鈴木次郎吉は友寄公華から、三水吉右衛門が作った絡繰箱を開けてほしいと頼まれる。他界したばかりの夫が開ける方法が書かれた紙を何かの本に挟んでいたようで、寄贈する本の中からその紙を見つけてほしいという。

コナンは、怪盗キッドの気配を感じて警戒していた。また、小五郎は風邪をひいているものの、トイレから戻ってからは咳をしていない。沖矢昴は周囲を気にしていて、阿笠博士はトイレにこもっている時間が長かった。

コナンが1年B組の教室で光彦らと話していると、担任・小林先生が若狭留美を連れてやってきた。若狭は新しい副担任になったのだ。5時間目の体育を控え、若狭は昼休みの間にドッジボールのラインを引こうとするが…。

1年B組に副担任としてやってきた若狭留美。コナンたちは彼女と古い倉庫の地下室で白骨遺体を発見。それは10年くらい前に亡くなったものだった。彼らは遺体が握っていたハチマキに書かれた暗号を読解しようとする。

倉田屋駒吉という謎の人物から家宝を譲り渡したいという手紙をもらった小五郎は、コナン、蘭を連れて山口県にやってくる。彼らはニュースサイト記者の夏目明日香と知りあい、香山公園、枕流亭に案内してもらう。

山口県を訪れた小五郎たちは強盗の仲間に間違われて警察の取り調べを受ける。倉田屋駒吉は1年前に古民家カフェの店主である宝田の腕に発砲し、蔵から時価数億円の慶長小判千両を盗んだ強盗犯だったのだ。

コナン、蘭を連れて小五郎は湖畔にあるクッチーナ・エイゴにやってくる。口石英吾がオーナーシェフを務めるこの店は予約を取るのも困難な大人気レストランだった。小五郎たちが入店すると客の姿はなかったが…。

事務所で競馬中継を見ていた小五郎。賭けたレースは全て外してしまい落ち込む。この日はほかにも散々だったと愚痴る小五郎。場外馬券場に行った時、誰かとぶつかって、財布を落として路上に小銭が散らばったのだ。

100万円の万馬券を拾い、コナン、蘭を連れて米花いろは寿司に足を運んだ小五郎。ミステリーファンである板前・脇田は小五郎の来店を喜ぶ。客の原島、宗近、芦野が別々に来店後、聖沢が店にやってきたのだが...。

早朝、プロゴルファー・伴野貞悟は海外ツアーにチャレンジするため、交際中の飯山来美に別れ話を切り出す。すると来美は慰謝料1億円を要求。伴野は夜に食事しながら改めて話をしようと彼女に頼む。

若狭先生の隣に住むプロゴルファー・伴野の部屋で殺人事件が発生。殺害されたのは伴野の恋人・来美だ。彼女は別れ話を切り出した伴野に慰謝料1億円を要求していた。気絶していた伴野の右頬には赤い文字で…。

コナン、小五郎、蘭は喫茶「ポアロ」にやってきた。そこで小五郎は開催間近の東京サミットの新聞記事を読み、蘭はケーキ専用の小型冷蔵庫に目を留める。蘭は食べたことがある安室透の特製ケーキを絶賛する。

日曜の朝のこと。佐伯綾乃が森田美冬の自宅マンションを訪ねると、部屋の中から窓ガラスが割れる音がした。また、「やめて、田端さん」という声も聞こえる。綾乃は部屋に入ると、リビングに倒れた美冬を見つける。

廃研究所に小五郎、コナン、そして不動産屋社長の東東一郎らが集まる。東は殺害予告をされていた。犯人と疑われている会社員・山南弁吉、自動車修理工・北尾充、ウエイトレス・弔加奈も同研究所に呼び出されていた。

小五郎、蘭、コナンが映画を観にいこうとしていると、蘭のスマホに妃英理からメッセージアプリで連絡が入る。英理のアイコンは登録済みだったが、蘭は面白がって新たな英理のアイコンも同じグループに入れる。

妃英理は、妃英理被害者の会と名乗る男3人に拉致され、廃ビルに連れていかれた。そのビルに到着してすぐ、彼女は男の1人からスマホを奪った。そして、逃走すると廃ビル内にあるロッカーに身を潜める。

レストランでコナン、小五郎、蘭がランチを食べていると、店内に怒鳴り声が響き渡った。日売スポーツ記者・橋爪明と、その同僚・加賀爪弘が言い争いを始めたのだ。同僚の桑名君子と後輩の細田信吾はあきれていた。

光彦、歩美、元太、灰原、阿笠博士と公園でサッカーをするコナン。元太がボールを取りにいくと、民家の窓際で胸にアイスピックを刺されて倒れている河合信蔵を見つける。コナンたちは玄関のドアを激しく叩いた。

午後2時、小五郎、コナン、蘭はビールの品揃えが豊富なペンション・鳩笛荘に泊まるため、奥穂駅に到着した。鳩笛荘はビール王子といわれているタレント・南北家オー太郎も推薦しているペンションだった。

小五郎、コナン、蘭はタレントのオー太郎、ウェブデザイナーの井出、文具メーカーOLの藤吉、タウン誌ライターの城ヶ根と共に鳩笛荘に宿泊。そんななか、近くの池でオー太郎の元相方の遺体が見つかる。

