300年の時を超え、二代目柳生十兵衛の名を不本意ながらも継がされた、ぽちゃぷりぼ～んな女子中学生・菜ノ花自由。奇妙キテレツな刺客たちとの戦い、出会いと別れ、数々の笑いと涙を繰り返してめでたくフツーの女の子に戻った…ハズだったが？ 件の事件からしばらく後。自由は中学3年生に進級し、父・彩は初のオリジナル小説に七転八倒。進路を意識し始めた大猿・小猿に対し、相変わらずバカ全開の番太郎。そんな平和な毎日…自転車登校の途中、またまた懲りずに道に迷ってしまった自由。鯉之介からラブリー眼帯を受け取った日を思い出す自由の前に、忽然と現れた少年。しかもその手には例の忌まわしい眼帯が？？脱兎のごとく遁走し、何とか無事に学校へたどり着いた自由を待っていたのは、超カワイイ転校生がクラスに編入されてくるというウワサ。 そして皆の期待を集めつつ現れた転校生・柳生フリーシャは、ロシア生まれの超美少女だった。早速まろは『転校生ラブリーズ』復活宣言、フリーシャを誘い、イケてるあんみつ屋へみんなでGO!しかし、平和な自由の日常に飛び込んできたのはフリーシャだけではなかったのだ。ハタ迷惑 な騒乱の影が、北の方からザワザワと忍び寄りつつあった…！
「我こそは真の二代目柳生十兵衛！」シベリア柳生軍団を蹴散らした十兵衛の前に現れた謎の女剣士！しかもこちらもかなりのぽちゃぷりぼ～ん様だ。「そのラブリー眼帯を戻せっ！」と襲い掛かる新十兵衛（仮）、その凄まじい剣技の冴えに、十兵衛はたちまち追い詰められる。トドメの一撃が振り下ろされんとした瞬間、変身を解かれて自由に戻った十兵衛。鯉之介似の少年の手によって眼帯は守られたが、意識を失い倒れる自由。 自由が目を覚ますと、そこは自室のベッドの上。傍らには心配そうなフリーシャ、変身を目撃された？ドキドキの自由。大混乱の一日が暮れ、何だかよくわからないうちに菜ノ花家に居候を決め込んでしまったフリーシャだが、その瞳には冷徹な暗い炎が宿っていた。
御影とフリーシャがやってきて、父子２人の生活から一転賑やかになった菜ノ花家。ところが！人が集まりゃ招かれざる客までやってくるもので、シベリア柳生の喜多歩郎まで十兵衛を倒さんと襲ってきた。ところが、ラブリー眼帯を装着するまでもなく、素のまんまの自由にコロリと捻られてしまう歩郎。眼帯の力で自由自身が十兵衛に近づきつつある？木影からその様子を見守る、鯉之介似の少年。 番太郎と四郎は悩んでいた。どうすれば自分をイメージダウンさせずに、自由マンセーからフリーシャハラショーに鞍替えするか…２人が考え出したのは、『転校生ラブリーズファンクラブ（通称TLFC）結成作戦』。さりげなく自由からフリーシャへの趣旨替えを果たし、しかも自由との距離も保とうというセコイ作戦だ。臆面もなくイケてるあんみつ屋へと誘う番太郎と四郎に、疑いを持たずに喜ぶ無邪気な自由とフリーシャ。 意気揚々と店へ向かう一同の前に、性懲りもなく現れたのは喜多歩郎、「私は柳生十兵衛じゃないって言ったでしょ！」自由の言葉に耳を貸さず、刀を振りかぶる。自由を十兵衛に変身させるべく、ラブリー眼帯を手に２人の間 に割って入る謎の少年。またまた自分の意志に関係なく、自由は理不尽な戦いに巻き込まれてしまうのか？
