鈴木次郎吉相談役のもとに怪盗キッドから犯行予告が届く。キッドのターゲットはベルツリー急行爆破事件で展示が延期になった宝石、赤面の人魚。予告状は赤面の人魚を公開初日に奪うという内容だった。中森警部は今度こそキッドを捕まえると意気込む。当日、コナンは蘭、園子、世良と共に宝石が展示されている鈴木大博物館へ。特別展示室の大きな水槽の周りは見物人が取り囲んでいて、赤面の人魚は水槽の中を泳ぎ回る亀の背中に貼り付けられていた。 水槽は硬質ガラスになっていて、奥は厚さ２ｍのコンクリートの壁。天井と両脇は特殊合金の金網で、宝石は泳ぎ回っている亀の背中。万全の準備をした次郎吉はキッドでも盗れないだろうと自信満々だった。この宝石の持ち主だったのは半年前に海難事故に遭って他界したイタリアの大女優。船が沈む直前、彼女は飼っていた亀の背中に接着剤で宝石を付けて逃がしたという。 この後、観覧時間が終わる頃に小五郎がやってくる。犯行予告の８時までは30分。中森はコナン、小五郎、蘭、園子、世良に大人しくしていろと忠告する。世良はまだ予告時間まであるため、トイレへ行く事に。その時、園子は近くのトイレは混んでいたから２階のトイレが良いと教える。水槽の周りには20人の機動隊、２階の通路にはサーチライトを構えた100人の機動隊、中森は万全の警備に胸を張る。 外に集まった若者たちがキッドコールを叫ぶ中、予告時間を迎える。すると突然、床のカーペットがテグス（糸）で捲り上がり、園子や世良はバランスを崩す。そして捲り上がったカーペットは水槽をすっかり覆い隠し、テグスは天井のシャンデリアに巻き上げられていく。この後、３、２、１とカウントダウンするキッドの声が響き渡り、ポンという音と共に白煙が立ちのぼる。するとテグスが切れて、カーペットが落下。水槽にはキッドのカードが漂い、亀と宝石は消えていた。 次郎吉は床に刺さったもう１枚のキッドのカードを確認。カードには「宝石は頂戴した。信じられないのなら確かめてみろ」と書かれていた。次郎吉は金網のロックを解除して水槽を確認するが、やはり亀と宝石は消えていた。数日前にカーペットと照明を取り替えた２人組の内装業者がいたらしく、中森はその２人組がキッドと手下だったと考える。世良はキッドがまだ展示場内にいると推理。変装を見破るため、皆の身体検査をするがキッドを見つける事ができない。トリックを見破る糸口さえ掴めないコナンは推理を巡らせて…。

キッドの犯行予告時間に亀と共に消えた宝石、赤面の人魚。機動隊員はシャンデリアに仕掛けられたウインチを発見し、中森警部はカーペットが捲り上がり、水槽を覆い隠したトリックを見破る。キッドの変装を暴くため、皆はお互いの身体検査をするが怪しい人物は見つからない。そんな中、園子はキッドが蘭に変装していると疑っていた。カーペットが捲れ上がる直前、蘭が離れた場所に移動したからだ。園子は事前に知っていた蘭が巻き込まれないように避難したと思っていた。 だが、蘭は携帯の電波の状況が悪いと思って移動しただけと言い訳する。カーペットが捲れ上がる直前、蘭が時間を調べるために携帯を見たら画面が真っ黒になっていたという。蘭の話を聞いたコナンは赤面の人魚にくっついていた金のネックレスの留め金について次郎吉に確認。コナンの推理通り、留め金は鉄製だった。コナンはキッドが赤面の人魚を盗んだのではなく、皆の視界から消しただけと気付く。 事件の真相に辿り着いたコナンはキッドがある人物に変装し、まだ現場に残っていると確信する。キッドは１つ大きな勘違いをしていた。次郎吉は特別展示室から皆を追い出そうとする。キッドに宝石を盗まれ、もう何もできないと判断したのだ。その時、コナンは事件の全貌を暴くため、小五郎に向けて麻酔銃を発射。だが、コナンはバランスを崩してしまい、麻酔銃は園子にあたってしまう。この後、コナンは園子として推理ショーを行い、キッドは徐々に追い込まれていくが…。

小五郎はコナンと蘭を車に乗せ、周りに何もない寂しい道を走っていた。その時、蘭は公園で女性が倒れている事に気付く。女性の首にはロープが巻かれ、地面には「ナ」というダイイングメッセージが残されていた。この後、群馬県警の山村ミサオ警部が捜査を開始。被害者は保険外交員の広瀬ナナ（ひろせ）。死因は頸部圧迫による窒息死で、首には何重にも絞められた痕が残っていた。 死亡推定時刻は午後10時から10時半の間で、コナンたちが発見する少し前だった。コナンはダイイングメッセージの「ナ」を見て何かが変だと感じる。さらにコナンはナナの洋服から火薬の匂いがする事、遺体の顔が濡れて化粧が落ちている事に気付く。その時、現場に取り乱した中学校教師の左門治（さもんおさむ）がやってくる。左門はナナの婚約者で、右手中指に指輪をしていた。 コナンは左門の服に付いた火薬の匂いと指輪が引っかかる。左門は今夜アパートでナナと結婚式の相談をする約束をしていたという。左門は９時45分にナナから「少し遅くなります　公園でミギタと話していくから　ナナ」というメールが届いたと証言。左門は書店店主の右田利彦（みぎたとしひこ）を犯人と疑っていた。右田はナナの元恋人で、ヨリを戻そうとして、ナナに付きまとっていたという。 小五郎はナナが残したダイイングメッセージはカタカナの「ナ」ではなく、漢字の「右」を書く途中だったと推理。コナンたちは容疑者の右田に会いに行く事にする。移動中、左門はスマホの画像を哀切な表情で見つめる。それは生徒たちがクラッカーを鳴らして左門を祝福する画像だった。この日、生徒たちは左門の結婚を祝ってパーティーをしてくれたという。この時、蘭は左門の漢字表記に気付き、小五郎はナナが「左」と書こうとしていた可能性もあると判断し、左門も容疑者に加える。 コナンたちは右田書店を訪ねると、右田はナナと待ち合わせしていないと無実を訴える。右田は店でずっと仕事していた姿が防犯カメラに映っているとアリバイも主張。山村たちはカメラの映像を確認するが、右田がフレームアウトしたのは一度だけ。トイレに行った１分程度だけだった。犯行現場までは車でも往復20分はかかるため、小五郎も右田の犯行は不可能と判断する。コナンは映像を見て、トイレから戻った右田の髪がわずかに乱れていた事に気付く。コナンはダイイングメッセージが示している犯人が右田、左門のどちらなのかをわかっていた…。

コナン、小五郎、蘭、世良は園子に誘われ、日売テレビの番組「どちらのスイーツでSHOW」の収録を観覧する事に。番組はパティシエ２人がお題のフルーツでスイーツを作って対決する内容。チャンピオンの栗村習平（くりむらしゅうへい）は６週連続で勝ち続けていた。お題のフルーツは収録まで秘密にされていて、知っているのはフルーツを宝箱に詰める担当者のみ。だが、栗村はいつもお題のフルーツに合う食材を用意していて、テレビを見たコナンは栗村が事前にお題を知っていると疑っていた。 お題を決めるのはフードコーディネーターの春日寺文（かすがてらふみ）。春日はフルーツを宝箱いっぱいに詰めて南京錠を掛けると、日売テレビのプロデューサー、樽岡利英（たるおかとしひで）に送る。樽岡に指示されたADの降谷渡（ふるやわたる）がもう１つ南京錠を掛けて箱を春日に送り返す。春日は自分が掛けた南京錠を外し、箱をテレビ局へ戻す。箱は収録まで倉庫に置かれ、鍵は収録まで銀行の貸金庫に保管されるという。このように外部に漏れない仕組みだが、審査員の料理評論家、武木正徳（たけきしょうとく）は誰かが栗村にお題を事前に教えていると疑い、独自に犯人捜しをしていた。 収録当日、武木はスタジオに現れず、急遽、小五郎が沖野ヨーコと一緒に審査員を務める事に。武木が不在のまま収録は始まり、栗村と挑戦者の榎木呉亜（えのきどくれあ）が登場。そして司会の剣崎（けんざき）がお題のフルーツが入った宝箱の鍵を開けると、観客から悲鳴が上がる。箱に詰められたリンゴの中に武木の遺体が埋まっていたのだ。硬直具合から死後半日以上は経っていて、箱の縁には血をふき取ったような跡が残っていた。コナンと世良は箱のフタが開いている時、武木は縁に頭をぶつけて亡くなり、そのままリンゴと一緒に詰められたと推理する。 この後、目暮警部、高木刑事が捜査を始めると、そこに春日がやってくる。春日は昨夜、箱にフルーツを詰め終わった後に武木が家に来たと証言。春日は箱の中身をバラしている犯人を突き止め、番組で暴露するから収録に来いと武木に言われたという。春日は武木が箱の南京錠をチェックしていたと証言。武木は春日をフルーツの情報を外部に漏らしている犯人と疑っていたという。箱を取りに来たAD２人は春日の家から武木が帰る姿を目撃していて、小五郎はいつ箱に遺体が入れられたのかをわからずにいた。千葉は昨夜、武木が時代劇のエキストラに混じってテレビ局にこっそり入っていたという情報を掴む。それを聞いた世良は武木が箱を保管していた倉庫に潜んで犯人を待ち伏せしていたと推理。コナンと世良は武木が箱をこっそり開けた犯人を目撃した後、殺害された可能性が高いと考えるが…。

日売テレビの番組「どちらのスイーツでSHOW」の収録中、フルーツを詰めた宝箱から審査員の武木の遺体が発見される。殺害現場は宝箱を置いていたテレビ局の倉庫の可能性が高く、コナンたちは倉庫前にある防犯カメラの前日の映像を確認する。前日の21時過ぎに現れたのはプロデューサーの樽岡だった。樽岡は宝箱がちゃんと届いたか確認するために倉庫に行ったと証言する。倉庫にいた時間は約30分と長く、樽岡は箱の置き場所をド忘れして探し回って時間がかかったと言い訳する。 続いて、22時過ぎに現れたADの降谷は若いAD２人を入口に残して倉庫の中へ。降谷は箱のチェックをすぐに済ませ、タバコを吸いながらメールをチェックしていたと証言する。倉庫にいた時間は30分ぐらいだった。そして23時30分過ぎにはフルーツを選ぶ春日も倉庫の中へ。春日は武木に言われた事が気になり、テレビ局側が掛けた鍵をチェックしに来たと証言する。春日は入念に鍵を調べ、ちゃんと掛かっているのを確かめてから家に帰ったという。春日も他の２人と同じように30分ぐらい倉庫にいた。 映像を確認した目暮警部は武木を殺害した容疑者を樽岡、降谷、春日の３人に絞り込む。だが、犯人が宝箱の鍵を開けたトリックは謎のままだった。この後、小五郎は宝箱いっぱいにフルーツを詰めている理由がわからないと言い出し、園子は箱いっぱいの方が見栄えが良いからと説明。収録で使い切れなかったフルーツは観覧者に配られるという。さらに小五郎は沖野ヨーコの髪型についても話し、コナンはその言葉をヒントに鍵を開けたトリックを見破り、誰が犯人なのかにも気付く。 そしてコナンは箱に入っているリンゴの数がいつもより少ない事に注目。だが、鑑識課員は外にこぼれたリンゴは全て箱の中に入れたという。それを聞いたコナンは消えたリンゴが証拠になると考え、世良と共に倉庫へ向かう。事件現場のため、中には入れなかったが、高木から倉庫にあったドラマの小道具が汚れていたという貴重な情報を入手。この後、コナンと世良はマジックショーを披露すると言って皆を集め、犯人が宝箱を開けたトリックを再現。そして、今回の事件の全貌を解き明かしていく…。

小五郎、コナン、蘭は往年の大女優、白川美鈴（しらかわみすず）の屋敷に招かれる。美鈴は息子の白川京介（きょうすけ）、娘の白川千春（ちはる）と共に２階の自分の部屋にコナンたちを案内。そこには映画の小道具が飾られていた。この時、小五郎は百合の花瓶を倒しそうになり、コナンが慌てて花瓶を支える。そこに娘の白川沙織（さおり）とメイドの中西優香（なかにしゆうか）がやってくる。映画の主演女優を選ぶオーディションに合格した沙織。だが、美鈴が製作側に電話して合格を取り消したのだ。怒る沙織に対し、美鈴は沙織の下手な演技では自分の顔に泥を塗る事になると手厳しく言い放つ。 この後、京介たちは昼食を用意したテラスにコナンたちを案内する。美鈴は２つの眼鏡の１つを手に取り、ジャムの表記を確認。美鈴は庭にいる優香を呼び、バラのジャムじゃないと叱りつける。優香は買い忘れてしまったと謝罪し、京介は優香を庇おうとする。美鈴は庇うのを止めなさいと京介を諭し、優香が京介を誘惑したと決めつける。千春は自分が庭に水を撒くからジャムを買ってきてと優香に声をかける。午後２時、美鈴は日課の昼寝のため、睡眠薬を飲んで自分の部屋に戻る。 小五郎と京介が話していると、庭の向こう側の道路から大きな衝突音が聞こえてきて、自分の部屋にいた沙織も屋敷の外に出てくる。コナンたちが庭に行くと、優香が運転する車が車道から滑り落ち、前輪が庭の池に突っ込んでいた。千春が車に気付かずに道路に出て、優香は慌ててハンドルを切ったという。この騒ぎで目を覚ました美鈴は２階の窓から顔を出す。その車は美鈴が監督からもらった思い出の車。美鈴は大破した車を見て激昂し、荷物をまとめて出ていけと優香に言い放つ。 小五郎たちが車を池から出してテラスに戻った直後、コナンは２階が火事になっている事に気付く。コナンたちは美鈴を助けに行くが、美鈴は煙によって窒息死していた。コナンは部屋を出る時に違和感を抱く。消火の後、多摩川（たまがわ）刑事が現場検証。出火元は引火点が低い油絵の可能性が高く、小五郎は今回の火事は収れん火災と判断する。収れん火災はレンズ代わりなった窓やペットボトルが太陽光を集めて起きる火災。小五郎は池の水面で跳ね返った太陽光が部屋の油絵に照射したと推理する。 だが、美鈴がカーテンを開けたのは車の事故があった時の２、３分のみ。コナンは虫眼鏡などがなければ、そんな短時間では火が出ないと訴える。すると、多摩川は窓辺に置いてある眼鏡が虫眼鏡の代わりになったと推理。美鈴は寝る前によく本を読んでいたという。コナンはその眼鏡を確認した時、自分の袖に小さな黄色いシミがある事に気付いてハッとなる。この後、部屋を見渡したコナンは今回の火事が事故ではなく、ある人物が仕組んだ殺人事件だと見破って…。

