子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を手に入れたと平次に話すコナン。そして、伝え聞いた本堂の父親らの会話の内容も吐露。コナンは、本堂の父親が黒の組織と何らかの関わりがあるのではないかと睨む。

本堂の姉の写真を見せられた庵野。すると庵野は「怜奈の若い頃にしか見えない」と断言。そして、庵野が持つ古いビデオを確認することになった。そのビデオとは、工場の爆発事故を報じる報道番組だった。

1年前に息子の鍛吾が死んだ事件を調べ直してほしいという依頼を受ける小五郎。父親の奥平角蔵は、家の中に犯人がいると考えていた。しかし小五郎は、事件当時の状況から家の中の人間は犯人ではないと考える。

角蔵が首吊り死体で発見される。そこで目暮警部、高木刑事が捜査を開始。死体の足元には「黄泉からの殺人者」という本があり、表紙には大量の血で字が描かれていた。これをダイイングメッセージと判断し…。

本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だったと、コナンは灰原に報告。しかし本心では、本堂と怜奈が兄姉ではないと確信は持っていなかった。そして帰宅したコナンは、本堂と連絡が取れないことを、蘭から聞かされる。

杯戸中央病院に黒い組織の人間が患者として入院していることが判明する。さらに、看護師のまさ江は、本堂瑛祐を別の病院で手術していたことをコナンに伝える。実は、本堂は白血病を患っていたのだった。

楠田は怜奈のことを探るため、ナースステーションに侵入し、写真を撮る。そこに拳銃を持ったジョディと捜査官が現れ、楠田を捕まえようと襲い掛かる。しかし楠田は、小型プラスチック爆弾で挑発しながら逃走し…。

捜査のために組織に潜入したことがある赤井。また、赤井は灰原の姉の宮野明美と恋人同士だったことがあった。また病院の近辺では、集団食中毒や異臭騒ぎ、火事と立て続けに3つの事件が起きていた。

杯戸中央病院に爆弾が送られてきた。あと4時間で爆発するようだ。黒の組織が病院を人で溢れさせたのは、パニックに紛れて宅配業者に大量の荷物を届けさせるためだ。そこで、捜査官を動員して爆弾の回収を行い…。

赤井が思い付いた作戦をFBIが実行。組織に怜奈を奪還させたのも作戦で、コナンと相談して組織がFBIを出し抜いたと錯覚させる作戦を敢行したのだ。また、赤井は怜奈とある契約を結んだと、告白する。

ホテルのバイキングに向かうコナンたち。ホテルに到着すると、高木刑事がやってきた。外国人タレントプロダクションの社長・須内廉治が殺害されたというのだ。そこでコナンは、まだホテル内に犯人がいると考える。

外国人タレントプロダクションの社長の須内が殺害され、容疑者が絞られた。モデルのトビー・ケインズ、英語教師のハル・バックナー、そしてFBIのキャメルの3人。この後、コナンが呼んだジョディも駆け付け…。

ジンに脅されたキールが、赤井に「2人きりで会おう」と連絡を入れる。その頃、須内の殺害事件で推理を進めていたコナンは、犯人がメモを持ち去った理由を突き止めた。そして、犯人を見つける方法を目暮に説明する。

不吉な予感に襲われたジョディ。そして病院に着くと、赤井がキールに会いに行ったことを聞かされる。その直後、テレビで、来葉峠で車が燃えて遺体が発見されたニュースが流れる。ジョディは状況を受け入れられず…。

母を迎えに行くため、蘭は小五郎に声を掛ける。そして、蘭と小五郎は妃英理と食事する約束もしていた。その後、英理がいる美容室の近くに小五郎たちが来た時、大きな音が鳴り響き、倒れている男を発見する。

格闘家・永作司朗の遺体がゴミ置き場で発見された。そして、恋人だった美容師の葉坂皆代が容疑者に上がる。そこで、妃英理が皆代のアリバイを証言するが、コナンは皆代が犯人ではないかと疑っていた。

書店に寄った少年探偵団が、本堂瑛祐、蘭、園子たちと偶然出会う。そして、店を出たコナンたちを謎の男が尾行していた。謎の男の正体は、本堂を監視するFBI捜査官であるとコナンは推理し…。

カラオケボックスで死んでいる茂庭が発見される。被害者が入店後、誰も退店していないため、目暮警部たちは、各ルームを周って捜査を敢行。同時に凶器も探していた。1号室には玉井という男がいて…。

学校の下駄箱の所にいたコナンにジョディから連絡が入る。そしてジョディは「水無怜奈から連絡があった」とコナンに告げる。また現在、組織のバーボンという切れ者がシェリーについて探っていると言う。

杉浦開人の父親が大家を務める木馬荘が放火により全焼する。容疑者は住人の細井竜平、沖矢昴、真壁吟也の3人。そんな折、コナンは開人の日記を解読。そこには「赤い人」「白い人」とあだ名した理由が記してあり…。

巷で大量の紙飛行機が飛来する事態に。そこで、新一と沖矢との推理対決が始まる。2人とも、紙飛行機はSOSを表していると推理する。またコナンは、新一として、ほかの紙飛行機の画像が欲しいと蘭に依頼する。

雑誌の企画で人気占い師・紫條麗華と小五郎が対談することに。麗華の屋敷で行われ、編集者の田村雅生、星空出版社長が立ち会っていた。また、コナンと蘭も見学していた。そんな中、麗華にテレビ局から電話が入り…。

番組制作会社社長・染井彰吾と社員の久住舞子が、小五郎に番組の出演を依頼する。そして東都TVのプロデューサー・中目頼策の自宅で打ち合わせが行われることに。当日、中目は家の中で死んでいて…。

東都TVのプロデューサー・中目が密室で毒殺された。目暮警部は容疑を染井に向け、染井の制作会社に連絡する。社員によると、染井は2、3日、仕事を休んでいた。そして、染井のアリバイも証言した。

園子の叔父で鈴木財閥相談役の次郎吉は、伝説のミュールを餌にして、キッドを捕まえようとしていた。実はこの日、次郎吉は新聞の朝刊にキッドに対する挑戦状を掲載していた。大観衆の前にミュールの展示台を置き…。

小五郎たちは長野県の虎田家を訪ね、当主の直信から転落死した跡取り息子・義郎の話を聞く。遺体写真には死んだムカデが写っていた。犯人の心当たりを聞くと、虎田家といがみ合う龍尾家が浮かび上がり…。

「火」をイメージさせる繁次の感電死で、「風林火山」になぞらえた連続殺人事件は完結した。その後、埋蔵金探しの経過を記した手帳が線路脇で見つかる。そこには過去、甲斐を誤って殺害したという記述があり…。

小早川公子が、祖父の日記帳が狙われている理由を調べてほしいと小五郎に依頼。コナンは、日記帳から「11月30日、夕暮れにのみ宝の真実は照らし出される。狐の謎を解け」という謎の暗号を見つける。

公子の祖父が残した日記帳の暗号を解読し、コナン一行は宝探しを開始。コナンは宝が入っていそうな木箱にたどり着く。その時、光彦らを人質にした覆面男たちが現れて木箱を渡せと要求。コナンは麻酔銃を放ち…。

日本ワイン協会会長の古稀を祝うため、コナンたちは山荘に訪れる。そこでは本城と翻訳家の赤丸が言い争いをしていた。その後コナンがゴンドラに乗っていると、本城が赤丸の頭にブロックを振り下ろす瞬間を目撃する。