「私は菜の花自由！柳生十兵衛じゃない！」ラブリー眼帯を自ら投げ捨て、元の姿に戻った自由だが、変身の反動熱で意識を失い、倒れてしまう。バンカラトリオ＆四郎に抱きかかえられ、置いてけぼりにされかけたフリーシャを拾って我が家へ帰り着いた自由。彩に心配かけまいと「仲良し作戦」で誤魔化したものの、御影は自由の前にに新たな脅威が現れたことを感じ取っていた。 一方、自由から二代目柳生十兵衛であることを拒絶された少年は、隠れ潜む森の中で真の二代目十兵衛を名乗る女剣士に襲撃される。狙いはもちろんラブリー眼帯。小童らしからぬ体術で必死で逃げる少年だが、やがて樹上に追い詰められる。「何者？なぜラブリー眼帯を持っておる？」「拙者は、小田豪鮎之介…」「それは我のもの！我に戻せ！」間一髪、新十兵衛（仮）から鮎之介を救ったのは御影だった。 フリーシャの看病？のおかげで元気は取り戻したものの、襲撃者は問答無用に襲い掛かってくる…思わず鯉之介から貰った笛を唇に当て、吹き鳴らす自由。ダバダバと駆けつけてくるハズの鯉之介の姿は見えず…諦めかけた自由の目の前に、あの少年・鮎之介が立っていた。対 峙する2人、遠い昔に忘れ去られた約束が、自由の運命にのしかかる…
気持ちよく晴れた日曜日。自由は彩と御影、フリーシャを誘い、二代目柳生十兵衛の影から自由になった（つもりの）お祝いに、街へと繰り出すのだった。自由と彩の2人以外は赤の他人同士、だけど見た目はほかほか家族の4人組、一家団欒の点描…だが、そのころシベリア柳生の首脳陣は、「少々汚い作戦」で打倒十兵衛を目論んでいたのだった。 菜ノ花家から徒歩40分ナリの本剣越市片町へやってきたニセ家族、彩と御影と別れ、自由とフリーシャは別行動。買い物を楽しむ自由を険しい目で追うフリーシャ…ところが突然現れたシベリア柳生の連中にあっという間に捕獲され、猿轡かまされ拉致連行、十兵衛＝自由を決闘場へとおびき出す人質に。 フリーシャを助けるため、本剣越城へと駆けつけた自由を待ち受けるのはシベリア柳生一族郎党。しかし、柳生十兵衛と縁を切った（つもりの）自由は、変身もせず必死の形相で雑魚どもに立ち向かう！「スパコイナ！（大丈夫）、フリーシャ！私が今行くからスパコイナー！」ボロボロになりながらも己の力でフリーシャを目指す自由、ラブリー眼帯なしでシベリア柳生の「やや汚い作戦」を打ち破れるのか？
シベリア柳生に囚われたフリーシャを助けるため、再度ラブリー眼帯を身に着けた自由。逃げても追って来る宿命に加え、実は彩が自作をサボってゴーストライター仕事をしていたという事実が判明。思わず家を飛び出す自由を追う御影、そしてフリーシャ。しかし、きゅーとでいじらしい♪フリーシャには、黒々とした企みと、秘められた過去があった…。 300年前…初代柳生十兵衛の実子として生を受けたフリーシャ。父と喜多烈斎の戦いに巻き込まれ、生きながら氷山に封じ込められ、現代の世に蘇った。しかし時既に遅く、十兵衛の後継者の証たるラブリー眼帯は既に自由の手に。柳生の正統な後継者としてニセの二代目を討ち果たし、ラブリー眼帯を手に入れる…それがフリーシャの真の目的だったのだ。
自由VS喜多歩郎、崖上の決闘？に乱入した御影とホワイトタイガー仁衛門。自由に十兵衛に変身し、シベリア柳生を救ってくれと懇願するが、そこに現れたのは何とフリーシャ！当惑を隠せぬ一同の眼前、例の女剣士に変身、ラブリー眼帯を奪い取らんと鮎之介に迫る。刃を向けてきた喜多歩郎を切り伏せたフリーシャ十兵衛、「私は父直伝の剣でお前を斬る……我こそは柳生十兵衛三巌の子、柳生フリーシャ！」衝撃のカミングアウト。自由の反応は…「誰が友達と勝負言うてんねんっ！…フリーシャはフリーシャでしょ？私のお友達の！」そんな眼帯いらないから、とばかりに変身する気は全くナシ。 それでも鮎之介を人質に取り、自由に勝負を迫るフリーシャ十兵衛。ラブリー眼帯と自由を守るべく懐剣を抜いた御影だが、フリーシャ十兵衛操る柳生の剣の前にはひとたまりもない。崖を落下する御影が見たのは……
