悪天候の海を航海中、火山が噴火しあたりを火の海にする島に接近するサニー号。突如、電伝虫に救援信号が入る。「寒く、サムライに殺される」と助けを求める知らせだった。そしてその異様な島の名前は「パンクハザード」だという

パンクハザードの炎の大地で、伝説の生き物ドラゴンに遭遇したルフィ達。だがそのドラゴンからは謎の声が…。巨大なファイアブレスをものともせず、ルフィとゾロが攻撃をしかける。一方サニー号では、何者かによって毒ガスがまかれ…！！

ドラゴンの頭部に、下半身だけの人間がはりついており、それが謎の声の主だった。「七武海」のことを叫び、走りだす下半身をつかまえるルフィたち。一方、拉致されたナミたちは、ある施設に運ばれていた。

ナミたちが出会った頭だけの男は、ワノ国のサムライだった。彼と共に施設を脱出しようとするが、ナミたちの居る場所は島の反対側の雪と氷の世界。途中で、半獣半人のケンタウロスと出会い…。。

大勢の子供たちを前に呆然となるサンジたち。やがて侵入者に子供たちは騒ぎ出す。しかし、フランキーを見ると、ロボだと言って目を輝かせ始めた。首だけの侍が息子のことを尋ねると、子供たちは怯えてパニック状態に。そして、その間にも追跡者が…。

氷の海を進み、島に到着するG－5の軍艦。過酷なパンクハザードの状況を見ながら、救援信号はたしかにここからだと訝しがるたしぎ。そのころ、湖を渡っていたルフィは、向こう岸で待ち構えているケンタウロスのボス、茶ひげたちを見つけ目を輝かせる。

スモーカーたち海軍は元Dr.ベガバンクの研究所に着くが、王下七武海の一人、ローと遭遇する。一方逃走中のナミは、子供たちは誘拐されてきたのではないのかと推理する。そしてナミとチョッパーが飛び込んだ部屋には、氷漬けにされた多数の囚人たちが…。

ルフィたちを襲ったケンタウロスたち。そのボスは、元海賊の茶ひげだった。そして、茶ひげの砲撃によりボートは転覆、ルフィたちは極寒の湖へ転落する。凍るほどの寒さに加え、泳げないロビンとルフィを抱えるゾロとウソップにさらに危機が…！

ローの刃の前に倒れたたしぎ。身体を二つに切断されながら、折れた刀で再度斬りかかるが、ローの刃が再び振り下ろされる。それをスモーカーの十手が受け止めたが、攻防の中、ローの刃で十手が跳ね返され、その斬撃は軍艦を両断する！

ローに心臓を抜き取られ倒れたスモーカ―。その場にナミたちを捜すルフィたちが到着し、研究所の傍でローとルフィは再会し、あらためて礼を言う。ルフィはスモーカーが倒れていることに気づき、声をかける。そこにたしぎたちが駆けつけてきた。

この海域で多発する子供の誘拐事件。だが、それはスモーカーには正しく報告されていない。スモーカーは実際に誘拐はあり、報告のすり替えがG－5の内部で起こったと断言した。そして、自分の体を取り返すとともに黒幕を暴くことを決意する。

サムライの姿が見えなくなっていたことに気付いたサンジ。自分の胴体を探しに行ったらしい。サンジは研究所から連れ出した手前、見捨てておけないとブルック、ゾロと捜しに出かける。チョッパーは子供たちの汗から病気の原因を調べ始めるが…。

マスターに会うべく研究所に向かったルフィたち。ルフィ不在の研究所跡にマスターの放った刺客クールブラザーズが迫る。一方、モネの報告を受け、マスターはローがルフィたちを島に引き入れたのではないかと疑いはじめる。

さらわれたナミを追って雪山へ向かったルフィ。フランキーの暴走により、偶然にもナミを発見する。クールブラザーズの仕掛けた罠と連続攻撃に苦戦するルフィだったが、ローの加勢により逆転する。ローの目的は一体何なのか？！

ナミを助けたローは、ルフィに打倒、四皇のため同盟を結ぶことを持ちかける。思いがけないことにおどろき、反対する仲間たちだが、ルフィはローを信用、同盟を受け入れる。そのころ、炎の土地ではシーザーによりおそるべき計画が実行されようとしていた！

シーザーを捉えるため二手に分かれ、それぞれ動き出したルフィとロー。一方、クールブラザーズの襲撃から生還していた、氷漬けの侍と再会したサンジたちにシーザーの開放した史上最悪の兵器スマイリーが迫る！

