コナンたち少年探偵団は、若狭留美先生の引率で仮面ヤイバーとコラボをやっている静岡の海水浴場へ行くことになる。阿笠博士がギックリ腰になってしまったため、運転手はレンタカーを借りてくれた沖矢昴だ。車内は和気あいあいとした様子だが、コナンにはある考えがあった。灰原の本名を聞いた際に様子がおかしかった若狭先生。今回、探りを入れてくるのではないかということで、それをガードしてもらうために沖矢に声をかけたのだ。 海の家についたコナンたちは、コラボメニューのヤイバートルネードウインナーを堪能。その後、海水浴を楽しむ。一方、砂浜では若狭先生と沖矢が会話で駆け引きをしていた。若狭先生は、初対面にも関わらず沖矢にどこかで遭った気がすると言い出し……。そんな中、海の家から悲鳴が聞こえてくる。 現場に到着した静岡県警の横溝参悟警部によると、被害者は海の家店長の碓井克徳。死因は頸部圧迫による窒息死。首には抵抗した痕が残っていたため、他殺のようだ。容疑者は、バックヤードの扉の鍵を持っていた店員の三人、免田朔良、茅木舞香、郡山貴起に絞られた。果たして、被害者を絞殺した犯人は？

若狭留美先生と沖矢昴の引率で、仮面ヤイバーとのコラボを行っている静岡の海水浴場へ行くことになったコナンたち少年探偵団は、事件に遭遇する。被害者は海の家店長の碓井克徳。容疑者はバックヤードの扉の鍵を持っていた店員の三人、免田朔良、茅木舞香、郡山貴起。遺体の傍で寝ていた郡山に疑いの目が向けられるが、コナンは郡山の不自然な眠気に違和感を持つ。犯人は三人のうち誰なのか？　そして、若狭先生と沖矢の関係は？

鈴木財閥の鈴木次郎吉のもとに怪盗キッドから予告状が届く。狙われたのは世界最大級のトルマリンが埋め込まれた王冠「海の魔女の水飛沫」。しかし、次郎吉は新たに導入した対キッド用特殊通路「風神の路」に自信満々。展示場の唯一の出入り口に設置され、王冠が１ミリでも離れると即座に出入口が封鎖される最新防犯設備だった。予告時間が迫る中、今回もキッドキラーとして呼ばれたコナンは、令和の魔術師を捕まえられるのか？

怪盗キッドは予告通り、コナンたちの目の前で、世界最大級のトルマリンが埋め込まれた王冠「海の魔女の水飛沫」を消してみせた。王冠が動くと作動するはずの警報は鳴らず、キッドも姿を消してしまう。しかし、機動隊員によると唯一の出入り口である対キッド用特殊通路「風神の路」を通過した者はいない。展示場内にいる誰かが怪盗キッドの変装だと見抜いたコナンは、王冠消失の謎と怪盗キッドの変装を見破るべく推理を開始する。

園子に誘われ、不動産会社経営者・高田健作の自宅で行われるパーティーに参加したコナンと蘭。会場には健作の妻・此乃美と有名人も多く参加していた。健作と談笑していたコナン達だったが、そこにやってきたメイド・山里梨香が健作のスーツに飲み物をこぼしてしまう。激怒する健作を此乃美がなだめ、梨香は着替えを手伝うため会場を後にする。此乃美は場を治めた後、トイレに向かった。 しばらくして梨香と此乃美は戻って来るが、健作の姿がない。梨香によると、着替えた後に一服しているとのことだ。梨香に健作を呼んでくるように指示を出し、此乃美は「健作が戻ってきたらメインイベントを始める」と言う。このパーティーはダンスパーティーだったのだ。園子と蘭がアクセサリーを外し、靴を履き替えて準備をしていると、庭の方から悲鳴が聞こえてくる。駆け付けたコナンが見つけたのは、崖の下に転落した健作の遺体だった。 現場に到着した目暮警部たちは、健作が飲酒していたこともあり事故だと考える。しかしコナンは、争ったような足跡があったことから、他殺だと主張。犯行が行われた時刻、ほとんどの人は会場に残っていたため、容疑者は此乃美、梨香、そして挙動不審な様子で会場から出ていったパーティー参加者・吉岡悟ということになる。吉岡の顔を見た此乃美は、「夫に借金があった」と言い出す。さらに、吉岡は犯行時刻に何をしていたか言おうとせず……。

