暗闇の中、コナンはふいに目覚める。猿ぐつわをされ、ロープで縛られたコナンは声が出せず、身動きも取れない状態だった。コナンはなぜ自分がこのような状況にいるのか、冷静になって思い出そうとする。コナンは自分が長方形の木箱の中にいる事、足元に自分の携帯がある事に気付く。その時、コナンの上着ポケットにあるDBバッジのコール音が響く。歩美、光彦、元太が新作ゲームを買いに行く途中で姿を消したコナンを心配して連絡してきたのだ。だが、コナンはDBバッジに出る事ができない。 その頃、小五郎は浅田法律事務所にいた。唐橋グループ会長、唐橋剛太郎の顧問弁護士の浅田公彦は今朝、金庫から遺言状が盗まれたと打ち明ける。遺言状は3日前に他界したの剛太郎のもの。今日の葬儀の後、遺言状の内容を内外に向けて発表する段取りだという。剛太郎が遺言状を書き換えたいと浅田を呼び出したのは亡くなる10日前。剛太郎の妻は10年前に他界していて、当初、遺言状には遺産の50%を長男の唐橋耕造、残りを折半して長女の唐橋光代、次男の唐橋英輔に譲ると書かれていたという。 そして、10日前に全財産を50年仕えた秘書の女性に譲ると書き換えた剛太郎。女性は剛太郎の愛人だった。小五郎は遺言状を書き換えるために盗んだ犯人は3人の子供の中の誰かと推理する。浅田の依頼は葬儀が終わるまでに遺言状見つけるか、犯人を特定する事だった。コナンは徐々に記憶が蘇ってくる。元太たちと買い物に行く途中、ビル裏口の扉が開いている事を不審に思って様子を見に行ったコナン。中では何者かが金庫を無理やりこじ開けていた。この後、コナンは犯人に見つかり、蹴り飛ばされて気を失ったのだ。その時、コナンの携帯は犯人に踏みつけられていた。 全て思い出したコナンは線香の匂いとドライアイスの冷気から自分が棺桶の中にいると察する。この後、哀はコナンが消えたと連絡してきた歩美たちと合流。哀たちはコナンが皆と別れた場所の周辺を調べる。その頃、小五郎と浅田は葬儀式場にいる耕造、光代、英輔と会い、今朝のアリバイを確認。容疑者3人は相手を疑って罵り合う。耕三は英輔から電話があり、2時間話していたと証言。英輔は光代の電話で起こされ、その後、耕三に連絡したという。3人は携帯ではなく、家の電話を使ったと証言する。 コナンは何とか足元にある携帯を縛られた後ろ手の手元に引き寄せる事に成功する。コナンは壊れた携帯のささくれを引っ掛けてロープを緩め、猿ぐつわを外す。そして、コナンはDBバッジを使って哀たちに連絡し、自分が棺桶に閉じ込められている事を伝える。コナンは二重底になった棺桶の遺体の下の小さな空間にいると推理していた。その時、棺桶が車のエンジンと共に動き出す。コナンは自分が閉じ込められた棺桶が霊柩車に載せられていると考えて…。

コナンは歩美たちと買い物に行く途中、ビルの一室で金庫をこじ開ける人影を目撃する。この時、コナンは犯人に襲われ、棺桶に閉じ込められる。その頃、小五郎は依頼を受け、唐橋グループ会長、唐橋剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜していた。犯人は長男の耕造、長女の光代、次男の英輔に絞られる。この後、コナンは縛られたロープをほどき、DBバッジを使って哀たちに連絡。コナンは二重底になった棺桶の遺体の下の小さな空間にいると推理していた。その時、棺桶が車のエンジンと共に動き出す。コナンは自分が閉じ込められた棺桶が霊柩車に載せられていると察する。 コナンは自分が葬儀場にいたと推理。哀は葬式がたった今終わり、葬儀場を出た霊柩車にコナンを閉じ込めた棺桶が載せられていると考える。その霊柩車の行き先は火葬場の可能性が高く、歩美たちはコナンが焼かれてしまうと動揺する。哀、歩美、元太、光彦は手分けして葬儀場に連絡するが、該当する霊柩車を見つける事ができない。この後、コナンが消えたと聞いた蘭が哀たちのいる浅田法律事務所の前にやってくる。歩美たちはコナンが霊柩車に載せられている事を蘭に伝える。 蘭は小五郎が依頼を受けた事務所だと気付き、光彦はコナンが目撃した盗難事件と関係があると推理する。蘭は小五郎が葬儀に出るかもしれないと話していた事を皆に伝え、哀たちはその葬儀場から出た霊柩車にコナンがいると確信する。その頃、コナンは棺桶の中で遺言状を見つけていた。蘭たちはすぐに小五郎がいる葬儀場へ行って事情を説明。蘭は葬儀後に霊柩車がどこに向かったか訊ね、小五郎は霊柩車が遺族と一緒に火葬場に向かったと教える。小五郎は犯人が遺体もろともコナン、遺言状を燃やそうとしていると推理。遺言状がなければ、実質3人の子供たちで遺産を等分する事になるのだ。 哀は火葬場に連絡するが、まだ霊柩車は着いていなかった。コナンはDBバッジを使い、霊柩車が停まったり徐行したりしていると哀に伝える。浅田は霊柩車が剛太郎のゆかりの場所に立ち寄っていると考える。小五郎たちは火葬場に先回りして霊柩車の到着を待つ事に。そして、蘭が火葬場の別館に霊柩車が着いている事に気付く。棺桶は火葬炉に入れられる寸前だった。小五郎は棺桶に子供が入っていると火葬の中止を要請。そこに目暮警部らも駆けつけ、誘拐事件の疑いがあると火葬を阻止する。 この後、高木刑事と千葉刑事は剛太郎の棺桶を開けるが、中は二重底になっておらず、コナンの姿もなかった。その頃、コナンは外の音を聞いて自分がどんな状況に置かれているか何となくわかり始める。コナンは哀から話を聞き、自分が目撃したのは小五郎が依頼された事件と察し、誰が犯人なのかも見破るが…。コナンが閉じ込められた棺桶を載せた古い霊柩車はスクラップ処理場に向かってた…。

千葉刑事は3ヶ月前の10月4日に起きた不可思議な事件を捜査していた。その頃、小五郎は杯戸高校2年、空手部の和田陽奈から宇宙人を捜してほしいという依頼を受ける。陽奈は夏合宿の時、杯戸公園の近くで未確認飛行物体を目撃。それは細長い円柱状のUFOだったという。コナンたちは陽奈がUFOを目撃した現場へ行ってみる事に。UFOを見たのは杯戸公園近くをランニング中で、陽奈は土手の階段下に皆を案内。UFOは公園の中に消えて行き、陽奈はすぐに公園を調べたが、見つける事はできなかったという。 コナンはこの階段でジョディの友人、杯戸小学校の渋谷先生が突き落とされた事を思い出す。コナンは渋谷が帰り道にここを通っている事から近くに小学校があると考え、理科の実験で飛ばした何かを陽奈がUFOと見間違えたと推理する。だが、陽奈は夏休みだったし、杯戸小学校というより、杯戸高校の方から飛んできたと主張。目撃した日、杯戸高校は空手部が体育館を使っていたが、他には誰もいなかったという。この後、コナンたちは杯戸高校にも行ってみる事に。だが、陽奈は10月初めに改装中の校舎の敷地内で殺人事件があって、構内に入れるかはわからないとコナンたちに伝える。 杯戸高校の裏門前にはパトカーが停まっていて、コナンたちは陽奈に案内され、裏口から敷地内へ入る。目の前には規制線が張られ、囲まれた一角のコンクリートの地面には2つの人型と足跡があり、1つは顔の跡が残り、もう1つは頭部にフードの跡が残っていた。コンクリが乾く前に人が倒れ、その型が残ってできたものだっだ。小五郎は高校の敷地内でコンクリまみれの遺体が見つかったという殺人事件を思い出す。そこに千葉が現れ、小五郎は事件解決に協力すると事件の詳細を聞き出す。 妙に暑かった10月4日に殺害されたのは雑誌編集者の中津恭吾。顔をコンクリにめり込ませ、うつ伏せに倒れていた中津の死因は窒息死。遺体と一緒にコンクリでフードを被り、仰向けに倒れていたUFOマニアの朽木雄輔が容疑者になる。半年前、2人は編集部内で大ゲンカしていて、動機は十分だった。袋状の何かを頭に被せて被害者を窒息死させた犯人。だが、その袋状の凶器は発見されていないという。 朽木は殺害したのは自分じゃないと主張。UFOから降りて来た宇宙人が浮いたまま中津を殺害し、またUFOに乗って飛び去ったと話しているという。コンクリの足跡から朽木はコンクリが固まるまで外に出ておらず、凶器を処分するのは不可能だった。防犯カメラには画面の上から下に通り過ぎる大きく細長い不気味な影が映っていたという。その影はフェンスの向こうの杯戸公園の方へ飛んで行ったらしく、陽奈は夏休みに自分が見たUFOと同じかもしれないと千葉に伝える。コナンは暑いのにフードを被った朽木、中津を殺害した宇宙人、防犯カメラに映った不気味な影などの話を整理して推理を巡らせるが…。

3ヶ月前の10月4日に不可思議な事件が発生。杯戸高校の敷地内で顔をコンクリにめり込ませて窒息死していた雑誌編集者の中津恭吾。遺体と一緒にコンクリで倒れていた朽木雄輔に容疑がかけられる。犯人が被害者の頭に被せて窒息死させた袋状の凶器は発見されていなかった。朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が浮いたまま中津を殺害し、またUFOに乗って飛び去ったと話しているという。コンクリの足跡から朽木はコンクリが固まるまで外に出ておらず、凶器を処分するのは不可能だった。防犯カメラには画面の上から下に通り過ぎる大きく細長い不気味な影が映っていて、それは杯戸高校の和田陽奈が夏休みに杯戸公園近くで目撃したUFOと似ていた。 目暮警部はこの事件を捜査する千葉刑事を呼び出して注意する。この事件の真犯人は宇宙人で、警察は宇宙人の存在を隠蔽しているとネットで大騒ぎになっていた。ネット記事には某有名探偵がネタ元と書かれていて、千葉は現場にいた小五郎と察して話を聞きに行く。小五郎は酒飲み仲間に冗談半分で話してしまったと謝罪する。最初は「強い光を浴びて気を失った」と話していたが、途中から「犯人はUFOから降りてきた宇宙人で、UFOに乗って逃げた」と証言を変えた朽木。そのため、千葉は3か月前の聞き込みを毎日やらされて疲弊していた。 コナンは朽木がやっているUFO関連のブログを見つける。コナンは朽木がいろいろなUFOの記事をブログに載せているのに今回の事件の宇宙人の話は載せていない事に違和感を抱く。渋谷先生が突き落とされた事件があって杯戸公園から皆の足が遠のいていたため、陽奈以外のUFO目撃情報はいなかった。8月末に公園内に防犯カメラが設置されてからは皆も安心して公園に来るようになったという。 この後、コナンは小五郎、千葉と共に朽木の家を訪ねて朽木から話を聞く事にする。千葉がドアをノックして話を聞きたいと声をかけると、朽木は部屋が散らかっていると大慌てになる。部屋は雑然としていて、机にはたくさんのUFO写真が置かれていた。コナンは朽木の左手が黒く、右手が白いという色の違いに注目する。そして、コナンは椅子の上に立ち、書棚の上置き戸棚に手を伸ばして開く。中には黒いポリ袋、本などが入っていた。朽木は勝手な行動に怒り、小五郎はコナンを部屋から追い出す。 コナンが陽奈の電話番号を教えて欲しいと蘭に連絡すると、陽奈はちょうど蘭と一緒にいた。コナンは目撃した細長い円柱状のUFOの色を確認。陽奈はちょっとテカった黒だと答える。コナンはそれを聞いて朽木がブログに宇宙人の話をアップしなかった理由に気付く。この後、コナンは皆を集めて実験を行い、UFOの謎、事件の真相に迫る…。

警視庁交通部の宮本由美は佐藤刑事と食事をして店を出る。帰り道、由美の元カレの羽田秀吉の話題になる。数年前に由美に封筒を渡し、7つ揃うまで開けないで欲しいと伝えた羽田。結局、羽田は7つを揃えたが、2人は休みが合わずに連絡を取らなくなったのだ。由美は封筒の中身を見ておらず、佐藤は婚姻届だったかもしれないと推測。その時、街頭の大型ビジョンに将棋の王将戦のニュースが流れ、由美は羽田が棋士だった事を初めて知る。羽田が7つ揃えたのは将棋の7大タイトルだったのだ。 佐藤は封筒について訊ね、由美は封筒をしおり代わりに使い、封筒を挟んだ雑誌を今朝ゴミ捨て場に出してしまったと答える。由美と佐藤はゴミ捨て場に封筒を探しに行くが、すでに雑誌はなくなっていた。そこにコナンと元太、光彦、歩美がやってくる。事情を知ったコナンはごみ収集日のプレートを見て、今日が資源ゴミの日じゃない事に気付く。コナンは雑誌の束をマンション管理人が由美の部屋の前に戻しているかもしれないと推理する。コナンの推理通り、雑誌の束は由美の部屋の前に置かれていたが、封筒を挟んだ雑誌はなくなっていた。封筒の表には羽田秀吉と名前が書かれていたという。 コナン、由美たちは管理人に話を聞く事にする。将棋好きで、羽田の大ファンという管理人の八塚虎六は由美が羽田を骨抜きにすると考え、2人の交際を快く思っていなかった。元々、八塚はスリの常習犯。刑期を終えた八塚に管理人の仕事を紹介したのは由美だった。由美が封筒の事を訊ねると、八塚はスマホで撮影した婚姻届の写真を見せる。由美は婚姻届けを返して欲しいと頼むが、八塚はどこに置いたか忘れたととぼける。八塚は婚姻届の夫の職業欄に「棋士、七冠王」と書かれていたと明かす。現在、羽田と勝又前名人が対戦している王将戦は3勝3敗。雌雄を決する7戦目は勝又が優勢で2日目を迎えていた。羽田が敗れてタイトルを落とせば七冠王と書かれた婚姻届は無効になる恐れもあった。 八塚によれば、羽田は婚姻届を渡した大切な人から返事がなく、将棋どころではないと雑誌のインタビューで漏らしていたという。由美が羽田に会えるチャンスは羽田が対局場を離れる昼食休憩の時。八塚は1時間後の昼食休憩の時に由美が婚姻届を持って会いに行けば、羽田は元気が出て、どんな相手にも勝てると断言。八塚は羽田に添い遂げる覚悟があれば封筒を見つける事ができると由美に告げる。八塚は封筒の在処を知っているのだ。コナンは八塚のノートパソコンに8ケタの数字のパスワードを入力しろと書かれている事に気付く。コナンは部屋のどこかに8ケタの数字が隠されていると推理し、皆で手分けして見つける事に。そして、元太はゴミ箱の中から暗号が書かれた紙を発見。この暗号を解けば8ケタの数字がわかるはずだが、その暗号はコナンも解読できないほど難解だった…。

