コナンたち少年探偵団は、若狭留美先生の引率で仮面ヤイバーとコラボをやっている静岡の海水浴場へ行くことになる。阿笠博士がギックリ腰になってしまったため、運転手はレンタカーを借りてくれた沖矢昴だ。車内は和気あいあいとした様子だが、コナンにはある考えがあった。灰原の本名を聞いた際に様子がおかしかった若狭先生。今回、探りを入れてくるのではないかということで、それをガードしてもらうために沖矢に声をかけたのだ。 海の家についたコナンたちは、コラボメニューのヤイバートルネードウインナーを堪能。その後、海水浴を楽しむ。一方、砂浜では若狭先生と沖矢が会話で駆け引きをしていた。若狭先生は、初対面にも関わらず沖矢にどこかで遭った気がすると言い出し……。そんな中、海の家から悲鳴が聞こえてくる。 現場に到着した静岡県警の横溝参悟警部によると、被害者は海の家店長の碓井克徳。死因は頸部圧迫による窒息死。首には抵抗した痕が残っていたため、他殺のようだ。容疑者は、バックヤードの扉の鍵を持っていた店員の三人、免田朔良、茅木舞香、郡山貴起に絞られた。果たして、被害者を絞殺した犯人は？

若狭留美先生と沖矢昴の引率で、仮面ヤイバーとのコラボを行っている静岡の海水浴場へ行くことになったコナンたち少年探偵団は、事件に遭遇する。被害者は海の家店長の碓井克徳。容疑者はバックヤードの扉の鍵を持っていた店員の三人、免田朔良、茅木舞香、郡山貴起。遺体の傍で寝ていた郡山に疑いの目が向けられるが、コナンは郡山の不自然な眠気に違和感を持つ。犯人は三人のうち誰なのか？　そして、若狭先生と沖矢の関係は？

鈴木財閥の鈴木次郎吉のもとに怪盗キッドから予告状が届く。狙われたのは世界最大級のトルマリンが埋め込まれた王冠「海の魔女の水飛沫」。しかし、次郎吉は新たに導入した対キッド用特殊通路「風神の路」に自信満々。展示場の唯一の出入り口に設置され、王冠が１ミリでも離れると即座に出入口が封鎖される最新防犯設備だった。予告時間が迫る中、今回もキッドキラーとして呼ばれたコナンは、令和の魔術師を捕まえられるのか？

怪盗キッドは予告通り、コナンたちの目の前で、世界最大級のトルマリンが埋め込まれた王冠「海の魔女の水飛沫」を消してみせた。王冠が動くと作動するはずの警報は鳴らず、キッドも姿を消してしまう。しかし、機動隊員によると唯一の出入り口である対キッド用特殊通路「風神の路」を通過した者はいない。展示場内にいる誰かが怪盗キッドの変装だと見抜いたコナンは、王冠消失の謎と怪盗キッドの変装を見破るべく推理を開始する。

園子に誘われ、不動産会社経営者・高田健作の自宅で行われるパーティーに参加したコナンと蘭。会場には健作の妻・此乃美と有名人も多く参加していた。健作と談笑していたコナン達だったが、そこにやってきたメイド・山里梨香が健作のスーツに飲み物をこぼしてしまう。激怒する健作を此乃美がなだめ、梨香は着替えを手伝うため会場を後にする。此乃美は場を治めた後、トイレに向かった。 しばらくして梨香と此乃美は戻って来るが、健作の姿がない。梨香によると、着替えた後に一服しているとのことだ。梨香に健作を呼んでくるように指示を出し、此乃美は「健作が戻ってきたらメインイベントを始める」と言う。このパーティーはダンスパーティーだったのだ。園子と蘭がアクセサリーを外し、靴を履き替えて準備をしていると、庭の方から悲鳴が聞こえてくる。駆け付けたコナンが見つけたのは、崖の下に転落した健作の遺体だった。 現場に到着した目暮警部たちは、健作が飲酒していたこともあり事故だと考える。しかしコナンは、争ったような足跡があったことから、他殺だと主張。犯行が行われた時刻、ほとんどの人は会場に残っていたため、容疑者は此乃美、梨香、そして挙動不審な様子で会場から出ていったパーティー参加者・吉岡悟ということになる。吉岡の顔を見た此乃美は、「夫に借金があった」と言い出す。さらに、吉岡は犯行時刻に何をしていたか言おうとせず……。

小五郎、コナン、蘭は鹿児島県の屋久島を訪れる。縄文杉に遺体を遺棄された事件の調査のため、第一発見者であるガイド・北別府綾也の案内で縄文杉へ向かうことに。長い登山に苦戦する道中、屋久島に伝わる「山姫伝説」を耳にする。山姫は人の血を吸う恐ろしい妖怪らしい。その時、何者かに追われた人物が崖から転落するのを目撃。被害者は「山姫」と呟いたまま意識を失ってしまい……伝説模した事件の真相を求めて、行ってみっが！

