を感じながらも動けないエース。やがて膝をつきながら頭を下げるエース。彼の背中に刻まれた自分のマークを見ながら、白ひげは問う。おれが親父でよかったか、と。

ルフィをかばったエースの体は、赤犬によって貫かれた。白ひげ海賊団の集中砲火も、マグマグの実を食べたマグマ人間には効かない。エースにもう一撃と振りかぶる赤犬を止めようとする白ひげも、黄猿の攻撃を受けてしまう…。

エースが息絶えて倒れ、ルフィは号泣。白ひげ海賊団も傘下の海賊達も涙する。映像電伝虫が“海賊王”の子の死を映し出す。モチベーションを失い、ルフィは完全にフリーズ。迫る赤犬！　その背後に白ひげが立ち、殴りつけた！

いつの間にか処刑台にいた黒ひげ海賊団！　仲間殺しの黒ひげを息子とは呼べないと、白ひげがケジメをつけに行く。黒ひげもヤミヤミの実の能力を解き放つが、敵わない。そこへ黒ひげ海賊団の一斉攻撃が浴びせられる！

映像電伝虫が白ひげの死も伝え、大ニュースは瞬く間に世界中へ。レイリーが涙を浮かべ、バギーが逃げ出す中、黒ひげは立ち往生の白ひげと一枚の布に納まる。ジンベエが抱えて走り船へ近づくルフィを、赤犬は逃がさない！

白ひげのグラグラの実の能力も手に入れた黒ひげの試し打ちで、海軍本部が崩壊した！　さらにマリンフォード全体を沈めようとするのを、ヒトヒトの実モデル“大仏”の能力全開のセンゴクが、絶対に阻止せんと立ちはだかる！

ジンベエが抱える無意識のルフィを赤犬が追い、それを白ひげ海賊団の隊長達が阻む。海兵がさらに投入され、海賊との戦いは止まない。黒ひげとセンゴクの衝突も続く。エース処刑が果たされた後も奪われ続ける命。コビーは悲しみに苦悩する。

戦争を終わらせにシャンクスが現れた。赤犬にやられた際にルフィが落とした、麦わら帽子を手に。それは元々、10年前にシャンクスがルフィに預けた物…。想い出が脳裏をよぎり、一目会いたいと思うルフィ。だが、今会ったら約束が違うもんなと呟く。

センゴクが叫んだ戦争終結は、海軍本部の「勝利」として世界中に広まる。人々は歓喜し、海賊達は白ひげなき世界へ動き出す。崩壊した海軍本部を前にするセンゴクには、黒ひげがインペルダウンでいかにして仲間を募ったかが報告される。

マリンフォード頂上戦争で白ひげを倒し、完全勝利した海軍。だが、それを恐れない海賊が各地で暴れ、四皇の一人であった彼が制していた土地を奪っていく。ローの手術を受けるも未だ目覚めないルフィは、政府から逃れるため、女ヶ島へ運ばれる。

食糧が底をついたサウザンドサニー号が、嵐に流されてたどり着いたハングリラ島。そこでルフィは、美食屋のトリコと出会う。ルフィと上陸したナミたちも、料理人の小松やバトルウルフのテリークロスと冒険！　そんな中、ナミと小松がココアラにさらわれてしまう。ルフィたちは全力で後を追う！

ルフィの故郷フーシャ村の裏に、人々が立ち入ろうとしないコルボ山があった。10年前、シャンクスに憧れ海賊王を夢見てしまったルフィを、ガープは山賊ダダンに育てさせることに。そこにはガープが先に預けていたエースがいた。

ルフィが友達になりたい一心でエースを追うと、ゴミの山「不確かな物の終着駅」に出る。エースはチンピラから大金を奪い、「中間の森」で親友のサボと合流。ルフィも追いつく。そこへチンピラの兄貴分ポルシェーミがやって来て、ルフィが捕まってしまう。

大金のありかを決して言わないルフィに心が動いたエースとサボは、ポルシェーミに殴り込みをかける！　サボがルフィを助けて逃げようとするが、エースは一度向き合ったら逃げないと、ポルシェーミの前を離れない。サボも立ち向かう！

ポルシェーミの一件以来、ルフィはエースとサボに受け入れられ、三人はコルボ山で力を競い「ゴア王国」へ入り駆け回っていた。するとサボが街で声をかけられる。それは彼の父、サボは貴族だったのだ！　エースは親友に不信感を抱く。

相変わらず三人は大暴れ。彼らを預かるダダン一家に心休まる時はなく、さらにガープが顔を出せば、騒動は一層激しくなるのだった。ガープにしごかれる三人の方も命の危険を感じ、ダダンへ「どくりつする」と置き手紙を残して出て行く。

秘密基地を作って生活するようになった三人に、冬が訪れる。海へ出る時は船長！と譲らない三人は、大虎を仕留めた者がなれると戦うことに。現れたのは熊だったが挑み、大ピンチ！　突進する猛獣を止めたのは、年老いたナグリだった。

