入院している阿笠博士のお見舞いにやってきたコナン、歩美、元太、光彦、灰原。その帰り道、高木刑事が強盗犯を追いかけている場面に遭遇する。挟み撃ちのため別ルートから佐藤刑事もやってきて、無事に強盗犯は確保された。逮捕時刻を記入しようと手帳を開いた高木刑事は、そこに一年前に交通事故で亡くなった伊達刑事が書き残した暗号のメモがあることに気が付く。自分なら分かるかもしれないと手帳を見たコナンが導き出した場所は、なんと喫茶ポアロだった。 ポアロに到着し、暗号の内容が「日曜　昼12時　米花町5の6　ポアロの窓際　赤いネクタイ付けてまて」だったと解説するコナン。店内で話を聞いていた安室は、伊達が残した「お前を男にしてやる」は「手柄を挙げさせて一端の刑事にしてやる」という意味だったのではと声をかけてくる。ポアロで怪しい取引をしている人物を捕まえるつもりだったと推理したコナンは、窓際の席を調べてテーブルにテープの跡を発見する。梓に聞いてみると、そこにゲーム機が落ちていたことがあったらしい。さらに日曜日の昼頃に店の前に来る車があり、中で外国人の少年が不自然な動きをしているのを目撃しており……。

伊達刑事が書き残した暗号を解き、喫茶ポアロにやってきたコナン、歩美、元太、光彦、灰原、高木刑事、佐藤刑事。ポアロに残された情報から誘拐犯が指定した身代金の受け渡し方法を推理し、フランス自動車メーカー副社長の息子・アランを救出することに成功する。一段落したかに思われたが、当時アランと一緒に居た友人の犬飼佑二も監禁されていることが判明。アランが車に乗っていた時の情報から監禁場所を探すことになる。

依頼を受け別荘地にやって来たコナン、蘭、小五郎。早々に事件は解決し帰宅していると、大きな別荘の前に群馬県警の車両が停まっているのを見かける。現場に居た山村警部が言うには、ベランダでコーヒーを飲んでいた被害者が、落ちてきた煙突にぶつかって絶命してしまったという事故らしい。被害者は有名ヤンニョムチキン専門店の会長・井上浩平。話している最中、コナンは煙突の付け根に何者かが施した細工を発見する。

コナン、蘭、小五郎が訪れた別荘地で発生した煙突の落下事故は、被害者を殺害するための細工が見つかり事件として捜査が始まる。近くに被害者の知人が数名滞在しており、コナンたちは話を聞いていくことにする。被害者の妻、会社の代表取締役社長、旧友で会社の株主である資産家、険悪な関係の投資家、そして愛人が容疑者となった。捜査の結果、別荘で発見された細工の作り方を良く知る人物が判明し犯人の最有力候補となるが……。

道を歩いていたコナン、蘭、小五郎は、突然鳴り響いた火災報知器の音に驚く。それは目の前のイタリア料理店からで、すでに煙が漏れ出していた。蘭が消防署に連絡しようとしたところで、近くに居た男性が叫びながら店内に飛び込んでいってしまう。男性を止めるため後を追った小五郎が見たのは、倒れている人影だった。 現場にやって来た消防隊員によると、火元は奥の厨房。被害者は料理長のサレルノ・マルチェロだった。店内に飛び込んでいったのはウェイターの秋村準で、後からオーナーの倉坂柳太郎とその娘の倉坂真理子もやってくる。マルチェロの死因は刺殺。定休日で誰もいないと思っていた空き巣が、料理中のマルチェロと鉢合わせ。刃物で刺した勢いで鍋の油がこぼれて、引火したと考えられた。小五郎が店に入ったとき裏口を開け閉めする音が聞こえたため、犯人はしばらく店内に身を潜めた後に逃げ出したのではないかということになる。しかし定休日にも関わらず、料理が作られテーブルがセッティングされていることに従業員たちは不思議そうな様子だ。その後、警察に連れられてきた妻のサレルノ・有里紗は「離婚の話し合いをするため店で会う予定だった」と話し始める。しかし、店の場所が分からずに帰ることにしたらしい。捜査をするうちに、コナンはマルチェロが犯人に刺された後も料理を続けていたことに気が付く。

