入院している阿笠博士のお見舞いにやってきたコナン、歩美、元太、光彦、灰原。その帰り道、高木刑事が強盗犯を追いかけている場面に遭遇する。挟み撃ちのため別ルートから佐藤刑事もやってきて、無事に強盗犯は確保された。逮捕時刻を記入しようと手帳を開いた高木刑事は、そこに一年前に交通事故で亡くなった伊達刑事が書き残した暗号のメモがあることに気が付く。自分なら分かるかもしれないと手帳を見たコナンが導き出した場所は、なんと喫茶ポアロだった。 ポアロに到着し、暗号の内容が「日曜　昼12時　米花町5の6　ポアロの窓際　赤いネクタイ付けてまて」だったと解説するコナン。店内で話を聞いていた安室は、伊達が残した「お前を男にしてやる」は「手柄を挙げさせて一端の刑事にしてやる」という意味だったのではと声をかけてくる。ポアロで怪しい取引をしている人物を捕まえるつもりだったと推理したコナンは、窓際の席を調べてテーブルにテープの跡を発見する。梓に聞いてみると、そこにゲーム機が落ちていたことがあったらしい。さらに日曜日の昼頃に店の前に来る車があり、中で外国人の少年が不自然な動きをしているのを目撃しており……。

伊達刑事が書き残した暗号を解き、喫茶ポアロにやってきたコナン、歩美、元太、光彦、灰原、高木刑事、佐藤刑事。ポアロに残された情報から誘拐犯が指定した身代金の受け渡し方法を推理し、フランス自動車メーカー副社長の息子・アランを救出することに成功する。一段落したかに思われたが、当時アランと一緒に居た友人の犬飼佑二も監禁されていることが判明。アランが車に乗っていた時の情報から監禁場所を探すことになる。

依頼を受け別荘地にやって来たコナン、蘭、小五郎。早々に事件は解決し帰宅していると、大きな別荘の前に群馬県警の車両が停まっているのを見かける。現場に居た山村警部が言うには、ベランダでコーヒーを飲んでいた被害者が、落ちてきた煙突にぶつかって絶命してしまったという事故らしい。被害者は有名ヤンニョムチキン専門店の会長・井上浩平。話している最中、コナンは煙突の付け根に何者かが施した細工を発見する。

コナン、蘭、小五郎が訪れた別荘地で発生した煙突の落下事故は、被害者を殺害するための細工が見つかり事件として捜査が始まる。近くに被害者の知人が数名滞在しており、コナンたちは話を聞いていくことにする。被害者の妻、会社の代表取締役社長、旧友で会社の株主である資産家、険悪な関係の投資家、そして愛人が容疑者となった。捜査の結果、別荘で発見された細工の作り方を良く知る人物が判明し犯人の最有力候補となるが……。

道を歩いていたコナン、蘭、小五郎は、突然鳴り響いた火災報知器の音に驚く。それは目の前のイタリア料理店からで、すでに煙が漏れ出していた。蘭が消防署に連絡しようとしたところで、近くに居た男性が叫びながら店内に飛び込んでいってしまう。男性を止めるため後を追った小五郎が見たのは、倒れている人影だった。 現場にやって来た消防隊員によると、火元は奥の厨房。被害者は料理長のサレルノ・マルチェロだった。店内に飛び込んでいったのはウェイターの秋村準で、後からオーナーの倉坂柳太郎とその娘の倉坂真理子もやってくる。マルチェロの死因は刺殺。定休日で誰もいないと思っていた空き巣が、料理中のマルチェロと鉢合わせ。刃物で刺した勢いで鍋の油がこぼれて、引火したと考えられた。小五郎が店に入ったとき裏口を開け閉めする音が聞こえたため、犯人はしばらく店内に身を潜めた後に逃げ出したのではないかということになる。しかし定休日にも関わらず、料理が作られテーブルがセッティングされていることに従業員たちは不思議そうな様子だ。その後、警察に連れられてきた妻のサレルノ・有里紗は「離婚の話し合いをするため店で会う予定だった」と話し始める。しかし、店の場所が分からずに帰ることにしたらしい。捜査をするうちに、コナンはマルチェロが犯人に刺された後も料理を続けていたことに気が付く。