コナンは阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀と共にフィギュアフェスティバルの会場にやってくる。光彦はモデラーの北島昌弘（きたじままさひろ）が作成した鉄道模型とジオラマに注目。北島は世界大会への出場も決まっている天才モデラーだった。そこに北島本人、続けて恋人の亀山麗香（かめやまれいか）が現れる。隣のブースではモデラーの森下俊一（もりしたしゅんいち）が人気ロボットアニメのフィギュアを展示。徹夜して造ったという森下の服は褐色に汚れていた。 光彦が会場の売店で塗料を選んでいると、会場の廊下から女性事務員の悲鳴が聞こえてくる。奥の控室では北島が胸から血を流して絶命していた。扉の内側には男が隠れていて、男は一瞬の隙に外へ飛び出していく。哀は足を男の足に引っ掛け、男は転倒して伸びてしまう。逃げたのはモデラー雑誌記者の広戸健児（ひろとけんじ）。現場に駆け付けた目暮警部と高木刑事は広戸から事情を聞く事に。広戸はインタビューを取りに来たら、北島が絶命していたと証言する。広戸は凶器を持っていなかった。北島が絶命してからコナンたちが駆け付けるまでの時間はわずか数分。その間に凶器は消えてしまったのだ。 この後、控室に森下がやってくる。森下は自分の控室にいたら外が騒ぎになり、係員から事件の事を聞いたという。森下と広戸は顔見知りだった。広戸はモデラーから評判が悪く、北島はモデラー仲間に広戸の取材は受けるなと注意していたという。森下は北島から金を借りていて、何年も返していなかった。そこに取り乱した麗香がやってくる。麗香が広戸と森下を犯人と疑うと、広戸は麗香が怪しいと発言。麗香は最近別れ話で北島と揉めていたという。３人はそれぞれ北島との間にトラブルを抱えていた。 麗香は事件が起きた時、外にいたと証言する。会場で北島と会った後、ホールの側の川で待っていてくれと北島からメールが届いたという。北島がメールを送ったのは事件の起きる10分前だった。この後、廊下の自販機と壁の隙間からエメラルドがはめ込まれた大きなブローチが発見される。ブローチには、かすかに血が付着しており、それは北島の血だと判明する。麗香は自分のブローチと認めるが、昨夜、会場で準備していた北島に花束を持ってきた時に失くしたと証言する。 この後、森下は昨夜に北島が麗香に別れ話をしていた場面を見たと明かす。麗香は怒って殺害すると北島に言い放ったらしく、目暮は麗香を犯人と疑う。コナンはブローチ、麗香の白い服について考える。広戸は北島のスキャンダルを追っていた事を告白。北島には代作している人がいるという噂がたっていたという。それを聞いたコナンは北島の鉄道模型とジオラマ、そして塗料の入った箱を確認する。続けて、コナンは光彦に塗料について訊ね、森下、広戸、麗香の誰が犯人かを見破る…。

コナン、歩美、光彦、元太、哀はパトロール中の交通課、由美と苗子に偶然会う。２人は由美の元カレの話をしていた。その時、苗子の携帯に友人の家政婦、米原桜子（よねはらさくらこ）から着信が入る。それは勤務する家で人が死んでいるという連絡だった。コナンたちは現場となる伊丹永信（いたみながのぶ）の自宅マンションへ向かう。寝室では妻の伊丹知代子（ちよこ）がシャンデリアにかけたロープに首を吊って絶命。知代子は右腕に三角筋を巻き、足元には遺書が置かれていた。 由美は永信と桜子から事情を聞く事に。永信は１時間前に知代子と大ゲンカ。頭が冷えるまで知代子を１人にするため、永信は桜子と近所のスーパーへ買い物に出掛けたという。２人は昨晩もケンカ。その時、苗子に灰皿を投げられ、永信は左目をケガしていた。買い物の時間は30分。２人が帰宅すると、寝室の扉が閉まる音がしたらしく、桜子はその時はまだ生きていたと思うと証言する。永信は桜子と30分くらい世間話をした後、寝室に入って遺体を発見したらしく、由美は自殺と判断する。 だが、コナンは遺書の不審な点に気付いて事件の可能性を探る。遺書は机の上にある手帳を千切ったものだが、千切れ目は合っていなかった。不思議な事に遺書の字はかなり歪んでいて、他のメモのサインは知代子と名前のみだが、遺書だけはフルネームが書かれていた。桜子は玄関の鍵はかかっていた証言。合鍵は永信、知代子、桜子、息子の伊丹靖家（やすいえ）の４人が持っているという。１階ポストに予備の鍵を入れているらしく、桜子は隣の住人がポストのダイヤル番号を知っている事を思い出す。 苗子が隣人から話を聞こうとすると由美は激しく動揺。隣人の羽田秀吉（はねだしゅうきち）は由美の元カレだった。この後、目暮警部と高木刑事らが改めて捜査。夫婦ゲンカの原因は知代子が株にハマっている事だった。大学卒業を控える靖家の就職が決まらずにストレスも溜まっていたらしく、靖家は大学の近くで一人暮らしをしているという。続いて、目暮は遺書を確認。遺書には永信のケガの事、靖家の試験の事、姪っ子の七五三の事が書かれていた。靖家は車の免許証の学科試験を控えているという。 桜子は寝室の前に知代子の携帯が落ちていた事を思い出し、それを聞いたコナンは何かに気付く。目暮は永信が持っていた知代子の携帯を確認するが、発信、着信履歴はなし。目暮は携帯がトリックに使われた可能性は低いと考える。この後、桜子は自殺ではないと訴える。数年前に搭乗した飛行機が墜落しそうになったが奇跡的に助かった知代子は日頃から自分の事を幸運の持ち主と話していたらしく、桜子はそんな考えの人が自殺するはずないと主張する。さらに桜子は遺書の不可解な点を目暮に伝える。コナンはその話を聞いて計画的な犯行と見破り、秀吉もコナンと同じ事を考えていた…。

千葉刑事は不審人物の目撃証言を目暮警部に報告する。マンション１階ロビーにいるコンシェルジュが帽子とマスクとメガネで顔を隠した不審者を目撃したという。不審者が目撃されたのは伊丹永信と家政婦の米原桜子が出掛けた後。さらに息子の伊丹靖家も永信と桜子が出掛けた後にマンションに来ていた事が明らかになる。この後、元太、光彦、歩美、哀は扉の覗き穴から永信の部屋を覗いていた不審者を連れてくる。その不審者は教習所にいるはずの靖家だった。 教習所をサボり、欲しい車のカタログを見せに来たという靖家は母の伊丹知代子が他界したと知って動揺。靖家は部屋の呼び鈴を鳴らしても返事がなかったから、その辺で時間を潰していたと証言する。この後、コナンは携帯のバイブが鳴っていると言って皆の携帯をチェック。永信、靖家、そして知代子は同じ機種の携帯を使っていた。コナンは寝室の前に落ちていた知代子の携帯を見つけた時の状況を桜子に確認。携帯を見つける前に寝室の扉が閉まる音が聞こえてきたという桜子は寝室以外の扉はみんな少し開いていたと証言する。 目暮はスーパーで買い物した時の状況を永信に訊ねる。永信は桜子が買い物中、喫煙スペースにいたらしく、目暮は永信のアリバイはないと判断する。高木刑事は隣人で由美の元カレの羽田秀吉のアリバイを確認。秀吉は出掛けていて、帰宅後すぐに婦警が来たと証言する。高木はどこで何をしていたのか訊ねるが、秀吉は言えないと答えようとしない。由美は容疑者として疑われている状況を秀吉に伝えて答えるように促すが…。コナンは犯人の目星をつけ、あるモノを探して欲しいと歩美たちに指示を出す。 この後、遺書の筆跡鑑定の結果が出る。遺書を書いたのは間違いなく知代子本人だった。そして、スーパーの防犯カメラに頻繁に映っていた桜子のアリバイは証明され、容疑者はアリバイのない永信、靖家、秀吉の３人に絞り込まれる。多少不可解な点はあるものの、目暮は知代子が遺書を書いた事から自殺したと判断。だが、コナンは自殺ではなく、知代子は殺害されたと反論。そしてコナンは誰が犯人かに気付いている秀吉を促し、秀吉は自身の推理を披露する。この事件を解決する上で重要なのは乱れた字で書かれた遺書だった…。

コナン、蘭は新郎と知り合いの園子に誘われ、森の教会で行われた畠山財閥当主の畠山優（はたけやままさる）と伊藤美帆（いとうみほ）の結婚式に出席する。夜には畠山家別荘で披露宴も行われる。園子によれば、優が別荘の管理をしていた美帆に一目惚れして結婚したという。披露宴には優の母、畠山木綿子（ゆうこ）、姉の石原理香子（いしはらりかこ）と夫の石原達也（たつや）、伯父の畠山健志郎（けんしろう）、従姉妹の畠山有紗（ありさ）も出席していた。 一昨日、東京の区役所に婚姻届を提出した２人。優の花婿志願だった有紗は幸せそうな２人を祝福できない。コナンはトイレに行く時に別荘管理人をしている美帆の弟、伊藤善文（よしふみ）と話をする。美帆と善文の両親は事故で他界。善文は幸せそうな美帆を見て感極まっていた。この後、美帆は疲れてしまい、宿泊するホテルのコテージに戻る。しばらく後、美帆から電話をもらった優は席を立つが…。コックの１人は駐車場に倒れた優を発見。優は胸を拳銃で撃たれて絶命していた。 その時、川の向こう側から「パーン」という乾いた音が聞こえてくる。コナンがスケートボードに乗って音がしたコテージに向かうと、そこでは胸を撃たれた美帆が絶命していた。駆け付けた目暮警部たちは捜査を開始し、翌朝にはホテル前の花壇で拳銃が発見される。拳銃は２人の殺害に使用したモノだった。コナンは周辺にない竹の枝が拳銃の近くに落ちていた事が気になる。 健志郎たちはホテルの一室に集まり、優の遺産について話し合う。優が先に他界した時点で全ての財産は美帆のものだが、美帆も亡くなったため、遺産は善文が相続する事に。 目暮は集まっている健志郎たちから話を聞く。目暮は善文に100万円の借金がある事を調べ上げていた。善文は借金を認めるが、事件に関与していないと訴える。コナンは千葉刑事と共にホテルの防犯ビデオを確認。だが、犯行時刻に花壇に近づいた人物は映っていなかった。この後、コナンはホテルの人に昨晩の事を訊ね、ホテルの人は何者かが美帆のコテージから出て行く姿を見たと証言する。それは優の遺体が発見される30分も前の事だった。 この後、コナンは別荘から少し離れた場所にある竹林へと移動し、ホテルとの位置関係を確認する。コナンが頭上を見上げると、数匹のサルたちが竹の枝から枝へと飛び移っていた。コナンは別荘に戻り、警官の１人にこの辺にいるサルの事を聞く。サルはいくら追っ払っても山から下りてくるという。それを聞いたコナンは推理を巡らせて事件の真相へと近づく…。