将棋の王将戦のニュースを見て、羽田が棋士だった事を初めて知った警視庁交通部の由美。数年前、羽田は7つ揃うまで開けないで欲しいと封筒を由美に渡し、将棋の7大タイトルを揃えたのだ。佐藤刑事は封筒の中身を婚姻届と推測。今朝、由美は封筒を挟んだ雑誌をゴミ捨て場に出していたが、資源ゴミの収集日ではなく、管理人の八塚が雑誌の束を由美の部屋の前に戻していた。だが、封筒を挟んだ雑誌はなく、コナンと由美たちは八塚に話を聞く事に。八塚は封筒の中の婚姻届の在処を知っていた。 現在、王将戦の真っただ中の羽田は劣勢。婚姻届の夫の職業欄には「棋士、七冠王」と書かれていて、羽田が敗れてタイトルを落とせば婚姻届は無効になる恐れもあった。羽田は婚姻届を渡した由美からの返事がないため、将棋に集中できず、1時間後の昼食休憩の時に由美が婚姻届を持って会いに行かなければ敗れる可能性が高かった。 八塚はノートパソコンに8ケタの数字のパスワードを仕掛けていて、元太はゴミ箱から暗号が書かれた紙を発見。この暗号を解いて8ケタの数字を入力すれば、封筒の在処を知る事ができるのだ。コナンたちは暗号を解読しようとするが、暗号は数字か文字か図形かもわからないほど難解だった。コナンは1枚では成立しない暗号かもしれないと考え、皆ともう1枚の暗号を探す事に。 将棋好きの八塚は羽田の大ファン。八塚は羽田と由美の交際を快く思っていなかったが、由美と佐藤の会話を聞いて、由美は羽田に合っていると思い始める。歩美、元太、光彦は探すのに飽きて回り将棋をやり出す。この後、灰原は部屋が寒いと訴え、コナンは暖房をつけてと八塚に頼む。八塚はエアコンが壊れていると謝るが、最初に来た時、部屋は暖かく、コナンは八塚がウソをついていると考える。 コナンは暗号を写メで撮影して見ていたため、わからなかったが、由美は暗号の紙が直書ではなくコピーだと気付く。コピーには手間がかかるため、コナンはコピーせざるを得ない理由があったと推理。由美が暗号がわからずにヒントを要求すると、八塚は羽田と夫婦（めおと）になり、添い遂げる気構えがあれば、暗号はすぐに解けると言い放つ。コナンは夫婦という言葉が引っ掛かる。さらにコナンは光彦たちの会話を聞いて、暗号がコピーされた理由、ゴミ箱の中にあった理由に気付く。コナンはこれをヒントにして暗号の紙を折る。すると、文字が浮かび上がり、由美はその文字を見て8ケタのパスワードをパソコンに入力するが…。

天下一春祭りの夜、作家の今竹智は宿泊するホテルの部屋で歯を磨いていた。そこに祭りに出掛けた作家の笹井宜一が財布を忘れたと言って戻ってくる。笹井は部屋を荒らした後、拳銃を撃って今竹を殺害。帽子、サングラス、マフラーで顔を隠した笹井は今竹の財布から紙幣を抜き取り、部屋を出ていく。コナンは小五郎、蘭と天下一春祭りの会場にいた。このお祭りは3つの山に「天」「下」「一」の3文字を順々に灯して豊作を願うものだった。最後の「一」の字が灯った時、蘭は写真を撮ってほしいと笹井に声をかけられる。使い捨てカメラを渡された蘭は言われた通り、「一」の字をバックに笹井を撮影する。 笹井は自分が作家である事を蘭に教え、蘭は日焼けした笹井が作家と知って驚く。笹井は昔、古い友人の今竹智と組み、今井ともかずというペンネームで小説を書いていた事を明かす。笹井は今日も今竹と一緒にこっちに来たと説明。今竹が直本賞を受賞したお祝いに2人で一晩飲み明かす予定だという。この後、笹井はさらに数枚の写真を撮ってほしいと蘭に頼む。そこに埼玉県警の横溝刑事が現れ、今竹が宿泊するホテルの部屋で殺害された事を笹井に伝える。コナンたちは横溝と一緒に現場へ向かう事に。 今竹が殺害された時刻は午後8時2、3分。銃声を聞いた宿泊客が部屋から逃げ去る若い男を目撃したという。コナンと小五郎は遺体の口もとに付いた歯磨き粉に注目。床には歯ブラシが落ちていた。小五郎は財布からお札だけ抜き取られている事、部屋が荒らされている事から物盗りの犯行と睨む。だが、横溝は物盗りに見せかけ、笹井が殺害したと疑っていた。目撃者が見たのは犯人の服装だけで、顔は見ていなかったのだ。笹井は犯行時刻の8時頃、祭りの会場にいたと身の潔白を主張する。 小五郎は笹井と会ったのは祭りの後半だったと横溝に伝える。すると笹井は最初から祭りにいたと主張し、使い捨てカメラにアリバイが映っていると訴える。この後、使い捨てカメラの写真が現像される。撮影された写真は7枚で、その中には「天」をバックに笹井を撮影した写真もあった。「天」の字に点火されたのは8時から8時25分の間。23分以内にホテルから祭りの会場に行くのは無理だった。ホテルのフロントも7時20分に祭りに行く笹井の事をしっかり覚えていた。 そこに連絡を受けた月刊文芸時代の山田がやってくる。今竹が連載する「剣勇伝説」の締め切りは明日。今竹はまだ原稿を書いておらず、山田が別の作品も間に合わないと困り果てる。すると、笹井は過去に書いた作品を偶然持っていると山田に差し出す。それは長編のプロローグで、山田はこれからも文芸時代で続きを書いてほしいと笹井に頼む。笹井は忙しいが、今竹のためにも引き受けると約束。コナンは勝ち誇った表情の笹井を見て、笹井が犯人と確信し、アリバイトリックの謎を見破ろうとするが…。

小五郎はコナン、蘭を連れて大分の別府温泉にやってくる。コナンは観光名所の地獄めぐりを訪れた時、サングラスをかけた不審な男性を見かける。小五郎の本当の目的は旅行ではなく人捜しだった。仲代電気の社長、仲代秀虎が秘書の細貝洋三と共に事務所を訪れ、1人旅に行くと書き置きして失踪した娘の仲代麻奈美を捜してほしいと依頼してきたのは昨日。最近、麻奈美がIT企業社長、江原健一郎との婚約を発表すると、昔交際していた和紙職人の早見裕之から写真が送られてきたという。 仲代は裕之が昔の親密な写真をネタに麻奈美を強請っていると心配。麻奈美は別府にいる裕之と会っている可能性が高く、小五郎は犯罪に巻き込まれる前に麻奈美を連れ帰る事が目的だった。その頃、高木刑事は佐藤刑事と大分の湯布院でデートしていた。高木は拳銃強盗事件を捜査中だったが、佐藤の休暇に合わせて休みをとっていた。コナンたちは麻奈美がいるかもしれない温泉旅館に泊まる事に。麻奈美の写真にこの旅館の送迎車が写っていたのだ。コナンの推理通り、麻奈美はこの旅館に泊まっていた。 この後、コナンたちが廊下にいると、麻奈美の悲鳴が聞こえてくる。赤鬼が出たと震える麻奈美。赤い目を光らせた鬼は窓から部屋を覗き込んでいた。小五郎は麻奈美が見つかったと仲代に報告する。翌朝、コナンは鬼がいた場所を検証。そこに足跡はなく、近くの松には数本の切り傷が横に刻まれていた。その頃、佐藤が高木とペンションにいると、目暮警部から連絡が入る。拳銃強盗の車が大分の水族館で発見されたらしく、佐藤は風邪とウソをついて休んだ高木と共に水族館へ向かう。 仲代は細貝、江原を連れて麻奈美がいる旅館にやってくる。だが、麻奈美は客室から消え、部屋は荒らされていた。この後、仲代のスマホに麻奈美を誘拐したと犯人から連絡がある。誘拐犯は身代金1億円を要求。コナンはこの誘拐には何か裏があると考える。1時間後、再び連絡してきた犯人は1億円をバックに詰めて動物園に行けと指示し、身代金を運ぶ役として江原を指名する。コナンは皆が見ていない隙に蛍光マーカーで札束の側面に線を引く。 佐藤たちは水族館の駐車場に到着後、不審な人物はいないか、水族館と道の反対側にある動物園を調べる事に。江原は動物園の簡易休憩所で犯人の連絡を待ち、コナン、小五郎たちは観光客に紛れて張り込む。この後、小五郎と高木はサルの寄せ場でバッタリ会う。小五郎は誘拐事件、高木は拳銃強盗事件の捜査をしている事を教える。その直後、犯人から連絡があり、バッグを猿岩石の上に置けと指示。小五郎たちが警戒する中、ドローンが急接近してくる。ドローンはバッグをフックに引っ掛けると勢いよく浮上。コナンは必死にバッグに飛びつくが、そのまま上空に連れ去られて…。

コナンは蘭、園子、世良をきれいな桜並木に連れて行く。蘭は桜を見て工藤新一と出会った時の事を思い出す。13年前、小五郎は蘭の保育園のネームプレートを壊してしまい、妻の妃英理が代わりのネームプレートを手作りする。その頃、新一の父である推理小説家の工藤優作はデパートでサイン会をしていた。北海道の女性ファンは「やり直すのに時のしばりはないから」というセリフに共感したと優作に伝える。その時、妻の有希子から連絡があり、優作は新一の新しい保育園のネームプレートを間違って持ってきた事に気付く。有希子は新一を保育園に連れて行く途中でデパートに寄ると優作に伝える。 保育園で蘭は手作りのネームプレートを園子に見せる。その時、同じ組のいじめっ子の男子が蘭のネームプレートを奪い取り、皆と違うから仲間じゃないと騒ぎ出す。園子はいじめっ子に掴みかかり、保育士の江舟論介が仲裁に入る。蘭のネームプレートは園子が取り戻そうとした時にグシャグシャになってしまう。昼寝の時間、蘭は色紙を使ってネームプレートを作り直す。その時、見知らぬ男の子が「オレにも作ってくれよ」と蘭に声をかけてくる。それはこの日、保育園に入園した新一だった。 新一は蘭がサクラの形のネームプレートを作っていると見破り、蘭は作っている途中なのにサクラとわかった事に驚く。新一は蘭の列の子たちがサクラ組のバッジを付けている事、折り紙の折り方と切り方からサクラと推理したと得意げに教える。新一は泣いていた蘭を泣き虫と呼び、蘭は泣いていないと言い返す。そこに入園手続きを終えた有希子が現れ、新一のネームプレートがない事に気付く。新一はどこかに失くしたと伝え、有希子はせっかく取りに行ったのにと呆れる。蘭は自分用に作ったネームプレートを新一にあげ、名前も書いてあげる。蘭はその代わり、もう泣き虫と呼ばないと約束してと新一に頼む。その時の蘭は新一がサクラのバッジを作らせた本当の意味をまだわかっていなかった。 歌の時間、新一は江舟が蘭をずっと見ている事に気付いて訝しむ。この後、江舟は園児たちを散歩に連れて行く。コナンは横断歩道を渡る時、蘭の手をしっかり握る江舟に注目。到着後、江舟は滑り台の順番を待つ列の前の方に蘭を入れてあげる。そして昼寝の時間、新一が床に布団を敷こうとすると、江舟は、そこは蘭の場所だと別の場所に敷くように促す。新一は蘭だけをひいきする一連の行動はあやしいと江舟に訴える。江舟は1つ1つの行動の理由を新一に教える。新一は江舟がいつもより遠い公園に連れて行った事にも疑問を抱き、江舟は遠い公園にした理由は明日の散歩の時に教えると伝える。翌日、江舟は同じ公園に園児たちを連れて行く。途中、ハンチング帽にサングラス、マスク姿の怪しい男が園児たちを凝視していた…。到着後、江舟はこの公園に皆を連れて来た意外な理由を新一に打ち明けて…。

13年前、有希子は新一の新しい保育園のネームプレートがない事に気付き、デパートでサイン会をしている夫の小説家、工藤優作に連絡。ネームプレートを持っていたのは優作だった。新一はホームズの本を読み、中間の推理を全てぬきとり、出発点と答えだけを相手に示せば、安っぽくはあるが、ビックリさせる効果は十分あるという一文にドキッとなる。この後、有希子は新一を連れてサイン会へ行き、優作からさくら組のネームプレートを受け取る。有希子と新一は保育園を訪れ、入園の手続きを行う。 新一はこっそりと職員室を抜け出し、図書室を探しに行く。この時、新一は遊戯室の前を通りかかり、お昼寝の時間なのに折り紙をしている女の子、蘭に目を留める。蘭は色紙を使ってネームプレートを作り直していたのだ。少し前、新一はいじめっ子に何かを取られる蘭の姿を見かけていた。新一は折り紙の切り方や状況から蘭が新しいサクラ組のネームプレートを作っていると見破る。新一は自分のネームプレートをポケットに入れ、「俺にも作ってくれよ。それ、サクラだろ？」と蘭に声をかける。 ホームズのマネをした新一の言葉は効果的だった。蘭は作っている途中にサクラとわかった事に驚く。この後、新一は蘭を睨んでいる保育士の江舟に気付いて訝しむ。数日後、新一は蘭ばかりひいきする江舟の不審な行動を優作と有希子に報告。江舟がいつもと違う遠い公園に園児たちを連れて行く事も引っ掛かっていた新一。その理由は明日の散歩の時に江舟が話す事になっていた。優作は蘭が寝坊するかを確認し、新一は一番最後まで寝ていると教える。優作は担任の苗字が江舟という事にも注目。優作のファンの1人に同じ苗字の北海道の女性がいるのだ。優作は江舟の不可解な行動の理由に思考を巡らせる。 翌日、遠い公園に向かう途中、蘭は母親から友達をいじめちゃいけないと怒られたが、ピンとこない事を園子に告白する。そんな園児たちを凝視する変装した怪しい男。彼は停車中の黒いバンの運転手が園児たちの写真を撮り、ニタリと笑う姿を目撃する。公園に到着後、江舟は隣りの病院に奥さんが入院している事を打ち明け、奥さんは病室の窓際から園児たちを見つめる。来月、奥さんは空気の良い山奥の病院に転院する事になっていた。江舟は子供好きの奥さんに皆の元気な姿を見せたかったのだ。 この後、黒いバンの運転手が奥さんの病室に現れる。運転手は奥さんに撮ったばかりの園児の写真を見せていた。そんな病室の様子を見つめる先ほどの怪しい男。この男の正体は変装した優作だった。優作は新一の話を聞いて様子を見に来たのだ。数日後、保育士たちは保育園の裏口に黒いバンが停まっている事に気付いて騒ぎ出す。江舟は代表して黒いバンの様子を見に行く事に。江舟が黒いバンの運転席のドアを開けると、そこには優作が乗っていた。この後、優作は江舟が企んでいた事を暴いて…。

