小五郎に調査を依頼した仁地村正平が誘拐される。犯人の手紙には身代金を入れたバッグを沙希に持たせ、指定した駅で下車しろと書かれていた。新たな指示が出され、指示に従って身代金のバッグを川の上流に落とす。すぐにコナンらは下流を調べるが、すでに身代金は犯人が回収した後。翌日、殺害された正平も発見され…。

ジョディは死んだ赤井に似た男を見かけた後にお金を下ろすため、ていと銀行へ。行内に銃声が響き渡る。銀行強盗が威嚇して発砲したのだ。トイレに来ていたコナンらの耳にも銃声が届く。強盗はシャッターを閉めろと行員に命令、客は一ヵ所に集められる。ジョディは横の客を見て驚く。それは先ほど見た赤井に似た男だった…。

コナンは強盗に成り済まして強盗の１人の携帯に連絡を入れる。そして光彦らと協力し誘き出した強盗を退治。次にコナンは推理のため、ジョディから聞いた強盗たちの行動を整理する。倒した強盗が目出し帽を脱いでいた事から強盗たちの狙いに気付いたコナンは光彦らに指示を出し、強盗たちの計画を阻止しようとするが…。

理髪店の椅子に座る小五郎。隣りの先客は顔にタオルを載せていた。店主が小五郎の顔にシャボンを塗ってタオルを載せた直後に物音が響く。先客は床に倒れた店主の海老原に声をかけるがすでに絶命。胸にはダーツの矢が刺さっていた。小五郎は窓の外から矢が飛んできたと推理するが、コナンは現場を見て違和感を抱き…。

何者かに背後から突き飛ばされた石川茂子をコナンと小五郎が目撃し、小五郎はその護衛を買って出、コナンはサンタという茂子の子供のお守りをすることに。この後、茂子が拉致され、犯行に使われた盗難車も発見される。小五郎は茂子に想いを寄せる人物の犯行と推理するが、コナンは犯人に別の目的があったと考え…。

温泉パークに立ち寄る小五郎、コナン、蘭。崖下の露天風呂から何かが水に落ちる音。そこでは、不動産会社社長の梅津が絶命していた。梅津は温泉パークの買収を迫っていたという。湯船には大きな石があり、崖の上の誰かが石を引き抜いた跡から、小五郎は事故に見せかけた殺人事件と推理。その推理に対して、コナンは…？

白鳥警部は間違ってチケットを購入し、コナン、少年探偵団、哀と同じ特撮映画を観る事に。白鳥は笠倉那海とぶつかりジュースをこぼす。那海の席は白鳥の左隣りだった。上映後、那海は白鳥が刑事だとわかるとストーカー被害を告白。白鳥はコナンたちと那海のマンションへ。そこでは彼氏の染井芳郎が絶命していた…。

白鳥警部は紙の桜が巻かれた紙コップの指紋と飲み物の成分を調べて欲しいと高木刑事に頼む。この後、白鳥は別の指示も出そうとして言葉を飲み込む。コナンが捜査に私情は禁物だと言うと、白鳥は過ちを認め、真っさらなストローの包み紙と自分の紙コップに巻かれた包み紙の桜の長さを高木に調べてもらうが…。

高畑の自宅で妹、栞の夫である副島逸郎が絶命していた。逸郎は千葉刑事の大学時代の友人だった。酒を飲んだ逸郎は猟銃を持ち出し、それが暴発した事故と考えられる。栞が病死すると逸郎の酒癖は特に酷くなり、半年間で飲酒による事故、事件を９回も起こしていた事が判明。コナンの脳裏に未必の故意という言葉が過ぎる…。

コナンと少年探偵団、哀はクラスメイトの琢馬の話題を話す。親戚の家に行った琢馬は倉の窓から大量に置かれた骨董品や美術品、人影を見たという。だが倉は空っぽだった。その倉はもののけ倉と呼ばれ、大切な物を置くと消えてしまうというのだ。倉を調べてもお宝はなかったが、コナンが木に登って窓から倉を覗くと…。