小五郎が東京スピリッツ対ガンバ大阪の試合前に始球式を行うこととなり、コナンらと共に東都スタジアムにやってきた。上位同士の直接対決で、スピリッツが勝てば優勝に近づく。Jリーグの後半戦を占う一戦だ。

川を渡るように座敷が設けられた川床料理店にやってきた小五郎、コナン、蘭。水車小屋は店で出す天然氷を貯蔵する氷室として使っている。この後、客としてやってきた帝都大学の松居樹璃らは小五郎に気がつき...。

コナン、歩美、元太、光彦、灰原はクラスの副担任である若狭留美に連れられ、東都の森キャンプ場にやってきた。テント設営後は白網大学バスケットボール部の部員の芦沢純やマネージャーの古岡美鳥らと知りあう。

弓長警部は代わる代わる漆原のテントに行った段野たちから話を聞く。美鳥はテントに行き、泥酔した漆原から「あっちへ行け」と怒鳴られたと証言。また、弓長は大量にろうそくを持っていた理由を尋ねる。

毛利探偵事務所を訪れた目暮警部は、国文学者・霊岸雄高が刺殺された事件解決のために力を貸してほしいと小五郎に頼む。容疑者の逮捕に至り送検されたが、起訴目前に全てひっくり返ってしまったというのだ。

高木刑事に呼ばれたコナンは小五郎、蘭と共に米花町にある北園邸にやってきた。コナンは殺人事件の参考人となっている。高木は1枚の絵をコナンたちに見せた。そこには奥穂湖を背景にしたコナンらが描かれていた。

覆面をした2人組が米花町の宝石店から3億円相当の宝石を奪う事件が発生した。目暮警部たちは倉庫にいた強盗犯の1人、鷹取巌男を追い詰めた。ところが、鷹取は拳銃を発砲した後、コナンを人質にとって車で逃走する。

鷹取はコナンを車に乗せて走り出し、コナンを外の中央分離帯の植え込みへと蹴り落とす。小五郎、目暮、高木刑事、千葉刑事は病院で手当てを受けたコナンから事情を聴くと、内海が絶命したことを告げた。

星を観測したいという園子に付き合ってコナン、蘭は児童公園にやってくる。園子は滑り台の上からカシオペアを観測するが、飽きると双眼鏡を町に向け、ズームイン。すると、事件を思わせる様子を目撃する。

全国高等学校春季剣道大会が東都体育館で行われる。コナン、蘭、そして遠山和葉が応援するなか、服部平次は準決勝まで勝ち進んだ。彼は、強敵である京都泉心高校の沖田総司に勝って優勝すると誓った。

服部平次は全国高等学校春季剣道大会で準決勝まで勝ち進む。準決勝、決勝前の昼食休憩中に審判員・抜谷士道が喉元を斬られて殺害された。現場にいた盲目の老人・安岡克成は犯人が犯行後にトイレに向かったと言う。

交通課の婦警である宮本由美と三池苗子はデパート付近の道路で駐車違反の車を取り締まっていた。その時、危険な運転をするワンボックスカーが脇を通過。その車をコナン、光彦、歩美が追いかけていた。

コナンと小五郎はこのところ、うきうきしている蘭のあとをつける。小五郎は蘭が新一と旅行するのではないかと疑う。蘭は京都のガイドブックを買って、カフェを訪れた。コナンたちに気づかれないようにして...。

コナンと小五郎が蘭のあとをつけると、彼女はカフェで園子、世良と合流した。蘭たちは女子だけで京都旅行を計画していたのだ。蘭が京都で沖田総司と会いたがっていると知ったコナンは動揺を隠せない。

小五郎たちが乗るレンタカーは山道でガス欠になり、大学生の佐伯遼平が運転するワゴン車で近所にあるスーパーまでけん引してもらう。ワゴン車には佐伯のほかにゼミ仲間の井上春香、駒田孝弘が同乗しているのだが...。

コナン、光彦、元太、歩美、そして灰原はコンテナ埠頭で仮面ヤイバーの撮影を見学。すると、コナンと灰原は見学者の中にいる辰巳雅也に目を留める。コナンは不審な動きをしている彼を怪しいと思ったのだ。

光彦、元太、歩美、そして灰原は建設工事現場で雲母定数の遺体を見つける。雲母は頭を殴られていただけではなく、前歯も1本欠落していた。鉄パイプのような物で殴られたようだが、現場から凶器は見つからなかった。

コナン、蘭、園子は都内の山地にあるみかん園までやってきた。みかん狩りをするためだ。みかん園の経営者・寺内哲二は収穫が雑だと傷がつくと園子に注意。息子の寺内直哉は父親の言い方について園子に謝罪する。

東都スタジアムを訪れたコナン、歩美、元太、光彦、灰原。ビッグ大阪対スピリッツ東京の試合を観戦した帰りの電車で、コナンは帝丹高校の修学旅行があるのでアポトキシン4869の解毒剤を使用したいと灰原に頼んだ。

ビッグ大阪対スピリッツ東京の試合を観た後にコナン、歩美、元太、光彦、灰原は阿笠博士の自宅に戻った。この時、灰原は大好きな比護選手のぬいぐるみストラップがなくなっていることに気がつく。