コナンと歩美、光彦、元太、哀、阿笠博士はたくさんの花見客たちで賑わう神社にやってくる。阿笠は花見の場所を取りに行き、コナンたちはおみくじを引きに行く。そして、くじを引いたコナンたちは杖をつく花見客の坂巻重守（さかまきしげもり）に声をかけられる。坂巻は良いくじを引いた時は結ばずに持ち帰った方が良いと教える。この後、コナンたちは花見に来たFBI捜査官のジョディと偶然会う。 コナンはジョディを皆から離れた場所に連れて行き、ベルツリー急行の時に見た赤井秀一は黒ずくめの組織のバーボン（安室透）の変装だったと教える。ジョディが落ち込んでいると、そこにマスクをした弁崎桐平（べんざきとうへい）がやってくる。弁崎は銀行強盗の時、ジョディと一緒に人質になった１人だという。弁崎はあの時、隣にいた男性（赤井）は彼氏かとジョディに訊ねる。弁崎は２、３日前に赤井を見かけたらしく、ジョディはどこで見かけたのかを聞き出そうとする。 その直後、周辺に「スリがいる」という声が響き渡り、雑踏から花見客の矢谷郁代（やたにいくよ）が走り出してくる。ジョディは倒れた矢谷を助け起こす。矢谷は自分のカバンに手を入れている人に気付いて慌てて逃げてきたという。この後もジョディは赤井がどこにいたのか、弁崎から聞き出そうとする。だが、弁崎が風邪で朦朧として記憶が定かではないと答える。コナンはベルツリー急行の時にバーボンが赤井の死を確信したにもかかわらず、また赤井に成りすましている事を不思議に思う。 その頃、元太、光彦、歩美は本殿で参拝していた。その時、花見客の段野頼子（だんのよりこ）は鈴の鳴らし方を元太たちに教える。鈴は神様に自分が来た事を知らせるためにいっぱい鳴らした方が良いという。この後、コナンの携帯に阿笠から電話がかかってくる。阿笠は殺人事件を目撃してしまったと助けを求め、コナンは野次馬でごった返すトイレ裏の現場へと向かう。現場は木陰だったため、阿笠が見たのは犯人のシルエットのみ。犯人は30センチくらいの棒で被害者を何度も殴っていたという。 コナンが現場に駆けつけると、そこでは頭を殴打された矢谷が絶命していた。矢谷の手元には黒く塗られた３枚の５円玉が転がっていて、コナンはスリ師の黒兵衛の５円玉と気付く。スリ師として有名な黒兵衛はお金をスった相手の懐に黒い５円玉を３枚忍ばせる事で知られていた。ジョディは黒兵衛が犯人と考えるが、矢谷の財布には黒い５円玉がビッシリ入っていて、コナンは矢谷が黒兵衛本人だと確信。財布には輪ゴムで留めた札束が入っていて、札束を解くと中にはGPS発信機が隠されていた。この状況から、コナンは矢谷に札束をスラれた被害者が矢谷を殺害したと推理する。 現場に駆け付けた目暮警部は目撃者の阿笠から話を聞く。阿笠は犯人が帽子をかぶり、30センチくらいの細い棒を持っていたと証言する。犯人は立ち去る時、少し足を引きずっていたという。目暮と高木刑事はこれだけの情報で大勢の花見客の中から犯人を見つけ出すのは難しいと考える。一度も捕まった事がなく、誰にも顔がバレていなった黒兵衛。ジョディは犯人が発信機入りの財布をワザと黒兵衛（矢谷）にスラせ、本人を特定したと考える。そして犯人は人気のない場所に行った矢谷を撲殺したのだ。 コナンは矢谷を助け起こしたジョディも財布をスラれたと考える。コナンの予想通り、ジョディも財布をスラれていた。そしてコナンに指示された光彦たちは神社のゴミ箱に捨てられた財布を発見。結局、ゴミ箱からは矢谷が捨てたと思われる青いモノ、黒いモノ、布製のモノ、赤いモノ、４つの財布が見つかる。青い財布はジョディのもので、目暮はジョディも容疑者の１人と判断するが、元太たちはジョディとずっと一緒にいたと無罪を主張。容疑者は残りの３つの財布の持ち主に絞り込まれる。 この後、入っていた免許証から黒い財布は弁崎のものと判明。布製の財布にはプリクラが貼られていて、それを見た歩美は段野が持ち主だと訴える。赤い財布には小吉のくじが入っていて、光彦はこの財布を坂巻が持っていたと証言する。現場に黒い５円玉が３枚落ちていたため、コナンはこの黒い５円玉を持っていない人が犯人と推理する。目暮たちは弁崎、段野、坂巻の３人を見つけ出して話を聞く事に。目暮は黒い５円玉を持っているかを３人に確認。だが、予想に反して３人とも黒い５円玉を持っていた。 ３人は自分がスリに遭った事に気付いていなかった。目暮は事情を説明し、３人が矢谷殺害の容疑者になっていると伝え、所持品と携帯を調べる。警官が３人の持ち物を調べている間、阿笠は３人の中に犯人っぽい人がいないかを確かめる。だが、これといった決め手を見つける事はできない。そして３人のボディチェックが終了。結局、凶器の棒は誰も持っておらず、坂巻が持っている杖も凶器として使われた痕跡はなし。３人の携帯には発信機を追跡するアプリも入っていなかった。 この後、境内を調べていた刑事の１人が犯人の物と思われる帽子とコートを発見する。コートには返り血が付着していた。コートと帽子は花びらで覆うように隠してあったらしく、目暮は凶器も探し出せと高木刑事と千葉刑事に命じる。コナンは歩美と哀の何気ない会話から犯人の凶器が何なのかに気付く。そして事件の真相に辿り着いたコナンは変声機を使い、阿笠として事件を解明する。コナンは凶器のトリックを暴き、徐々に犯人を追い込んでいく。犯人はまだ凶器の一部を隠し持っていた…。

毛利探偵事務所に会社事務員、北坂香織（きたさかかおり）がやってくる。香織は上南大学推理研究会のOG。この日４時から同じ研究会のOB、OGの結婚を祝うパーティーが開かれるが、招待状に書かれた案内図の判じ絵が解けずにパーティー会場がわからないという。香織は判じ絵を解いて会場の場所を特定してほしいと小五郎に依頼する。案内図は川面に甲を上にして指を開いた状態の女性の左手をかざした絵が描かれていた。小指は黄、結婚指輪をはめた薬指は緑、中指は青、人差し指は赤に塗られ、色が付いてない親指の爪の所に会場を示すマーク。隅には1：7000と数字が書かれていた。 元々推理が苦手な香織。入会した時も文章から「た」の字を抜いて読む「タヌキの暗号」しか解けなかったという。小五郎はこの４色を電車のラインカラーと推理。黄の総武線、緑の山手線、青の京浜東北線、赤の中央線が並んで走る場所の親指の爪の位置に会場があると考える。そして1：7000は7000分の1の地図と解釈。小五郎は用意した地図に手を置いて親指の位置を確認する。そこは大学のホールがある神田小川町２丁目だった。コナンは小五郎の手が丸まっている事が気になったが、香織は小五郎に感謝して事務所を後にする。帰り際、コナンは香織がバッグに何か硬いモノを入れている事に気付く。 この後、コナンは夏休みの宿題の工作を作るため、歩美、元太、光彦、哀が集まる阿笠邸に行く。光彦は東都ベルツリータワーを紙で作ろうと提案。コナンはタワーと周辺の街並みを思い浮かべ、案内図が本当は何を意味しているかに気付く。コナンは事務所に急いで戻って小五郎と蘭に案内図について説明する。描かれていた川は隅田川で、４つの色は黄の蔵前橋、緑の厩橋、青の駒形橋、赤の吾妻橋という橋を示したもの。この案内図が示す本当の会場は東都ベルツリータワーだった。 小五郎は香織に電話して本当の会場を知らせる事に。だが、彼女が調査依頼書に書いた自宅の番号はウソだった。小五郎は香織の携帯の方に電話して本当の会場を教える。香織は大学のホールが会場じゃなくて困っていたという。コナンは携帯だけ本当の番号を書き、自宅はウソの番号を書いた事が引っかかる。この後、蘭は香織が自宅の番号を書いた時、最後の数字を書く時に躊躇していた事を思い出し、コナンは最後の数字だけウソと見破る。コナンは最後の数字だけ１つ前の番号にして電話し、香織の母親、北坂敬子（けいこ）が電話に出る。香織の自宅には何故か佐藤刑事と高木刑事がいた。小五郎はコナンと電話を代わり、香織の自宅にいる理由を佐藤に訊ねる。佐藤の話を聞いたコナンは香織が何のために結婚パーティーに行くかに気付き、急いでベルツリータワーへ向かうが…。

探偵好きの資産家、片岡英介（かたおかえいすけ）の自宅に招待された小五郎、コナン、蘭。英介は小五郎の銅像を作る程、小五郎がお気に入りだった。仮面、マントをつけて怪盗Kに扮した英介は30分以内に私を捕まえてみろと小五郎を挑発し、広い敷地で鬼ごっこが始まる。この鬼ごっこに使用人の佐田譲（さだゆずる）も参加するが、妻の片岡由梨江（ゆりえ）、息子の片岡聖也（せいや）は参加しなかった。この後、小五郎、蘭は怪盗Kを追って袋小路へ向かうが、行き止まりで姿を消した怪盗K。コナンは壁の時計が変だと指摘する。時計の長針と短針もおかしな事に同時に６を指していた。 蘭は試しに針を動かし、隠されたボタンを発見。ボタンを押すと石畳の一部が動いて地下道の入口が出現する。その上にいた小五郎は地下へつながる階段へ転落し、そこには怪盗Kが潜んでいた。怪盗Kは小五郎を突き飛ばして地下道を逃げて行く。佐田は出口に先回りし、コナン、蘭と挟み撃ちにする事に。だが、佐田は怪盗Kにかわされてコナンと蘭に突っ込んでしまう。その間に怪盗Kは本邸の裏庭へと逃げ、佐田はもう一度挟み撃ちにしようと言ってコナン、蘭と別の方へ。この後、自転車に乗った怪盗Kが裏庭から飛び出してきて、コナンと蘭は慌てて避ける。その時、コナンは怪盗Kを見て違和感を抱く。怪盗Kは逃げる時にささくれ立った柱にマントを引っ掛け、マントの端が破けてしまう。 この後、再び地下道へと逃げた怪盗Kは出口から地上へ。コナンと蘭も跡を追って地上に出ると、佐田の声が聞こえてくる。小五郎の銅像の傍らに倒れた佐田は怪盗Kが本邸の方へ行ったとコナンたちに伝える。そして５時55分、本邸の方から怪盗Kの叫び声と派手な金属音が聞こえてくる。裏庭には倒れた怪盗K姿の英介、そして傍らには倒れたハシゴ。聖也、小五郎、由梨江も現場に駆けつけるが、英介はすでに息絶えていた。現場に駆け付けた目暮警部と高木刑事は捜査を開始。小五郎は叫び声とハシゴが倒れる音がした５時55分に英介は亡くなったと判断する。目暮は現場の状況から英介がバランスを崩してハシゴから転落した事故と考えるが、コナンは英介の顔にある痣が引っかかっていた。 由梨江は後妻で、聖也は英介と病死した前妻の間に生まれた子供。聖也は母が他界したのは英介の責任と考えていたという。コナンは事故にしては不審な点があると考える。直前まで走っていたのに遺体は汗をかいていなかったのだ。この後、コナンは小五郎の銅像の鼻が欠けている事、さらに本物の小五郎と違い、銅像のヒゲが繋がっている事に気付く。小五郎が試しに銅像を動かすと、隠し穴が出現するが、穴には何も入っていなかった。その時、コナンはバスケットボールと戯れる迷い猫を見て何かを閃く。そしてコナンは英介が事故に見せかけて殺害された事を見破って…。

朝、コナンと元太、光彦、歩美、哀が公園で浅川信平からフリスビーを教わっていると、信平の祖母、浅川香奈恵が犬の松之助を連れてやってくる。犬はコナンの服を汚し、香奈恵はキレイにすると言ってコナンの服を預かる。この時、コナンは香奈恵と信平の会話から香奈恵が信平にお金を貸している事、香奈恵が散歩後に朝食を食べる事を知る。数日後の午後、コナンたちが香奈恵の家に服を取りに行くと、そこに広田智子がやってくる。智子と香奈恵は犬友達で、松之助の兄弟を飼っているという。 コナンは犬小屋にいる松之助が睡眠薬で眠らされている事に気付き、何かあると察してリビングへ向かう。そこでは胸にナイフが刺さったコート姿の香奈恵が絶命していた。その時、騒ぎを聞いた隣人の北沢宗吉もやってくる。この後、目暮警部、高木刑事が捜査を開始。智子は香奈恵から借金をしていて、北沢は犬の鳴き声がうるさいと香奈恵に文句を言っていた事が明らかに。この後、香奈恵が午前８時頃から犬の散歩をしていた事が判明。散歩は約１時間で、目暮は９時位に帰宅後、殺害されたと考える。 目暮は９時のアリバイを聞き、北沢は知人と将棋をしていたと証言。智子は花屋に花を届けてもらい、一緒にアレンジメントをしていたという。コナンは現場の状況を確認する。キッチンには食べかけの惣菜を載せた皿。ゴミ箱にはクリーニングの領収書があり、香奈恵はコナンの服と一緒にコートも出していたと判明。クリーニングのビニールと領収書の下には惣菜のパックが捨てられていた。ゴミを捨てた順番では香奈恵は朝食の後にコートを着て散歩に行った事になるが、コナンはこの順番に疑問を抱く。 この後、鑑識が血の付いた信平のバンダナを発見する。さらに近所の主婦が９時過ぎに若い男が家から出てきたと証言。智子によれば、この日、信平は香奈恵にお金を返しに来る予定だったという。目暮は証拠や証言から信平が犯人の可能性が高いと判断する。香奈恵の家を出たコナンたちは公園に隠れた信平を発見。信平は香奈恵を殺害していないと無実を訴える。バンダナは誰でも盗めるアパート１階の窓の外に干していたという。この後、信平は警官に見つかって連行されてしまう。 コナンは現場のおかしな点を光彦たちに伝える。普段は散歩後に朝食を食べる香奈恵。だが、ゴミを捨てた順番では朝食の後に散歩に行った事になり、コナンは誰かが現場を偽装したと推理する。コナンたちは北沢と智子のアリバイを独自に調べる事に。北沢家では北沢と津村が縁側で将棋をしていた。津村は朝６時から将棋をしていると証言する。光彦と歩美が花屋へ行くと、花屋は８時30分に智子の家に花を届けたと証言。午前中は智子と一緒にアレンジメントをしていたという。さらにコナンたちは香奈恵と犬の散歩コースで聞き込みを行い、犯人の巧妙なアリバイ工作が徐々に明らかになっていく…。