お宝を消し去る倉の仕掛けを探すコナンたち。哀は壁のソロバンが何かのスイッチで、間違うとリセットされると推理する。再び木に登り窓から倉を見たコナンは床が少し遠くなったと感じる。この後、コナンは何かに気付きカラクリ師の三水吉右衛門が倉を建てたのかと家主に確認。家主が認めるとコナンは…。

国末を捜して上京した平次と和葉。国末は和葉にお守りを作って欲しいと頼み受け取りに来るも、平次が間違って和葉のものの方を国末に渡してしまった。国末は数日前から行方不明で、友人とスポーツカフェで落ち合う事を突き止める。コナンらはカフェに向かうが、国末はトイレで何者かに襲われ、意識不明の重体だった…。

国末と犯人はスポーツ観戦中にトラブルになった可能性が高く、平次らは国末がどの試合を観戦したかを考える。その時、店内のテレビにゴルフの優勝が決まった時の映像が流れ、ハッとするコナンと平次。さぁ、真相に気付けるか？そして、絶対に見られたくない和葉の恥ずかしい秘密が隠されたお守りを無事取り戻せるか！？

買い物前に新宿の喫茶店に立ち寄ったコナン、小五郎、蘭、園子。その時、ゴスロリの服を着た女性とすれ違う。途中、服を汚してしまった蘭と園子は公園のトイレで買った服に着替える事に。女子トイレの個室から30分以上出てこない人がいると聞いた園子が中を確認すると、喫茶店にいたゴスロリ嬢が絶命していた…。

目暮警部は喫茶店に来たゴスロリ嬢が本当に未紘だったかを確かめるため、未紘のコップの指紋を調べる。昨日未紘が１人で服を買いに来たと店員が証言。未紘の服は店のオリジナルで、福岡にいた唯佳に同じ服を買う事は不可能だった。この後、コップから未紘の指紋が出て、唯佳の無実の証拠が出るが、コナンは…。

コナン、少年探偵団、哀、阿笠博士が川のほとりでホタル狩りの開始を待っていると、中嶺と垂水が乗ったトラックが到着。幌を開くとホタルの群れが飛び立っていく。道武は垂水に中嶺の居場所を訊ねる。垂水が中嶺の携帯に連絡すると、中嶺は「エボシ岩だ、助けて」と言ってきたという。コナンらがエボシ岩に駆け付けると…。

明日への希望に満ち溢れた中年男、代田と偶然出会ったコナン、少年探偵団、哀。この後、コナンはひったくり犯に奪われた代田のバッグを取り返し、お礼にデザートをご馳走になる。この時、代田の言動に違和感を覚えるコナン。コナンは代田が本当は明日に全く関心がないと感じて…。

体に爆弾を巻き付けた福西。トイレで気絶させられ、気付いたら覆面男に爆弾を付けられていたという。爆弾犯の要求はカバンに入っている13着の赤いシャツの送り主を突き止める事。送り主はこのフロアにいるらしく、フロアの客が１人でも逃げたら爆弾を爆発させるという。コナンと小五郎は手掛かりを見つけようとするが…。

小五郎は毎週日曜の12時29分に同じシャツを購入する客の事を店員に訊ねるが、店員はその客の事を覚えていないという。コナンはシャツについた折り目に注目。何かの暗号になっていると気付く。この後、コナンは店員から販売の流れを聞き、レジ係の瀬田がいる奥の部屋へ。コナンは送り主の狙いに気付くが…。

コナンは福西自身が爆弾犯と推理する。福西は予め体に巻いていた爆弾とフロアに置いた爆弾で送り主を炙り出そうとしたのだ。続けてコナンはシャツを扱っていた売場のレジ係、瀬田が送り主と推理する。すると瀬田は13年前に福西に殺害された丸岡の娘、麻衣だと告白。瀬田は殺害していないと無実を主張するが、コナンは…。