海軍ＶＳケンタウロスの戦いに空から乱入したルフィ。スモーカーを相手に戦いを開始するが、たしぎと入れ替わっていることに気づくと戦いを中断する。一方、スマイリーは海軍の軍艦を壊滅させ、ルフィたちの元へ接近していた！

スマイリーの襲来により大混乱となる中、シーザー捕獲に成功したルフィ。次々と繰り出されるガス攻撃をものともせず、勝利したかに見えたが突然意識を失う。一方、サムライの胴体が湖の中にあるとわかったサンジは、危険を覚悟で飛び込んだ！

シーザーによってルフィが意識を失い、さらにローまでもが謎の男に倒されてしまった。一方、湖からサムライの胴体を取り戻したサンジ。元の身体を取り戻したサムライは心からの感謝と共に、周囲に迫るスマイリーの始末を買って出る！

シーザーに捕えられ、ロー、スモーカーたちと同じ檻に閉じ込められたルフィ。海軍中将のヴェルゴによって、子供の誘拐事件が事故としてすり替えられていたのだ。さらにローによって、ヴェルゴの正体とその背後にいる人物が明らかになる！

ジョーカーの正体がドフラミンゴだと知っておどろくルフィたち。一方、研究所跡地に現れたシーザーは言葉巧みに子供たちを焚き付けナミとウソップを攻撃させる。反撃できず追い詰められたナミとウソップは子供たちを守ることができるのか？！

シーザーの手によって、子供たちを連れ去られたナミとウソップ。一方、研究所を目指すゾロたちの前に謎の巨大物体が出現する。分身と合体したスマイリーが迫る中、シーザーによる怖ろしい実験が始まろうとしていた！

シーザーが生んだ殺戮兵器シノクニ。その威力はすさまじく、逃げ惑うケンタウロスたちはもはや全滅寸前。上機嫌のシーザーはルフィにナミやゾロたちに危険が迫るのをみせつけた上でシノクニの餌食にしようと企む！

シノクニの威力を見せつけるため、檻ごと外へ出されたルフィたち。海楼石によって力が出ず、まさに絶体絶命かと思われたがローの作戦によって檻から脱出。スモーカ―たちと力を合わせてシーザーに反撃を開始する！

シノクニが迫る中、研究所で再会した麦わらの一味。どうにかガスの侵入を防いだものの、ローは安全に脱出するにはＲ棟へのルートを進むしかないと断言する。ナミとサンジも元の身体に戻してもらい、タイムリミットが迫る中、Ｒ棟を目指す！

シノクニの恐怖が背後へと迫る中、子供たちを奪い返し、研究所から脱出すべくＲ棟をめざすルフィたち。だが、その前にＧ－５の海兵たちが立ちはだかる。一方、シーザーは無情にもＡ棟の壁を破壊。シノクニのガスが侵入を開始する！

部下を失った悲しみを堪え、Ｂ棟へひた走るたしぎ。その前に立ちはだかったヴェルゴは無情にもかつての部下たちを手にかける。圧倒的な力の差を見せつけられるたしぎ。その危機を救うべくサンジが駆け付ける！

シーザーへ怒りの先制攻撃を放ったルフィ。そのまま一気に捕えようとするが、ガスガスの能力を駆使するシーザーに苦戦。一方、ヴェルゴと対決するサンジにも危機が迫る。はたしてシーザーの放ったガスから逃げられるのか？！

モネに邪魔され、あと一歩のところでシーザーを取り逃がしたルフィ。一方、ローはＳＡＤの製造室へ侵入する。ヴェルゴから報告を受けたドフラミンゴは、ローを裏切り者として処分するため、部下を研究所へ向かわせた！

キャンディをほしがりチョッパーに襲いかかる子供たち。キャンディを処分しようと必死になるモチャ。一方、雪を自在に操るモネに翻弄され、次第に体力を奪われていくルフィ。このまま反撃できず凍死してしまうのか？！

海軍の名を汚し、部下たちを裏切ったヴェルゴへ激しい怒りをぶつけるスモーカー。対するヴェルゴも退かず、中将同士の戦いは激しさを増していく。一方、地下のゴミ捨て場に落ちたルフィはそこで小さな影を見つけるが…

研究所の地下『ゴミ箱』でルフィが遭遇した小さなドラゴン・モモの助。元は人間だったと明かされ、おどろくルフィだったが、子どもたちを犠牲にすることをいとわないシーザーの野望に怒り、モモの助と共に脱出を開始する！

ロビンたちをかばい、モネの相手を買って出たゾロ。雪を自由に操るモネに手こずりながら、ロビンたちを先へ行かせようとするが、怖ろしい姿に変貌したモネに襲撃され苦戦、その真っ只中にたしぎたちが飛び込んでくる！