コナンと園子は京極真が稽古をする大阪の道場にやってくる。その頃、蘭は元太、歩美、光彦を連れてUSJで遊んでいた。1人は心細い園子がコナンだけ道場に連れて来たのだ。館長の天神流空手八代目当主、高見達人は京極の恩人だった。この後、少年部の稽古が始まり、浅井と松本が指導にあたる。高見は子供たちの準備体操を見ながら、子供たちの成長に驚かされるという話題を話し始める。 柔軟運動が苦手だった角田弘樹は足を開いて床に胸をつけられるくらい体が柔らかくなり、今は少年部のリーダー的存在にまで成長。体は大きいが気が小さく、本番では実力を発揮できなかった川口克人は先日の審査で少年部の初段に合格し、黒帯を締められるように。小橋法雄はランニングが苦手だったが、今では余裕で完走できるようになったという。話を聞いた京極は指導の賜物だと高見に伝える。 体操の後、小橋はお腹が痛いと稽古を早退。残りの子供10人は基本稽古を始める。道場の一角にはガラス張りの展示コーナーがあり、高見や弟子たちが獲得したトロフィーやメダルが飾られていた。展示コーナーの中は密閉状態。2.5メートルくらいの位置に小窓があり、正面の開閉式の扉には錠前がかかっていた。コナンは棚の一番上にある黒帯に注目。それは歴代の館長が代々締めている黒帯だった。 園子は有名な天神流の道場なのに寂れている事を不思議に思う。道場の壁はボロボロで、窓もガタガタだった。コナンはスマホで検索して道場が寂れた理由を探る。高見が館長になってから稽古が厳しくなり、生徒が減ってしまったのだ。しかも子供たちからはお金は取らず、借金するほど経営は苦しい状態になっているという。相対稽古の後、浅井と松本は子供たちを連れて外へランニングに行く。 そこに梶芳銀次が巨漢の男2人を連れて現れる。梶芳は契約書のサインをもらいに来たという。高見はこの道場を閉めて売ろうと考えていたのだ。高見は少し待ってほしいと頼み、梶芳はしぶしぶ帰っていく。高見は道場から事務室へ移動し、京極、コナン、園子も追いかける。京極が道場を売る気か確認すると、高見は道場を閉めるつもりだと告白。高見は道場を売って借金を返済するつもりだった。この後、京極は何かの気配を感じて道場へ向かう。その直後、何かが割れるものすごい音が聞こえてくる。 コナン、園子、高見が道場に行くと、展示コーナーのガラスが叩き割られていて、京極は拳を握りしめて立っていた。そこにランニングを終えた浅井、松本、子供たちが帰ってくる。浅井は黒帯がない事に気付き、高見は黒帯を盗ったのかと京極に確認。すると京極は道場を閉めるという話の撤回を要求。そして、京極は高見に試合を申し込み、自分が勝ったら道場を続け、高見が勝ったら黒帯を返すと伝える。高見は京極の提案を受け入れて2人は戦う事に。コナンは京極ではない真犯人がいる事に気付いて…。

小五郎、コナンが見つけ出した迷子の猫をマンション5階に住む依頼人に届けた後、4階から警察を呼んでという声が聞こえてくる。4階の前原聖一の部屋の前には保利舞子、マンション管理人の林吉江、宅配員の松田巧がいた。吉江は前原の部屋が荒らされ、床に血痕があると説明。小五郎たちが部屋に入ると、前原が胸から血を流して絶命していた。さらに小五郎たちはクローゼットの中で拘束された妻の前原早紀を発見。早紀の友人の舞子は口を塞いでいるガムテープは剥がすが、すでに早紀は絶命していた。 この後、目暮警部たちは捜査を開始する。舞子と松田に部屋の鍵を開けて欲しいと頼まれた吉江。松田は荷物の集荷を依頼されて部屋を訪ね、舞子は買い物に行く約束をしていた早紀を迎えに来たという。部屋からは金品がなくなっていた。前原の死因は刃物で胸を複数個所刺された事による出血性ショック死。前原はデイトレーダーで、最近大勝ちして数千万円を銀行口座に移していた。 早紀の死因は鼻口をガムテープで塞がれた事による窒息死。死亡推定時刻は前原が午前11時頃、早紀が昼12時半頃だった。そして午前11時頃、犯人と思われる人物がエントランスの防犯カメラに映っていた事が判明。映っていたのはニット帽、サングラス、マスク、ツナギ姿の人物だった。千葉刑事は非常階段の防犯カメラが壊されていたと目暮に報告。吉江によれば、壊されたのは2日前だという。 目暮は防犯カメラに映る人物を犯人と考えていた。この後、鑑識がマンションの非常階段横にあるゴミ捨て場で血の付いたニット帽、サングラス、マスク、ツナギ、ナイフが入ったゴミ袋を発見。これらは犯行に使われたモノに間違いなかった。そして、早紀が近くのホームセンターで強盗に使用した着衣を購入していた事が判明する。さらにニット帽の内側から早紀の髪の毛も採取される。 目暮は強盗に扮した早紀が前原を殺害したと推理する。早紀は強盗犯に扮して外に出て証拠品をゴミ捨て場に投棄。自分の部屋に戻る時に防犯カメラを壊した非常階段を通ったのだ。そして、被害者のフリをしようとした早紀。目暮はクローゼットに服が多すぎて窒息死してしまったと考える。コナンは早紀の鼻口を塞いだガムテープに目を留める。ガムテープの粘着面には口紅の跡が幾重にもついていた。 この後、コナンはクローゼットを調べ、服をぎゅうぎゅうにかけたハンガーラックに注目。コナンは服の匂いを嗅いである事に気付く。コナンは別の服も気になり、今度はチェストの中を確認する。コナンの推理通り、チェストの服はなくなっていた。この後、早紀が縛られていた結束バンドから彼女の指紋が検出され、目暮は強盗を装った早紀が前原を殺害後、被害者のフリをしようとして窒息死したと確信するが…。コナンはこの事件の真相に辿り着き、真犯人が誰かを見破って…。

土曜の朝、高級住宅街にある公園で迷惑男の天城達也の遺体が発見される。第一発見者は会社員の福田為夫で、殺害されたのは昨夜9時前後。遺体は千枚通しのような物で全身を滅多刺しにされていた。目暮警部たちが捜査していると、パトカーを見つけたコナン、小五郎がやってくる。天城は昼夜なく騒音を轟かせてバイクを乗り回し、皆が迷惑していたという。遺体の傍らには血痕が付着した町内会長、番藤彦一の診察カードが落ちていた。番藤は住民から頼まれ、天城に抗議する話になっていたという。 目暮たちは番藤の自宅に話を聞きに行くが、番藤は酒に混ぜた農薬を飲んで服毒死していて、近くには血痕の付いた千枚通しが置かれていた。外の野次馬の中には抗議しろと一番せっついていた女子大生の江崎比呂の姿。高木刑事と千葉刑事は番藤が話を聞かない天城を刺殺後、観念して自決したと推理する。だが、野次馬の中にいた喫茶店経営者の金満豊子は番藤は人を殺害できる人ではないと訴える。 豊子は目暮たちを自分の喫茶店に案内し、昨日の昼過ぎに番藤が大学講師の千野洋介と店に来た事を明かす。千野は番藤の蔵の古道具を調べたが、お宝はなかったと報告していたらしく、その時、天城の話になったが、番藤は思いつめていなかったという。小五郎は番藤が玄関の鍵をかけずに自決した事を不審に思う。普通は邪魔されないように施錠するのだ。この後、農薬がボトル内の酒に混入された事が判明。自決するならグラスの酒に毒を入れるのが普通で、小五郎は自殺に見せかけた他殺と確信する。 さらに豊子は尖端恐怖症だった番藤に千枚通しは使えないと訴える。真犯人は天城を殺害後、番藤も殺害したのだ。この時、番藤の自宅のソファの下にライターが落ちていたという報告が入る。番藤はタバコを吸わず、家政婦の葉山栄子が夕方帰る時には落ちていなかったらしく、犯人の遺留品の可能性が高かった。ウエイトレスの蒲生小雪はライターを見て、千野のものだと証言。千野はこの町の住民ではなく、豊子は千野には天城を殺害する動機がないと擁護する。高木と千葉は千野が殺害したかったのは番藤と推理。番藤が天城への抗議を皆からせっつかれていた事を利用し、自殺の動機を作ったと考える。 千野は番藤の家の蔵で途方もないお宝を発見し、番藤を殺害して横取りしたというのが高木と千葉の推理だった。この後、目暮たちは杯戸大学にいる千野から話を聞く事に。疑われていると知った千野は天城に会った事もないし、番藤とは喫茶店で会ったのが最後と無実を訴える。千野は昨夜、自宅でミステリー雑誌の新人賞の応募原稿を審査していたと証言。大学時代、千野はミステリークラブの部長をしていて、その縁で審査を頼まれる事があるという。コナン、目暮はミステリー専門家の千野が現場で初歩的なミスをしていた事に疑問を抱く。コナンは真犯人が千野をハメた可能性があると考えて…。

刺殺された迷惑男の天城の遺体が発見され、現場の遺留品から町内会長、番藤が容疑者として浮上する。だが、番藤は自宅で酒に混ぜた農薬を飲んで自決。高木刑事と千葉刑事は番藤が天城を刺殺した後、観念して自決したと推理するが…。今度は番藤の自宅で発見されたライターから大学講師の千野に疑いの目が向けられる。頼まれて番藤の蔵の古道具を調べていた千野。高木と千葉は千野が番藤の家の蔵で途方もないお宝を発見し、天城を巻き込み、番藤を殺害して横取りしたと推理する。 千野は犯行時刻の昨夜は自宅でミステリー雑誌の新人賞の応募原稿を審査していたと容疑を否認。コナンはミステリー専門家の千野が現場で初歩的なミスをしていた事に疑問を抱き、真犯人が千野をハメたと睨む。そして、コナンは番藤と千野が喫茶店で蔵の古道具の話をしていた時、真犯人も店にいたと推理。コナンは喫茶店を訪ね、ウエイトレスの小雪から話を聞く。小雪は千野が店で新人賞の審査の話をしていたと証言。千野は今晩、書斎で審査をすると話していたらしく、コナンは真犯人が千野にアリバイがない書斎にいる時間を狙って天城を殺害したと推理する。 そして、番藤と千野が店に来た時、天城の遺体の第一発見者である会社員の福田、天城に抗議しろと番藤に一番せっついていた女子大生の比呂もいた事が明らかになる。その頃、目暮警部たちは千野を容疑者と疑い、取り調べを行っていた。千野は番藤が尖端恐怖症だと知っていたと主張し、番藤の仕業に見せるなら千枚通しは使わないと訴える。だが、高木と千葉は深読みし、千野がこの言い訳を主張するためにあえて千枚通しを選んだと考える。 コナンは福田が住むマンションの管理人から話を聞き、福田の仕事は夜勤だと判明。夜勤の福田に犯行は不可能だった。続いて、コナンは比呂の自宅周辺で聞き込みをし、比呂が杯戸大学の学生だとわかる。杯戸大学は千野が講師をしている学校だった。千野と比呂には接点があり、コナンは2人の間に何かトラブルがあったと勘繰る。すると、そこに比呂がやってくる。比呂は自分の事を嗅ぎ回るコナンを警戒。コナンは追いかける比呂から逃げ、気付くと喫茶店がある脇路地にやってくる。 コナンは何気なく窓から店内を見る。店内では喫茶店経営者の豊子が本棚のミステリー誌を袋に片付けていた。コナンは店に置いていたミステリー誌を携帯で検索して何かに気付く。この後、コナンは変声機で小五郎のフリをしてミステリー誌の編集部に連絡し、あるミステリー小説について訊ねる。次にコナンは小五郎のフリをして米花北署の目暮に電話し、取り調べ中の千野にある事を確認してもらう。コナンは千野から推理通りの答えが返ってくると、事件の真相に気付き、誰が真犯人かを見破って…。

雲丸山の頂上を目指して登山をするコナン、光彦、元太、歩美、哀、阿笠博士は宿泊する山小屋にやってくる。そこでは池口栄子、芦塚徳則、林田太郎、山倉岳美が揉めていた。芦塚がいつも皆に迷惑かけていると岳美を非難すると、岳美は3年前の元木が亡くなった時も自分の責任だと開き直って逆ギレする。この後、岳美は崖下のキャンプ場でテントを張る。コナンは3年前の事を林田たちに訊ねる。4人は登山サークルの仲間で、3年前、仲間の元木は勝手に離れた岳美を追いかけ、崖から転落死したという。 この後、気象観測所員の林田は観測用の気球を上げる。林田は気球に灯油を塗って強度を増していた。夜中3時、コナンは山小屋を出る栄子、芦塚、林田に気付く。この日は元木の命日。栄子はテントにいる岳美を電話で起こし、岳美は自分も黙祷すると伝える。元木はこの時刻に亡くなったのだ。電話を切った栄子は芦塚、林田と共に元木の墓標に祈りを捧げる。コナンは芦塚、栄子と山小屋に戻るが、林田は近くの山にデータを取りに行く。栄子は物音で起きた歩美を横に呼び、手を繋いで一緒に眠る。 翌日の午前5時5分、元太は崖下を見て、テントの横で倒れた岳美を発見。コナンたちは5時45分に崖下の現場に到着するが、岳美は胸から血を流して息絶え、近くにはコンパスが落ちていた。この後、目暮警部たちが捜査を開始し、現場から3キロ離れた林で岳美のリュックを見つける。中には凶器のナイフと空の財布が入っていた。事件後に山から出た人物はおらず、目暮は芦塚、林田、栄子の中の誰かが外部犯に見せかけて犯行に及んだと睨む。岳美が殺害されたのは午前3時から5時までの間だった。 山小屋から現場までは4、50分で、3キロ離れた林にリュックを置いてきたらプラス3、40分。帰りの登りは60分以上かかり、合わせて2時間オーバーになるため、芦塚と栄子の犯行は不可能だった。元太は犯人が観測用の気球で空を飛び、現場や林に行ったと推理する。だが、1つの気球で飛ばせるのは5、6キロ。林田が持ってきた気球の残りは9個で、全部を使っても人を飛ばすのは難しかった。 コナンは山小屋の板が緩んでいる事、プレハブ横のボンベの下に泥が付着している事に気付く。プレハブ奥の泥地にボンベを置いた跡があり、近くの木の枝にはヒモを巻き付けた跡が残っていた。この後、警察のドローンがリュックがあった林の先で気球を発見。芦塚は林田が気球でリュックを林まで運んだと推理。それなら2時間以内の犯行は可能だった。栄子は現場にあったコンパスが元木の形見だと思い出す。それをもらったのは林田だった。林田の荷物から血が付着した気球のリモコンも見つかり、目暮たちも林田を犯人と疑う。だが、コナンは気になる事があり、ドローンを飛ばしてほしいと高木刑事に頼む。コナンはドローンが映した崖の側面の映像を見て、犯人とアリバイトリックを見破る。