小五郎は誕生日の食事に招待され、依頼主のマンションへ向かう。依頼主はお笑いコンビ、ストローベリーの藤森朝子。朝子はベランダから侵入してきた男を刺したと告白。絶命したゾンビのマスクを被った男の手には拳銃が握られていた。目暮警部らが現場に駆け付け、マスクの下から現れたのは相方の今岡次郎だった。

コナンたちは小林先生を置いて花火大会へ向かう。小林は慌てて後を追って裏通りへ。その時、路地の暗がりから男女の言い争う声が聞こえてくる。小林は血を流して倒れた男性を発見する。この後、小林は人の気配を感じて振り返り、花火の光に照らし出された犯人を目撃。犯人として被害者を恨む３人の容疑者が浮上するが…。

小林先生が男性と証言した被害者は女性と判明。目暮警部は容疑者の取り調べを行う。犯行時刻、３人はそれぞれ自宅にいたと証言。小林は録音した容疑者の声を確認し、鍵谷と滝本の声に聞き覚えがないと白鳥警部に伝える。だが、コナンは小林が聞いたのは犯人ではなく、被害者の声だった可能性があると推理して…。

小林先生を背後から襲う犯人。だが小林が犯人を投げ飛ばして事件は解決。実は、小林は直前に白鳥警部に保護され、佐藤刑事にすり替わっていたのだ。後日、怪盗キッドから予告状が届く。狙いは鈴木次郎吉が所有する麒麟の角というビックジュエル。次郎吉はコナンと共に少年探偵団に応援を要請。そして予告日の満月の夜…。

４つの台座の鍵を同時に回さなければ出現しない麒麟の角。犯行予告時間の直前、次郎吉はキッドが手を出せないように４つの鍵を柱に釘で打ち付ける。その直後に堂内が停電。コナンが何者かにスタンガンで襲われる。照明が点くと次郎吉は鍵を確認。４つの鍵は壁に打ち付けられたままだったが、麒麟の角は盗まれていて…。

コナンが気絶した状態の中、停電した時の映像と音を確認するが、不審な音も光も見つける事ができない。しばらくして意識を取り戻したコナン。皆に目を覚ました事がバレないように少年探偵団に取り囲んでもらう。コナンは光彦らにキッドが台座に貼ったカードの位置を確認した後、キッドが誰に変装したかも見破って…。

目白に招かれ、雑居ビルにある屋上農園を見学するコナン、小五郎、蘭。その時、奥の畑で中村と田口が言い争いに。中村は迷惑じいさんと呼ばれる厄介者。田口は防虫ネットを壊されたという。すると今度はオーガニック野菜に農薬をかけられた井上が中村に激怒。週末、コナンたちは再び農園を訪れ、絶命した中村を発見する…。

10月10日の誕生日、英理が宿泊する部屋に依頼人の国分秋穂が現れる。夫の健彦とケンカしたという。秋穂はストーカー被害に遭い、明日は相手の親と示談交渉の予定だった。英理は秋穂を迎えに来て欲しいと健彦に連絡した後、レストランで小五郎たちとディナーを食べる。英理が部屋に戻ると、すでに秋穂の姿はなかった。

夫の健彦、ストーカーの成治、その母親の緑という容疑者３人の話を聞いた後、コナンたちは部屋に戻って就寝。コナンは小五郎の寝言を聞き、犯人がベッドを１人で移動させた方法に気付く。翌朝、コナンは真剣に推理を巡らせる小五郎の姿を見て、小五郎に華を持たせる事に。小五郎郎本人による解決ショーが始まるのだが…。

コナンと少年探偵団は阿笠博士に連れられ、アクアリウムデザイナー、西田の自宅を訪ねるが、呼び鈴を押しても反応がない。西田のアシスタントの井村が合鍵を使って玄関の鍵を開け、歩美たちはリビングの水槽が埋め込まれた円柱を見て大喜びする。この後、バスルームに手を洗いに行った光彦と元太は浴槽を見て悲鳴を上げる。