バーテンダーの福井柚嬉（ふくいゆずき）から仕事の依頼をされ、バー「ブルーパロット」にやってきた小五郎。コナンは蘭に頼まれ、バーに小五郎の様子を見にいく。柚嬉は仕事中にポンという変な音を2、3度聞いたらしく、その謎を解いて欲しいと依頼する。その音と共にかすかに柚子のような香りもしたという。柚嬉は音がした時、ワインやシャンパンを飲んでいる人はいなかったと伝える。 音がした時にいた客はこの日も来店していた。その客はテーブル席にいる部長の薄田周史（うすだちかふみ）と部下の岸浦実夏（きしうらみか）、初村健策（はつむらけんさく）、小暮紋平（こぐれもんぺい）の4人。薄田たちはアナログカメラで記念撮影をしていた。デジタル嫌いの薄田はデジタルが得意だったが、引きこもりになって自殺した元部下、吉桑の事を小バカにする。吉桑は実夏の元恋人だった。 初村は買ってきてと頼まれていたビリヤードのキューを薄田に渡す。薄田は自分への誕生日プレゼントとしてキューを半ば強引にもらってしまう。薄田は同じように実夏からカメラのフィルムとアイドルのサイン入りポスター、小暮からケース入りの金属製ハードダーツを誕生日プレゼントとして受け取る。そして、薄田はビリヤード台が空くと新しいキューを試し打ちする。 しばらくすると薄田はテーブルに突っ伏して寝出し、小暮、初村、実夏は高級な品を買わされた事を愚痴る。そして3人はシャンパンを注文してボトルの栓を抜く。シャンパンの泡は勢いよく噴き出してポスターにかかり、3人は慌てておしぼりで噴き出たシャンパンを拭く。その時、初村は薄田の首にできた赤い点に気付く。薄田は突っ伏したまま息絶えていた。死因は神経毒による窒息死で、鑑識員は毒を塗った突起物を首に刺されたと考える。 目暮警部は誕生日プレゼントを無理矢理買わされた3人の中の誰かが薄田を恨んで殺害したと疑う。コナンは話が聞こえてきたと言って吉桑の事を聞き、実夏は恋人だったと認める。初村は大学時代の吉桑の先輩で、小暮は吉桑と同期入社だったという。3人は薄田が酔い潰れるまで一緒にビリヤードやダーツをしていたという。酔って他の客と揉めた薄田は酔いがさめるまでテーブルで休憩。しばらくは3人でビリヤードやダーツをやり、負けたら交代で薄田とテーブルで休んでいたという。 誰もが薄田とテーブルで2人きりになる機会があり、コナンは皆に犯行のチャンスはあった判断する。この後、目暮は3人の所持品を調べ、ダーツの矢と水割りを作る時に使うアイスピックは凶器になると考える。コナンはシャンパンで濡れたポスターに注目。ポスターの濡れた部分からは柚子の香りがした。コナンは3人の所持品や柚子の香りから推理を巡らせて…。

バーテンダーの柚嬉から仕事中にポンという音がして、その直後に柚子の香りが漂うという奇妙な謎を解いて欲しいと依頼された小五郎。そして、小五郎が依頼を受けた後にバーで客の薄田が毒殺される事件が発生する。容疑者は薄田と一緒に飲んでいた会社の部下の実夏、初村、小暮の3人。小五郎はダーツの矢を持ってきた小暮とアイスピックで水割り用の氷を砕いていた実夏を怪しいと疑うが…。 鑑識の結果、ダーツの矢とアイスピックには毒物を塗られた痕跡がなく、血液反応も出なかったと明らかになる。実夏、初村、小暮は凶器や毒物を所持しておらず、目暮たちは凶器や毒物を見つけるため、店内をもう一度調べ直す事に。コナンはふと天井を見上げ、モールの切れ端が貼り付いている事に気付く。小五郎はテーブルの下を調べ、柚嬉は小五郎の靴底に付いたガムのようなモノに目を留める。 この後、コナンは天井のモールの切れ端の事を柚嬉に訊ねる。このモールは先週行われたパーティーで使ったもの。画鋲で留めたモールを外そうとして引っ張ったら千切れてしまったという。柚嬉は探偵のようなコナンに驚きつつ、下には注意が足りないと言って、小五郎の靴底に付いたガムの事を教える。少し前に遺体のそばで屈んだ時は付いていなかったらしく、それを聞いたコナンはこのガムのようなモノが事件の証拠品だと気付く。 高木刑事はコナンに言われ、小五郎の靴底に付いたモノを取る。それはガムではなく粘土だった。粘土には逆向きのアルファベットで「EPDH」と型取りされていて、コナンは元の文字は合成樹脂を意味するHDPEだと気付く。型取りされた文字の上には突起状の盛り上がりがあり、コナンは何の底に粘土を付けていたか目星をつける。この後、コナンは柚嬉の何気ない一言から犯人が薄田を殺害したトリックを見破る。凶器は消えたのではなく、犯人があるモノを利用して大人たちの視界から外したのだ。コナンは小五郎に麻酔銃を発射し、眠りの小五郎の推理ショーが始まる…。

コナンと蘭は妃英理と待ち合わせした神奈川のマンションのロビーで世良と偶然会う。世良は大学生の北尾留海（きたおるみ）から彼氏の摂津健哉（せつつけんや）の浮気調査を依頼され、ロビーにいる2人を監視していた。留海と摂津は半年前から交際。留海はプレイボーイの摂津が元カノの橋谷和香（はしたにわか）と切れていないと疑っていた。この後、打ち合わせが長引いていると英理から連絡があり、蘭とコナンは暇になる。すると世良は潜入捜査のため、留海たちとランチを食べてほしいと蘭に頼む。 この日、留海と摂津は和香、友人の加賀充昭（かがみつあき）とランチを予定していて、蘭は留海の妹と同級生という話題から留海、摂津と合流する事に成功する。その直後、和香と朝5時まで飲んでいた加賀がロビーに現れる。和香のこのマンションにある部屋で寝ている可能性が高く、留海が和香の様子を見に行く事に。すると、摂津は返しそびれていた合鍵を和香に渡してと留海に頼む。和香の彼氏だった摂津を奪った形の留海。摂津は2人が揉める事を恐れ、一緒に行ってほしいと蘭にお願いする。 留海と蘭は和香の部屋の呼び鈴を鳴らすが応答はなし。留海は和香を起こすため、摂津から預かった合鍵でドアを開けて部屋へ入る。その時、留海の携帯に着信があり、留海は酔うと変な所で寝るクセがある和香を捜して欲しいと蘭に頼む。蘭は寝室を探した後、シャワーの音に気付いて湯気が立ち込めたバスルームへ。そこではバスタオルを巻いた和香が倒れていて、蘭は和香を起こそうとして意識を失う。 この後、コナンに起こされた蘭。留海はバスルームで和香、蘭を見つけた後、自分も気を失ったと説明。摂津は戻ってこない留海たちを心配して管理人に鍵を開けてもらい、倒れた3人を発見したという。留海は部屋に入った後に鍵をかけてしまったのだ。神奈川県警の横溝重悟警部によれば、バスルームには麻酔薬のクロロホルムが充満。顔全体にパックをした状態の和香は頭を殴られて殺害されていた。横溝はパックをとって和香の顔を確認。和香はウインクしているように左目だけ閉じていた。コナンは右目の目尻にあるマスカラが流れた痕が気になる。 留海が部屋に入る時に電話をかけてきたのは摂津。リビングにある摂津の腕時計を持ってきてほしいという要件だった。入室後、留海は左側のリビング、蘭は右側の寝室へ行ったという。横溝は寝ていた時に和香は殺害されたと推理する。合鍵を持っていた摂津、酔い潰れた和香から鍵を盗めた加賀、半年前までこの部屋でルームシェアしていた留海…。横溝は犯行後にドアを閉める事ができた3人を容疑者と考える。だが、世良は和香を殺害できたのは直前にロビーに現れた加賀と30分前にトイレに行って席を外した摂津だけだと断言。世良はここに来るまで自分と一緒にいた留海に犯行は不可能と考えるが…。

世良は和香を殺害できたのは直前にロビーに現れた加賀と30分前にトイレに行って席を外した摂津だけだと断言。世良はここに来るまで自分と一緒にいた留海に犯行は不可能と考える。そして、世良が留海に雇われた探偵という正体を明かすと摂津は不快感を露わに。留海は摂津と和香がまだ切れていないと疑っていた事を謝罪する。横溝は世良の意見を聞いて容疑者を加賀と摂津の2人に絞り込むが…。世良はもう1つの可能性があると意味深な発言をする。 コナンはリビングにある摂津、加賀、留海、和香の4人がメガネをかけた写真に注目し、なぜ今は誰もメガネをかけていないのかと訊ねる。写真は2年前のものらしく、留海は皆コンタクトにしたと理由を教える。この後、リビングのゴルフクラブが凶器と判明。キッチンの排水口からクロロホルムの小瓶と注射器、浴室の排水口から赤い絵具のような液体も発見される。コナンは留海が合鍵で部屋の扉を開けた時、手間取らなかったかと蘭に確認。その時、コナンはわざと財布から小銭を落とし、摂津と加賀に小銭を拾ってもらう。コナンはその様子を見て、事件の真相に近づく。 摂津が留海にアリバイがあるという世良の証言を疑うと、世良は留海にアリバイがあるとは言っていないと発言。世良は蘭が和香の遺体を見つけたのなら犯人は加賀か摂津と言っただけと説明し、もしも遺体が和香じゃなかったのなら話は別と付け加える。世良は蘭が見たのは和香の遺体ではないと考えていた。遺体はうつぶせで顔にパック、頭にタオルを巻き、浴室はシャワーの湯気で霞んでいた状態。別人が成りすましても気付かない可能性は十分にあった。 話を聞いていた蘭が女性だった事は間違いないと証言すると、世良は成りすます事ができるのは女性である留海しかいないと訴える。和香の部屋に入室した後、留海は左側のリビング、蘭は右側の寝室へ。世良は留海が和香に扮してバスルームへ行き、死んでいると見せかけるために頭に赤い絵具を垂らしたと推理する。そして、留海は蘭がバスルームに来る頃合いを見計らって注射器からクロロホルムを噴出。世良は留海が息を止め、蘭だけ気絶させたと推理する。 その後、留海は和香を起こしてバスルームに連れて行って撲殺。バスタオル1枚にした和香の顔にパック、頭にタオルを巻いた後、再びクロロホルムを充満させ、今度は留海自身も気絶して助けが来るのを待っていたのだ。世良の推理を聞いた留海は犯行を否定するが、クロロホルムの小瓶から留海の指紋が検出される。横溝は世良の推理が正しいと考えるが…。その時、携帯で誰かと話していた蘭が世良の推理に意見。蘭が電話で話す相手は新一（コナン）だった…。

コナンと歩美、元太、光彦、哀は国立競技場で行われているサッカーのベルツリーカップ予選、ビッグ大阪対浦和レッズの試合を観戦する。光彦たちはサッカー教室で知り合ったビッグ大阪FWの真田貴大（さなだたかひろ）を応援。だが、真田の右足のシュートはGKにキャッチされてしまう。真田が左足でシュートせずに切り替えし、右足で打った場面は2回あり、コナンは真田が利き足ではない右足でシュートを打つ事を不思議に思う。コナンは真田が観客席を時折見ている事も気になっていた。 真田が誰かに脅され、わざとシュートを外している可能性もあり、コナンは真田に何かあるのは間違いないと考える。光彦、元太、歩美は観客席に怪しい人がいないか探しに行き、マスク、サングラスで顔を隠した峰岸康男（みねぎしやすお）を発見。峰岸の視線はピッチの真田と数席前で水沼さおり（みずぬま）と一緒に観戦する綾瀬由紀（あやせゆき）、に交互に向けられていた。その頃、コナンは東都スタジアム爆破事件の時に知り合った日売新聞社会部カメラマンの香田薫（こうだかおる）に声をかけられる。事件の時に興味を持った真田を追い続けている薫も今日の真田はいつもと違うと感じていた。 一昨日、薫は西芝スポーツ公園のグラウンドで早朝自主練する真田の写真を撮影したらしく、コナンは右足でシュート練習していたかを確認。だが、真田は左足でゴール左上に強いシュートを打つPKの練習ばかりしていたという。薫の話からも真田のプレーの謎は深まるばかりだが、コナンは西芝スポーツ公園のグラウンドの写真を見せてもらって中学時代の事を回想する。当時、新一はこのグラウンドで真田と同じようにゴール左上を狙ってPK練習。新一は枠を外れて遊歩道まで飛んで行ったボールを取りに行く。コナンは当時を回想し、遊歩道の柵越しの通りに横断歩道があった事も思い出す。 光彦たちが峰岸の観察を続けていると、一瞬、峰岸の上着の下から黒い筒状のモノが見える。それはサイレンサーを付けた拳銃のように見え、光彦は恋人の由紀を殺害されたくなかったらシュートを外せと峰岸が真田を脅していると考える。その直後、DFのクリアボールがゴール前に詰めていた真田の左足に当たってゴールしてしまう。光彦は由紀が撃たれると心配するが、峰岸が持っていたのは盗撮用の小型ビデオカメラ。峰岸は真田とは関係がなく、由紀を追い続けるストーカーだった。 この後、ハーフタイムになり、真田はピッチから引き上げる時、観客席の西芝小学校4年の渡辺幸（わたなべこう）に向かって「すまん！」という風に両手を立てる。真田と少し足を引きずる幸は無言で見つめ合い、幸の隣りにいるコンビニ店主の深沢真吾（ふかざわしんご）は2人の様子を見て表情が強張る。コナンはこの3人に何かあったと察し、それが真田のプレーに影響していると考えるが…。