住宅街に拳銃を持った男が現れ、女性を人質にして近くの家に籠城するという事件が発生した。テレビでその様子を見ていたコナンと小五郎は、慌てて現場に向かう。訳の分からない要求をしてくる犯人に困惑する目暮警部たち。そこへ家の持ち主が駆け付け「ここは空き家で明日にも解体工事が行われるため、ドアや壁をぶち破って突入して構わない」と言う。話し合いをしている最中、家の中から二発の銃声が聞こえてきて……。

仮面を付けて行われる“マスカレード婚活パーティー”。家族の紹介で仕方なく参加した重悟は、会場で千速に出会う。千速は、女性の参加費が無料の婚活パーティーだったため「タダで有名レストランのオードブルやデザートが食べられる」という理由で参加していた。選ぶつもりだった千速の番号を忘れてしまったことで、重悟は別の女性とのアプローチタイムに参加することになる。別室へ移動すると、そこで重悟を待っていたのは……。

横溝重悟と萩原千速が参加していた婚活パーティーの会場で拳銃による殺害事件が発生。被害者と別室で二人きりになる機会のあった、蕪木到、上寺幾久、円崎源司を容疑者として捜査が始まる。現場の状況から、犯人はサイレンサー付き拳銃で威嚇射撃をして被害者を脅した後、テーブルの下で拳銃を突き付けながら次に入ってくる男性と会話をするよう指示していたと考えられた。被害者が残したメモには、三人の印象が書かれており……。

コナンと蘭は一階に空手道場のあるビルを訪れる。空手教室の師範である郷田が怪我をし、蘭が臨時の先生を頼まれたのだ。付き添いで来ていたコナンがその様子を眺めていると、郷田が途中で教室を抜け出していくのが目に入る。その後をついていくと、郷田は二階の管理事務所前で男性と揉めていた。教室は順調に進んでいくが、終わりが近づいた所で二階から叫び声が聞こえる。現場に駆け付けたコナンたちが見たのは男性の遺体だった。

秘境の温泉にやって来たコナン、元太、光彦、阿笠博士。混浴だったこともあり、灰原と歩美はワカサギ釣りをするため近くの巨大リゾート施設・スフツリゾートを訪れる。そこにはスノーボードをしにきた蘭と園子、スノーモービルをしにきた佐藤刑事がいた。アクティビティを楽しんだ後、一緒に食事をとっていた五人は、困った様子の従業員たちを目撃。話を聞くと、ここ数日施設内で奇妙なことが起こっているらしい。

毛利探偵事務所に、超高級ホストクラブ『サンセット』のオーナー・玉井悟がやって来る。依頼の内容は「周辺で奇妙なことが起きており、身辺調査と警護をしてほしい」というものだった。翌日、店を訪れたコナンと小五郎は、庭のプールで遺体となった玉井を発見。遺体には後頭部にひらがなの『の』形の打撲痕が有り、右手首・左手首にそれぞれ歯型があった。警察は、学生時代からの友人たちに事情聴取をすることになる。

コナンは、園子と一緒に陶芸家・浮島賢造のアトリエを訪ねる。引退してアトリエを引き払う予定だという浮島の言葉通り、作業員が行き来しており、部屋の中の作品はすべて売約済みだった。空気の入れ換えのため浮島が窓を開けると、抱えていたネコが何かに反応。飛び出したネコは近くの台にぶつかり、上に乗っていた大きな壺が落ちそうになってしまう。コナンと園子は、なんとか壺を支えることに成功するが……。

毛利探偵事務所にメロン農家の熊谷一樹がやって来る。依頼内容は「畑を荒らす犯人を見つけてほしい」というもので、容疑者は付近に居る野生動物たちだった。困惑する小五郎だが、最高級マスクメロンをご馳走になり、メロン農家の苦労を聞いて依頼を引き受けることになる。そこへ泥棒被害を心配して近所のメロン農家仲間たちがやってきた。その後、コナン、蘭、小五郎が畑を案内されていると、叫び声が聞こえてきて……。

