目を覚ました三樹ミチル（黒島結菜）は、見知らぬ場所にいた。ここはどこなのか？戸惑うミチルに声をかけたのは、総合案内係として働くシ村（松岡昌宏）だった。シ村の言葉で殺されたことを思い出したミチルは、他殺課でイシ間（でんでん）に「どうすればあの女に復讐できるのか」と訴える…。 その頃、シ村はベンチに座る中学3年生の鹿野太一（織山尚大）に声をかけていた。 シ村は、曲がった脚を見て、自殺課へ連れていく。成仏するには、成仏許可申請書に具体的な自殺理由を書かねばならない。ためらいながらも書き始める太一だったが、自殺の要因となった陰湿ないじめ、無関心な両親など嫌な過去が蘇り錯乱してしまう。そんな中、太一はシ役所である人物と遭遇する…。

偶然「死刑課」の部屋にたどり着いた三樹ミチル（黒島結菜）は、シ村（松岡昌宏）、ニシ川（松本まりか）らが死刑囚だったことを知ってしまう。さらにハヤシ（清原翔）が、かつてニュースで死刑囚として報じられていたことも思い出し、死役所の職員たちに対する嫌悪感を募らせていく。 そんな折、ミチルは死役所のベンチでおくるみに包まれた赤ちゃんを発見。あやしても泣き止まない赤ちゃんを、シ村は大人と同じ淡々とした態度で「死産課」へ案内する。「死産課」が他の課と大きく違うのは、自分で申請書が書けないため、職員のシン宮（余貴美子）らが代筆しなければならないこと。早速、死に至った経緯を調べると、この“おチビちゃん”は、8年間もの不妊治療の末にようやく授かった、荻野泉水（酒井若菜）の待望の赤ちゃんだったことがわかり……。

シ役所職員全員が死刑囚であることを知った三樹ミチル（黒島結菜）は、シ村（松岡昌宏）に「人殺し」と言い放つ。その瞬間にシ村が見せた表情は、普段は見せない厳しいまなざしで、ミチルは思わず言葉を失う…。 そんな折、シ役所で男が暴れまわる騒ぎが発生。ミチルとハヤシ（清原翔）が駆け付けると、坂浦眞澄（三浦貴大）が「店に戻してくれ」と叫び暴れていた。自分の死を知り愕然とする眞澄。「なんで俺まで殺されなきゃなんねぇんだよ」――実は、12年前に父親が殺された自らが営む定食屋で、殺害されたのだ。さらに、まもなく子供が生まれるといい、シ村に「何とかしてくれ」と懇願する。だが他殺課で殺害されるまでの記憶をたどっていくうちに、あまりに哀しい事実と直面することに…。さらに“他殺”と話していたミチルの死の真相が明らかとなる。

シ村（松岡昌宏）が死刑になったのは自分の娘を殺したからだった。衝撃の事実に驚愕する三樹ミチル（黒島結菜）に、シ村は冷静に、成仏の期限まであと1日と告げる。条例にあるように“期間内に手続きしないと冥途の道を彷徨う”ことも。ハヤシ（清原翔）もニシ川（松本まりか）もイシ間（でんでん）も、これまでまっとうに生きてきたミチルは「一刻も早く成仏すべきだ」と口々に言うが…。 悩むミチルの前を、女の子がふらつきながら歩いていた。大けがを負って血まみれになった中学2年生の夏加（豊嶋花）だ。シ村が交通事故死課へ案内すると、大きな事故があったようで課員は大忙しの様子。代わりにシ村が申請書の手続きを始める。まだ14歳の夏加が短い人生を終えたのは、最初で最後のデート中のことだった――。

「お姉さんのことも後悔してないの？殺人犯の弟、持っちゃったんだよ」ミチル（黒島結菜）が放った言葉に動揺したハヤシ（清原翔）は、初めて“反省したい”と思う。そんなハヤシにシ村（松岡昌宏）は「振り返ることから始めてみては」と言い、ハヤシは殺人を犯した経緯を打ち明ける。 始まりは高校2年。祖父・清三（伊藤洋三郎）に剣道を習っていたハヤシは、父・雄作（草野康太）と3年も口を聞いていないほどの不仲。そんな折、清三が病気で死ぬ。清三の葬式後、父が吐き捨てた言葉は、ハヤシの“出生の秘密”だった…。 姉の理花（土居志央梨）は全てを知った上で寄り添ってくれたが、ハヤシは大きな十字架を背負ってしまう。さらに、幼馴染のまりあ（岡野真也）が同級生らからイジメられていることを知り…。人生の歯車が狂い出したハヤシの壮絶な人生とは…!?