殺害事件の捜査で屋久島を訪れたコナン、蘭、小五郎。現場の縄文杉を調べている最中、蘭は屋久島の妖怪・山姫を模した案山子を発見する。「黒く長い髪をした妖怪に出会ったら、笑われる前に笑わなければならない。さもなくば、全身の血を抜かれてしまう」――ガイドの北別府に話を聞いた帰り道、逃げ惑う國生の姿を発見。國生を助け出すと、山姫の名前を呟き気絶してしまう。犯人は山姫の伝説になぞらえて事件を起こしているのか？

自称“毛利小五郎名探偵オタク”のタクシー運転手・石川元気が、探偵事務所にやってくる。椿神社で十年に一度行われる『宝石洗祭』。洗った宝石は価値が増すということで、参加者は金持ちや宝石店のオーナーたちだ。石川は、その会場で参加者の車を盗撮する怪しい二人組を見かけた。先約があった小五郎に依頼を断られた石川は、一人で捜査しようとするが……。盗まれなかったダイヤの指輪と、消えた石川。怪しい二人組の目的は？

小五郎に依頼が入り、コナンと蘭も一緒に北陸新幹線で金沢へ。しかし、独りで依頼人に会おうとする小五郎。コナンは小五郎に盗聴器を仕掛け、蘭と金沢観光をしながら動向を探ることに。依頼人は金沢広報大使を務める美女・有原夢乃。３年前の未解決盗難事件を匂わせる差出人不明の脅迫状が届き、差出人と過去事件の真相解明を小五郎に依頼したのだ。時を同じくして、盗聴器を聞いていたコナンの頭に、突如拳銃が突き付けられ……。

石川県で３年前の未解決盗難事件と、それを匂わせる差出人不明の脅迫状について調査する小五郎。調査中に突如コナンが誘拐され、犯人からの要求で依頼人・有原夢乃と昔のバンドメンバーを集めるべく奔走する。一方、コナンは誘拐犯・稲見竜星に誘拐の真意を聞き、過去事件の証拠映像も見せられる。しかし、何者かに追われたコナンと竜星が慌てて逃げ出したのも束の間、車のブレーキが壊されており、ガケから転落してしまう……。

米花町の古民家に波賀昭人、波賀あかり夫婦が引っ越してくる。夫婦と意気投合したコナンたち少年探偵団は、家のDIYを手伝うことに。しかし、夫婦は脆くなっていた壁に穴を空けてしまい、そこから白骨遺体が出てきて……!?　 昭人が勝手に購入した家が事故物件だったことで、夫婦は険悪なムードになってしまう。コナンたちは二人のため、事件の捜査を始めるが……。夫婦が購入した憧れの古民家には、どんな曰くがあるのか？

毛利探偵事務所に、目暮警部たちがやって来る。あるマンションで、服毒死した女性・加納亜希の遺体が発見された。第一発見者は、その日に会う約束をしていた恋人の左近夕介で、異変を感じマンションの管理人と共に部屋へ入ったところで遺体を発見。現場には、毛利探偵事務所の探偵調査結果報告書があった。直前の亜希は、自ら命を絶つと覚悟したような行動をしており……。今回の事件は、小五郎の報告書が原因なのか？

コナンと小五郎は、高木刑事と千葉刑事に依頼されて捜査に協力することになる。被害者は茶道の流派である浦沢田家の師範・駒田潤。茶室に向かう途中で襲われ、近くの森にいたカメラマンの本宮健が犯行の瞬間をカメラに収めていた。写真には、犯人が凶器を駒田の頭に振り下ろす瞬間が写っていたが、顔は見えず服装も暗くてわからない。事件当時、現場の近くにいた三人を容疑者として捜査は進むが……。写真に写った犯人の正体は？

毛利探偵事務所に、目暮警部が依頼にやってくる。内容は、不倫している部下・沢渡刑事について調べてほしいというものだった。妻が実家に帰っている中、カップルが多く訪れるカフェで別の女性と食事したり、高級ジュエリーショップに行ったり、花束を買っていたり――状況証拠は不倫が確定しているかのようだ。「動かぬ証拠を突きつけて沢渡刑事を止めたい」と頭を下げる目暮警部に、コナンたちは協力することになるが……。

歩美は夏休みの自由研究として、毛利探偵事務所のドキュメンタリー映画を撮影することにする。撮影メンバーは監督の歩美、助監督の光彦、カメラマンの元太、スクリプター兼編集兼メイクの灰原、そして製作総指揮兼照明のコナンだ。題材は、米花町商店街で発生した連続器物損壊事件。小五郎が解決済みということで危険もない。しかし事件について振り返っていく中で、コナンは違和感に気が付く。今回、歩美の絵日記が示すヒントは？