雨の中、人気のない夜道を小走りして家路に就く蘭。その時、警棒を持ち、フードを被った男が現れて背後から蘭に迫る。男はフード男と呼ばれる連続強盗事件の犯人だった。特殊警棒で女性を襲ってバッグを奪うのがフード男の特徴。被害者はいずれも軽傷で済んでいるという。そしてフード男が蘭に近づいた時、コナンと小五郎が傘を持って蘭を迎えに来る。フード男は蘭を襲う事を諦めて物陰に身を隠す。そこに橘美月（たちばなみづき）が偶然通りかかり、フード男は美月にターゲットを変更する。 この後、コナンたちが家に向かっていると、美月の悲鳴が聞こえてくる。コナンたちが悲鳴の聞こえてきた廃墟の方に行くとランニングウェア姿の若い男が倒れていた。若い男はフード男が逃げた方向をコナンたちに教えるが…。コナンは男のウェアが濡れてない事に疑問を持ち、さっきまで上にフードの上着を着ていたと推理して若い男の正体を勘繰る。この推理通り、若い男がフード男の正体だった。蘭は逃げようとするフード男に飛び蹴りを入れ、コナンたちは廃墟の中に倒れた美月を助ける。廃墟の入口にはフード付き防寒具、警棒、バッグが落ちていた。 病院で手当てを受けた美月は助けてくれたコナンたちに礼を言う。そして、美月は携帯をかけた後、不安を口にする。ルームメイトの葛城陽子（かつらぎようこ）が電話に出ないという。その時、佐藤刑事の携帯に身元不明の若い女性の遺体が見つかったと連絡が入る。コナンが陽子の服装を聞くと、美月は白いジャケットにベージュのスカートだったと説明。それは若い女性の遺体と同じ服装だった。美月はすぐに確認に行き、陽子の遺体とわかって号泣する。陽子に会ったのは今朝が最後だったという。 遺体は死後1、2時間で、死亡推定時刻は午後9時頃だった。陽子はこの近くに勤めるアパレル店員。仕事帰りに棒状のモノで後頭部を殴られていた。財布からは現金も盗まれていて、高木刑事は手口、犯行エリア、時間帯が合致している事からフード男の犯行と考える。コナンは後頭部の左側にある傷口に目を留めて推理を巡らせる。さらにコナンはジャケットの下の白いシャツにコーヒーのシミがある事に気付く。シミはスカートとの境目部分にあり、スカートのスリット部分には糸くずが付いていた。 フード男は一連の強盗事件は自供するが、陽子殺害については頑なに否認。そんな中、被害者の女性たちがフード男のいる警視庁に集められる。被害者たちはフード男が奪った財布を返して欲しいと訴え、コナンは陽子だけ財布から現金のみ奪われた事に違和感を抱く。この後、陽子のスカートに付いていたのはしつけ糸だと判明し、コナンは陽子が勤めるアパレル店の店長に電話してある事を確認。コナンは店長から届いたメールの写真を見て事件の真相に辿り着く。後は証拠を見つけるだけだったが…。

コナン、小五郎、蘭、園子、世良はテニスをやるため、軽井沢にやってくるが、雨が降ってしまい、代わりにボウリングを楽しむ。そして約束していた園子の彼氏、京極真が合流した後、中学校の数学教師の門奈道子（もんなみちこ）と理科教師の正木（まさき）すなみが現れる。道子は連れの体育教師、丹波聖泰（たんばまさひろ）が酔って絡んだ事を京極に謝罪する。京極は絡まれた時に丹波のみぞおちを殴って右手の甲をケガしていた。今、丹波は酔い潰れて車の中で寝ているという。 小五郎は道子とすなみが丹波からボウリングを教わる予定だったと聞き、代わりに教えると申し出る。そして皆はボウリングに興じるが、海外から帰国したばかりの京極は小五郎が借りたレンタカーの中で仮眠を取る事に。この後、道子は丹波の様子を見に行く。だが、丹波は車から姿を消していた。小五郎は道子たちに協力して駐車場を捜すが丹波を見つける事はできない。その駐車場は小五郎もレンタカーを停めている駐車場だった。小五郎たちは飲み直していると考えて近くの飲み屋も探しに行く。 だが、何軒回っても丹波の目撃情報はなく、コナンたちはまた駐車場に集まる。この時、コナンはゴボゴボという変な音を耳にする。その直後、簡易トイレの脇にいたすなみが悲鳴を上げる。トイレでは全身びしょ濡れの丹波が便器に座って絶命していた。コナンと世良は不可解と考えるが、丹波はトイレで溺死した可能性が高かった。そこに寝起きの京極が現れ、只ならぬ雰囲気から何かあったと察する。現場に駆け付けた群馬県警の山村警部は捜査を開始。鑑識の結果、死亡推定時刻は1時間前の午後5時前後と判明する。それはコナンたちが丹波を捜しに色々な店を向かった頃だった。 すなみは最初に駐車場に丹波を捜しに来た時、簡易トイレには故障中の貼り紙があり、ドアに南京錠がかかっていたと証言。2度目に来た時は貼り紙も南京錠もなく、ドアを開けて遺体を発見したという。鑑識課員は丹波の腹部にある打撲痕に気付き、京極は絡まれて自分が殴ったと打ち明ける。山村は皆が丹波を捜している時、京極が小五郎の車で寝ていたと知ると京極に手錠をかける。山村は因縁をつけてきたという動機があり、アリバイもない京極を犯人と決め付ける。 だが、丹波の肩から犯人が使ったと思われるスタンガンの痕が見つかり、世良は空手の達人がスタンガンを使うはずがないと推理し、京極への疑いは晴れる。鑑識によれば、この辺は地盤沈下で少し傾いているらしく、その話を聞いたコナンはトイレの壁を確認する。壁には斜めに泥の跡がついていた。この後、一度やんでいた雨が再び降り出し、コナンたちはボウリング場へ避難する事に。その時、コナンはトイレの通風口がベトついている事に気付き、トイレから灯油の臭いがする事にも疑問を持って…。

鈴木大博物館の展示室で首からグリーン・エンペラーをかけてキッドを待つ京極は昨晩の事を回想する。昨晩、朋子は宝石を守り通せたら園子との交際を認めると京極に約束。だが、キッドに奪われた時は園子の事を諦めてもらうと京極は言われていた。この後、博物館にキッドから100通くらいの大量の手紙が届く。封の中にはまた白紙が入っていて、中森と京極は最初の手紙と同じように炙り出しと判断。京極はライターで炙っていたら時間がかかるため、ロウソクと燭台を用意してほしいと中森に頼む。 京極たちは手紙を炙るが、どれも大した内容ではなかった。京極を動揺させるためのものか、もっと別の目的があるのか、コナンはキッドが大量の手紙を送ってきた目的を推理する。この後、蘭、園子、朋子が世界に1着しかないドレスに着替えて戻ってくる。キッドは女性の洋服を脱がせて変装した事は1度もなく、このドレスを着ていれば本人に間違いないという証明になるのだ。 予告時間の5分前、京極は展示室から退去してほしいと皆に伝える。そして京極は防毒マスクを被り、これから展示室に入った者はいかなる人も敵と見なして制圧すると皆に忠告。次郎吉、中森、機動隊員たちは京極の殺気に恐ろしさを感じる。皆は廊下へ出て行き、園子はトイレへ行くと言って走り去る。コナンはキッドの手紙を持つ機動隊員に声をかけ、その手紙は博物館の事務所に郵便局の人が届けに来たのかと訊ねる。園子は郵便配達人から手渡しされたと話していたという。 コナンは手紙を調べて何かに気付く。その時、館内の電気が消える。時刻はキッドが予告した午後10時になっていた。そして暗くなった廊下の奥からいつくものボールが転がってくる。そのボールは真っ二つに割れると麻酔ガスが噴出。その直後、どこからかトランプ銃が放たれ、機動隊員たちのマスクに命中。マスクが外れた機動隊員たちは次々に倒れ、コナンは口と鼻を押さえながら落ちたマスクに手を伸ばすが…。その頃、暗闇の中で京極が宝石を守っていると、そこに園子が現れて…。

園子は京極真を自宅に招き、父親の史郎、母親の朋子に彼氏として紹介する。園子は京極が400戦無敗の空手の達人と自慢するが、朋子はその話に興味を示さず、鈴木財閥を背負って立つ覚悟はあるのかと京極に迫る。鈴木財閥の跡継ぎになるのは園子の伴侶となる男性。だが、朋子は武者修行のために海外留学している風来坊の京極は跡継ぎに相応しくないと考えていた。その時、園子の携帯に蘭から連絡が入る。蘭は怪盗キッドが鈴木次郎吉相談役に犯行の予告状を出したというニュースの事を園子に教える。園子は「キッド様が来る」と喜び、京極はその言葉を聞いてキッドに嫉妬する。 今回、キッドが狙っているのは宝石、グリーン・エンペラー。次郎吉は怪盗キッドが最新鋭の防犯システムを突破できるかをPC上でシミュレーションする。その結果は100戦全敗だった。予告日は明日で、次郎吉は公開を延期しようと考える。その時、京極がボディーガードを倒しながら次郎吉の前に現れる。京極は自己紹介した後、キッドが狙う宝石の警備をしたいと直談判する。次郎吉は一度断るが、園子から400戦無敗と聞いて京極に警備を任せる事に決める。 次郎吉は宝石の展示室に警備を入れないようにと茶木警視に指示。次郎吉は京極を最新の防犯システムと呼び、京極1人に警備を託す事にする。園子は蘭に電話し、京極とキッドが対決する事になったと報告。園子はどっちを応援すれば良いのか迷っていた。その時、園子の前にキッドが現れる。キッドは賭けをしたいと園子に話を持ちかける。 翌日の予告日、鈴木大博物館の展示室では、京極が首からグリーン・エンペラーをかけて1人で警護していた。中森警部はキッドが停電させて暗闇になったら危ないと心配。だが、次郎吉は京極には心眼があると心配ない事を強調する。朋子はキッドの変装に対抗する秘策として、特注した世界に1着しかない女性用の洋服を用意。キッドは女性の洋服を脱がせて変装した事は1度もなく、朋子は用意した洋服を着ていれば本人に間違いないと訴える。朋子は園子と蘭の分の洋服も用意していた。 この後、園子は今朝ポストに京極宛てのキッドからの手紙が入っていた事を皆に報告する。京極は封筒を開けるが、中に入っていたのは白紙だった。コナンは炙り出しの手紙と推理し、中森がライターで白紙を炙ってみる。すると「いざ尋常に勝負」と京極を挑発する文字が浮かび上がり、コナンはこの手紙の意図するものを考える。朋子は洋服を着替えに行こうと園子と蘭に声をかける。その時、園子は京極の拳を両手で握りながら激励し、京極は宝石を守り抜くと約束する。その間にもキッドが予告した午後10時は刻一刻と迫っていた…。

鈴木大博物館の展示室で首からグリーン・エンペラーをかけてキッドを待つ京極は昨晩の事を回想する。昨晩、朋子は宝石を守り通せたら園子との交際を認めると京極に約束。だが、キッドに奪われた時は園子の事を諦めてもらうと京極は言われていた。この後、博物館にキッドから100通くらいの大量の手紙が届く。封の中にはまた白紙が入っていて、中森と京極は最初の手紙と同じように炙り出しと判断。京極はライターで炙っていたら時間がかかるため、ロウソクと燭台を用意してほしいと中森に頼む。 京極たちは手紙を炙るが、どれも大した内容ではなかった。京極を動揺させるためのものか、もっと別の目的があるのか、コナンはキッドが大量の手紙を送ってきた目的を推理する。この後、蘭、園子、朋子が世界に1着しかないドレスに着替えて戻ってくる。キッドは女性の洋服を脱がせて変装した事は1度もなく、このドレスを着ていれば本人に間違いないという証明になるのだ。 予告時間の5分前、京極は展示室から退去してほしいと皆に伝える。そして京極は防毒マスクを被り、これから展示室に入った者はいかなる人も敵と見なして制圧すると皆に忠告。次郎吉、中森、機動隊員たちは京極の殺気に恐ろしさを感じる。皆は廊下へ出て行き、園子はトイレへ行くと言って走り去る。コナンはキッドの手紙を持つ機動隊員に声をかけ、その手紙は博物館の事務所に郵便局の人が届けに来たのかと訊ねる。園子は郵便配達人から手渡しされたと話していたという。 コナンは手紙を調べて何かに気付く。その時、館内の電気が消える。時刻はキッドが予告した午後10時になっていた。そして暗くなった廊下の奥からいつくものボールが転がってくる。そのボールは真っ二つに割れると麻酔ガスが噴出。その直後、どこからかトランプ銃が放たれ、機動隊員たちのマスクに命中。マスクが外れた機動隊員たちは次々に倒れ、コナンは口と鼻を押さえながら落ちたマスクに手を伸ばすが…。その頃、暗闇の中で京極が宝石を守っていると、そこに園子が現れて…。

佐藤刑事は高木刑事を呼び出し、アレがないと恥ずかしそうに報告する。アレとは捜査一課の赤いバッジの事だったが、高木は佐藤が妊娠したと勘違いする。その時、手配中の被疑者の目撃情報が入り、佐藤と高木は現場に向かう。コナンは元太、光彦、歩美、哀と共に公園に向かうが、元太たちはゲームの話題で盛り上がり、予定を変更してコンビニにゲームの攻略本を読みに行く事に。途中、ガードレールに花束を手向ける男がいて、コナンは花がハナトラノオという事が引っかかる。 元太たちがコンビニで攻略本を立ち読みしていると、隣のクラスの真壁則也がゲーム内のレアアイテムを持っていると声をかけてくる。元太たちがそのアイテムを見たいと頼むと、則也は元太たちをアパートに連れて行って良いかと大学院生の志賀敏成に確認。敏成は先ほど花束を手向けた男だった。この後、コナンたちは車に乗せてもらい、敏成が住むボロボロの木造アパートへ。敏成は車を停めに行き、則也はコナンたちを先に敏成が住む3号室に案内。この時、コナンはアパートの廊下で異臭に気付く。 敏成がこの部屋に引っ越してきたのは1ヵ月前。則也にとって敏成は従兄弟のお兄ちゃんだった。則也は母親が海外にいる父親に会いに行ったため、1週間ほど敏成の部屋に泊まっているという。敏成の姉は半年前に交通事故で他界。先ほど敏成が花を手向けていたのは事故現場だった。則也は敏成の姉の写真を収めたアルバムをコナンに見せる。この時、コナンは写真の目線が変な点、写真の上の方に小さい穴がある事が引っかかる。この後、敏成の叫び声が廊下から聞こえてくる。コナン駆け付けると、隣の4号室ではフリーターの安富裕人が胸と腹を刺されて事切れていた。 コナンは壁のボードに貼られている写真に注目。ボードの日焼け跡と写真は微妙にズレていた。コナンは3、4号室の状況から敏成を犯人と疑う。駆け付けた佐藤と高木は捜査を開始。第一発見者の敏成は駐車場に車を停めて、3号室に戻る時に異臭がする4号室のドアを開けて遺体を発見したと証言する。裕人の死亡推定時刻は昨日8月13日の午後7時から9時の間。その時間、則也は敏成とテレビで放送された仮面ヤイバーの映画を見ていたと証言する。敏成は昨日の夕方、則也と一緒にコンビニに行って安富を見かけたと明かし、則也はコンビニで買った新聞の日付も13日だったと証言する。 映画を見た前後の時間はずっと敏成と一緒にゲームをしていた則也。2人が離れたのは敏成が出掛けた今朝の7時頃だけ。その時も則也はヘッドホンをしてゲームをしていたという。この後、敏成が買ったハナトラノオの話題になる。この花の花言葉は「望みの成就」「達成」で、コナンは何か願い事が叶ったのかと敏成に聞く。コナンは動揺する姿を見て、敏成が安富を殺害したと確信するが…。