小五郎、コナン、蘭は鹿児島県の屋久島を訪れる。縄文杉に遺体を遺棄された事件の調査のため、第一発見者であるガイド・北別府綾也の案内で縄文杉へ向かうことに。長い登山に苦戦する道中、屋久島に伝わる「山姫伝説」を耳にする。山姫は人の血を吸う恐ろしい妖怪らしい。その時、何者かに追われた人物が崖から転落するのを目撃。被害者は「山姫」と呟いたまま意識を失ってしまい……伝説模した事件の真相を求めて、行ってみっが！

殺害事件の捜査で屋久島を訪れたコナン、蘭、小五郎。現場の縄文杉を調べている最中、蘭は屋久島の妖怪・山姫を模した案山子を発見する。「黒く長い髪をした妖怪に出会ったら、笑われる前に笑わなければならない。さもなくば、全身の血を抜かれてしまう」――ガイドの北別府に話を聞いた帰り道、逃げ惑う國生の姿を発見。國生を助け出すと、山姫の名前を呟き気絶してしまう。犯人は山姫の伝説になぞらえて事件を起こしているのか？

自称“毛利小五郎名探偵オタク”のタクシー運転手・石川元気が、探偵事務所にやってくる。椿神社で十年に一度行われる『宝石洗祭』。洗った宝石は価値が増すということで、参加者は金持ちや宝石店のオーナーたちだ。石川は、その会場で参加者の車を盗撮する怪しい二人組を見かけた。先約があった小五郎に依頼を断られた石川は、一人で捜査しようとするが……。盗まれなかったダイヤの指輪と、消えた石川。怪しい二人組の目的は？

小五郎に依頼が入り、コナンと蘭も一緒に北陸新幹線で金沢へ。しかし、独りで依頼人に会おうとする小五郎。コナンは小五郎に盗聴器を仕掛け、蘭と金沢観光をしながら動向を探ることに。依頼人は金沢広報大使を務める美女・有原夢乃。３年前の未解決盗難事件を匂わせる差出人不明の脅迫状が届き、差出人と過去事件の真相解明を小五郎に依頼したのだ。時を同じくして、盗聴器を聞いていたコナンの頭に、突如拳銃が突き付けられ……。

石川県で３年前の未解決盗難事件と、それを匂わせる差出人不明の脅迫状について調査する小五郎。調査中に突如コナンが誘拐され、犯人からの要求で依頼人・有原夢乃と昔のバンドメンバーを集めるべく奔走する。一方、コナンは誘拐犯・稲見竜星に誘拐の真意を聞き、過去事件の証拠映像も見せられる。しかし、何者かに追われたコナンと竜星が慌てて逃げ出したのも束の間、車のブレーキが壊されており、ガケから転落してしまう……。

米花町の古民家に波賀昭人、波賀あかり夫婦が引っ越してくる。夫婦と意気投合したコナンたち少年探偵団は、家のDIYを手伝うことに。しかし、夫婦は脆くなっていた壁に穴を空けてしまい、そこから白骨遺体が出てきて……!?　 昭人が勝手に購入した家が事故物件だったことで、夫婦は険悪なムードになってしまう。コナンたちは二人のため、事件の捜査を始めるが……。夫婦が購入した憧れの古民家には、どんな曰くがあるのか？

毛利探偵事務所に、目暮警部たちがやって来る。あるマンションで、服毒死した女性・加納亜希の遺体が発見された。第一発見者は、その日に会う約束をしていた恋人の左近夕介で、異変を感じマンションの管理人と共に部屋へ入ったところで遺体を発見。現場には、毛利探偵事務所の探偵調査結果報告書があった。直前の亜希は、自ら命を絶つと覚悟したような行動をしており……。今回の事件は、小五郎の報告書が原因なのか？

コナンと小五郎は、高木刑事と千葉刑事に依頼されて捜査に協力することになる。被害者は茶道の流派である浦沢田家の師範・駒田潤。茶室に向かう途中で襲われ、近くの森にいたカメラマンの本宮健が犯行の瞬間をカメラに収めていた。写真には、犯人が凶器を駒田の頭に振り下ろす瞬間が写っていたが、顔は見えず服装も暗くてわからない。事件当時、現場の近くにいた三人を容疑者として捜査は進むが……。写真に写った犯人の正体は？