フリーシャ十兵衛に破れ、傷ついた自由が菜ノ花家を空けて、一夜が過ぎた。戻らぬ娘を案じる彩は…その原因の一端が自分にあるのも承知で…心労の極地に達していた。かいがいしく朝の食卓を整えるフリーシャにも、ついイラ立ちをぶつけてしまう彩。それでもまるで実の娘のように、優しい表情を崩さないフリーシャに、彩はうしろめたさを感じる……それがフリーシャの罠だとは知らずに。 自由が珍しく学校を休んだことは、転校生ラブリーズや、バンカラトリオ改め軽業ユニット・ウッキーモンキー（他二名）にも少なからず波紋を投げかけていた。フリーシャに自由の安否を問い詰める一同、最初は「風邪だから」と言い張っていたフリーシャ、根負けして「自由、家出シマシタ…」と口を滑らせる……全て計算の上で。 そのころ、崖下の原生林では、自由が漸く長い夢から目を覚ましていた。手厚い看護をを続けてくれた鮎之介に自由は心からの笑顔で応え、息子の事を忘れるほどの時を二代目柳生十兵衛探しに費やした鯉之介・幼い身ながら300年間、父の意思を守り続けた鮎之介親子を、ラブリー眼帯の重みから解き放とうと想いを固める……
フリーシャ十兵衛に破れた喜多歩郎は、ホワイトタイガー仁佐衛門の加護のもと、原生林の温泉郷で療養生活を送っていた。「柳生十兵衛……何でオレが柳生十兵衛にかなわねぇんだ！」度重なる屈辱に歯噛みする喜多、脳裏に浮ぶのは300余年の昔、初代十兵衛との出会い。 それは江戸柳生の道場での公開稽古の場。滅多に見られない十兵衛の剣技を、その身で確かめるチャンスとばかりに参加していた喜多歩郎。初めて接する十兵衛は強く、頼もしかった。ところが……柳生但馬之守の謀略によって北柳生は壊滅、喜多親子と高弟たちは、未開の地へ、シベリアへと逃亡を余儀なくされる。そして、若き喜多の心には、強さへの渇望と江戸柳生への復讐の念が、深く刻まれたのだった……
自由が戻ってきた。 彩に頬を叩かれ心が壊れてしまったようにその場から立ち去るってしまう。 姿や物言いは同じ、でもどこか違う…まろやさっちんも、自由の異様な雰囲気を感じ取る。 もはや後戻りできぬ運命に囚われた自由を、身命に代えて守り通すと誓い、連れ去る御影。 その頃、シベリア柳生のアジトでは、四郎withバンカラトリオJAPANの4人が、虜囚の哀れな宿命か、それともだらしない大人たちを見るに見かねてか、掃除洗濯・おさんどんにと、かいがいしく精を出していた。 すっかり意気投合した一同の前に現れたのは、凄味を増したフリーシャ十兵衛！ パニックるシベリア柳生の皆さんに「この二代目柳生十兵衛、父・三巌の遺志を継ぐ……首を洗って待っておれ」と、戦線布告。 もはや打倒江戸柳生どころではなく、慌てふためき右往左往のご一行。 一方、御影に自由を何処へか連れ去られた彩は、御影の相方・天領によって自宅に足止めされていた。自由を狙う敵は、同じ柳生を名乗る輩であること、そしてその者の名は…「フリーシャ?」天領から知らされた驚愕の真実に、彩の心中は……いかに？