佐藤は敏成の部屋のゴミ箱を調べ、8月13日製造のお弁当、8月13日の新聞を見つける。高木はコンビニに行って防犯カメラの映像を確認。敏成の証言通り、8月13日の午後6時頃、カメラには安富の姿、そして敏成、則也の姿が映っていた。高木はコンビニの傍にあるフラワーショップの前の道で半年前に交通事故があったと佐藤に報告する。女性が急に道に飛び出してきて、車は避けきれずに女性を轢いた後、ガードレールに激突。運転手は一命を取り留めたが、轢かれた女性は車の下で誰にも気付かれず、手当てが遅れたために亡くなってしまったという。 この事故の時、コンビニ店員は現場から走り去る安富の姿を目撃。しかも事故で亡くなったのは敏成の姉の美伽だった。敏成は姉が事故に巻き込まれた事を認め、現場に毎日花束を供えていると明かす。コナンは美伽がストーカーに悩んでいなかったかと訊ねて探りを入れる。敏成はそんな話聞いていないと答えつつも動揺し、コナンは敏成が安富を殺害した犯人と改めて確信。だが、敏成には犯行時刻の8月13日の午後7時から9時までの2時間、ずっと則也と一緒にいたという完璧なアリバイがあった。 この後、コナンは則也の足につねったような跡がある事に気付き、昨夜見た仮面ヤイバーの映画について質問。コナンの思った通り、則也は尿意を我慢して映画を見ていた。それを聞いたコナンはゴミ箱に捨てられた新聞を確認する。思った通り、8月12日の新聞だけなく、コナンは敏成が時間を捻じ曲げてアリバイを作り出したトリックを見破る。佐藤と高木はアパートの他の住人からも話を聞こうとするが、このアパートは来年には取り壊す予定になっていて、他の住人は2階の老夫婦しかいなかった。その老夫婦も昨夜は孫の家に泊まっていて不在だったという。 コナンは哀に皆を阿笠博士の家に連れて行ってほしいと頼む。そして元太、則也たちが敏成の部屋から出て行った後、コナンは来年取り壊されるアパートに引っ越した理由を敏成に訊ねる。敏成は一緒に住んでいた姉が亡くなったから気分をガラッと変えたかったと答える。コナンが調理用具や生活用品が揃っていない事を指摘すると、敏成はもうすぐ買い足すつもりだったと言い訳。すると、コナンはてっきり安富を殺害したらすぐ引っ越すつもりだからだと思ったと核心をつく。佐藤と高木が驚く中、コナンは敏成の巧妙なアリバイトリックを暴いていく…。

コナン、元太、光彦、歩美、哀は阿笠博士と共に海に遊びにやってくる。元太、光彦、歩美が寝ているコナン、哀を置いてヨットハーバーへ来ると、そこには大型クルーザーが停泊していた。そこにホテルのコックが豪華な料理を運んでくる。元太たちが料理に羨ましそうに眺めていると、クルーザーの船室から子犬のコロを抱いた滝口奈央と滝口幸太郎が現れる。奈央たちは元太たちに気付き、クルーザーで一緒に食べようと誘う。その頃、起きたコナンと哀はいなくなった元太たちを捜していた。 そして、コナンと哀はクルーザーの甲板で料理をがっつく元太たちを発見。コナン、哀も奈央に誘われて料理をご馳走になる事に。55歳の幸太郎と34歳の奈央、歳の離れた2人は半年前に結婚。幸太郎は仕事が忙しく結婚に縁がなかったという。泳ぎの話題になると、幸太郎はこの歳までカナヅチだったが、自宅のプールで特訓して泳げるようになったと嬉しそうに語る。奈央はタブレット端末を取り出し、幸太郎が泳ぎの練習をする映像を皆に見せる。最初、幸太郎はビート版を持ってバタ足の練習をしていたが、最後は颯爽とクロールを泳いでいた。この時、コナンはコロの首輪がさび付いている事に気付く。 この後、コナンたちは阿笠がいる海水浴場に戻り、海に入って遊ぶ。すると幸太郎のクルーザーが港を出てコナンたちの正面の沖で停まる。幸太郎はコナンたちに手を振った後、海パンになって海面へと飛び込む。だが、幸太郎はクルーザーから10ｍ程離れた場所で溺れ出し、コナンたちは泳いで助けに向かう。奈央も溺れる幸太郎に気付いて海に飛び込むが…。この後、コナンたちは幸太郎が搬送された病院に向かうと、そこでは幸太郎の会社の秘書室長の片桐涼一と長井刑事が話していた。 片桐は泳げない幸太郎が海に飛び込むはずがないと長井に訴え、光彦は特訓して泳げるようになったと教える。コナンは幸太郎の容態が気になって確認。幸太郎は先ほど死亡が確認されたという。片桐は奈央が財産目当てで結婚して何かしたと事件を疑い、事故かどうかしっかり捜査してほしいと長井に頼む。この後、コナンたちは警察署で奈央と再会。歩美は奈央のネックレスがない事に気付き、奈央は幸太郎を助ける時に切れて海に沈んだかもしれないと答える。 奈央は泳げるようになったとはいえ、もっと注意すべきだったと幸太郎の死に責任を感じていた。長井は幸太郎が泳げたのかを奈央に確認。奈央はタブレット端末を取り出し、幸太郎が泳げるようになった練習風景の映像を長井に見せる。この後、コナンは光彦がずっと海で撮影していたビデオカメラの映像を確認。そこには溺れる幸太郎の姿も映っていた。コナンはこのビデオカメラの映像を見て幸太郎が溺れた理由、そして事故なのか事件なのか、その真相に辿り着く…。

コナン、元太、歩美、光彦は喫茶ポアロで店員の榎本梓が取材を受けた雑誌を見せてもらう。雑誌には梓が三毛猫の大尉を抱く写真が掲載され、説明文には大尉君と書かれていた。梓は野良猫の大尉を飼い始めたが、最初から首輪を付いていたため、飼い猫だった可能性は大。梓は雑誌を見た飼い主が自分の猫と名乗り出てくる事を期待していた。そして期待通り、飼い主を名乗る人物が現れるが…。困った事にフリーターの雨澤章吾、会社社長の益子貞司、主婦の舎川睦実と飼い主候補は3人も現れてしまう。 コナンは3人も飼い主が現れたのは大尉が特別な三毛猫だからと気付いていた。誰が本当の飼い主か見極めるため、小五郎も交えて3人から個別に話を聞く事に。梓はその間に自宅にいる大尉を迎えに行く。舎川は2ヵ月前、家族旅行の際に知人に猫を預けたと説明。知人が目を離した隙にいなくなってしまったらしく、舎川は5年前に猫と孫娘と撮った写真を見せる。コナンは妃英理から預かっている猫のゴロを離してみるが、舎川の方には近づこうとしない。安室透が大尉に去勢手術の痕がある事を伝えると、舎川は一晩入院して、抜糸まで1週間かかったと証言する。 益子は4ヵ月前の引っ越しの時にケージに入れて引っ越し業者の車に積んだが、降ろす時にケージからいなくなっていたと説明。益子は他界した妻と猫が写っている写真を持参していた。安室は益子がゴロを抱くと同時にくしゃみする姿に注目する。去勢手術の話になると、益子は妻に任せていたと証言。だが、猫がパラボラアンテナのようなモノを首に付けていた時は覚えているという。 雨澤は半年前に放し飼いにしていた猫が急に帰ってこなくなったと説明。ゴロは両手を広げる雨澤の胸に飛びつき、雨澤は猫に好かれる体質とアピールする。去勢手術の話題になると、雨澤はもらった猫だからそれ以前の事はわからないと答える。コナンは大尉がメスだとウソをついて反応を確認。雨澤は顔色が変わって自分の猫じゃないかもと言い出すが、元太たちがオスだとすぐに訂正する。 コナンはすでに3人の誰が本当の飼い主かを特定していた。この後、梓が大尉を連れて皆が集まる探偵事務所にやってくる。大尉は3人の真ん中にいる雨澤の胸に飛びつく。雨澤はやっぱり自分の猫だったと主張して大尉を連れ帰ろうとするが、コナンは咄嗟にウソをついて雨澤を呼び止める。そしてコナンは一発で飼い主がわかる方法があると言って実験を開始。それは扉の外に大尉を置き、1人ずつ歩いて扉の内側に立つという実験。猫は耳が良く、飼い主の足音をちゃんと覚えているのだ。この実験と話から特別な三毛猫、大尉の本当の飼い主が見つかり、騒動は一段落するが…。1週間後、コナンたちが飼い主に呼ばれて大尉に会いに行くと、飼い主はマンションの部屋で頭部から血を流して倒れていた…。

大尉の飼い主は会社社長の益子だった。三毛猫のオスは染色体異常で1000匹に1匹の割合しか生まれず、稀少価格から2000万円の値がつく事もあるという。1週間後、コナンたちは益子に呼ばれて大尉に会いに行く。マンションの益子の部屋の前では隣の住民と管理人が話していた。益子の部屋から変な音がしたらしく、管理人は合鍵を使ってドアを開ける。ドアにはロックがかかっていて、ドアの隙間から大尉が出てくる。大尉の脚には血が付いていて、コナンたちは何か起きていると判断する。 コナンは毛糸、クリップなどを使ってドアロックを解除して部屋の中へ。寝室では益子が頭から血を流して倒れていた。ベッドの掛け布団の上にイスが倒れていて、ベッド横のサイドテーブルの角には血痕。壁際に新しい蛍光灯の箱があり、その前に割れた蛍光灯の破片が散らばっていた。益子は手術を終えたが意識不明だった。駆け付けた佐藤刑事、高木刑事は現場の状況から蛍光灯を取り替えようとして転倒した事故と判断する。だが、コナンは事故ではないと考えていた。ベッドにイスを載せるなら普通は掛け布団ぐらいめくるからだ。他にも不可解な点はいくつもあり、コナンは益子を突き飛ばして重傷を負わせた何者かが事故に見せかける偽装工作をしたと推理する。 しかし、玄関の鍵は2つともリビングの棚にあるのにドアの鍵、ロックもかかっている密室状態だった。この後、元太たちはエントランスで呼び鈴を鳴らした人の映像が部屋のインターホンに録画されている事に気付く。コナンはテーブルの上の包装紙、猫のキャリーバッグに注目。益子は誰かに大尉をプレゼントしようとしていたのだ。コナンはテープやハサミがあるのにアレがない事を不思議に思う。佐藤たちはインターホンに映っていた3人を特定して話を聞く事に。最初に訪れたスナックママ、露口降代は部屋に10分ほどいたと証言。露口が探していたレコードを益子が見つけてくれて取りに来たという。 次に訪れた元社員の麻生茉莉は先客がいたため、玄関口で話しただけと証言する。ミスをして益子の会社をクビになった麻生。だが、益子は新しい仕事先を世話してくれ、お礼も兼ねてあいさつに来たという。最後に訪れた小説家の漆屋倫平は、エントランスは無言で開けてくれたが、部屋の呼び鈴を鳴らしても応答がなく、諦めて帰ったと証言する。漆屋と益子は同じ年にデビューした作家仲間で、益子は売れずに早々に諦めて会社を起業。この日は益子に協力してもらい、小説のアイデアを練るために来たという。コナンは3人から話を聞き、誰が犯人かを見抜くと、部屋から無くなったモノを買いに行く。この後、コナンは部屋から無くなったモノを使ってドアをロックし、鍵をかけられるか実験。そして、コナンは猫の習性も利用した密室トリックを見破る。犯人は猫について詳しい人物だった…。