住宅街に拳銃を持った男が現れ、女性を人質にして近くの家に籠城するという事件が発生した。テレビでその様子を見ていたコナンと小五郎は、慌てて現場に向かう。訳の分からない要求をしてくる犯人に困惑する目暮警部たち。そこへ家の持ち主が駆け付け「ここは空き家で明日にも解体工事が行われるため、ドアや壁をぶち破って突入して構わない」と言う。話し合いをしている最中、家の中から二発の銃声が聞こえてきて……。

仮面を付けて行われる“マスカレード婚活パーティー”。家族の紹介で仕方なく参加した重悟は、会場で千速に出会う。千速は、女性の参加費が無料の婚活パーティーだったため「タダで有名レストランのオードブルやデザートが食べられる」という理由で参加していた。選ぶつもりだった千速の番号を忘れてしまったことで、重悟は別の女性とのアプローチタイムに参加することになる。別室へ移動すると、そこで重悟を待っていたのは……。

横溝重悟と萩原千速が参加していた婚活パーティーの会場で拳銃による殺害事件が発生。被害者と別室で二人きりになる機会のあった、蕪木到、上寺幾久、円崎源司を容疑者として捜査が始まる。現場の状況から、犯人はサイレンサー付き拳銃で威嚇射撃をして被害者を脅した後、テーブルの下で拳銃を突き付けながら次に入ってくる男性と会話をするよう指示していたと考えられた。被害者が残したメモには、三人の印象が書かれており……。

コナンと蘭は一階に空手道場のあるビルを訪れる。空手教室の師範である郷田が怪我をし、蘭が臨時の先生を頼まれたのだ。付き添いで来ていたコナンがその様子を眺めていると、郷田が途中で教室を抜け出していくのが目に入る。その後をついていくと、郷田は二階の管理事務所前で男性と揉めていた。教室は順調に進んでいくが、終わりが近づいた所で二階から叫び声が聞こえる。現場に駆け付けたコナンたちが見たのは男性の遺体だった。

秘境の温泉にやって来たコナン、元太、光彦、阿笠博士。混浴だったこともあり、灰原と歩美はワカサギ釣りをするため近くの巨大リゾート施設・スフツリゾートを訪れる。そこにはスノーボードをしにきた蘭と園子、スノーモービルをしにきた佐藤刑事がいた。アクティビティを楽しんだ後、一緒に食事をとっていた五人は、困った様子の従業員たちを目撃。話を聞くと、ここ数日施設内で奇妙なことが起こっているらしい。

毛利探偵事務所に、超高級ホストクラブ『サンセット』のオーナー・玉井悟がやって来る。依頼の内容は「周辺で奇妙なことが起きており、身辺調査と警護をしてほしい」というものだった。翌日、店を訪れたコナンと小五郎は、庭のプールで遺体となった玉井を発見。遺体には後頭部にひらがなの『の』形の打撲痕が有り、右手首・左手首にそれぞれ歯型があった。警察は、学生時代からの友人たちに事情聴取をすることになる。

コナンは、園子と一緒に陶芸家・浮島賢造のアトリエを訪ねる。引退してアトリエを引き払う予定だという浮島の言葉通り、作業員が行き来しており、部屋の中の作品はすべて売約済みだった。空気の入れ換えのため浮島が窓を開けると、抱えていたネコが何かに反応。飛び出したネコは近くの台にぶつかり、上に乗っていた大きな壺が落ちそうになってしまう。コナンと園子は、なんとか壺を支えることに成功するが……。

毛利探偵事務所にメロン農家の熊谷一樹がやって来る。依頼内容は「畑を荒らす犯人を見つけてほしい」というもので、容疑者は付近に居る野生動物たちだった。困惑する小五郎だが、最高級マスクメロンをご馳走になり、メロン農家の苦労を聞いて依頼を引き受けることになる。そこへ泥棒被害を心配して近所のメロン農家仲間たちがやってきた。その後、コナン、蘭、小五郎が畑を案内されていると、叫び声が聞こえてきて……。