大虎と戦うも、まだ仕留められないエースとサボ。ナグリのもとで海賊修行をする事にしたルフィは、木を切って足腰が鍛えられ、ゴムゴムの技をずいぶん使えるようになっていた。そしてナグリはエースに、自分が見た海賊王について話す。

秘密基地で嵐を乗り切り、絆を深めるエースとサボとルフィは、傷んだ所を修理する材料を拾いに出る。そこを狙っていたブルージャムはサボを取り囲み、依頼者の貴族であるサボの父に引き渡す。サボはエースやルフィと引き離されてしまう。

天竜人も乗る世界政府の視察団が来るのを機に、「不確かな物の終着駅」を暮らしている人ごと燃やそうと王族と貴族が企てていると知ったサボだが、父に捕まりエースとルフィに伝えられない。そして夜、ブルージャムの手で火事が起こされる。

ゴア国王にだまされ町へ入れないブルージャムは、エース達の財宝を狙い、燃えさかる炎の中を襲い来る！　ダダンが割って入り救われるエースだが、彼は逃げない！　部下にルフィを連れて行かせ、ダダンはブルージャムに挑むエースに付き合う。

世界政府の視察団が来る日、サボは海賊旗を掲げて船出した。しかし下々民の船が艦の前を横切ったと怒る天竜人・ジャルマック聖はサボへ砲撃し、さらにとどめの一撃を浴びせる。その頃、エースとダダンが生きて帰ってきた。

天竜人・ジャルマック聖がサボを撃った。その一部始終を見ていたドラゴンはその夜、ゾロが修行するコウシロウの道場がある港村に停泊する、革命軍の自分の船へ戻る。エースとルフィは、サボの面影をとどめながら成長していく。

時は10年前から、マリンフォード頂上戦争後の現代へ戻る。フーシャ村に帰還するガープをダダンが襲い、エースの命を守れなかったことを責める。その場にいたガープが一番辛いとマキノが庇うと、一番はルフィの奴だとダダンは言う。

シッケアール王国跡地でヒューマンドリルの群れに苦戦するゾロに、ミホークが歩み寄る。チョッパー、ナミ、ウソップ、サンジ、ロビン、フランキー、ブルックも、それぞれの場所で新聞等からエース絶命を知り、ルフィを想う。

女ヶ島にレイリーが一人で泳ぎ辿り着く。彼はジンベエにおぶられたルフィと再会を果たす。くまの告白、シャッキーのハンコックがルフィに恋したとする女の勘が、レイリーの推察に答えを出したのだ。レイリーはルフィに、ある提案をする。

新聞でエース絶命を知りルフィを思うナミは、三日後にサニー号でとシャボンディ諸島で交わした約束を果たすため、空島・ウェザリアからの脱出を図る。フランキーもバルジモアを出る砕氷船を求め、Dr.ベガパンクの研究所へ侵入する。

ゾロが飛ばされたシッケアール王国跡地は、ミホークの住処だった。彼からエース絶命を知り、ゾロもシャボンディ諸島へ戻ろうと懸命になる！　ハラヘッターニャで手長族の襲撃に立ち向かうブルックも新聞を読んでいた。

ルフィは軍艦を乗っ取り再びマリンフォードへ。トリノ王国から鳥の背に乗りシャボンディ諸島へ急行するチョッパーは、ルフィが起こした事件の記事を見て驚く！　ロビンは微笑み、イワンコフに敗れた後のサンジは息を呑む。

マリンフォード「海軍本部」の議事の間では、ブランニューが一同を前にルフィの引き起こした事件を説いていた。数日前、復興中のマリンフォードに突如現れ、レイリーやジンベエとやってのけた、その行動の一部始終が描かれる。

再びマリンフォードに乗り込み「16点鐘」を行ったルフィの新聞記事が、世界中を駆け巡り、不可解な行動にバギー、ビビ、クロコダイルがその写真を見つめる。シャボンディ諸島ではデュバルが、残されたサニー号を律儀にずっと守り抜いていた。

ローは時期を待ち、ドレークとアプーは新世界に分け入り、ボニーは黒ひげに捕らえられ赤犬に引き渡された。「赤い土の大陸」の聖地マリージョアでは、ドフラミンゴが帽子の幹部に、マリンフォードでモリアが消えたと報告する。

新聞記事の写真を通じて伝えられたルフィのメッセージを理解したナミは、度重なる脱出をもくろんでいた小さな空島ウェザリアに残ることにする。フランキーも理解して、Dr.ベガパンクが「兵器的」発明をしていたもう一つの研究所に住み込む。

ブルックは見世物として手長族に捕らえられるが、ルフィのメッセージを理解して前向きになっていたため、エレキギターを掻き鳴らし集まった観衆へ一曲披露する。すぐに理解したロビンは、ドラゴンの部下である革命軍とバルティゴへ向かう。

２年後に魚人島で会う約束をして、ジンベエはルフィのもとを離れる。レイリーはルフィに修行を施す過酷な無人島・ルスカイナへ直行。ハンコックとも別れたルフィに、レイリーは巨大な象を相手に覇気を教える。２年後に向けて！