蘭は空手部の先輩、矢島弥生が住んでいるシェアハウスに遊びに行く。午後7時、蘭と弥生、住人の川上靖子がいる1階の共用スペースに住人の鈴木秀久、続けて加納克子が入ってくる。鈴木は克子に覗き魔とウソを言いふらされ、ハウスからの退去を余儀なくされたらしく、鈴木と克子は言い争いを始める。弥生が仲裁に入った後、靖子はアイスケーキを勧める。克子は後で食べると言い残し、タップダンスの練習のために自分の部屋へ。克子のダンスは家中に響き、真下の部屋の靖子は迷惑していた。 この後、弥生は風呂に入り、鈴木は自分の部屋へと戻る。このシェアハウスには色々なルールがあり、住人は自分の持ち物に名前のシールを貼る決まり。イスもゲスト用のモノが用意されていた。7時30分前に弥生は風呂から出て、今度は靖子が風呂に入る。蘭と弥生が話していると風呂場の靖子から弥生の携帯に着信。それは克子が食べ頃の15分を過ぎても来なかったらケーキを冷蔵庫に戻して欲しいという内容で、弥生は冷蔵庫から克子のケーキを取り出す。15分後、弥生は克子のケーキを冷蔵庫に戻し、克子からお金を借りている事を蘭に打ち明ける。父親が急死したため、仕送りが少なくなったという。 8時少し前に靖子は風呂から上がってくる。その時、玄関の呼び鈴が響く。小五郎とコナンが蘭を迎えに来たのだ。その直後、2階から鈴木の叫び声が聞こえてくる。コナンたちが2階に行くと、克子は自分の部屋で首から血を流して絶命していた。コナンは近くに落ちている血の付いたナイフ、克子のシールが貼られたペットボトルに目を留める。この後、駆け付けた目暮警部と高木刑事が捜査を開始する。 克子が殺害されたのは7時から8時の間で、鈴木は今朝、伝言板に克子から「午後8時前、あなたの部屋に伺います。話をつけましょう」と自分宛の伝言が書いてあったと証言。だが、8時になっても克子は現れず、鈴木は克子の部屋に行って遺体を発見したという。コナンは共用スペースの扉の横の観葉植物が動かされた痕跡に気付く。床には土が落ちていた。鈴木が無実を主張すると、蘭は弥生と靖子はこの事件に関係ないと訴える。蘭は弥生と靖子が風呂に入った以外は共用スペースにいたと証言する。この部屋には廊下が見えるガラス扉があるが、蘭は2人が風呂から2階に行く姿を見なかったと訴える。 コナンは冷蔵庫の中にある克子のケーキに注目。コナンは弥生、靖子からケーキの話を聞いて違和感を抱く。この後、コナンは風呂場も調べ、風呂場前の廊下の床に付着したシャンプーに気付く。続いてコナンは2階を調べ、昨日まで壁に絵が飾られていた事を知る。壁からは釘が出ていた。その直後、高木は鈴木の靴箱に隠した血で染まったタオルを発見。目暮は重要参考人として鈴木を警察署に連れて行こうとするが…。コナンは集まった皆の背中を見て、犯人と克子を殺害したトリックに気付いて…。

コナン、蘭、園子は世良に連れられ、森を歩いて貸し別荘へ向かう。高校時代の友人から貸し別荘の謎を解いてくれと依頼された世良の2番目の兄。だが、兄は忙しく、代わりに女子高生探偵の世良が依頼を受ける事になったのだ。森を移動中、蘭と園子は沼の近くで赤いレインコートに赤いブーツを履いた髪の長い女の人を見かける。この後、コナンたちは別荘に到着し、峰岸珠美に迎えられる。この後、河名澄香、続けて森で一緒になったという任田甚輔と薄谷昌家が別荘にやってくる。 珠美、澄香、任田、薄谷は高校時代のアウトドア部の仲間。部員は同級生5人だったらしく、それを聞いた蘭は森で見かけた赤い服の女性がもう1人の部員ですねと確認する。この発言を聞いた4人は青ざめて凍り付く。薄谷は聡子が生きている訳がないと言って動揺し、任田は15年前の殺人犯かもしれないと口走る。コナンと世良は15年前の話を詳しく聞く事に。15年前、この近くの貸し別荘で殺人事件が発生。浮気相手と貸し別荘に来た会社員が乗り込んできた妻に包丁で刺殺されたという。 白いレインコート、顔は返り血で真っ赤に染まった事から妻は赤女と呼ばれるように。赤女は森の中に消えて今も逃走中だった。その3年後、高校の夏休みにこの貸し別荘に来た任田たち。その時、聡子が赤女を見たと言い出し、皆で森を調べる事になったという。その時、はぐれた聡子は1週間後に底なし沼で遺体となって発見されたという。現場には例の事件の包丁も落ちていて、皆は聡子が森に潜んでいた赤女に追いかけられ、沼に落ちたと考えていた。 卒業後も聡子の遺体が見つかった日に毎年ここに集まる4人。一昨年頃から大量のリンゴが床に転がっていたり、給湯器のタンクに赤いバラが詰まっていたり、玄関の扉に赤いペンキがかけられたりと奇妙な事が起きているらしく、任田はこれらのイタズラをする犯人を突き止めてほしいと世良に依頼する。この後、コナンと世良は森に事件の手掛かりを探しに行き、任田は1キロ先の店に買い出しへ。珠美は食事の片付け、薄谷は風呂とトイレ、澄香は2階の部屋、蘭と園子は1階のリビングの掃除をする事に。 リビングの掃除を終えた蘭と園子は澄香と一緒に他の部屋も掃除する。廊下を移動中、澄香たちは風呂場から湯気が出ている事に気付く。風呂場の浴槽に張られたお湯は緑のバスソルトが入れられて真緑だった。澄香は掃除を終えたら一番風呂に入ろうと蘭、園子を誘う。この後、任田は途中で会ったコナン、世良と一緒に別荘に戻ってくる。その直後に風呂場から澄香たちが騒ぐ声。コナンたちが駆け付けると、浴槽にはたくさんの真っ赤なトマトが浮かんでいた。この時、コナンは薄谷がいない事に気付く。コナンと世良は悪い予感がして浴槽を調べ、浴槽に沈められた薄谷の遺体を発見する…。

薄谷の遺体が見つかり、長野県警の上原由衣刑事たちが捜査を開始する。上原は犯人が薄谷の後頭部を鈍器のような物で殴って気絶させてから浴槽に沈めて溺死させたと考える。遺体は浮いてこないようにダンベルが載せられていた。珠美は毎年この別荘での役割は決まっていたと上原に説明。薄谷は風呂場とトイレの掃除、澄香は部屋や廊下の掃除、任田は買い出し、珠美は食事を作る役割だったという。 コナンは風呂場に入った時の順番を確認。最初に入った人が浴槽にトマトを浮かべたかもしれないからだ。蘭は澄香が最初に入ったがバスタオル1枚で何も持っていなかったと証言。上原は蘭たちが風呂場の湯気に気付いた後、掃除を終えて風呂に入るまでの犯行と推理する。上原はその間のアリバイを任田と珠美に訊ねる。任田は買い出しをした店を出て、すぐに森でコナンと世良に会ったと話し、珠美はキッチンにこもって昼食の片付けと夕食の下ごしらえをしていたと証言。上原は珠美の証言はアリバイにならないと判断するが、蘭と園子はキッチンの扉越しに珠美と話したと言って珠美を庇う。 蘭たちは合流するまで澄香は2階で掃除していたと証言。2階から掃除機の音、掃除機の先が壁に当たる音が聞こえてきたという。任田は薄谷を殺害したのは赤女しかいないと訴え、この別荘で起きたイタズラも赤女の仕業と疑う。だが、上原はあり得ないと反論し、赤女と呼ばれた殺人犯、嶽野駒世の死亡が確認されている事を明かす。上原によれば、聡子の遺体が発見された時、底なし沼からは死後3年ほど経った白骨化した遺体も発見されたという。赤女の家族の協力がなく、DNA鑑定はできなかったが、やっと先週になってDNA鑑定を実施。赤女のへその緒と白骨遺体のDNAはピッタリ一致したという。 この後、鑑識課員は任田が護身用に持っていたバットを調べる。薄谷を撲殺した凶器ではなかったが、バットは何故かベトついていた。世良はエアコンがある2階の部屋に扇風機もある事を不思議に思う。そして、薄谷を殺害した凶器は遺体を湯船に沈めていたダンベルと判明。世良は服の右袖に服着した塩をコナンに見せる。コナンと世良は同じ事を考え、トマトと塩を使った実験をして犯人の見当をつける。 蘭と園子がリビングで話している時に雨が降ってくる。園子は窓の外を眺め、髪の長い女の人が立っている事に気付く。園子は赤女らしい人が立っていたと言うが、蘭は信じようとしない。その直後、停電になって稲妻の光で窓の外に赤女のシルエットが浮かび上がる。その頃、澄香は自分の部屋で昔の写真を眺めていた。すると誰かが窓を叩く音が響く。澄香が音に気付いて窓を開けると、何者かが包丁で突然切りつけてくる。それは死亡が確認され、この世にいるはずのない赤女だった…。

澄香は赤女のような人に包丁で背中を斬りつけられるが、傷は浅く、上原が消毒液で手当てをする。上原は赤女のDNA鑑定は間違いがなかったと説明。だが、上原は10年以上前からこの時期になると、辺りの貸し別荘が荒らされる被害が起きていると付け加える。何者かがカギをこじ開け、しばらく住んでいた形跡があったという。森で不気味な人影を見たという証言もあり、長野県警も白骨遺体が赤女と決めきれなかったのだ。任田は赤女の悪霊と騒ぐが、世良はこの世に悪霊は存在しないと断言する。 停電のため、蘭たちはリビングに集まって待機するが、コナンと世良は上原の捜査に加わる。赤女が死亡していたという事実は明日マスコミに発表する予定で、上原と同じ班の大和勘助警部と諸伏高明警部は発表前にどうしても確認したい事があって、聞き込みに行っているという。上原たちは珠美と任田の部屋を調べるが、澄香を襲った証拠は何も見つからず、澄香の狂言の可能性もなかった。 次にコナン、世良、上原は奇妙な事件の写真を確認する事に。それは赤いリンゴ、赤いバラ、赤いペンキ、今回の殺人現場にあった赤いトマトを含めて赤女を連想させるものばかりだった。上原は1枚の古い写真に注目する。それは12年前にアウトドア部の5人が写っているスナップ写真。聡子が行方不明になった日の昼間に撮った写真で、上原は聡子がベージュのカーディガンを着ている事を不思議に思う。遺体となって発見された時、聡子は赤いロングコートを着ていたという。 実は聡子が沈んでいた沼の近くで、包丁を発見したのは、当時、警察学校の研修中だった大和と諸伏。大和は聡子の遺体と一緒に見つかった白骨遺体は赤女じゃないと言い張るが、諸伏は赤女に十中八九間違いないと反論。2人は事あるごとに言い争っていて、今回のDNA鑑定の結果、白骨遺体が赤女とわかっても大和は全然納得していないという。その頃、大和と諸伏は15年前の殺人現場に駆け付けた警察官に話を聞きに来ていた。その警察官は警察を辞めて今はパチンコ屋の店員として働いていた。 大和は赤女に斬りつけられた元警察官からその時の状況を聞く。すると、元警察官は斬りつけられたのではなく、包丁を投げつけられて腰を抜かしたと告白。その時の事がトラウマになって警察を辞めたという。すぐに大和は赤女事件の現場に駆け付けた元警察官がビビって報告書を書き間違えたと上原に連絡。上原はたいして変わらないと考えるが、コナンと世良はある事に気付き、薄谷を殺害した犯人は最初に推理した通りと確信する。この後、コナン、世良、上原はリビングにいる皆と合流。皆が赤女の悪霊に怯えていると、世良は薄谷を殺害した犯人はわかっていると伝える。そして、コナンと世良は薄谷を殺害したトリックを暴き、犯人を追いつめるが、その時、再び窓の外から赤女が現れて…。

財布を拾って米花駅前交番の相田巡査に届けたコナンが偶然通りかかった小五郎に声をかけると、そこにお笑い芸人のドドンパ六助が自首してくる。ドドンパは所属する天藤芸能社の社長、天藤英樹を殺害したという。供述通り、事務所では頭を殴られた天藤が絶命していた。ドドンパは遺体の傍らに転がる金属バットで殴ったと自供。バットには血痕と毛髪が付着していた。この後、目暮警部は天藤から話を聞く。午前11時10分、芸に対する考えの違いから口論になってドドンパは天藤を殺害したという。 鑑識の結果、バットに付着していた血痕、毛髪は天藤のものと判明。高木刑事と千葉刑事は供述の裏を取る事に。千葉は芸人仲間から話を聞き、ドドンパは天藤を恨んでいた事が明らかに。天藤は自分が嫌いという理由で有名な番組への出演オファーを勝手に断り、その時から2人の間には軋轢があったという。この後、管理人の植木はマンション裏口で鉄パイプを発見。司法解剖の結果、天藤の損傷具合とバットの形状は一致せず、この鉄パイプが本当の凶器と判明する。 目暮はバットに血痕、毛髪が付着していた理由を問い詰め、ドドンパは大きく狼狽える。それでもドドンパは俺が殺害したと主張し、コナンは誰かを庇っていると考える。植木は今朝、天藤が弁当を買いに行った姿を目撃。コナンたちはコンビニの防犯カメラの映像を確認し、天藤は7時53分に弁当を買って温めたと判明。それを知った高木はすぐに目暮に伝え、目暮は9時のアリバイをドドンパに確認。ドドンパは9時頃、絵描きの須田泉のアトリエにお邪魔したと証言する。 司法解剖の結果、胃の消化具合から天藤が殺害されたのは食後1時間前後と判明。弁当を食べたのは8時頃で、天藤が殺害されたのは11時過ぎではなく、9時頃だったのだ。高木と千葉は泉のアトリエを訪ね、泉は9時にドドンパが来たと証言。昨夜も明日9時に伺うと連絡があり、ドドンパは貸していた画集を返しに来たという。アトリエから現場までは車で約1時間。ドドンパが天藤を殺害する事は不可能だった。観念したドドンパは犯人になりたかったと自供。ドドンパは真犯人を庇ったのではなく、天藤を守りたかったと告白する。天藤は裏の顔があり、業界の人の弱みを握って、金を強請っていたという。 11時過ぎに事務所に行くと天藤は殺害されていたらしく、ドドンパは強請られた誰かが口封じのために殺害したと推理。ドドンパは天藤の裏の顔が暴かれるのを恐れ、自分が殺害したとウソをついたという。目暮たちは天藤を殺害した真犯人を捜す事に。コナンは犯人が凶器の鉄パイプを現場から持ち去り、すぐ見つかる場所に捨てた事が気になる。そしてコナンはドドンパがマスコミに事件の情報を流した事を知り、ドドンパの本当の狙いは犯人になろうとしたのではなく、そう思わせる事だったと推理して…。