毛利探偵事務所に、目暮警部が依頼にやってくる。内容は、不倫している部下・沢渡刑事について調べてほしいというものだった。妻が実家に帰っている中、カップルが多く訪れるカフェで別の女性と食事したり、高級ジュエリーショップに行ったり、花束を買っていたり――状況証拠は不倫が確定しているかのようだ。「動かぬ証拠を突きつけて沢渡刑事を止めたい」と頭を下げる目暮警部に、コナンたちは協力することになるが……。

歩美は夏休みの自由研究として、毛利探偵事務所のドキュメンタリー映画を撮影することにする。撮影メンバーは監督の歩美、助監督の光彦、カメラマンの元太、スクリプター兼編集兼メイクの灰原、そして製作総指揮兼照明のコナンだ。題材は、米花町商店街で発生した連続器物損壊事件。小五郎が解決済みということで危険もない。しかし事件について振り返っていく中で、コナンは違和感に気が付く。今回、歩美の絵日記が示すヒントは？

古民家宿の女将・富永京子から依頼を受けたコナン、蘭、小五郎。「お宝が狙われる」と警告メールが送られてきたため、警護を頼まれたのだ。古民家宿では改築の際に見つかった古い金庫を開けることになっており、専門家たちが集まっていた。実業家・財前一平が金庫を開けると、貴重な金貨が出てくる。興奮した様子の骨董鑑定士・川端誠司や古物商・門倉伸弥の一方、京子は不満げで……。金貨を巡る殺害事件。消えた金貨の行方は？

コナンたち少年探偵団は、小林先生、若狭先生と共に、チェスの大会に参加する白鳥警部を応援しに会場へやってくる。小林先生は、お守りとしてナイトの駒のキーホルダーを白鳥警部に渡す。その様子を見かけた大会の参加者たちは、それぞれジンクスがあると盛り上がるが……。ボウガンで狙われる大会参加者たちと、トイレから発見された遺体。現場に落ちたナイトの駒のキーホルダー。再び出会った、若狭先生と黒田管理官の因縁は？

白鳥警部と黒田管理官が参加していたチェス大会の会場で、参加者が次々とボウガンで襲われる事件が発生。その一人がトイレで遺体となって発見された。事件発生前、会場で被害者と容疑者たちの会話を聞いていたコナンは、ダイイング・メッセージの意味と、犯人が使ったトリックに気が付く。一方、コナンの推理を聞いていた黒田管理官は、17年前の未解決事件を思い出していた。それは、会場に来ていた“ある人物”も同じで……。

白鳥警部と黒田管理官が参加するチェス大会の会場で発生した事件が解決した。推理を聞いていた黒田管理官は、今回の事件と同様にチェスの駒が現場にあった事件について、コナンに助言を求めようと声をかけてくる。17年前、ホテルで棋士の羽田浩司と資産家のアマンダ・ヒューズが殺害された。当時、チェス大会を見に来ていた黒田はホテル内の異変を察知。そんな黒田にも、ある目的があり……。被害者二人に忍び寄る影の正体とは？

17年前、棋士の羽田浩司と資産家のアマンダ・ヒューズが殺害されたホテルにいた黒田管理官。事件現場にたどり着いた黒田は、羽田に匿われていた浅香を無事にホテルから出すため策を講じる。一方、ラムは居なくなった浅香を探していた。警察が羽田の遺体を発見していないと知ったラムは、再び部屋に戻ろうとする。黒田と浅香は、どのようにして黒ずくめの組織の手から逃れたのか？　そして現在、ラムが狙いを定める人物はーー。