小五郎は三好純子から空き巣の犯人を捕まえてほしいと依頼される。この近辺では空き巣が多発していて、純子も被害者の1人だった。小五郎とコナンが純子と話していると、マンションの裏手にある駐車場から男性の悲鳴が聞こえてくる。駐車場では純子の部屋の隣りに住む北上直嗣が頭から血を流して息絶えていた。この後、現場にやってきた目暮警部は北上との関係を純子に訊ねる。純子は隣人の北上とはあいさつする程度の関係だったと答える。 北上の死因は頭部を強打した事による脳挫傷の可能性が高く、小五郎は遺体から酒の匂いがする事から、泥酔してベランダから誤って転落死したと推理する。コナンは北上の瞼が赤く、額と両腕の内側に擦り傷がある事に注目する。北上のベルトのバックル部分は擦れて塗装が一部剥がれていた。目暮たちはマンション7階の北上の部屋、704号室を調べる事に。玄関にはダミーの防犯カメラが設置され、表札の下には警備会社のシールが貼られていた。ドアの鍵はかかってなく、小五郎はそのまま部屋に入る。 コナンは防犯対策をしっかりしている北上が玄関の鍵をかけていなかった事に疑問を持つ。鍵入れには家の鍵とセキュリティーキーが置かれていた。リビングのテーブルには酒瓶があり、ベランダにも空の酒瓶が転がっていた。小五郎は部屋の状況から誤って転落死したという自分の推理は正しいと考える。高木刑事と千葉刑事は念のため、近隣住民に聞き込みに行き、コナンは高木についていく。 高木とコナンは真下にある604号室を訪ね、住民の澤田良介から話を聞く。澤田は部屋にずっといたが、北上が亡くなった事は知らなかったと証言。高木は604号室のベランダを調べ、コナンは欄干に擦れたような跡がある事に気付く。そして、コナンはリビングに行き、テーブルや棚を動かした形跡も見つける。続いて、コナンがキッチンに行くと、ゴミ箱には大量の大根の切れ端、大根おろしが捨てられ、おろしは所々、茶色に汚れていた。コナンは廊下の収納棚からバッグの紐がはみ出ている事に気付く。 この後、704号室から盗まれた純子のネックレスが見つかる。この付近で頻繁に起きていた空き巣の犯人は北上だったのだ。目暮は空き巣の犯人だった北上が酔って転落死したと考え、捜査を打ち切ろうとする。だが、コナンは事故ではないと考えていた。コナンは皆と一緒にエレベーターに乗り、光沢のあるUV塗装された壁を見て何かを閃く。そして、コナンは探偵団バッジを忘れたと理由をつけ、再び澤田の部屋に行く。コナンはリビングのソファの下でヘアピンを見つけ、今回の事件の真相に辿り着く…。

コナンは阿笠邸のパソコンで17年前に棋士の羽田浩司がホテルで何者かに殺害された未解決事件を調べていた。同日、同じホテルでアメリカの資産家、アマンダ・ヒューズも殺害されたという。羽田の右手にハサミを握り締めた跡が残っていたと聞いた阿笠博士は今朝、奥穂町で殺人事件が起きた事を明かす。被害者は阿笠が発明したハサミを握ったまま息絶えていたという。そこにお裾分けを持った沖矢（赤井）が現れる。コナンはこの事件が気になるという沖矢と共に現場に呼ばれた阿笠に同行する事に。 被害者は不動産社長、樋山邦寿。事件現場は母屋ではなく離れだった。殺害方法は鈍器による爆殺。樋山は離れの部屋で襲われ、風呂場の脱衣所に逃げ込んだが、犯人に扉を破られ、トドメを刺されたのだ。脱衣所には割れた文字入りのコップの破片が散乱。樋山は犯人にコップを投げ、ハサミを持って迎え撃とうとした可能性が高かった。脱衣所の入口付近の破片には血が付着。これは第一発見者、元駄菓子屋の仙波和徳が破片を踏んだ時の血だった。 樋山は仙波の息子夫婦を言いくるめて勝手に土地を買収。仙波は文句を言いに来て遺体を発見したのだ。阿笠は仙波を犯人と疑う。だが、離れの窓には全て鉄格子があり、玄関にはボディーガードが2人いて、来た人をボディチェック。仙波が凶器を持って家に入る事は不可能だった。沖矢は脱衣所にある洗面台の蛇口が開きっ放しだったかを確認。高木刑事は蛇口が開いていたと答える。17年前も羽田の部屋の蛇口は開きっ放しだったのだ。今回の事件は17年前の事件と酷似。沖矢は父親が17年前の事件に関わっていた事をコナンに打ち明ける。 この後、現場に仙波がやってくる。先月、交通事故に遭って入院していた仙波はケガした左足をかばって歩いていた。仙波は沖矢に頼まれ、遺体を発見した時を再現する。仙波は部屋に樋山がいないため、扉が開いていた風呂場の脱衣所へ。仙波は血を流して倒れた樋山に駆け寄ろうとして破片を踏んだのだ。コナンと沖矢は再現した様子を見て、いくつもの矛盾点に気付く。仙波は疑われていると察し、返り血を浴びていないと無実を訴える。コナンと沖矢は仙波の服の乱れから、慌てて着た事に気付いていた。 沖矢は仙波が素足で破片を踏んだかを訊ね、鑑識課員はスリッパを履いたままだと答える。コナンと沖矢は破片が刺さったスリッパを見て何かに気付く。この後、沖矢は割れたコップに注目。コップはフサエブランドが食器メーカーとコラボしたものだった。その時、コナンと沖矢は鑑識課員たちが運ぶ遺体から漂う甘い匂いに気付く。遺体の傷口には蜂蜜のようなペースト状の物が付着していた。コナンと沖矢は犯人が樋山を殺害した方法を考えるが…。

不動産社長の樋山邦寿は阿笠博士が開発したハサミを持ったまま殺害され、コナンと沖矢は阿笠に同行して現場にやってくる。第一発見者は元駄菓子屋の仙波和徳。阿笠は仙波を犯人と疑うが、仙波が凶器を持って家に入る事は不可能だった。この事件は被害者がハサミを持っていた点、現場の蛇口が開きっ放しだった点など、17年前に棋士の羽田浩司がホテルで殺害された未解決事件に酷似していた。コナンと沖矢は遺体を発見した時の様子を再現する仙波を見て、いくつもの矛盾に気付く。 そして、コナンと沖矢は運ばれる遺体の傷口に注目。遺体の傷口には蜂蜜のようなペースト状のものが付着していた。コナンと沖矢は仙波が犯人で間違いないと考えるものの、凶器とそれを離れに持ち込んだ方法まではわからずにいた。コナンは仙波が来た時、何か持っていなかったかを玄関のボディーガード2人に確認。ボディーガードは仙波がビニール袋に入った小さな人形、人形のカタログを持っていたと証言する。駄菓子のオマケで、孫にプレゼントすると人形について話していた仙波。他には財布、ハンカチ、鍵くらいしか持っていなかったいう。 コナンたちが質問していると、ボディーガードは仙波が来る少し前に黄色いカラーボールが飛んできた事を思い出す。ボールは塀の向こうにある公園から飛んできた可能性が高かったが、誰も取りに来なかったという。沖矢はボールが飛んできた場所を訊ねる。ボディーガードは屋根に何か当たる音がして、離れの奥に行ったと証言し、ボールが転がっていた場所を教える。コナンは鉄格子が付いていない小さい窓に目を留める。それは離れの廊下を挟んで脱衣所の向かいにあるトイレの窓だった。この窓は小さくて、子供でも出入りする事は不可能だった。コナンと沖矢は現場の状況を1つ１つ整理していく。 この後、ボディーガードはカラーボールが屋根に当たった時、結構大きな音がした事を思い出す。この証言を聞いたコナンと沖矢は犯人が凶器を離れに持ち運んだトリックを見破る。その時、玄関の方から阿笠の大きな悲鳴が聞こえてくる。阿笠は縁側の下に行列をつくるアリを見て驚いたという。コナンは阿笠との会話をヒントに事件の真相に近づいていく。沖矢は縁側の奥を見て凶器を発見。縁側の下のアリの行列はカラーボールへと繋がっていた。全ての謎を解いたコナンと沖矢は犯人が使ったトリックを再現しながら徐々に犯人を追い込み、事件の全容を解き明かしていく…。

コナンは17年前に殺害された羽田浩司の事件について考える。コナンはボディーガードの浅香が犯人で、浅香の正体は黒ずくめの組織No.2のラムだと推理する。そんな折、小五郎は霊魂探偵の堀田凱人と対談してほしいと電話で依頼される。堀田が17年前に殺害された羽田の霊を呼び出し、事件の真相を解き明かすという。翌朝、小五郎は打ち合わせするため、コナンと共にホテルのレストランへ向かう。亡くなった人の霊を呼び出すという堀田はイカサマがバレてマスコミに叩かれた過去がある男だった。 ホテル到着後、小五郎とコナンは東都テレビディレクターの古栗参平と合流。食事前に堀田がいる402号室を訪れ、霊を呼び出す所を見せてもらう事に。古栗は堀田の部屋のドアチャイムを何度も鳴らすが返事はなし。今朝、古栗が堀田とメールでやり取りした時、堀田は打ち合わせ前に誰かと会うと話していたという。この時、古栗は1時間前に堀田からメールが届いていた事に気付く。午前7時28分に届いたメールには「殺される 助けて」と書かれていた。 8時56分、ホテルボーイがカードキー持って402号室前にやってくる。その時、古栗のスマホに着信があるが、ただの間違い電話だった。この後、小五郎たちは402号室に入る。3階からは改修工事の音が響いていた。部屋に入ると、何かが割れる音が聞こえてくる。床には割れた皿やグラスとワインの染み。こぼれたワインを誰かが踏んだスリッパの跡が残り、その跡は奥の寝室まで続いていた。 寝室のドアを開けた小五郎はベランダから何者かが逃げる人影を目撃。ベランダに染みつきスリッパも脱ぎ捨てられていて、小五郎は犯人が隣の部屋に逃げたと考える。この後、小五郎たちはベッドのシーツの下から胸を数ヵ所刺された堀田の遺体を発見する。コナンと小五郎は403号室の宿泊客に会う事に。403号室に泊まっていたのは世良真純だった。世良は部屋に誰も来ていないと証言する。部屋では小五郎たちに気付かれないように世良の母親、メアリーが身を潜めていた。 この後、古栗のオープンカーが駐車場の変な場所に停めてあると苦情が入る。車は402号室のベランダの真下に停めてあって、古栗はすぐに車を移動させる。コナンは駐車スペースが空いてるのに古栗が変な場所に車を停めた事に疑問を持つ。コナンが403号室を出た後、身を潜めていたメアリーはコナンが落としていった蝶ネクタイ型変声機を拾う。捜査を開始した目暮警部はボーイから話を聞く。ボーイによれば、3階の改修工事は毎日9時から始まり、工事中は4階の部屋が少し揺れるという。小五郎たちが402号室に入ったのは9時頃。テーブルの端にグラスを置いておけば、その揺れで床に落ちる可能性もあるのだ。この時、コナンはテーブルに塩が付着している事に気付いて事件の真相に近づくが…。

小五郎は霊魂探偵の堀田凱人と対談する事になり、打ち合わせのためにコナンと共にホテルに向かう。小五郎たちは東都テレビディレクターの古栗参平と合流後、堀田の部屋を訪ねる。だが呼び鈴を鳴らしても応答はなし。この時、古栗は堀田から「殺される 助けて」というメールが届いていた事に気付く。 午前9時頃、小五郎たちはホテルボーイに鍵を開けてもらって部屋に入る。3階からは改修工事の音が響いていた。部屋に入ると、何かが割れる音が聞こえてくる。床には割れた皿やグラスとワインの染み。こぼれたワインを誰かが踏んだスリッパの跡が残り、その跡は奥の寝室まで続いていた。小五郎はベランダから何者かが逃げる人影を目撃。ベッドでは堀田が胸を数ヵ所刺されて絶命していた。 目暮警部は堀田が殺害された402号室にあるワインの事をホテルボーイに訊ねる。ボーイは誰かと会うという堀田からワインの他にグラスとツマミ2人分を頼まれたという。目暮は402号室の部屋の温度が気にかかる。遺体がある寝室は暖房をかけて温かいが、窓が開いていたベランダの方は寒く、部屋に中は温度差があった。コナンは402号室のドアを開けた時、風が通り過ぎた事を思い出す。世良は402号室に入った時の事を訊ね、コナンは部屋に入った時の経緯を詳しく説明する。 この後、コナンはベランダの窓の上の方が気になって調べる。窓枠の上辺りには何かを貼ったようなベタベタした跡が残っていた。世良は窓に何か貼ってあって、ドアを開けたら風で吹き飛ぶように仕掛けてあったと推理する。空気が温かい方から冷たい方に流れる事を利用したのだ。だが、コナンは風だけではうまく剥がれないと考える。たとえ剥がれて吹き飛んでも、その何かはどこかに落ちて残っているはずだった。コナンと世良はトリックの謎を解けずにいたが、犯人は古栗で間違いないと睨んでいた。 小五郎は事件現場のトイレを勝手に使い、目暮に呆れられる。小五郎はセンサーが人を感知して便器のフタが勝手に開いた事に驚く。コナンはそんな小五郎を見て何かに気付き、402号室に入った時の事を思い起こす。コナンは古栗がベランダの真下に車を停めていた理由にも気付き、犯人がどんなトリックを使ったのかを見破る。この後、コナンは小五郎に麻酔銃を発射し、眠りの小五郎の推理ショーを始めようとするが、この時、コナンは蝶ネクタイ型変声機を落とした事に気付いて…。

コナン、光彦、元太が公園でサッカーをしていると、近くの小久保家から小久保衛が悲鳴を上げて出てくる。衛は伯母の小久保直子の自宅を訪ねて直子の遺体を発見したのだ。14時、小五郎と蘭は九官鳥を捕まえて交番に届ける。この九官鳥は小久保家から逃げたナインだった。ナインは足輪とそれに繋がる赤い紐を残し、再び逃げてしまう。この後、駆け付けた目暮警部たちが捜査を開始する。 車イスに乗っていた直子はメイドの矢荻恵美と2人暮らし。毎日13時から14時までは直子が昼寝、恵美が買い物と決まっていたという。この日は2時を過ぎても恵美は戻っていなかった。恵美は母親の病気の治療費がかさむため、給金をあげてほしいと直子に頼んでいたという。衛は児童文学を修行していた身。衛はよく直子にお小遣いをもらいに来ていたという。 衛が遺体を発見したのは13時55分。この時に逃げたナインは口が悪くて有名だった。この後、恵美は戻ってきて直子が殺害された事を知る。恵美は置き去りの赤ん坊を見つけ、通りかかった女の子2人と一緒に母親を探して帰りが遅れたと説明する。そこに小五郎と蘭が古書店主人の狭山陽太郎を連れて現れる。14時20分、捻挫した小五郎は蘭に付き添われて病院へ行き、右腕を三角巾で吊った狭山と偶然知り合う。その時、ナインの話題になり、小五郎は狭山が直子の知り合いとわかって連れて来たのだ。 恵美は直子が珍しい古書を集めていた事を目暮に教える。直子は狭山から古書を買ったが、それは贋物だったらしく、狭山はまだ代金を直子に返していなかった。恵美は13時10分に家を出る時に直子が狭山と電話で話していたと証言する。そして、直子の首に絞殺痕があると判明。凶器は直子が首に巻いていたマフラーだった。犯行時刻は13時10分から13時55分の間。目暮は昔、児童文学を書いていた直子の書斎も調べる。この後、13時10分に携帯で話す狭山を緑台の駅前で目撃したという人物が見つかる。駅から直子の自宅までは歩いて30分の距離だった。 この後、哀と歩美が逃げていたナインを連れて小久保家にやってくる。ナインは子供たちも知ってる有名な九官鳥なのだ。哀は恵美が先ほど一緒に母親を探した人だと気付く。直子の携帯には13時5分から45分まで通話履歴が残っていた。狭山が電話の後、直子の家に行って事件を起こし、それから病院で小五郎に会うのは時間的に不可能だった。衛、恵美、狭山にはアリバイがあったが、目暮は3人の誰かが犯人と考えていた。この後、恵美は勝手口の植木鉢の位置がおかしい事に気付く。その時、ナインが「臭くてたまらん、ひでえ匂いだ」と喋る。コナンは家で臭うものについて訊ね、恵美は地下室に漬物があると教える。コナンは地下室の一部を見て事件の真相に辿り着く…。