公園で女性の遺体が発見された。被害者は職場での評判も良く、交友関係のトラブルも見当たらない。どうやら仕事帰りに犯人と遭遇し、襲われてしまったようだ。現場検証していた高木刑事と千葉刑事は、あるカフェのスタンプカードが落ちていることに気が付く。被害者も同じカフェに通っていたようだが、彼女のスタンプカードは財布の中に入っており、現場に落ちていたものは犯人の所持品だった可能性が高かった。大量にスタンプが押されていたことから、高木刑事と千葉刑事はカフェの付近で張り込みをすることになる。 その後、高木刑事と千葉刑事が準備した張り込み部屋には、何故かコナンたち少年探偵団の姿があった。千葉刑事が買出しに行ったコンビニで会い、張り込みをしていると気づかれて付いてきてしまったのだ。 スタンプの量から常連客だということは分かったが、オーナー曰く「常連客が多く持ち主の特定ができない」ということらしい。「それでは犯人が現れても分からないのでは」と心配する灰原たちだったが、コナンは張り込み部屋にある物がいつもと違うことを指摘。「手掛かりがもう一つある」と言い出す。話をしている最中、謎の人物が張り込み部屋に入ってきて……。

群馬県にやって来たコナン、蘭、小五郎。ご当地の食事を楽しもうと群馬県警の山村警部に連絡をとる。小五郎が群馬県に居ると知った山村警部は、「長野県との県境で殺害事件が発生して揉めているため、加勢に来てほしい」と言い出す。コナンたちが向かった現場のホテルには、長野県警の大和警部、諸伏警部、上原刑事の姿もあった。県境の真上で発見された遺体。どちらも「ウチの事件だ」と譲る気がないため、合同捜査が始まり……。

群馬県と長野県の県境で発生した殺害事件。防犯カメラ映像から被害者は顔見知りと待ち合わせをしていた際に殺害されたと考えられ、同じホテルに滞在する動画配信者仲間の中田由水、星川鏡子、花山泉太が容疑者となる。話を聞いていく中で、現在はある出来事により意識不明のまま入院している四人の友人・弓場千津の名前が出てくる。千津の件は事件に関係があるのか？　そして、被害者の残したダイイング・メッセージの意味とは……？

何度も事件を解決に導いた歩美の絵日記だったが、平和な日々が続くと描くことがない。痺れを切らした歩美は「事件を探しに行く」と言い出す。コナン、灰原、光彦、元太を連れて米花町のパトロールを始めた歩美だったが、交番で未解決事件を聞き出そうとするなど暴走ぎみ。光彦と元太はそれぞれ事件が起こりそうな場所を紹介することになるが……。さらに、数日前から歩美が感じている視線の正体は？

コナンと小五郎は、今叶子に依頼されて自宅を訪ねる。叶子の依頼は、夫の今コーポレーション会長・今平和の浮気調査だった。平和は、会社が所有している競走馬に乗るアイドル騎手の桜田桜に夢中なのだという。一週間、小五郎は平和の尾行を続けるが不審な点はない。調査報告をすると、叶子は平和が浮気していないことを喜び、小五郎を食事に誘う。食事が終わり叶子を自宅まで送り届けた小五郎だったが、悲鳴が聞こえてきて……。

コナンと小五郎は、捜査に協力した事件がなかなか進展しないため、目暮警部のもとを訪ねる。容疑者は元小学校教諭・北尾研吾。八日前に造成工事現場付近で発生した殺害事件の容疑者として逮捕され、犯行を認めていたが、取り調べを重ねるほど不審な言動が目立ち、起訴できずにいたのだ。奇妙に思った目暮警部たちは別の容疑者についても調べ始める。そこで北尾と被害者、どちらとも接点のある人物が浮上するが……。

買い物をしていたコナンは、奇妙な親子に出会う。子どもが持っていたカプセルトイを落としたためコナンが拾うと、そこには『たすけて』と書かれたメモが入っていた。後を追ったコナンは、子どもに「落とし物を拾った」と声をかけ、そのままトイレに誘導する。二人で逃げるのは難しい状況だったため、誘拐されていた少年・三村和雄と服を交換。無事に入れ替わりが成功し、コナンは誘拐犯たちと行動を共にすることになる。