ロビンたちを行かすべく、モネを足止めするゾロ。邪魔だと言われながら、その場にのこるたしぎ。鋭い牙でたしぎの肩に噛みつくモネに対して、ついにゾロが本気の斬撃を浴びせる！一方、ゴミ捨て場に落ちたルフィも壁を登り続け…。

チョッパーとの約束を守り、必死に逃げるモチャだったが、先回りした子供たちに追いつかれてしまう。渡すまいと抵抗するものの、力づくで奪われそうになったモチャは危険を承知でキャンディを飲み込んでしまった！

シーザーの本性を暴露、部下たちの行方を教えるように迫る茶ひげだったが、信じてもらえず苦境に立たされる。シーザーに身動きを封じられた茶ひげの前に現れたルフィは、ドフラミンゴをかさに勝ち誇るシーザーに怒りの拳を放った！

屈辱に怒り、ガスガスの能力で反撃に出たシーザーを怒りの拳で叩きのめすルフィ。一方、『ＳＡＤ』の製造室ではスモーカーとヴェルゴの熾烈な戦いが続いていた。覇気を纏った攻撃に苦戦、追いつめられたスモーカーに勝機はあるのか？！

心臓を奪い返し、ヴェルゴを倒したローは『ＳＡＤ』の製造室を破壊、ドフラミンゴに宣戦布告する。一方、ルフィへの怒りでついに邪悪な本性をむき出しにしたシーザー。シノクニを送らせ、最後の決着をつけようとする！

激戦の末、シーザーを撃破したルフィ。合流した仲間たちと共に、ローの用意した巨大なトロッコで脱出しようとする。そのころ、島の上空にドフラミンゴの放った刺客、バッファローとベビー５が接近、はたしてルフィたちの脱出は成功するのか？！

研究所の崩壊が迫る中、チョッパーたちの到着を信じて動かないルフィ。一方、タンカーの甲板ではベビー５、バッファローとフランキー将軍のバトルが勃発。武器を駆使する相手を前に、フランキー将軍が無敵の強さを見せつける！

ついに全員が揃い、命がけの脱出を決行するルフィたち。だが、研究所の崩壊は止まらず、無数の瓦礫に行く手を阻まれ、出口にはなおもシノクニが待ち受ける。まさに絶体絶命のこの危機をルフィはどうやって乗り超えるのか？！

ドフラミンゴの命令を受け、フランキー将軍への攻撃を再開したベビー５。鎌女に変貌を遂げ、巨大な鎌がフランキー将軍のボディに命中する。まさに絶体絶命かと思われたそのとき、フランキー将軍は秘密兵器将軍砲を放った！

シーザーの捕獲に成功、パンクハザードの戦いに勝利したルフィたち。ナミは子供たちのためを思い、家に帰すことをたしぎに託す。そしてシノクニによって死んだと思われた錦えもんだが、奇跡の生還を果たし、モモの助と対面を果たす！

楽しい宴も終わり、ついに別れの時がやってきた。名残を惜しむ子供たち、そしてＧ－５、茶ひげたちを見送り、出航するルフィたち。一方、ローはドフラミンゴにシーザーたちを引き渡す代わりにとんでもない条件をつきつける！

シーザーと引き換えに王下七武海からの脱退を要求され、怒りに燃えるドフラミンゴはパンクハザードに上陸した。そして、Ｇ５を急襲してローたちの行方を聞き出そうとする。部下を守るため反撃に出たスモーカーだったが…

間一髪、スモーカーの命を救った元海軍大将青キジ・クザン。激しい戦いになるかと思いきや、ドフラミンゴは手を引き、島を後にする。やがて意識を取戻したスモーカーに、クザンは衝撃的な事実を明かした。

ドレスローザを目指すルフィたちを急襲する謎の海賊、ブリード。シーザーを奪われ、後を追うルフィとローだが、その前に意外な相手が現れる。はたしてブリードの狙いは？ルフィはシーザーを奪い返すことができるのか？

ペトペトの実の能力者、ブリ―ドの罠にはまり自由を奪われたルフィたち。道具のようにチョッパーを扱うブリードに怒り心頭のルフィ。その剣幕に逆上したブリ―ドは。ルフィとローを命がけで戦わせようと無情な命令を下すのだった。

ブリードの無情な仕打ちによって、海中に沈んだルフィとロー。残されたチョッパーたちだが、抵抗むなしく海獣たちに囲まれる。絶体絶命に見えたそのとき、奇跡の生還を果たしたルフィが怒りの一撃をブリードに叩き込む！