二の酉にやってきたコナン、小五郎、蘭、園子。この時、園子はバックを奪われてしまう。このひったくり犯はトリ男と呼ばれ、一の酉でも犯行に及んだという。そして三の酉に行くと、再びトリ男が現れる。トリ男は浪人生の益子を刺した後、公園のトイレに逃げ込んだところで包囲される。だが、出てきた容疑者は３人もいた…。

益子がトリ男に刺される事件が発生。容疑者の火野、猿川、水江にはアリバイがあり、一の酉、二の酉、三の酉とも犯行が可能な人物はいないと判明。３件とも同一犯と考えられるため、目暮は３人が帰る事を許可する。この後、コナンは他にもトリ男がいると推理する。そしてコナンは蘭、小五郎との会話から事件の謎を解くが…。

広島にやってきた小五郎、コナン、蘭。撮影の合間、スタッフの八川、浜田、三宅が立て続けに何者かにイタズラをされる騒動が起きる。コナンは一連のイタズラがこの地に残る弥山七不思議という伝説になぞらえている事に気付く。そして撮影終了直後、スタッフの越路の悲鳴が聞こえてくる。コナンたちが現場に駆け付けると…。

小五郎らは紳六が越路を襲い、弥山屋に放火したと疑う。コナンは越路が言い残した「かじ…」が火事の事ではないと気付く。この後、小五郎は犯人が弥山七不思議の最後の１つ、龍燈の杉に見立てて事件を起こすと推理。そんな中、上諏訪が何者かにナイフで背中を刺される事件が発生。コナンは上諏訪の携帯を見て…。

小五郎はコナンと蘭を連れオリオン企画を訪ねる。東山と通話中、小五郎は窓の外を落下する人影を目撃。落下した高幡は絶命していた。高幡の背広には涙滴型のゴム板が引っ掛かっていた。これは怪人の着ぐるみのウロコで、赤外線が当たると空気が抜ける仕掛けに。小五郎はこれを利用し、何者かが高幡を転落させたと推理する。

湯本温泉にやってきたコナンと少年探偵団。コナンらが宿泊する旅館には深汐、純作、厳治、雲平が宿泊していた。翌日の午前４時50分、コナンたちは湖上露天風呂へ向かう。そして女湯の浴場に入った直後に大きな悲鳴を上げる哀と歩美。女湯では絶命した厳治が倒れていた。これは事故死に見せかけた密室殺人だった…。

脚本家の鉄山厳治が殺害される密室殺人事件が発生。容疑者は女優の名取深汐、そのマネージャーの丹沢純作、俳優の寺堂雲平の３人。深汐は厳治と電話で話し、朝一番で女湯に来たら一緒に入ってあげるとウソをついた事を告白。３人には厳治を殺害する動機があった。コナンはある言葉をヒントに事件の真相に辿り着いて…。

コナンと蘭が乗車した電車の中でスリが発生。逮捕に協力した徳馬は去ってしまう。事情聴取後、巣亀駅で別の事件が起きていた。詐欺グループの１人、兼村が高架下で殺害されたのだ。徳馬が事件を目撃、警察に通報したという。この後、詐欺グループの主犯格、桐谷が発見されて容疑者に。だがコナンは徳馬を犯人と疑って…。

小五郎は11年前にかけられた殺人の罪の無実を証明して欲しいという手紙をもらい、コナン、蘭と共に群馬県朽橋村の光羅旅館へ。11年前に殺人事件はなかったが、沼山辰彦という子供が川で溺死した事故があった事が判明。河童が犯人という話もあるらしい。翌朝、辰彦の父、伴蔵の遺体が旅館の屋根裏部屋で発見され…。

犯人が沼山を溺死させた水は溜め池の水と一致。蘭は昨晩、河童を見た事を山村警部に報告し、目撃談をもとに河童の絵を描く事に。コナンは犯人が溜め池の水を運んだ容器が見つからない事に頭を悩ませる。この後、河童の絵が完成。コナンはひょんな事から誰が犯人なのかに気付き、麻酔銃を発射。山村として解決劇を始める…。