誘拐事件に遭遇したコナンは、人質だった少年・三村和雄と服を交換して入れ替わる。誘拐犯の若井隼人・千秋夫婦と行動を共にするうち、二人の自主的な犯行ではなく、誰かに指示されていることに気が付いたコナン。車中でミニカーを見つけたことで「子どもを人質に取られて脅されているのでは？」と声をかける。二人の子どもを救うため、コナンは真犯人の指示に従っているフリをしながら子どもを見つけ出す策を巡らせる……。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士は食事をしながら、人気バンドの話で盛り上がっていた。そこで声をかけてきた長須篤美、九重純香、戸谷麻央は、そのバンドのファンなのだという。彼女たちの友人でもあるウェイトレスの相島泰子に案内された三人は、席に着く。その後、店内で歩美、元太、光彦は、小林先生、千葉刑事、羽田秀吉を発見。それぞれの恋人とデートをしていると考えた歩美たちは、冷やかしに行くことにするが……。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士が食事をしていた店で、毒殺事件が発生。その店では、千葉刑事と小林先生、白鳥警部と宮本由美、羽田秀吉と三池苗子という謎の三組が食事をしていた。それぞれの恋人と鉢合わせしてしまったことで、事件現場は気まずい雰囲気だ。容疑者は三人に絞られていたが、毒を仕込む方法も分からず、なかなか捜査は進まない。そんな中、小林先生は駐車場で待機するコナンに助言を求めることを提案する。

『北米花祭り　殿様役オーディション』の会場で、喧嘩をしている結田槙夫と結田香蔵に出会った光彦、歩美、元太。槙夫が去った後、残った香蔵に話を聞くと、二人は偶然オーディション会場で会った兄弟なのだという。オーディションの状況から小説『シャーロック・ホームズ』シリーズの『赤毛組合』を連想した光彦は、香蔵の自宅を調べることにする。一方、光彦たちを探していたコナンと灰原は、槙夫を尾行する不審な男に遭遇し……。

政治家・陸奥麗子の自宅を訪れたコナン、蘭、小五郎。秘書の乾紳司に案内され、館の中で待つが麗子はなかなか来ない。すると突然、館内に響く麗子の悲鳴。コナンたちに助けを求め逃げてきた麗子を追いかけてきたのは、帽子とマスクとサングラスで顔を隠し、ナイフを持った不審な男。男は、他に人が居ることに驚いたのか、別館の地下室に逃げ込み施錠して立て籠もる。しかし、その中には麗子の夫・陸奥太郎が居て……。

コナンたち少年探偵団は、人が好い男性・間小吉と知り合う。間の自宅アパートに向かっていると、隣人の小宝粘二と大家の今泉照代が言い争いをしていた。小宝の部屋に空き巣が入り、警察に通報するか否かで揉めていたのだ。今泉は借り手がつかなくなると止めようとするが、間の説得もあり通報することになる。やってきた警察に疑いの目を向けられた間。指紋を提出し潔白を証明しようとするが、翌日やって来たのは捜査一課で……

小五郎と平次をモデルにした舞台が企画され、打合せのため京都にやって来たコナンたち。コナンは小五郎と平次に付き添い、蘭と和葉はスポンサーの厚意で京都スイーツ巡りをすることになる。 打ち合わせ場所は、演出家・株本恭助の自宅。その場にはプロデューサー・軽尾明児と舞台監督・木俣重記、脚本家・稲葉玲佑の姿があった。台本を読んでいた平次は、自身をモデルにした登場人物に許嫁がいることを不審に思い、軽尾に確認する。そこへやってきたのは平次の許嫁を自称する大岡紅葉だった。舞台のスポンサーは大岡コンツェルンで、「出資する代わりに、孫娘を模した登場人物を舞台に立たしてくれ」との依頼があったのだ。株本としても「今どきの若者に彼女が居ないのもリアリティがない」と考えていたため、追加された登場人物とのことだった。さらに、紅葉は「スペシャルなゲスト」と言って、警視庁捜査一課の黒田兵衛管理官を連れてくる。黒田が大岡家に挨拶に行ったところ舞台の話になり、紅葉に「打ち合わせに顔を出してほしい」と頼まれたのだという。舞台の内容がミステリーであるため、紅葉は警察側の視点が必要だと考えたらしい。その後、“験担ぎ”のピザが到着し、それを食べながら打ち合わせが始まる。 一方、蘭と和葉は、聞いていた舞台の内容に食い違いがある事に気が付く。さらに、京都で贅沢な食べ歩きをさせてくれるほどのスポンサー。和葉は、恋敵である紅葉の影を感じ、平次が打ち合わせをしている場所に向かおうとするが……。