コナン、歩美、光彦、灰原は「用事がある」と先に帰ったはずの元太が、おかもちを抱えて走る姿を見かける。後を追うと、元太はうな重を配達する所だった。近所の鰻屋『銀八』の大将が足を怪我してしまい、手伝いをしていたのだという。配達を終えた元太が戻ろうとすると、店には野次馬が集まっていた。慌てて中に入ると、高木刑事が聴取をしており「大将の鰻塚茂が左胸を刺されて倒れていた」と知らされる。第一発見者の倉島醤油五代目当主・倉島雄也によると、醤油を配達しに来た16時半頃に、左胸を目打ちで刺された鰻塚が倒れているのを発見したとのことだ。元太が出たのが15時半だったことから、その間に店を訪れた容疑者に話を聞きに行くことになる。元太と入れ違いで店にやってきたのは葵屋百貨店の催事担当・岡本寛之。鰻屋『銀八』が監修した鰻の販売を企画していたが、こだわりが強い鰻塚は断っており、再度やってきた岡本を怒鳴って追い返していた。そして、事件発生直前に店に来ていた客の松井梨央は、五人分のテイクアウトを頼んだため、しばらく店内にいたという。梨央は、お腹がすいていた元太たちに残っていたうな重をご馳走してくれるが、それを口にした元太は考え込んでしまい……。うな重の平和を守るため、元太のうなぎ捕物帳が始まる！

帝丹小学校の授業参観日。コナンたち少年探偵団が学校に到着すると、転校生の団野皆介が『人喰い教室の怨念』の噂を広めていた。授業参観が迫る中、皆介が話していた噂どおりに教室前の花壇が燃えているのが発見されーー!?　 原因不明の出火で教室は騒然。授業参観の中止を考える小林先生と若狭先生に対して、コナンは休憩時間の10分で事件を解決することを約束する。はたして、花壇を燃やした怨念の正体にたどり着けるのか？

帝丹小学校の授業参観日。学校で噂されていた『人喰い教室の怨念』の呪い通り、花壇が燃える事件が発生。機転をきかせた灰原によって消火された。火をつける動機があったのは、噂を広めていた隣のクラスの皆介、給食の配膳中になぜか花壇を凝視していたたくま、この騒ぎで授業参観が中止になれば入院中の母親が無理に参加せずに済むマリアの３人。実験のためにタイマーを手にしたコナンは、突然「犯人が分かった」と宣言する……。

蘭に会うために東京へ向かう新幹線に乗っていた平次と和葉。そこには、何故か大岡紅葉と執事の伊織無我の姿もあった。実は平次が東京へ向かうという情報を入手した伊織が、紅葉のために隣の席を確保していたのだった。四人が話していると、酔っ払いが伊織にビールをかけてしまう。シミ抜きのために洗面台へ向かった伊織は、スマホの忘れ物を発見して着信に出るが……。車内で発生した殺害事件。伊織の過去を知る犯人の目的とは？

東京へ向かう新幹線に乗っていた平次と和葉。それに付いてきた紅葉と伊織だったが、一人になった伊織が車内で発生した殺害事件に巻き込まれてしまう。紅葉を人質に取られ、犯人の指示通りに動いていた伊織。しかし平次は、伊織の異変に気付いていた。連絡を受けたコナンも動き出す中、三人は犯人の目を欺いて事件を解決することができるのか？紅葉と公安警察官だった伊織の出会い。そして、それを知る犯人の正体は？

光彦、歩美、元太は向かいのビルの屋上にオバケを目撃！偶然出会った間宮まみから「お手伝い先でオバケを見た」という話を聞き、真相を確かめるため、目撃現場であるまみのお手伝い先・金澤もと子の家を訪れていたのだ。まみ曰く、オバケは毎週決まった曜日に現れ、オバケが出るようになってから無言電話もかかってくるようになったらしい。さらに探偵団が帰宅しようとした矢先、もと子の家の玄関前に無数の足跡が広がっていて……

京都の港町で浦島太郎になぞらえた怪事件が発生。コナン、蘭、小五郎は、依頼人・辻貫太の船宿を訪れる。辻によると、事件の始まりは二週間前に友人の山岡武史が行方不明となったこと。捜索中、突如鳴り響く浦島太郎のメロディ。音の鳴る方から流れてきたのは、山岡の遺体が乗せられた船。船内には亀の甲羅と玉手箱。しかも山岡は髪が真っ白になってしまっていた。その姿はまるで竜宮城から戻った浦島太郎のようで……。