コナンは都合が良すぎるアリバイに違和感を抱き、ドドンパへの疑いを強める。だが、コナンはわざわざ自首した理由がわからずにいた。翌朝、ドドンパはテレビ番組に出演。無実の罪を被り、恩人である天藤の名誉を守ろうとしたドドンパは世間の注目を浴びて時の人になっていた。この後、コナンが現場のマンションを調べに行くと、すでに高木刑事が非常階段を調べていた。犯人はこの非常階段を使って出入りした可能性が高かったが、管理人の植木は怪しい人物を見ていないという。 そこに天藤の事を調べていた千葉刑事がやってくる。天藤は誰に聞いても評判が良く、人を強請るような人間ではないという。その頃、目暮警部がいる警視庁・捜査一課に犯人から電話がかかってくる。犯人は天藤が強請るからと殺害の動機を告白。目暮は言葉遣い、声から犯人は女性と判断する。高木は目暮からの連絡を受け、犯人が女性かもしれないという事実を知る。 その時、ドドンパがマンションに現れる。ドドンパも犯人の手がかりを探しに来たという。コナンは小五郎が真犯人の見当をつけ、あとは証拠を掴むだけだとドドンパに伝える。それを聞いたドドンパは動揺を鎮めようと無意識にポケットからタバコを取り出し、その拍子にテッシュが落ちる。それはパチンコ屋、ホール極楽の宣伝用テッシュだった。この後、コナンはコンビニに行き、店長の岡本から話を聞く。天藤が弁当を買うのはいつも午前8時少し前。天藤は8時からモーニングショーを見ながら弁当を食べるのが習慣と話していたらしく、コナンは身近な人ならこの習慣を知っているはずと考える。 次にコナンは小五郎を呼び出し、一緒に絵描きの泉のアトリエを訪ねる。泉はテレビ、ラジオ、携帯もない浮世離れした生活を送っていて時間には無頓着。アトリエではひたすら絵を描き、眠くなったら寝るという生活をしていた。部屋で時間を確認できるものは掛け時計だけ。泉はドドンパが来た時、掛け時計で9時という時刻を確認したと証言する。昨日、高木たちが訪ねた時、眠っていた泉。昨日、泉はドドンパとお土産のケーキを食べながら話している内に眠くなって寝てしまったという。そして、コナンは泉から寝る時に戸締りしてないと聞いてドドンパのアリバイトリックを見破る。 アトリエを後にしたコナンと小五郎が街路を歩いていると、テッシュ配りをする杉松が近づいてくる。杉松が配っていたのはホール極楽の宣伝用テッシュだった。杉松は昨日の朝、ドドンパにテッシュを渡したと証言。だが、ドドンパは人違いと言って怒り出して杉松と揉めたという。この後、コナンは変声機で小五郎になりすまし、犯人がわかったと言って現場マンションに皆を呼び出す。そしてコナンは小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

コナン、蘭、園子は日本に戻ってからホテル暮しをしている世良の部屋を見せてもらう事に。世良の部屋がある30階の廊下では編集者A、B、Cがホテルに缶詰めの小説家、火浦京伍の原稿を待っていた。この後、火浦は部屋から現れ、蘭は火浦の恋愛小説「電話と海と私」にハマっていると伝える。ベルボーイたちはルームサービスの料理を並べていて、火浦は一緒に食べようと編集者3人を部屋に招き入れる。続いて、ベルガールがワインを運んできて、火浦は奥の部屋にデキャンタを運んでほしいと頼む。 火浦は一番食べた編集者の出版社の原稿を先に仕上げると約束し、編集者3人は食べる量を競う事に。その間、火浦は原稿の構想を練ると言って部屋の風呂に入る。食後、廊下に出た編集者たちは火浦の助手、水無月千秋の話題を話す。昨年、水無月を助手として雇い、昔の人気を取り戻した火浦。火浦と水無月は週刊誌に愛人疑惑を報じられ、各編集部には火浦から水無月を引き離せという脅迫FAXが届いていた。この日も水無月は火浦の真下にある29階の部屋をとっているという。 午後6時、29階からベルボーイの声が響き、コナンたちが下に降りると、水無月は部屋で絶命していた。水無月の首には索状痕があり、コナンと世良は死後2、3時間経過していると判断。騒動を聞きつけた火浦、編集者Cも現場にやってくる。編集者Cは脅迫FAXの事を打ち明け、火浦はなぜ私に知らせなかったのかと怒りを露わに。コナンと世良はその様子を見て、火浦の犯行に間違いないと考える。 この後、目暮警部と高木刑事が捜査を開始。第一発見者のベルボーイは6時にシャンパンを届けるように注文を受けたと証言する。注文したのは火浦で、6時に原稿を書き終えたら祝杯をあげるつもりだったという。火浦はラストページがうまく書けず、気分転換のため、30分くらい前に2階下にある自販にタバコを買いに行ったと証言。火浦は自分が執筆中に殺害されたと決めつけるが、コナンと世良は遺体を見ただけで死後2、3時間経過していると見抜けるのはおかしいと指摘する。火浦は2、3時間前に自分の部屋に資料を持ってくるはずだったが現れなかったのでそう思ったと言い訳する。 死亡推定時刻の3時半前後は編集者たちが火浦の部屋でご飯を食べていた時刻。編集者Cはその時間、火浦は自分の部屋にいたと証言する。4時半頃に食べ終わって廊下に出た編集者たち。それ以降も火浦が部屋から出たのは原稿を渡す時だけだったという。火浦は「電話と海と私」のラストに煮詰まり、5時半にタバコを買いに行ったと証言。火浦は脅迫FAXを送りつけてきた人が犯人と訴える。火浦は水無月と不倫関係ではなかったと告白。水無月は優秀な助手で、「電話と海と私」は彼女の作品と言ってもいいくらいだという。コナンと世良は完全なアリバイがある火浦が水無月を殺害したトリックを考えるが…。

小説家、火浦京伍がホテルの部屋で缶詰になって原稿を書いている時、下の階の部屋で助手の水無月千秋が絞殺される事件が発生。目暮警部たちが捜査を開始し、編集者たちは火浦が部屋から出ていないと証言。火浦には完璧なアリバイがあったが、現場に居合わせたコナン、世良は火浦の犯行に間違いないと考える。高木刑事は聞きたい事があると言って世良の部屋を訪ねてくる。 高木によると、水無月の部屋のバスルームからシャンプーとリンスのキャップがなくなっているという。コナンと世良は水無月の部屋の玄関口しか入っておらず、心当たりがないと伝える。部屋はほとんど荒らされていなかったが、テーブルだけ倒れていて、上に載っていたと思われる缶ビールがトランクに落ちて、中の服や化粧道具などがビールまみれになっていたという。コナンのトランクの大きさを訊ね、高木は大きなトランクだったが、中身はあまり入っていなかったと答える。 そして、高木はトランクに消印が20年前のハガキも入っていたと付け加える。ハガキの差出人は火浦で、「なかなかかわいい話だね。僕がこんな話を書く時はヒロインに君の名前を使わせてもらおうかな」と書かれていた。宛先は水無月ではなく、大田純という名前だという。その名前を聞いた蘭は今、火浦が連載している小説「電話と海と私」のヒロインが大田純だと教える。 蘭はこの小説の内容を簡単に説明。「電話と海と私」は海で携帯電話を拾ったヒロインの物語。その携帯は未来のヒロインの物で、誰かが時間転移装置（タイムマシン）を使って送ってきたのだ。その人物はメールでヒロインとやり取り。数年後、世界は大変な事になるため、ヒロインがそれを阻止するために未来を少しずつ変えるという話だった。ヒロインは「あなたは何者なの？　私とどういう関係なの？」と事あるごとにメール相手に訊ねるが、答えはいつも「電話と海と俺」だった。 来週掲載される最終話ではメール相手の招待が明らかにされる予定だった。だが、ラストページはまだ完成しておらず、火浦はこんな事件があったので当分書く気がしないと話しているという。この後、コナンと世良は高木の何気ない一言から火浦のアリバイトリックを見破る。火浦が自分の部屋の前で待機しているとわかると、コナンと世良はまだ火浦の手の中にこの犯罪小説で修正を入れ損ねたアリバイトリックの“誤植”があると睨む。

石川県の金沢にやってきたコナン、小五郎、蘭は観光連盟の谷本裕三、宮澤萠子、イベント会社社長の田所雄也、社員の倉西治、秋山春美に迎えられる。加賀百万石ミステリーツアーという町おこしイベントが開催される事になり、小五郎は協力を要請されたのだ。このツアーは金沢、加賀の観光スポットに暗号が用意され、謎解きしながら観光する仕組み。暗号は秋山が考えていて、倉西は難事件のストーリーを考えて欲しいと小五郎に依頼する。小五郎は皆と共に観光地を巡りながら暗号を解いてみる事に。 小五郎は最初の暗号を解こうとするが間違って推理。蘭とコナンが間違いを修正して暗号を解く。続いて一行は暗号が示す次のポイント、加賀友禅伝統産業会館を訪れる。ここで女性がバッグを男性に奪われる事件が発生。小五郎はバッグを取り返すが、泥棒男は逃げてしまう。この時、コナンは誰かに見られている気配を感じる。コナンたちは暗号を解きながら石川県観光物産館、石川県立美術館などを巡る。コナンは行く先々でカップルを見かけ、ずっと感じる視線はビデオカメラだと気付く。 この後、一行は近江町市場の食堂で昼食をとり、倉西と秋山が結婚する話題になる。コナンは宮澤がずっと持っている重そうなショルダーバッグの中身が気になる。テレビでは1人暮らしの老人が襲われ、現金500万円が盗まれた2010年5月6日に金沢市内で起きた事件の事が報じられていた。昨日、犯人と思われる男が逮捕されたが、男は容疑を否認しているという。この時、秋山はスマホの画面を見て真っ青になる。昼食後、小五郎たちはツアーを再開するが、秋山は暗号カードを紛失したと告白する。 秋山は「1056 G 剣（の絵）」と暗号カードを手書きし、小五郎は兼六園の金城霊澤を示していると言い当てる。兼六園で秋山が手書きした暗号カードは2つの図形（菱形と矢尻）と馬の鞍の絵。コナンはこの暗号が金沢城を示していると解く。そして、金沢城で秋山は手書きした「24－3」という暗号カードを小五郎に渡す。蘭は金沢21世紀美術館という正解を導き出すが、谷本、小五郎は簡単過ぎると指摘する。その時、逆恨みした先ほどの泥棒男が出現。小五郎は襲いかかる泥棒男を投げ飛ばす。 小五郎は逃げる泥棒男を追いかける。コナンは先ほどのカップルを見つけて追いかけ、宮澤もその後に続くがコケて転倒。その拍子に宮澤のバッグから小型カメラが飛び出す。この後、宮澤は泥棒男、ハンドバッグを盗られた女性は役者、カップルはカメラマンのアシスタントと白状。一連のハプニングはイベントPRのためのドッキリだった。宮澤と秋山もこっそりカメラで小五郎たちを撮影していたという。田所は事情を説明するため、小五郎たちを連れて元の場所へ戻るが…。そこでは秋山が頭から血を流して倒れていた。倉西は脈を取り、気絶していると判断。秋山が襲われたのはドッキリではなかった…。

コナンたちは観光連盟の谷本裕三、宮澤萠子、イベント会社社長の田所雄也、社員の倉西治、秋山春美とツアー本番さながらに暗号を解きながらチェックポイントの観光地を巡る。途中、様々なトラブルが起こるが、全てはイベントPRのためのドッキリだった。その直後、秋山が何者かに襲われるという本当の事件が起きてしまう。コナンは担架で運ばれる秋山を見て、ある物がなくなっている事に気付く。 蘭は秋山のカバンを拾い、救急隊を追いかける。その時、カバンからクリップで留めたカードの束が落ちる。コナンはそのカードの束を拾ってある疑問を抱く。蘭は秋山に付き添って病院に行く事になり、小五郎たちはチェックポイント巡りを続ける事に。そして一行は次のポイント、金沢21世紀美術館を訪ねる。谷本はイベント開催に影響が出る事を恐れ、秋山の事件を警察沙汰にしたくないと考えていた。 ここでコナンは手書きの暗号カード3枚を見せて欲しいと小五郎に頼む。コナンはトイレに行くと言って皆から離れ、秋山のバッグから落ちたカードの束を確認。それは失くなったはずの4枚の暗号カードだった。暗号カードは「剣（の絵）＋5円玉（の絵）＋1円玉（の絵）」「30と50―→」「2001－2100」「山代 魯山人」の4枚。コナンは秋山が暗号カードを紛失したとウソをつき、新たに別の暗号を書き直した理由を推理する。そしてコナンは改めて秋山が手書きした暗号カードをもう一度見てみる事に。 コナンは手書きした暗号カードの1枚目「1056 G 剣（の絵）」を見て何かに気付く。さらにコナンは2枚目、3枚目の暗号カードを見て秋山がカードに込めた本当のメッセージを読み取る。この後、小五郎たちは最後のポイント、山代温泉のいろは草庵へ向かう。コナンは秋山を襲った犯人が誰なのかわかっていた。しかし、それを証明する証拠がなかった。いろは草庵に到着後、コナンはドッキリの時に撮影した映像を見せて欲しいと田所に頼む。コナンはこの映像から犯人の証拠を見つけようとしていた。だが、コナンが期待していた瞬間は映っていなかった。 この後、小五郎は病院にいる蘭に電話して、秋山の容態を確認する。秋山の傷はそれほど大した事はなかったが、1日入院して脳の検査をするという。コナンは小五郎から電話をかわってもらうと皆から離れる。そしてコナンは変声機を使い、小五郎になりすまして蘭にある事をお願いする。コナンが電話を切って小五郎に携帯を返した直後、今度は蘭から電話がかかってくる。蘭は電話している隙に秋山が病院から抜け出したと告白。病室には「告白しなくちゃいけないことがあるから山代に行く」というメモが残されていたという。だが、これはコナンが仕掛けた犯人をおびき寄せる“逆ドッキリ”だった…。