コナンは蘭、園子、沖矢と工藤邸を掃除する。この時、ロックミュージシャンの波土禄道の話題になる。波土は17年前に作った曲「アサカ」を新曲として今度のライブでお披露目するという。綴りはASAKAではなくASACAで、コナンと沖矢の脳裏にRUMの事がよぎる。波土のライブ前日、コナン、蘭、沖矢は園子に連れられ、リハーサルを見学に行くが、波土のマネージャーの円城佳苗から中に入れないと言われる。新曲の歌詞はまだ未完成。波土は誰もいない客席を眺めながら1人で歌詞を書いているという。 レコード会社社長の布施億康は今回のライブを最後に波土が引退する事を明かす。そこにスタッフに成りすました雑誌記者の梶谷宏和が現れる。梶谷は新曲のASACAは波土の新しい女の名前で、長年の浮気相手だった佳苗がブチ切れて波土と大ゲンカしたと勘繰る。佳苗は15年も波土に張り付いていて、波土の音楽活動休止を他誌にスッパ抜かれた梶谷を小馬鹿にする。この後、部外者の梶谷は外につまみ出され、園子たちも帰ろうとする。そこに園子にリハーサルを見たいと頼んでいた安室と梓がやってくる。 コナンは梓の言動を不審に思い、変装したベルモットと確信する。この後、消防員たちはが消防検査のために会場に入り、ステージ上で首を吊って絶命した波土を発見。安室は現場の状況から他殺と睨み、複数犯の犯行と推理する。波土が吊るされたロープは座席に結ばれ、ロープには何かをねじ込んだような穴。ステージ袖にはパイプイス、ロープ、工具箱が置かれていた。コナンはステージから客席に伸びているタコ糸に気付く。糸の先には野球ボールが結ばれていた。 この後、目暮警部たちは捜査を始め、沖矢は1人の犯行はほぼ不可能と指摘する。死亡推定時刻の午後4時半から5時半の間に長時間姿が確認できなかったのは布施と佳苗の2人だけだった。布施はお腹を壊してトイレにいたと証言。佳苗はスタッフに指示を出しながらホール内を駆け回っていたという。梶谷がホールに侵入したのは5時20分。姿が確認できなかったのは佳苗が4時半から4時50分、布施が5時から5時15分で、3人の内の誰かと誰かが共謀して波土を殺害するのは時間的に不可能だった。 コナンは野球経験の有無を3人に訊ね、布施はラグビー、佳苗はテニス、梶谷は登山の経験があると答える。学生の頃に野球をやっていたのは波土だった。波土がデビューして売れるまで付き合っていた佳苗。そんな佳苗に横恋慕してフラれたのが布施だった。目暮は波土の携帯がどこにあるかを訊ね、佳苗はいつも胸ポケットに入れていたと教える。それを聞いた安室はスコッチの事を回想する。波土の胸ポケットには「ゴメンな」というメモが入っていて、高木刑事は筆跡鑑定をするために皆に同じ字を書いてもらう。安室は左手で文字を書く沖矢に気付き、スコッチを見捨てた赤井の事を思い出して…。

ライブ会場のステージ上で首を吊った状態で絶命していたミュージシャンの波土。リハーサルを見学しようとしたコナン、蘭、園子、沖矢、安室、梓も現場に居合わせていた。目暮警部はマネージャーの佳苗、レコード会社社長の布施、雑誌記者の梶谷を容疑者と疑う。遺体の胸ポケットから「ゴメンな」というメモが見つけるが、筆跡鑑定の結果、波土自身の字と明らかになる。 目暮は波土が誰かに負い目を感じていて、それが殺害の動機になった可能性が高いと推理する。佳苗は負い目ではないが、波土が自分の親しみにくい顔に引け目を感じていたと証言し、園子と蘭は波土が前よりもソフトな印象になったと感じていた。すると梶谷は波土が高校卒業後に整形したと噂になった事を思い出す。だが、佳苗は波土の整形疑惑を否定。若い頃、佳苗と波土は毎日のように運送業者でバイトしてミュージシャンを続けるお金を稼いでいたらしく、整形する余裕なんてなかったという。 波土が苦労を共にした佳苗を捨てて別の女性と結婚したのは16年前。梶谷は17年前に作曲された「ASACA」を今回発表しようとしていたのには何かあると勘繰る。梶谷は前回のライブ後、波土が「17年間なぜそれを黙っていた？」と布施に食って掛かった事を掴んでいた。布施は「デビューさせた本当の理由は私が佳苗さんに一目惚れして言い寄るためだった」と冗談まりじに話したら波土が予想以上に怒り出し、「本当なら引退する」と言い出した事を打ち明ける。高木刑事はこの話を聞いて、波土が殺害される動機にはならないと判断する。 今回の殺害方法は単独では不可能に近く、誰かと誰かが協力しないと殺害できないが、佳苗、布施、梶谷が姿を見せなかった時間はバラバラだった。梶谷は記事を書くと言って帰ろうとするが、高木は梶谷のカバンを引っ張って制止する。その拍子にカバンが放り投げられ、鑑識官に直撃。証拠品を押収したカバンは落下して中身が出てしまう。コナンは証拠品を拾うのを手伝い、波土の免許証、蘭の足元に並ぶ証拠品のロープを見てハッとなる。目暮は梶谷のカメラを調べる。梶谷は会場に入る波土を隠し撮りし、波土はそれに気付いてカメラを取り上げようとしたらしく、写真にはその様子が写っていた。 この後、明日のライブで演奏する予定だったバンドメンバーの1人が覚せい剤所持の現行犯で逮捕された事が判明する。コナンはある物が片方だけ落ちていなかったかを訊ね、鑑識官は落ちていなかったと答える。続けて、コナンは針金や軍手がなくなっていないかを鑑識官に確認。コナンの推理通り、工具箱から針金と軍手がなくなったという。この後、コナン、安室、沖矢はステージ上のパイプイスに張り付いたある物を発見。コナンたちは事件の真相、犯人が被害者を釣りあげたトリックを見破って…。

コナン、光彦、元太、歩美、灰原は古本の競り市場の外で顔なじみの玉木古書店店主、玉木裕次郎と偶然会う。コナンたちはリアカーで自分の店まで古本を運ぶ裕次郎を手伝う。裕次郎はお礼に皆に1冊ずつ好きな本をプレゼントすると伝える。コナンが本を選んでいると、裕次郎と息子の玉木一朗が言い争う声が聞こえてくる。一朗は経営が苦しい状況なのに新たに古本を仕入れてきた裕次郎に呆れる。 一朗がイライラして本棚の下段を蹴ると、本棚が一朗めがけて倒れてくる。一朗は倒れてくる本棚を手で押さえて事なきを得る。本棚が老朽化してもろくなっていたのだ。一朗は裕次郎に早く店を畳んでほしいと思っていた。後日、コナン、元太、光彦、歩美、灰原は古書店の横にある公園にやってくる。この日、古書店は閉まっていた。公園の奥には本物のSLが展示されていて、11時と15時の1日2回、車輪が動く仕掛けになっているという。コナンたちはサッカーをしながら15時になるのを待つ事に。 14時55分、コナンたちがSLの前にいると、散歩中の一朗が偶然通りかかる。そして15時になると、SLの車輪は動き出し、同時に煙突からは煙が出て、けたたましい汽笛の音も鳴る。コナン、一朗たちは光彦が持ってきたカメラで記念撮影をする。この後、公園を出たコナン、一朗たちは古書店の本棚が将棋倒しになっている事に気付く。店内では裕次郎が本棚の下敷きになって倒れていた。裕次郎は救急車で病院に搬送されるが、命に別状はないという。コナンたちは店内の床に散らばった本を拾っていく。 この時、コナンは床に落ちた柱時計に注目する。柱時計の針は15時で止まっていて、コナンはSLを見ていた時間に本棚が倒れたと察する。老朽化によって起きるべくして起きた今回の事故。コナンは一番端の本棚が倒れて、将棋倒しのように次々と本棚が倒れたと考える。コナンは倒れた全ての本棚の上部に細い一直線上に焦げたような跡がある事に気付く。夕方、コナンたちは病院まで裕次郎のお見舞いに行く。裕次郎は軽い脳震とうで、すぐに退院できるとコナンたちに教える。本当ならあの時間は出張中で店にいる予定じゃなかった裕次郎。財布を忘れて取りに戻った時に事故に巻き込まれたのだ。 裕次郎は今回の事故で店を畳む踏ん切りがついたと打ち明ける。裕次郎はあの店で聞こえてくる汽笛の音に耳を澄ますのが幸せだったと感慨深げになる。光彦は撮ったSLの写真を裕次郎に見せる。コナンはSL前で一朗を含めて皆で記念撮影した1枚の写真に目を留め、連射モードで撮影した他の写真も確認する。この後、コナンたちは一朗が働くカフェテリアを訪ねる。コナンたちが一朗と話していると、一朗の恋人の吉川美知子が現れる。一朗と美知子はカフェを開こうと計画。一朗がこの店で働いているのは資金作りと修行のためだった。コナンは今回の古書店の事故には裏がある事に気付いて…。

小五郎は事務所で連続強盗放火事件を報じるニュースを見ていた。犯人の通称ゾロは押し入った先の住人2人をボウガンで殺害後、火を放って逃走。ゾロはセレブの自宅ばかりを狙う極悪非道の強盗犯だった。コナンは灰原、歩美、元太、光彦と共に海辺にある阿笠博士の知り合いの別荘に遊びに行く。到着後、歩美は庭の植え込みに倒れた伊勢原祐二を発見。伊勢原の腕にはボウガンの矢が刺さっていて、コナンたちはすぐに救急車を手配する。 コナンは庭を調べて1枚の写真を発見する。それは伊勢原と赤ん坊を抱いた女性の写真で、裏には2列の長い英数字が書かれていた。灰原は英数字を見て、IDかパスワードの可能性が高いと考える。コナンはこの写真を診療所にいる伊勢原に渡しに行く。コナンはボウガンという共通点からゾロの事件について聞こうとするが、伊勢原は診療所のベッドで眠っていた。この後、帰ろうとしたコナンは医者に変装したゾロこと溝呂木剛に気付き、咄嗟に伊勢原がいる病室の部屋番号を別の病室のものとすり替える。 伊勢原を殺害しに来た溝呂木だったが、コナンの思惑通りに間違った病室に入る。その時、目暮警部たちがパトカーに乗ってやってくる。コナンは溝呂木を病室に閉じ込めるが、溝呂木は窓から逃走。コナンは伊勢原がゾロの仲間かを高木刑事に質問する。溝呂木は仲間をその都度、金で雇っていて、伊勢原は警察が追っている凄腕ハッカー。目暮たちは伊勢原らしい男が保護されたと聞いて病院にやってきたのだ。この後、伊勢原も病室から消えている事が判明。コナンが枕元に置いていた写真も消えていた。 小五郎と蘭は連絡を受けてコナンたちの元へ向かう。その頃、コナンはスマホで撮影した伊勢原の写真を頼りに山中にある伊勢原の自宅を探していた。歩美、元太、光彦、灰原はそんなコナンを尾行するが、途中で見失ってしまう。コナンは海の近くにある洞窟に迷い込んでしまうが、何とか写真に写っている山荘を発見する。コナンが窓から室内を覗くと、ボウガンを構えた溝呂木とナイフを手にした仲間2人が伊勢原を威嚇していた。強盗に入った時、溝呂木が住人を殺害したため、仲間を抜けると言ってボウガンで撃たれた伊勢原。溝呂木は裏切った伊勢原を始末するためにやってきたのだ。 溝呂木は家族が殺害されるか、自分が自殺するか選べと伊勢原に迫る。その時、コナンは大きな音を立てて溝呂木たちの気を引く。伊勢原は混乱の隙に裏口から逃げ、コナンに先導されて山中へ。コナンと伊勢原は追ってくる溝呂木たちから必死に逃げるが、断崖絶壁に追いつめられる。歩美たちはコナンを見つけて溝呂木たちの後方から様子を見守る。溝呂木はボウガンの矢を伊勢原に向けて放ち、伊勢原は矢をよけようとして足を滑らせる。コナンは伊勢原を抱きとめるが、2人もろとも断崖から落下して…。

コナン、灰原、歩美、元太、光彦は阿笠博士の知り合いの別荘に遊びに行き、ケガをした凄腕ハッカーの伊勢原を発見。伊勢原はゾロと呼ばれる強盗犯、溝呂木の仲間だったが、裏切り者として命を狙われていた。コナンはそんな伊勢原を助けて溝呂木と仲間から逃げるが断崖絶壁に追いつめられる。そして、コナンは足を滑らせた伊勢原を抱きとめるが、そのまま2人とも断崖から落下する。 小五郎、蘭、阿笠は連絡を受けて断崖にやってくる。歩美、元太、光彦、灰原はコナンが落ちた時の状況を目暮警部たちに説明していた。目暮は夜で暗いため、朝一番に海の捜索を開始すると小五郎に伝える。だが、小五郎は今すぐに捜索してほしいと訴え、目暮はすぐに捜索する事を約束する。翌朝、小五郎たちは警察署でコナン発見の連絡を待つ。蘭はコナンなら絶対に大丈夫と自分に言い聞かせるように歩美たちを励ます。だが、捜索開始から3時間が経っても手掛かりはなかった。断崖の下はかなりの水深で流れも速く、落ちた人間はあっという間に沖に流され、遺体が上がるのも稀だという。 3時間半前…。断崖絶壁に追いつめられたコナンと伊勢原。この時、コナンは波間に見え隠れする印象的な形の岩に目を留める。それは洞窟の中から見えた岩だった。この絶壁の真下には洞窟があるのだ。伊勢原と断崖から落下中、コナンはベルトからサッカーボールを噴出。コナンはこのボールをクッションにして伊勢原と共に洞窟内へと転がり込んでいた。コナンは少し離れた物陰から自分の事を心配する小五郎たちの様子を窺う。この後、コナンは足早に去っていく伊勢原を追って山中へ。伊勢原は自首する気がなく、溝呂木に始末される事を恐れていた。コナンはそんな伊勢原に溝呂木を潰す事を勧める。 その頃、溝呂木と仲間は倉庫で次の強盗を計画。溝呂木たちは今夜、貴金属即売会を襲おうとしていた。灰原はコナンを尾行した時に通った海沿いの道を辿り、洞窟を発見する。灰原は洞窟の奥へと入っていき、断崖の真下に洞窟がある事に気付く。ここで灰原がある物を拾った時、スマホにコナンから着信がある。この後、灰原は指示にしたがってコナンと伊勢原がいる廃屋にやってくる。 コナンは心配かけた事を灰原に謝罪。伊勢原の家族の身が危ないため、コナンと伊勢原は絶命したと思わせる必要があったのだ。灰原はコナンに頼まれたノートPCを取り出し、伊勢原はそのノートPCで自分のソフトを立ちあげ、写真の裏に書かれたパスワードを入力。伊勢原は溝呂木がセキュリティーを無力化する操作を始めている事をコナンに教える。溝呂木は貴金属即売会の襲う準備を進めているのだ。この直後、伊勢原はコナンと灰原に隠れるようにもう1列の英数字を素早く打ち込む。コナンは溝呂木の犯行を阻止するため、変声機を使い、阿笠として目暮に連絡をするが…。