京都の港町で、浦島太郎になぞらえた怪事件を追うコナン、蘭、小五郎。しかし、事件の糸口がつかめないまま夜を迎える。その時、再び浦島太郎のメロディが鳴り響き、容疑者の一人・富樫瞳の遺体が港に浮かぶ。止められなかった事件の連鎖。悔しさをにじませるコナンたちの前に、京都府警の警備艇が現れる――。その先端に立つのは、シマリスを連れた綾小路文麿警部！　水面のように揺れる真実、その先で待つ決死の攻防とは！？

宮城県石巻市を訪れたコナン、蘭、小五郎、灰原。そこにはヤイバー少年隊員の恰好をした歩美、光彦、元太の姿もあった。『仮面ヤイバーと共演できる』というキャンペーンに三人が当選し、撮影に参加していたのだ。撮影の前日、観光していた一行。そこでコナンと灰原は千葉刑事の姿を発見する。その様子が気になりながらも声をかけずにいたが、翌日、歩美が姿を消してしまう。石巻市で暗躍する影。コナンは事件を解決できるのか？

猫探しの依頼を受けた歩美、光彦、元太は、依頼主との約束を果たすために奔走していた。コナンと灰原も合流し、猫の痕跡が消えたあたりで話をしていると、そこに高木刑事と千葉刑事が現れる。二人が「作業着を着るような業種の、背の高い男性を探している」と知った少年探偵団は、捜査に協力。しかし夜まで周辺で猫探しをしていたはずの歩美、光彦、元太には、男を目撃した記憶がなく……。事件の証人となる、幻の大男の正体は？

コナンは、蘭、小五郎、平次、和葉と鷲雄山を登っていた。山頂で絶景を見られるということで、平次と和葉の恋を応援する蘭が計画した旅行だったが、雨が降ってきてしまう。雨宿りができる場所を探していたコナンたちは、昇楽寺に辿り着く。寺からでも絶景がみられると知り、のんびりすることに決めるが……。人魂と共に現れ、人を攫う魔物・紅蓮髑髏の言い伝え。コナンたちの前に現れた人魂。時を同じくして消えた小五郎の行方は!?

平次と和葉の恋を応援する蘭の計画で、絶景スポットである鷲雄山にやってきたコナン、蘭、小五郎、平次、和葉。雨宿りに訪れた昇楽寺で「人魂と共に現れ、悪さをした輩を攫って魂を食い尽くす」という魔物・紅蓮髑髏の言い伝えを聞く。すると本当に人魂が現れ、その先で行方をくらましていた僧侶・勘哲の遺体を発見。さらに小五郎も行方不明になり……。果たして、平次は事件を解決し、和葉に告白することができるのか！？

バードウォッチングにやってきたコナン、蘭、小五郎。森の中の一軒家を観察していたコナンは、そこに血まみれの遺体を発見する。被害者は、この家の次男・黒滝志郎。兄の黒滝明彦によると、アメリカから帰国したばかりだという。コナンたちが現場から逃げるのを目撃した電気店経営者・庄山拓郎は「行っていない」の一点張り。警察の捜査が進む中で浮上した、ある人物を尾行することになるが、新たな事件が発生してしまう！

高木刑事に届いたのは、“ブチ”と名乗る男からの「恩返しに情報提供したい」という謎の連絡。コナンと小五郎と共に指定された公園へ向かうが、そこで待っていたのは岩淵克也の遺体だった。名前から被害者が“ブチ”だと思われたが、高木刑事は顔を見ても記憶が曖昧。さらに遺体からは、『13日AM10時。亀尾台亀尾宝石店。三人組。熊スプレー』という強盗計画が記されたメモが発見される。不可解な状況の中、残されたメモを頼りに、強盗を未然に阻止すべく宝石店で張り込みを開始するが……。

歩美が偶然、指名手配犯・鬼頭謙を目撃し、少年探偵団を緊急招集！　鬼頭は五年前に強盗殺人事件を起こし、いまだ逃走中。３００万円の懸賞金が掛けられていた。歩美が突き止めた自宅の表札には、いかにも偽名らしい『山田太郎』の文字が…。様子を探るコナンたちに、通りかかった田中光二が声をかける。元太がうっかり「指名手配犯を見つけた」と口走り、緊張が走る中、コナンたちと田中は鬼頭の追跡を開始するが……