小五郎と平次をモデルにした舞台が企画され、演出家・株本恭助の自宅で打ち合わせをしていたコナン、小五郎、平次。その場には、プロデューサー・軽尾明児と舞台監督・木俣重記、脚本家・稲葉玲佑がおり、さらに平次の許嫁を自称する大岡紅葉と警視庁の黒田兵衛管理官がやってくる。 そんな中、別室で仮眠をとっていた株本が、遺体となって発見される。現場のドアは開かず密室だったため、京都府警の綾小路文麿警部は自殺と判断するが、コナンと平次は殺害事件だと考える。容疑者は、株本と関係の深い軽尾、木俣、稲葉。誰の犯行にせよ、株本に仮眠をとらせて、部屋に籠る状況を作らなければならない。睡眠薬を入れたものとして最も疑わしいのは差し入れのピザだが、株本は皆に振舞うために切り分けただけで、「ダイエットのため」ということで口にしていない。飲んでいたコーヒーも皆の分が無造作に置かれた中から取ったもの、いつも舐めているキャンディの味が変わればすぐ気が付くタイプだということから、そちらの線は考えにくい。そんな中、株本の死因を確認した黒田は「口からピザの匂いがした」と言い出す。皆で食べたピザにはつまみ食いした形跡がなかったため、株本は出所不明のピザを口にしたことになるが……。

ラーメン店・尾方軒の味が変わってしまったと深刻な様子で話す光彦、歩美、元太。「秘密を突き止める！」と意気込む三人に連れられ、コナンと灰原はラーメンを食べに行くことになる。尾方軒は大将の尾方将司が始めた店で、現在は一人息子の尾方幸作と二人で切り盛りしている。いつもは行列ができる人気店のはずが、何故かガラガラ。厨房を観察していたコナンは、、大将の様子がどこかおかしいことに気付き……。

米花市で新たに運用が始まった移動交番車。その名の通り、様々な場所に移動して交番業務を行う警察車両だ。少年探偵団は、ご当地アイドルの青島花音と共に移動交番車の発表会の手伝いをすることに。コナンと分かれ、次の現場へ出発した移動交番車だったが、突如２人組の男にカージャックされてしまう。大胆にも警察車両を乗っ取った強盗犯を前に、窮地に陥る灰原、歩美、光彦、元太。仲間を救うためにコナンが追跡を開始する……。

毛利探偵事務所に、自宅マンションに中傷ビラが貼られるようになった真壁五月が依頼に来る。マンションで張り込みをしていた小五郎は、不審な若い男を取り押さえるが……。数日後、高級マンションの一室で遺体が発見された。被害者の堂場諒一は、周りの評判が悪い人物。匿名の電話によって、容疑者として五月が警察に呼び出される。五月はアリバイを主張するが、一緒に居たはずの弟は「誰にも会っていない」と言い出し……。

蘭と園子は『探偵女子５』こと灰原、歩美、佐藤刑事を招集する。園子は「忍者の恰好で指定された場所へ行く」という怪しい高額バイトの求人を知り、大掛かりな犯罪計画なのではと考えたのだ。潜入捜査のため指定された場所に行くと、続々と忍者の格好をした人々が集まってくる。バイトの追加ミッションには万引きや器物損壊を指示してるものもあるため、警察の目を忍者たちに引き付けて黒幕が何かを行う可能性が高いと考えられた。