戦国武将、織田信長が岐阜に入城して450年目にあたる2017年。コナン、歩美、元太、光彦、灰原、阿笠博士は岐阜市の市内観光を兼ね、その記念イベントを見に来ていた。夕方、コナンたちは宿泊する老舗旅館「長良川温泉 十八楼」を訪れ、阿笠の知人の鵜匠、鳥羽山巌と会う。今回の旅に招待してくれたのは鳥羽山だった。夜、コナンたちは長良川で観覧船に乗り、鵜飼の様子を見学する。 次にコナンたちは光彦が行きたいという長良川公園を訪れ、マスクとコスチュームに身を包んだ5人組の折り紙戦隊、ノブナ・ガイザーのショーを見学する。光彦はご当地ヒーローが大好きだった。ショーの後にはファンとの交流もあり、光彦はノブナ・ガイザー5人と話して感激する。この後、イベント主催者の大藪公房がノブナ・ガイザーを迎えに来る。ノブナ・ガイザーレッドの赤星健吾、ブルーの青戸鉄平、グリーンの緑山浩二、ブラックの黒谷卓郎、ピンクの百地くるみはマスクを脱いで素顔になる。 宿に戻った後、光彦はノブナ・ガイザーにサインしてもらうのを忘れた事に気付き、1人で公園事務所にサインをもらいに行く。元太は光彦の帰りが遅いため、光彦の携帯に電話をかけると、近くから呼び出し音が聞こえてくる。コナンたちは路肩に置かれた光彦のリュックを発見する。中には光彦の携帯とDBバッジが入っていた。この後、コナンたちが公園事務所前に来ると、ちょうどコスチューム姿のノブナ・ガイザーを乗せたワゴン車が出発。公園事務所は暗くて無人になっていた。 岐阜県警捜査一課刑事の松代為吉は光彦の捜索を開始。だが、光彦の行方はわからないまま翌朝になる。松代はノブナ・ガイザーの行方もわからない事をコナンたちに教える。事情を聞こうとしても連絡がつかないという。そんな中、歴史博物館から黄金の瓦や純金の信長像のミニチュアなど、岐阜の宝と言える展示物が奪われる強盗事件が発生。防犯カメラには係員たちを拳銃で脅すノブナ・ガイザーの姿が映っていて、レッドは抵抗する警備員を右拳で殴っていた。そして展示物を奪って勝ち誇ったように決めポーズをするノブナ・ガイザーの5人。コナンはこの防犯カメラの映像を見て何かが引っ掛かる。 この後、乗り捨てられたノブナ・ガイザー専用ワゴン車が発見される。車内には5人分のコスチュームが脱ぎ捨てられ、コナンは車床にある光彦の信長バッチに気付く。光彦は人質になっている可能性が高かった。コナンはレッドのコスチュームの右手の中指の部分が破れている事に注目。タイヤと車体下部には点々と黒くて粘り気のある何かが付着していた。ノブナ・ガイザーの5人は強盗事件の容疑者として指名手配され、コナンたちの前へ通りかかった大藪はとんだ迷惑だと吐き捨てる。コナンは光彦を人質にとった今回の強盗事件の真相に辿り着いて…。

コナンと蘭は平次、和葉に誘われ、静岡の宿里村にやってくる。平次は徳川埋蔵金の手掛かりが出たから発掘を手伝ってほしいという手紙を村長の竹隅殿輔からもらったのだ。コナン、平次たちを迎えた殿輔は村にある朽ちた3階建てのホテルに案内する。殿輔は発掘を手伝ってもらうため、他にも考古学者の丹沢道貴、歴史学者の染地康克、小説家の増子史絵、ルポライターの鶴見肇を村に呼んでいた。 昔、埋蔵金発掘チームの1人が洞窟での発掘中に落盤事故に遭って他界。それ以来、この村の客足はぱったり途絶えてしまったという。この後、コナンたちはホテルの前にある林、その奥にある池の方へ。地面には「林の前に入るな　キケン」という大きな立て札が刺してあった。この時、年老いたゴールデンレトリバー犬がコナンたちの前に現れる。この老犬は亡くなった男性が連れていた犬だった。 夜、コナンが妖怪伝説を追う肇が村に呼ばれた理由を訊ねると、肇は発掘中に落盤事故で他界した外国人シャルル・エイベルの話を始める。息絶える直前、紙に「NUE（鵺）」と書き残したというエイベル。鵺は昔話に出てくる頭は猿、胴は狸、手足は虎、尾は蛇の化け物だった。肇は鵺を見つけるために呼ばれたのだ。この時、ヒィ～ンという不気味な鳴き声が響き渡り、老犬が吠え出す。道貴は鳴き声を聞き、鳥の鵺だと皆に教える。トラツグミという鳥はかつて鵺と呼ばれていたという。 この後、コナンと平次はエイベルが書き残した紙を確認。殿輔はこの紙の破り目とピッタリ合う手帳が見つかったと皆に報告する。手帳には洞窟のどこを掘り進んだかが記されていた。殿輔は明日、この手帳を頼りに洞窟を進み、その様子をビデオカメラで撮影すると皆に伝える。殿輔は埋蔵金の発掘には期待しておらず、村おこしのためのPVを撮影しようと考えているのだ。 皆は明日に備えて寝る事になり、殿輔はそれぞれの部屋に頼まれた物を運ぶと伝える。康克は牛乳とウイスキー、道貴は日本酒とスルメ、史絵は白ワインと炭酸水、肇はコーラとポテトチップスを用意してほしいと殿輔に頼んでいた。コナン、蘭、平次、和葉は2階の自分たちの部屋へ。机の引き出しには古いノートが入っていて、それはエイベルが日本語を練習したノートだった。 この時、平次は外が明るい事に気付く。ホテルの前の立て札付近が燃えているのだ。そして、黒煙の中から2メートルはある獣が出現。獣は立て札に噛みついて引き抜くと身を翻して消えていく。コナンと平次は獣の正体を確かめるため、裏から回って林の方へ。地面には獣の歯型がついた立て札が落ちていた。コナンたちが先に進むと、地面に点々と続く血痕。コナンたちが血痕を追っていくと、そこには絶命した康克がいた。康克の背中には獣に襲われたような爪痕が残っていた…。

コナンと蘭は平次、和葉に誘われ、静岡の宿里村にやってくる。村長の殿輔は徳川埋蔵金の発掘を手伝ってもらうため、平次の他に考古学者の道貴、歴史学者の康克、小説家の史絵、ルポライターの肇を村に呼んでいた。昔、埋蔵金発掘チームの外国人エイベルが落盤事故に遭って他界。エイベルは息絶える直前、紙に「NUE（鵺）」と書き残したという。鵺は昔話に出てくる化け物で、ここは鵺伝説が残る村だった。夜、ホテル前の立て札付近が燃え、黒煙の中から2メートルはある獣が現れる。コナンと平次は獣が消えた林へ行き、絶命した康克を発見。康克の背中には獣に襲われたような爪跡が残っていた。 肇は鵺にやられたと騒ぐが、コナンはいるはずがないと反論する。平次は焼け跡から灯油の臭いがしたと指摘。平次は犯人が康克の背中を刺した後、長い傷を加えて鵺に襲われたように見せかけたと推理する。この後、殿輔は何者かが手紙と共に手帳、現金を送ってきて、道貴、康克、史絵、肇を呼べば、埋蔵金伝説が再び盛り上がると助言してきた事を告白。送り主はホテルと部屋まで指定してきたという。 蘭と和葉はエイベルが使用していた部屋を怖がり、道貴がその部屋に泊まると申し出る。皆は警察が来るまで各自部屋で待機し、コナンと平次、殿輔は林の所から見張る事に。コナンはホテル前の木は全て先が尖っているのに1本だけ丸く刈られている事を不思議に思い、平次は燃えた布が巻き付いた木を発見する。この後、再び不気味な鳴き声が響き渡り、コナンたちがいる草むらのあちこちから3人を囲むように炎が燃え上がる。その直後、ホテル3階左端の道貴がいる部屋から叫び声が聞こえてくる。 コナンたちは合鍵で部屋に入り、絶命した道貴を発見。道貴の顎の下には蛇に噛まれたような2つの傷が残っていた。道貴は密室で殺害されたのだ。コナンたちは駆け付けた静岡県警の横溝参悟警部にこれまでの状況を教える。殿輔は2回目に火がついた時、雨水が頬にかかり、同時に炭酸のフタを開けたような音がしたと証言。コナンは焼け跡に丸くて白い塊が無数落ちている事に気付く。コナンと平次はこの白い塊は火がつくと推測。残りの謎は化け物のカラクリと密室の毒殺トリックだけとなる。 コナンは道貴の部屋の真下の部屋にいた史絵を怪しいと疑う。毒針の付いた長い棒があれば犯行は可能だが、史絵は長い棒のような物を持っていなかった。道貴の部屋の横の部屋だったのは肇。窓と窓は10メートルくらい離れていたが、毒の吹き矢があれば犯行は不可能ではないと思われたが…。コナンは横から顎の下に刺す事は不可能と考える。この後、コナンと平次は蘭と和葉が世話をする老犬に目を留め、最初に鵺の鳴き声がした時、老犬が吠えていた事を思い出す。だが、老犬は化け物が現れた時は吠えていなかった。コナンたちはこの事実から事件の真相に辿り着いて…。

コナン、蘭、平次、和葉は徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってくる。昔、埋蔵金発掘チームの外国人エイベルが落盤事故に遭って他界。エイベルは息絶える直前、紙に「NUE（鵺）」と書き残したという。鵺は昔話に出てくる化け物で、ここは鵺伝説が残る村だった。 村長の殿輔は発掘を手伝ってもらうため、平次たちの他に考古学者の道貴、歴史学者の康克、小説家の史絵、ルポライターの肇を村に呼んでいたが、鵺に襲われたような傷跡を残して康克、道貴が殺害される。コナンと平次は徐々に事件の核心へと迫り、残りの謎は化け物のカラクリと密室の毒殺トリックだけとなる。そして、コナンたちはこの2つの謎も解き、事件の真相に辿り着く。 コナンと平次は犯人のトリックを再現するため、蘭と和葉に必要なものを集めてほしいと頼む。そして、蘭たちはシーツ3枚、デッキブラシ、モップ、工具箱、スプレー缶、油性ペン、ソーイングセット、接着剤、ナイフを用意。この時、和葉は移った部屋にあった机の引き出しに古い写真が入っていた事を平次に伝える。それは16年前の埋蔵金発掘チームの写真だった。写真にはヘルメット姿の5人が写っていて、蘭は写真の中央にいる外国人がどこか肇に似ていると感じる。 和葉は何をやろうとしているのかを訊ね、コナンと平次はあの化け物をもう一度呼び出すと伝える。夜が明けるとトリックの再現は難しく、コナンたちは急いで準備に取り掛かる。朝4時、平次は鵺の正体がわかったと言って蘭、和葉、史絵、肇、殿輔、横溝警部をホテルの玄関前に集める。 この後、化け物が現れた時と同じように立て札が燃え出し、不気味な鳴き声が響き渡る。鳴き声はどんどん近づき、化け物が皆の前に現れる。化け物は大きく口を開けて吠え、和葉は姿を見せない平次に助けを求める。コナンと平次は皆の前に現れ、化け物の正体や康克、道貴の殺害トリック、誰が犯人なのかを暴いていく。今回の連続殺人事件は16年前の埋蔵金発掘チームの事故が関係していた…。

小五郎は不思議な仏像の謎を解くため、コナンと蘭を連れて山梨の山里にある方斗寺にやってくる。依頼したのは住職の福原栄鏡の妻、昌子と娘の由佳。本堂にある十一面観音は誰も触っていないのに勝手に横や後ろを向く事があり、仏像がそうなった後は必ず悪い事が起きるという。小五郎が仏像を見に行くと、仏像は後ろを向いていた。昌子と由佳はまた悪い事が起きるかもしれないと不安になる。 小五郎たちは本堂から繋がる福原家の母屋へ行き、栄鏡と息子の栄全の言い争いに遭遇する。栄鏡は檀家のお金を盗んだ栄全を非難。栄全は返せばいいんだろと悪態をついて去っていく。栄鏡の跡を継ぐために本山へ修行に行ったが、一ヵ月経たない内に逃げ出した栄全。以来、栄全は仕事もせずに悪い仲間と遊び歩いているという。この後、由佳は寺で修業する和田順光をコナンたちに紹介する。 夜、コナンたちが食事をしていると、栄鏡がやってくる。栄鏡は仏像を調べに来た小五郎の事を快く思っていなかった。栄鏡はお前たちの結婚式は6月にしたと由佳と順光に伝えて去っていく。コナンと昌子が食後に大福を食べていると、ゴーンと鐘の音が響く。由佳は本堂でお勤めしている栄鏡が戻ってこない事を心配して様子を見に行く。この後、本堂から由佳の悲鳴が聞こえてくる。コナンたちが駆け付けると、本尊前に座った栄鏡は向机に突っ伏して絶命。首筋にはナイフが突き刺さっていた。 コナンは向机の左側にある5センチ程の押された跡に目を留める。その跡の中程には小さな切り傷があった。さらにコナンは上を見上げ、装飾が施された黄金色に輝く天蓋の左側に何か付いている事に気付く。現場に到着した山梨県警の下川刑事、林刑事は捜査を始め、由佳は午後8時の鐘が鳴るまで全員揃っていたと証言。小五郎は外部から侵入した者の犯行と考えるが、鑑識官が調べても何者かが外部から侵入した痕跡はなかった。コナンは鑑識官に頼み、天蓋を調べてもらう。天蓋の左の内側にはセロハンテープが付いていた。この後、外出していた栄全が帰宅。栄全は栄鏡が殺害されたと知って驚く。 小五郎は栄鏡と言い争っていた栄全を犯人と疑う。だが、栄全はホステスの桜井マナミと会っていたと無実を訴える。コナンは本堂の横にある鐘楼を調べ、走り去るタヌキを目撃する。タヌキは近くの藪に住んでいて、昌子は夜になると餌をあげているという。この後、自動鐘つき機が作動して撞木が鐘をつく。続いて、コナンは藪の道へ行き、長くて細い糸を発見。糸の端には半分かじられたサラミが結びつけてあり、もう一方は藪の中に消えていた。コナンはこの糸を見て事件の真相に辿り着く。コナンはこの糸の事を小五郎に教え、小五郎は犯人が使ったトリックに気付く。小五郎は順光を犯人と特定し、観念した順光は自分が犯人と認めるが…。コナンはある事が引っかかって…。