病院着姿の佐尾高慈（中島歩）が病死課にやってくる。病死申請書に書かれた職業は「芸人」。生前、佐尾は高関一文（重岡大毅）と「カニすべからく」というコンビを組んでいた。 なかなか芽が出なかった「カニすべ」に、結成10年でようやくチャンスが訪れる。賞レース「デッドオアコント」の決勝戦出場が決まり、テレビでネタを披露することになったのだ。「チャンスを掴んで絶対売れよう！」と高関は息を巻くが、佐尾の表情はどこか浮かない。しかも帰り間際、佐尾が突然倒れこんでしまう。高関が掴んだ佐尾の腕は、あまりに細くなっていて…。 「デドコン」決勝戦当日。抽選の結果、「カニすべ」がトリを飾ることに。ところがいくら待っても佐尾がスタジオに現れず、高関は何かあったのではと焦り出す。

シ村（松岡昌宏）が高齢の女性の案内を終えると、他殺課・イシ間（でんでん）が中学生の女の子の受付をしながら、一緒に泣いているところを発見する。イシ間は、泣き叫ぶ女の子の姿に、思わず姪っ子のミチ（田鍋梨々花）の姿を重ねていたのだった。イシ間は、シ村に「俺が殺した奴らもここに来たんだよな」と尋ねる。 生前、大工をしていたイシ間は、妻を亡くし独り身だったこともあり、空襲で死んだ弟夫婦の娘ミチを引き取り、実の娘のように大事に育てていた。ささやかながらも幸せな2人暮らし。大工の親方・殿村（一本気伸吾）からは、早く養子縁組をすべきだと言われるが、優しくて正義感あふれるミチの親に自分がなっていいのか、と二の足を踏んでしまう。そして、突然、悲劇は訪れる。それは残酷にもミチの優しさが引き起こした、あまりにもむごい事件だった――。

シ役所他殺課に、絵本を抱えた少女・小野田凛（佐々木みゆ）がやってきた。凛は、シ村（松岡昌宏）に「いつもお母さんのことを怒らせていたから、凛は天国には行けないかも」と言うが、保育士・黒川あかね（吉田志織）に憧れていた生前の凛は、園児に読み聞かせをする心優しい子だった…。保育士のあかねは、凛の異変に気付きだす。不潔な身なり、不審な傷、保育園に迎えに来ない親……母親・瞳（前田亜季）の虐待を疑いだす。凛は「お母さんはとっても優しい」の一点張りだが…。

「加護の会に入信されていましたか？」――シ村（松岡昌宏）はロビーにいた寺井修斗（柄本時生）にそう話しかける。両指で輪を作る独特の仕草は、宗教法人「加護の会」信者の証。しかし、それをなぜシ村が知っているのか…。シ村の脳裏には、幸せそうに微笑む妻・幸子（安達祐実）の顔が浮かんでいた…。 ある日、寺井は祖母に誘われ、加護の会のトップ・蓮田栄山（吹越満）の講演会に参加。「あるがままのあなたを愛する」という蓮田の言葉は、高学歴の弟・恭平（濱田龍臣）へのコンプレックスを持つ寺井の心を徐々に解放していった。自分を受け入れてくれる信者たちの優しさにも触れ、悩み続けていた寺井にとって、次第に地位も名誉も関係ない加護の会が幸せな居場所になっていく。やがて寺井は家族も就職も何もかも捨て、加護の会に入信してしまう。

イシ間（でんでん）が凛（佐々木みゆ）と成仏する日を迎える。凛を見つめるシ村（松岡昌宏）は、まるで同じ年頃の娘・美幸（松本笑花）の姿を重ねているかのようだった。 シ村の妻・幸子（安達祐実）は、料理を一切口にせず、何を言っても絵の具しか食べない美幸に焦っていた。医者からはこのままでは死ぬかもしれないと言われたという。そんな折、幸子は、心を解放してくれるという「加護の会」のチラシを近所でもらう。美幸の病気が治るかもしれない――藁にもすがる思いで行ってみると、蓮田栄山（吹越満）からは「あるがままを受け入れるのです」と教わる。しかし、その後も美幸の症状は変わらない。このままでは死んでしまう、全部私のせい――自分を責め続けた幸子は、ある日、美幸を連れて消してしまう。「加護の会へ行ってきます」の書置きだけ残して…。