小五郎は、文芸評論家・上湯鷹彦から「地方に行く予定があるため、三日間、家で留守番をしてほしい」という依頼を受ける。探偵の仕事とは思えずに断る予定だったが、報酬が高いわりに、やることは飼い猫の世話で、気になることは二日目に入るという工事の騒音程度。家にある酒や食べ物は自由で、コナンと蘭も呼んでいいという好条件だったため、小五郎は依頼を引き受けることにする。 上湯邸の中でくつろいでいると、文芸評論家・石破玄石が訪ねてくる。喧嘩腰の石破は「あるパーティーで上湯と揉めて、決着を付けに来た」という。小五郎たちが事情を説明すると、「負けると覚って逃げたんだ」と笑いながら去っていく。 しばらくして、雑誌編集部員・香深幸子がやってくる。幸子は「雑誌に載せる文芸時評の内容が不満だったため連絡していたが、私の方が間違っていると気が付いた」とお詫びに来たのだという。辛口で知られる上湯だが、これまでずっと酷評しつづけ犬猿の仲と云われてきた小説家・藤枝爽の新作を、とても褒めていたらしい。上湯の不在を知った幸子も、そのまま去っていく。 留守番の二日目。インターフォンが鳴り、工事業者が来たのだと思った蘭が玄関を開けると、そこには警察官が居た。警察官によると、匿名の人物から「上湯が人を埋めているのを見た」という手紙が来たらしい。庭を調べていたコナンたちは、埋め直した跡を発見。ちょうどそこにやってきた工事業者が土を掘り返すと、そこには胸に包丁の突き刺さった男の遺体が埋まっており……。

江戸川乱歩生誕１３０年を記念して、江戸川乱歩と江戸川コナンが夢のコラボ！コナンたち少年探偵団は、小林先生の引率で乱歩邸を訪れる。江戸川乱歩が書庫として使用していた土蔵には貴重な本が大量にあり、コナンたちは大興奮。そこへ佐藤刑事と高木刑事が訪れ、近くの公園で殺害事件が発生したことを告げる。しかも、被害者の遺留品は普段公開していない土蔵に関係していたようで……。この難事件に現代の少年探偵団が挑む！

江戸川乱歩生誕１３０年を記念して、江戸川乱歩と江戸川コナンが夢のコラボ！コナンたち少年探偵団と小林先生が訪れた旧江戸川乱歩邸で立て続けに殺害事件が発生。被害者はいずれも「乱歩会」に所属しており、残る乱歩会のメンバーが容疑者であり、事件の鍵を握っていた。事件はまだ終わっていないと推理したコナンと少年探偵団は、新たな犯行を阻止するために事件解決へ奔走。しかし、犯人の計略は次なる標的へと向かっていて……

世間を騒がすホテル連続爆破事件で使われた暗号を入手した世良真純に誘われ、坏戸ホテルを訪れたコナン。その誘いには世良とその母「領域外の妹」赤井メアリーのある狙いがあった。しかし、新しい爆破予告の現場に遭遇したことで、爆弾魔の次の狙いがこのホテルであると知ったコナンと世良。偶然居合わせたホテルの顧問弁護士である小五郎の妻・妃英理と共に、爆弾が仕掛けられた部屋と爆弾犯を突き止めるため暗号解読に乗り出す！

世良に誘われ杯戸ホテルを訪れたコナンは、立て続けに起きているホテル爆破事件に遭遇。偶然通りかかったホテルの顧問弁護士である妃英理の力を借りて、過去の暗号を入手したコナンと世良は爆弾があるはずの部屋を６部屋に絞り込む。爆弾犯の可能性があるのは、ホテル清掃員の盛子、ベルボーイの暮石、そして暗号文が置かれていた部屋の宿泊客・林崎。爆発までのタイムリミットが迫る中、コナンと世良は犯人にたどり着けるのか!?

玉木ブックカフェで読書をしていた少年探偵団は、父親の形見である大切な本を誤って買取に出してしまった小町亜美に出会う。本は売れてしまっていたが、そこに購入者の霧島健一がやって来る。買い戻させて欲しいと訴える亜美だったが、霧島はすでにその本をフリマサイトで転売しており取り付く島もない。しかし、普通の本のはずが２０万円の高額で売買されており、コナンは疑問に思う。その日の夕方、霧島の遺体が発見され……

コナンたち少年探偵団は、今日閉園を迎える遊園地に遊びに来ていた。そこで警備員に扮して張り込み中の高木刑事と千葉刑事を発見。今回も無理やり張り込みを手伝うことに。警察は六年前に近隣で起きた二人組の宝石強盗がこの遊園地に盗んだ宝石を隠し、最終日である今日、取り壊し前に回収しに来ると睨んでいた。強盗犯のうち、主犯の蟹江田は事故で死亡。共犯者のエビシマは情報が無い。宝石の隠し場所とエビシマの正体とは？