小五郎、コナン、蘭は社長の久須美境一に案内され、ロボットを作る久須美工機の工場内を見学する。コナンたちが2階の研究室に入ると、ネズミ型のロボットが出現。このネズミロボは社員の谷崎赳志が作ったものだった。社員の堀内史華と一色和臣はハイテク技術を駆使して悪戯グッズを作った谷崎を小馬鹿にする。この後、小五郎たちは3階の社長室へ移動。実は明星テクニクスにパーツを横流ししている社員がいて、小五郎は久須美から犯人の特定を依頼されていたのだ。 小五郎は谷崎が犯人だと久須美に報告し、谷崎が明星テクニクスの牧田と会っていた事を教える。夜、小五郎、コナン、蘭は情報漏洩犯を現行犯逮捕するため、工場1階に身を潜めて様子を窺う。明日は明星テクニクスで重要なプレゼンがある日。盗難は決まってプレゼンの前夜に行われていて、小五郎は犯人が今夜動くと考えていた。その時、階上からドン、ドンと音がする。小五郎は聞き耳を立てるが、それきり音はしなくなる。この後、ガスの臭いが漂ってきて、警報がけたたましく鳴り響く。 コナンたちが2階に上がると、廊下に堀内の姿。ガス漏れした物置き部屋のドアは内から鍵がかかっていた。そこに3階から久須美、1階から一色がやってくる。屈強な一色はドアに体当たりして部屋の中へ。部屋の窓の横にある給湯器の所では谷崎がうつ伏せの状態で絶命していた。久須美はドアを開け、コナンは久須美の足元に転がるネズミロボに目を留める。給湯器のガス管は折れていて、テープか布で塞ぐ事に。コナンは谷崎の作業着の背中に錆が付着している事に気付く。床には擦ったような直線の足跡があり、その先にある給湯器の一部は錆付き、給湯器の上の換気扇には血痕が付いていた。 この後、目暮警部、高木刑事たちが現場に到着。谷崎の死因はガス中毒ではなく、窒息死と判明する。遺体の首には絞められた痕、手のひらにはロープの痕が残っていた。窓の下の植え込みからは10メートル程のロープが発見される。このロープが凶器の可能性が高かった。小五郎は警報が鳴る前に争う音がしたと目暮に教える。谷崎の服のポケットからロボットのパーツが発見され、小五郎は盗もうとしたパーツと判断。小五郎は谷崎が外部の人間を工場に招き入れ、トラブルになって殺害されたと推理する。 目暮は事件当時のアリバイを確認。久須美は3階の社長室にいたと証言。堀内は2階の研究室にいて、一色は退社後、忘れ物に気付いて工場に戻ったところだったという。コナンは外に出て工場の裏手に回り、2階の窓と換気扇、3階の窓を確認する。そして、コナンは2階の窓から下に向かって黒い汚れがある事に気付く。コナンは物置き部屋に戻り、窓を開けて黒い汚れを調べる。続いて、コナンは研究室でロボットの設計図を見て全ての謎を解く。谷崎を殺害した犯人はネズミロボが知っていた…。

目出し帽に赤いポロシャツ、ジーパン姿の鳥丸真也は奥米花の山の中腹にある大きな家で引き出しを漁り、記念コインを見つける。この時、傍らで気絶していた家主の老女、甲田由が目を覚まして泥棒と声を上げる。慌てた鳥丸は由の後頭部を殴り、再び気絶させて逃走する。山道を逃げる鳥丸は前方にいた元太を払い倒し、路面に頭を打った元太は起き上がって鳥丸を追いかける。この後、鳥丸は角を曲がった所で権野太郎に激突。2人は傍らの崖を転げ落ち、元太は2人に気付かずに駆け抜けていく。 元太は男を探し出すため、コナン、光彦、歩美、灰原に協力を求める。コナンたちは元太を突き飛ばした名無しの権兵衛をゴン太と呼ぶ事に。崖下で目を覚ました鳥丸は気絶した権野を見て名案を思い付く。鳥丸は自分より一回り小さい権野の服に着替え、代わりに権野に自分の服を着させる。鳥丸は権野を犯人に仕立て上げようと企んだのだ。高木刑事と千葉刑事は由の家に入った強盗の行方を追っていた。 高木たちはコナンたちと偶然会い、赤いポロシャツ、ジーパン姿の不審な男を見なかったかと訊ねる。犯人の特徴を聞いた元太はゴン太が強盗犯だと気付く。その頃、崖下の権野は意識を取り戻すが、頭を打って記憶を失っていた。権野は奥米花駅の方へ行き、記憶喪失になったと巡査に声をかける。巡査は権野の服を見て強盗犯と勘違い。権野は身に覚えがなかったが逃走し、この時、公務執行妨害罪、住居侵入罪など、色々な罪を犯す事に。コナンは巡査から話を聞き、権野の記憶喪失の原因が気になる。 この後、コナンたちが由の家へ行くと、目暮警部が由から話を聞いていた。目暮は痕跡から強盗は2人組と考えるが、由は1人だったと証言する。高木は野次馬の中にいる氏原益蔵に気付く。氏原は借金が返せないと脅して悪事を働かせるという黒い噂がある金融業者だった。コナンたちはゴン太の足取りを辿り、崖で人が転げ落ちた跡に気付く。コナンは崖下の痕跡から、曲がり角でゴン太ともう1人が激突し、2人とも崖下に転落したと推理する。コナンは巻き添えになった人が警察に被害届を出していない点、逃げるゴン太の服のサイズが合っていなかった事から、権野とぶつかった方が強盗犯だと考える。 コナンたちは真犯人Xを見つけるため、事件の黒幕の可能性が高い氏原に会いに行く。氏原金融があるのは米花駅前の雑居ビル。コナンはビル入口付近を清掃する清掃員の鳥丸が元太を見て表情を強張らせた事に気付き、鳥丸の顔や腕にある擦り傷に注目する。コナンたちはビルに入り、氏原を問い詰めに来た高木と会う。高木が権野の似顔絵を見せると、氏原は一瞬動揺するが、知らないと言い張る。光彦、元太、歩美は高木を廊下に引きずり出し、権野は巻き添えになった可哀そうな人だと説明。コナンは権野の似顔絵を見た時の氏原の反応、目暮の言葉を思い出し、この事件の真相に辿り着く…。

コナンは蘭、園子、世良と共にデパートの水着売場にやってくる。蘭たちは水着を試着して大はしゃぎし、コナンは世良の水着姿を見て何かを思い出しそうになる。この後も蘭たちは水着の試着を繰り返し、コナンは玩具売り場へ行くと言ってその場を離れる。コナンが婦人服売場「シムサ」の前を通りかかると、客の二塚朝世が婦人服店員の南部玲亜と興奮気味に話しかけていた。 先週、この店の試着室で倒れ、医務室に運ばれた二塚。倒れた原因は犬アレルギーらしく、二塚は自分の前に試着室を使った犬の毛まみれだった客を探している事を南部に伝える。二塚が高飛車で、目つきが悪く、ド派手なネイルをしていたと客の特徴を説明していると、そこに女社長の指原律子が部下の八卷彩実を連れてやってくる。指原はその客は自分だと名乗り出て、二塚と険悪な雰囲気になる。 指原は二塚を小馬鹿にしたような発言を繰り返し、八卷は言い過ぎだと指原をなだめようとする。すると、指原は八卷が意見した事に憤慨。指原は借金を肩代わりし、自分の会社に入れてあげた恩を忘れたのかと八卷に言い放つ。南部は試着室は3つあるので、使う部屋を決めれば良いと提案。デパートの社長と知り合いという指原は私に指図する目障りな娘をクビにしてとに伝えておくと言って南部を不安にさせる。この後、指原は海外のパーティーで着る服を選び、コナンは関わらないようにその場を去る。 コナンが「シムサ」での話を蘭たちにすると、世良と園子が興味を持ち、様子を見に行く事になる。その時、「シムサ」から悲鳴が聞こえてくる。コナンたちが駆け付けると、人が亡くなっていると騒ぎになっていた。試着室は3つあり、右側に二塚、左側に八卷、中央の試着室の前に南部の姿。コナンたちが中央のカーテンを開けると、首にロープを巻かれた指原が絶命していて、首には吉川線が残っていた。 コナンは指原が不自然に左手を懐に入れている事に注目。懐から左手を出すと、左手は親指と人差し指が立っていて、隣を指差している形になっていた。コナンは遺体の右手が親指を握り込んでいる事にも気付く。指原のネイルした親指の爪先には口紅が付着していた。 この後、目暮警部、高木刑事たちが捜査を開始する。死因は頸部圧迫による窒息死。遺体の第一発見者は南部だった。右側の試着室にいた二塚は自分の前に誰かが試着室を使っていたと証言。試着室の前に白いサンダルが脱いであったという。だが、他の客は関わりたくないと帰っていて、手掛かりは遺体の右手と左手に残ったダイイングメッセージだけだった。遺体発見時、左手が差していたのは八卷がいた左側の更衣室。左手の指が数字の2を示していれば二塚、拳銃のニューナンブを示していれば南部が犯人というメッセージだったが…。右手のメッセージが何を伝えようとしているかは謎だった…。

コナンと蘭、園子、世良が訪れたデパートで女社長の指原が何者かに絞殺される事件が発生。現場は婦人服売場にある真ん中の試着室で、指原は左手と右手にダイイングメッセージを残していた。店員の南部、客の二塚、指原の部下の八卷が容疑者として浮上。試着室は3つあり、右側に二塚、左側に八卷がいて、第一発見者は南部だった。二塚が入る前、右側の試着室前には白いサンダルがあったという。 目暮警部は南部、二塚、八卷を事情聴取する。目暮は試着室に入った順番を南部に確認。八卷、指原、二塚の順番で、八卷が左側の試着室に入る時にはすでに右側の試着室の前に白いサンダルが脱いであったという。世良は靴について南部に訊ね、南部は履いている黒いパンプスの他に通勤用の白いスニーカーがあると答える。次に高木刑事はカバンの中にあった箱について八卷に質問。八卷は指原の会社の新商品の香水と説明する。八卷は指原に指示され、デパートの社長にこの香水を渡すつもりだったという。 コナンは二塚が持っていた茶色いケースのようなモノについて訊ね、二塚は携帯用スリッパと答える。二塚がケースを取り、折り畳みスリッパにすると、コナンと世良はそれを見て何かに気付く。目暮はこのスリッパをうまく細工して白いサンダルに見せたと疑うが、二塚は形が全然違うと否定する。この後、鑑識官が試着室近くのゴミ箱からハサミ、セロハンテープのクズ、ストローとその切れ端を発見する。 コナンと世良は犯人の目星をつけるが、犯人が被害者に騒がれずに試着室に入った方法がわからずにいた。園子は被害者がフェイスカバーを付けていたと推理する。化粧が売り物の服につかないように被る使い捨てのフェイスカバー。これを被ると周りが見えづらくなるため、試着室に入る前に店員が渡す時もあれば、試着室に置いてある時もあるという。コナンと世良は蘭と園子からフェイスカバーの話を聞いて、犯人が使ったトリックを見破る。この後、コナンと世良は犯人が騒がれずに被害者を殺害したトリック、被害者が残したダイイングメッセージの意味などを暴いて犯人を追い込んでいく…。

コナン、元太、光彦、歩美はキャンプにやってくる。コナンたちが灯台を見に行くと、急に土砂降りになり、近くにある大きな洋館で雨宿りさせてもらう。コナンたちはお手伝いの中年夫婦、吉本三郎、吉本ハナからタオルを借りて体を拭く。三郎はこの屋敷にいても良い事がないから、雨が上がったら帰った方が良いと忠告。家主である元社長の太田黒信輝はこの洋館に黄色がかった白い色の幽霊が出ると話しているという。その直後、2階の壁をサ～ッと黄色っぽい光が走る。 この後、コナンたちの前に居候の雨宮秀人が現れる。秀人は大学で化学を研究していて、叔父が家主の太田黒だった。太田黒が50年前に建てられたこの洋館を購入したのは5年前。太田黒がお化けが出ると言い出したのは約半月前から。2カ月前に妻の太田黒智恵子が他界し、太田黒は智恵子が霊になって訪ねてくると話しているという。足が悪くて車椅子に乗っていた智恵子。海岸に絵を描きに行った時、智恵子は3メートル程の崖下に落下して事故死したという。 コナンたちは太田黒、秀人とテーブルを囲み、夕飯をご馳走になる。コナンは智恵子の幽霊について訊ね、太田黒は夜10時頃に黄色い光が現れ、それが徐々に智恵子の姿になり、声も聞こえると答える。この後、太田黒は部屋に戻り、秀人は庭の実験室へ。去り際、秀人は部屋の薬品戸棚の前でビーカーを割ったので掃除してほしいとハナに頼む。コナンは光彦たちに促され、少年探偵団として、幽霊の謎を解明する事に。コナンたちが階段の下に来ると、2階の廊下にあった車椅子が音もなくスーッと動く。 コナンたちは2階に上がり、太田黒の部屋の前にやってくる。部屋からはぼそぼそと太田黒と女性の声が聞こえてくる。そして、勝手に開いたドアの隙間から中を覗くコナンたち。暗い部屋ではぼんやりした黄色い光がフワフワと動いていた。コナンたちは悲鳴を上げて逃げ出し、食堂にいる三郎とハナに幽霊が出たと教える。ハナをそれを聞いて激しく動揺する。元太、光彦、歩美が部屋で怯える中、コナンは玄関ホールへ行き、掃除機を持ったハナが秀人の部屋に入るのを見かける。 コナンは2階に上がり、勝手に動いた車椅子を調べ、ブレーキをかけてもタイヤが回る事に気付く。今度は背後の壁を見るコナン。そこは他の板壁とは違い、木製の格子を張った扉になっていた。取っ手を引っ張ると簡単に開き、コナンは幽霊騒動や智恵子の事故死の真相に近づく。コナンはハナが秀人の部屋を出た後、部屋の様子を見に行く。この後、コナンたちは太田黒、秀人と共に食堂で飲み物を飲む。この時、太田黒は紅茶を飲み、グフッと手で口を押える。コナンは太田黒の紅茶に何かを入れた犯人を見破り、智恵子の事故の真相や幽霊が現れた謎などを解き明かしていく…。

コナンは蘭、園子、世良と国によって指を使った数の数え方が違うという話題を話す。この時、コナンは世良の発言を聞いて、過去の発言も思い返してみる。そして、コナンは世良が隠している留学先はイギリスと推理。この後、コナンは10年前の幼い工藤新一だった頃の記憶が次々に蘇ってくる。 10年前、渡米中の大学生、赤井秀一は一時帰国し、弟の羽田秀吉、妹の世良真純、母親のメアリーと海水浴に来ていた。秀一は秀吉と7年ぶりの再会、幼い真純とは初対面だった。秀一はメアリーと喧嘩になり、右目の下に痣を作っていた。この後、真純は全く笑わない秀一の笑顔が見たいと思い、あの手この手を使って秀一を笑わせようとする。真純は鼻や大きく広げた口いっぱいにフライドポテトを詰めるが、秀一は食べ物で遊ぶなと笑わずに注意する。そこに水着姿の工藤有希子がやってくる。 有希子は息子の新一と友達の蘭を捜していた。有希子はここに新一たちがいないとわかると、他の場所に捜しに行く。その直後、秀一たちの前に新一が現れる。新一は「バレバレだよ」と声をかけ、秀一をピエロだと推理する。新一がピエロと推理した理由を教えると、秀一は声を出して大笑いする。真純は笑わない秀一が笑った事に驚く。秀一は新一の推理がなかなか鋭い事を認めつつ、ピエロではない事を伝え、推理のミスを指摘する。秀一は何者かと訊ね、新一はシャーロックホームズの弟子だと答える。 そこに新一を捜していた蘭が現れる。蘭はまたホームズごっこをしていると呆れるが、新一はごっこじゃなく、名探偵になるための修行だと怒る。その時、屈強な男たちが新一を探してやってくる。新一は男たちが料理にハエを入れ、料金を踏み倒そうとした事を暴露。男たちは新一を逆恨みしたのだ。秀一は新一に乱暴しようとする男たちを追い返し、妹の真純の友達になってほしいと新一と蘭に頼む。 この後、車がガードレールをぶち破り、崖から海へと突っ込んでいく。秀一は海に飛び込み、沈む車の運転席から男を救出しようとするが、男は首が折れて即死の状態だった。秀一は後部座席にあるバッグに値札が付いた大量のブランド品の腕時計が入っている事に気付く。腕時計は全て10時10分を指していた。助手席のサイドウィンドウは開いていて、秀一は同乗者がいたと察する。 海から上がった秀一は海水浴客に紛れ込んだ可能性が高い同乗者を捜す事に。秀一は、ずぶ濡れで海の家にTシャツを買いに来た客がいないか調べてほしいと新一に頼み、蘭や真純にも別の指示を与える。新一は海の家の店員に聞き込みをし、店員は2、3人の客がTシャツを買いに来たが、顔まではわからないと答える。その時、海の家にいた秀吉はその客3人の顔を覚えていると名乗り出る。その頃、秀一は駆け付けた刑事と話をしていた。秀一は車に乗っていた人たちが何者かに気付いていた…。