原生林の奥深く、自由は古木と化した鮎之介と再会する。 傍らには母・真琴の幻影（＝御影）、「300年、道を迷い続けた者たちを救えるのは自由、あなただけ…」と語りかけるが、自由の答えは「私はただ、ここにいたい…」。 二人を見守る喜多歩郎の眼前に、息せき切って現れたホワイトタイガー仁佐衛門、シベリア柳生がフリーシャ十兵衛の手で壊滅させられんと一同に告げる。 怨恨と憧憬、初代十兵衛に対するふたつの相反する感情を振り分け向けるべき相手を見出した喜多、颯爽とニセモノ十兵衛（＝フリーシャ）打倒に向かわんとするが、仁佐衛門を追って現れた彩の一撃を顔面に喰らい、あえなく転倒。 「じゅうべえ…」父親の呼びかけにも無反応の自由。 「ゴーストライターってなぁ、ニセモノに見えるかもしれない。でも…コレが俺の仕事なんだ。菜ノ花彩の本当の仕事なんだ」 深と静まる森の中、彩の言葉が響く。 「自分で決めろ、じゅうべえ…自分の真路は自分で決めろ。失敗したら何度でもやり直せ、お前の一番やりたいと思っていることをやれ」 「思ったとおりのこと……」彩の言葉に徐々に反応していく自由。 その両目の先には、変わり果てた鮎之介が。 「私はずっと…この子を抱きしめたかった…」自由の頬をつたい、流れ落ちる涙。 その雫が触れたとき、色褪せたラブリー眼帯が再び光を取り戻し始めた…！
月夜に閃く黒と白の影。鬱蒼たる森を舞台に、自由とフリーシャ・２人の二代目柳生十兵衛同士の激闘が続いていた。岩を砕き、巨木を断ち切る一進一退の攻防……しかし、フリーシャは徐々に自由の剣圧に押されてゆく。 一方、シベリア柳生のメディカルチームっぽい一団に、手負いの御影を預けた彩だが、「止めりゃあよかった……オレのインチキ時代劇じゃあるまいし……！……インチキ時代劇？」自戒の思いの底から何かを掴み、血戦の場に身を馳せる。後に続くはバンカラトリオWITH四郎JAPAN。「パーパ……ワタシに力を貸して……」清流に佇み、焦燥を浮かべた眼を宙に泳がせるフリーシャ。その前に現れたのは、初代十兵衛ならぬ自由の、そしてフリーシャにとってはニセのパパ・彩。 「フリーシャ、君に“柳生新陰流・無刀取りの『心』” を授ける……」 最終回直前・盛り上がりも最高潮のこの状況で、彩の唐突な芝居の意図は？一体？
正統二代目柳生十兵衛の名を巡る因縁を超え、ついに心を通わせた自由とフリーシャ。これにてめでたく大団円…ホッとしかけた一同の眼前、氷で模られた異形を顕したのは、300年前に北柳生一門の怨念を抱き、海に消えたハズの喜多烈斎だった！尽きせぬ「柳生十兵衛」への妄念を解き放つため、自由とフリーシャは今一度、眼帯を纏う。 氷の烈斎を呼び起こしたのは、力を求める喜多歩郎の心。しかし、烈斎に取り込まれた歩郎の望みは己の力で自由と戦い、斬られること。それに応えるため、フリーシャに後を任せて単身列斎に挑む自由だが、巨大な氷の太刀は容赦なく袈裟懸けにその身を断った！……と、誰もが思った瞬間、自由は「柳生新陰流無刀取り」で烈斎の動きを封じ込めていた。さらに変身の反動熱を利用して氷を溶かし、喜多を解放することに成功する。 しかし、それでも十兵衛と尋常に剣を交えることのみを本能として立ち上がる烈斎。自由が力を使い果たした今、不死身の怪物に立ち向かうのはフリーシャ一人。だが、幾度痛撃を浴びせても、自己修復する烈斎には絶望的な戦い……倒れかけたフリーシャを辛うじて抱きとめた自由、「最後は共に……」二代目柳生十兵衛・最後の闘いが今、始まる……！