10年前、幼い工藤新一はひょんな事から海水浴に来ていた赤井秀一と弟の羽田秀吉、妹の世良真純、母親のメアリーと知り合う。この後、車が崖から海に落ちる事故が発生。秀一は海に沈む車から男を助けようとするが男は即死していた。この時、秀一は車内のバッグに値札が付いた大量のブランド品の腕時計が入っている事に気付く。腕時計は全て10時10分を指していた。秀一はこの車が事件に絡んでいると睨み、新一たちと共に海水浴客に紛れ込んだもう1人の乗客を捜す。 秀一は海に沈んだ車に同乗者がいた事を刑事に伝え、この近辺の時計を扱う店で強盗事件はなかったかと訊ねる。刑事が1時間くらい前に時計店に2人組の強盗が入ったと答えると、秀一は大量のブランド品の腕時計が入ったバッグの事を報告。秀一は事故を起こした車に乗っていた2人が強盗犯と考えていた。この後、新一と秀吉は車が落ちた後に海の家にTシャツを買いに来た3人の客を連れて来る。 1人目はTシャツ、海パンに腕時計をした福水繁克。太った福水は濡れた着衣を持っていた。2人目はTシャツの裾を前で絞り、パレオを身に着けた北森靖絵。ビーチサンダルを履いた北森も腕時計をしていた。3人目は星マークが付いたアロハシャツを着た大網頼哉。細身の大網は両腕に腕時計をはめていた。福水はTシャツと海パン、北森はビーチサンダル、大網はアロハシャツを海の家で購入したという。 刑事は3人から話を聞く事に。福水はゴムボートの上で彼女から結婚話を切り出され、煮え切らない態度をとったら海に落とされたと証言する。福水は服が濡れたためTシャツと海パンを購入し、怒った彼女は帰った可能性が高いという。北森は男漁りのために海に来たが、ビーチサンダルの鼻緒が切れたので、新しいのを購入したと証言。北森は財布だけ持ち、タクシーに乗って海まで来たという。大網はひと泳ぎしてシャワーを浴びている時に置き引きに遭ったと証言。バッグを盗まれ、仕方なくアロハシャツを買ったという。刑事は2つの腕時計について訊ね、大網は日本とNYの時間だと答える。 誰が強盗犯の仲間か知りたい工藤有希子はホテルにいる工藤優作に電話をして事情を説明する。優作は有希子が送ってきた容疑者3人の写真を見ただけで犯人の見当をつける。秀一もすでに3人の証言を聞いて誰が強盗犯の仲間かを見破っていた。有希子は一応3人の詳しい情報も優作に伝え、話を聞いた優作は写真を見て疑った人物が強盗犯で間違いないと確信する。この後、秀一は強盗犯の仲間を名指しし、事件を解決へと導く…。

毛利探偵事務所に宅配便が届く。入っていたのはゲラ刷りの立体絵本「チクタクじいじとみっつのとけい」とピンクのスマホだった。この時、テレビからニュースが流れ、先月閉店したパチンコ店「サンドキャッスル」が爆破された事が報じられる。コナンは砂の城を意味する店名を聞いてピンとくる。絵本に「ひとつめのとけいは、すなのおしろにとどけよう」と書かれていたのだ。コナンはこの絵本の内容と実際の爆破事件は何か関係があると推理する。 次のページには「ふたつめのとけいの届け先はなぞなぞだ。バス停で客が5人待っている。そこへ来たバスには客が3人乗っている。次のバス停で2人降り、また1人が乗った。次は終点、行き止まり。乗っているのは、さて何人？」と書かれ、答えのページは破られていた。その時、ピンクのスマホに「あと60分。8丁目？それとも3丁目？さて、爆弾はどっちでしょう？」という爆破予告のメールが届く。なぞなぞの引っ掛けに気付いたコナンは答えは3人と考え、爆弾は3丁目のバス停にあると推理する。 コナンたちは目暮警部らと3丁目のバス停で爆弾の捜索を開始。この時、目暮は犯人を爆弾魔、蛭川卓司と特定した事を明かす。5年前に爆弾事件を起こし、海外に逃亡した蛭川は密かに帰国していたらしく、パチンコ店の爆発現場から指紋が検出されたという。そこに出版社編集長の朝永博之が現れ、3日前に蛭川が「弟の遺品だから」と絵本を強引に奪った事を告白。絵本の作者、いまいけんいちは蛭川の腹違いの弟だった。いまいは新人絵本コンクールのグランプリ候補だったが、兄である蛭川の犯罪歴を暴露されてノミネート辞退を余儀なくされ、その直後に体調を崩して病死。ネットでは犯罪歴を暴いたのは探偵と噂になり、探偵を恨んだ蛭川は有名な探偵の小五郎を勝手に選んで事件に巻き込んだのだ。 警官はごみかごから時限爆弾を発見するが、その直後、ピンクのスマホに「走れ、走れ、名探偵！かけっこに勝ったのはどっち？ゴールのこうえんにとどけよう」というメールが届く。爆破時刻までは20分。走って20分以内に行ける青空噴水公園、フラワーガーデン・イソベ、金松公園の3つに答えは絞られる。コナンは引っ掛けに騙されず、正解の金松公園へ行って爆弾を発見。だが、タイマーは止まらず、爆破時刻が迫る。その時、小五郎は修理中のイソップ童話「ウサギとカメ」のオブジェに気付く。近くのマンホールのフタはズレていて、小五郎はそこに爆弾を投げ込む。小五郎たちは伏せて爆発に備えるが爆発は起こらない。小五郎は爆発せずに一安心するが、コナンは何かが引っ掛かっていた。ここで再びピンクのスマホに「ゲームはまだ終わらない」という次の爆破を示唆するメールが届く。蘭が絵本のページをめくると、そこには「さいごのとけいは、7のまんなかにとどけよう」と書かれていた…。

毛利探偵事務所に立体絵本「チクタクじいじとみっつのとけい」とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状だった。犯人は病死した絵本作者の腹違いの兄で、爆弾製造の前科がある蛭川だった。蛭川は探偵を恨んでいて、有名な探偵の小五郎を事件に巻き込んだのだ。爆弾を仕掛けた場所はなぞなぞになっていて、コナンは小五郎、目暮警部、出版社編集長の朝永らと爆弾を捜索。小五郎は2つ目の爆弾をマンホールに投げ込み、何とか爆発を回避するが、コナンは何かが引っ掛かっていた。 この後、ピンクのスマホに「ゲームはまだ終わらない」と次の爆破を示唆するメールが届く。絵本には「さいごのとけいは、7のまんなかにとどけよう」と書かれていた。なぞなぞの答えのページは破られていて、小五郎は答えを覚えていないか朝永に確認する。朝永は答えを知らなかったが、100％ハッピーエンドじゃないラストは覚えていると明かす。実は重い病気だったチクタクじいじが他界するという結末で、十年後、孫息子が跡を継いで立派な時計職人になったというエピローグが救いだという。 小五郎はこのラストは爆弾の手掛かりにならないと判断。コナンたちは7で表すものとその真ん中とは何かを考える。1週間なら木曜日、虹なら緑色、音階ならファだが、小五郎は対象が多すぎると頭を抱える。7の真ん中を表す木、緑、ファと関係する場所は数えきれない程あるが、目暮は諦めず、警視庁をあげて総動員で爆弾を捜索すると捜査方針を決める。この後、朝永は編集会議があると目暮に伝えてその場を去り、警察官たちは総動員で木、緑、ファがつく場所、会社、学校、施設の捜索に取り掛かる。 コナンはこれまではなぞなぞを使いながら、ちゃんと答えが1つに限定されていたのに今回は違う事が引っ掛かる。コナンは小五郎がマンホールに投げ込んで爆発しなかった爆弾の事も気になっていた。3つ目の爆弾の捜索に警察官を総動員しているため、この不発弾の捜索は中断されていた。この後、コナンは蛭川の本当の狙いは別にあると推理。コナンはこの推理が正しいかを確かめるため、蛭川の過去の犯行について目暮に訊ねる。過去に蛭川は金融機関の金庫を爆破したり、現金輸送車を爆破したりして、多額の現金を奪っていた。コナンは恨みが動機と思われる今回の犯行には裏があると確信する。 この後、3ヶ所から3つの時限爆弾が発見される。その頃、ある通りでは警官が現金輸送車を停車させていた。警官は変装した蛭川だった。蛭川が発信機のスイッチをオンにすると2つ目の爆弾が爆発。爆風のあおりを食って現金輸送車は横転する。2つ目の爆弾は下水道を流れて現金輸送車の下辺りにあったのだ。発見された3つの爆弾は爆発せずにダミーと判明。最初から蛭川の狙いは混乱に乗じて現金輸送車を襲う事だったのだ。この後、匿名の110番通報があり、蛭川のアジトが発見されるが…。

大阪からやってきた平次と和葉は毛利探偵事務所を訪れ、錦座のイルミネーションを一緒に見に行こうと蘭とコナンを誘う。蘭と和葉が夕飯の仕度をしてから見に行く事になり、コナンと平次は時間をつぶすため、下の喫茶ポアロへ行く。コナンと平次、店員の安室が話をしていると、見知らぬ男性客が話に入ってくる。この後、コナンたちの隣の席を予約していた米花大学の大積明輔が来店する。 ソファ席にカバンを置いた後、大積は演劇サークルの仲間が来たら、先に始めるように伝えてほしいと店員の榎本梓に頼んでトイレへ行く。大積はお腹の調子が良くないという。間もなく、大積の仲間の山下唯、安斉典悟も来店。唯と大積は交際していて、唯と安斉は幼馴染みだった。安斉は大積がいないのを良い事に唯を抱き寄せる。唯はあの事は絶対に内緒にしてほしいと安斉に頼む。そこに仲間の永塚稔が遅れてやってくる。永塚は唯にちょっかいを出す安斉を快く思っていなかった。昨年、ポアロをモデルにした舞台をやった唯たち。セットを作るためにテーブルやイスの寸法まで測ったという。 この日は唯の誕生日会で、皆は唯のために作ったバースデー動画を見せ合う事に。安斉がノートPCのプラグをコンセントに差し込むと、火花が飛び散って店内が暗くなる。暗闇の中、梓はブレーカーを上げに行く。スイッチを入れると店内は明るくなり、大積もトイレから出てくる。コナンたちは店内を見て絶句する。床には背中を刺された安斉が倒れていて、その傍には凶器の長い刺身包丁が落ちていた。 安斉はまだ息があり、安室は救急車と警察を手配する。平次は犯人の手や袖口に返り血が付いていると推理するが、唯、大積、永塚、先ほど話した男性客の手に血は付いていなかった。事件を知らない和葉と蘭は先に2人でイルミネーションを見に行く事に。この後、目暮警部たちは捜査を開始。ショートの原因はプラグに巻かれていた細い針金と判明する。安斉は敵が多いタイプだが、代議士の父親が手を回して揉め事を丸く収めていたという。目暮はトイレにいた大積は返り血を洗い流せたと疑うが、安室は大積が停電までトイレから出てこなかったと証言する。誰がどこ席に座っていたかを知らない大積が安斉を狙うのは不可能。トイレの小窓は磨りガラスのため、店内の様子を見る事はできないのだ。 この後、高木は3人の持ち物を調べる。大積は鍵とタバコ、ライター、財布、スマホ、包装した唯へのプレゼントのネックレス、唯はハンカチとティッシュ、化粧道具、鍵、財布、永塚は目薬と財布、スマホ、包装した唯へのプレゼントの手袋を持っていた。永塚は停電後に外から犯人が刺しに来た可能性もあると考える。だが、先ほどの男性客は停電してから外に出た客はいなかったと証言。高木刑事は名前を訊ね、男性客は和田進一と名乗る。コナンは和田の名前に違和感を抱いて…。

コナンと平次が喫茶ポアロにいると、隣の席に米花大学の大積、唯、安斉、永塚がやってくる。唯と大積は交際していて、唯と安斉は幼馴染みだという。この後、ブレーカーが落ちて店内が暗くなった間に安斉が長い刺身包丁で背中を刺される事件が発生。平次は犯人の手や袖口に返り血が付いていると推理するが、唯、大積、永塚、男性客の和田の手に血は付いていなかった。目暮警部はトイレにいた大積は返り血を洗い流せたと疑うが、皆が来る前にトイレに入り、停電まで出てこなかった大積が安斉を狙うのは不可能。トイレの小窓は磨りガラスのため、皆の座っている位置を確認できないのだ。この後、高木刑事は大積、唯、永塚の持ち物を調べるが、犯行に使えそうなものは見つからなかった。 平次は犯人がわかったかをコナンに確認。コナンはまだ犯人はわからないが、返り血を浴びないトリックは見破ったと答える。平次もこのトリックには気付いていた。だが、そのトリックを使える人物に犯行は不可能だった。コナンは安斉との本当の関係を唯に訊ねる。コナンは唯と安斉がただの幼馴染みではないと推理。コナンは2人の本当の関係が事件を解くカギになると考えるが、唯は誰かを守るための秘密だから言えないと教える事を拒否する。先に錦座のイルミネーションを見に行った和葉と蘭。平次は早く事件を解決して向かわないとイルミネーションが終わる時間になると焦る。 この後、和田は咳払いし、「秋風にたなびく雲のたえ間より もれ出づる月のかげのさやけさ」と唐突に百人一首の歌を詠みあげる。コナンと平次、安室はこの歌を聞き、同時にハッとなる。大積、唯、永塚は自分たちの中に犯人がいると疑われている事に納得できずに目暮たちに文句を言う。3人は返り血も浴びてないし、真っ暗の中で人を刺す事なんてできないと訴える。その時、平次は突然、先ほどの歌を詠い出す。コナンと平次、安室はこの左京大夫顕輔が詠った和歌をヒントに犯人、犯行を可能にしたトリックを見破っていた。平次は緻密に計算されたトリックを暴き、犯人を追い込んでいく…。