古より伝わるジェダイ・ホロクロンを手に入れるため、キャド・べインがジェダイ聖堂に侵入した。アソーカ、アナキン、オビ＝ワンは賞金稼ぎによりジェダイの秘宝強奪を阻止できるのか。

盗まれたジェダイ・ホロクロンを取り戻そうと、アナキンとアソーカはキャド・べインの軍艦を迎え撃つ。だがジェダイはこのあざとい賞金稼ぎの実力を甘く見ていた。

キャド・べインの新しい任務は、強力なフォースの子供たちを銀河中から誘拐し、シスの訓練を受けさせるために惑星ムスタファーへ集めることだった。

ジェダイ評議会の依頼を受けて、パドメは元老院に潜む分離主義勢力の陰謀を調査する。

アナキン、アソーカ、キ＝アディ＝ムンディはドロイド工場を破壊するため、惑星ジオノーシスに部隊を従えて侵攻する。

ルミナーラとアナキンが敵の新兵器スーパー・タンクの注意を引きつけている間、パリス・オフィーとアソーカ・タノは分離主義戦力のドロイド工場破壊を試みる。

オビ＝ワンとキ＝アディ＝ムンディはクローン小隊を率いて、行方不明のルミナーラを捜索する。その結果、謎のアジトにたどり着いたジェダイを待っていたのは、不死身の兵隊たちだった。

ジオノージアンの寄生虫に補給船を乗っ取られた。アソーカとパリスはこの恐るべき寄生虫の被害が、船内から銀河中に及ぶのを阻止できるのか。

ジェダイ・マスターのイース・コスが捕虜となり、グリーヴァス将軍の拷問を受ける。アナキン、オビ＝ワン、アディ・ガリアは思い切った救出作戦に出るが、将軍には彼らを迎え撃つ秘策があった。

辺境の惑星でグリーヴァス将軍を捜索中のレックスは、クローン脱走兵に遭遇する。事情により行動を共にする中で、レックスと脱走兵は互いに命を懸けて守るべきものがあることを理解していく。

ずる賢いスリにライトセーバーを盗まれたアソーカは、愛用の武器を取り戻して名誉を回復するため、ある老ジェダイに協力を求める。

マンダロアのサティーン女侯爵を巡る陰謀の噂を調査していたオビ＝ワン・ケノービは、謎の“マンダロア計画”の真相を突き止める。

ジェダイとクローン兵がサティーン女侯爵を暗殺から守ろうとする中で、アナキン・スカイウォーカーは、オビ＝ワン・ケノービと侯爵に共通の過去があることを知る。

コルサントでサティーン女侯爵は、マンダロアのテロ組織であるデス・ウォッチ結成への関与を疑われる。共和国当局に追われながら、サティーンとオビ＝ワンは組織の実態を解明しようとする。

オナコンダ・ファー議員が不可解な死を遂げた。敬愛する「叔父」を殺されたパドメは、犯人の捜索を開始する。

オビ＝ワンとアナキンは、分離主義勢力の支配下にある惑星クリストフシスに兵を派遣する。その際に分離主義勢力の司令官であるトレンチ提督に遭遇した彼らは、思いがけない収穫を得る。

ホンドー率いる海賊一味から農民たちを守るため、アナキン、オビ＝ワン、アソーカは、本来なら敵対する賞金稼ぎと手を組むことになる。

共和国の新型スーパー兵器により、惑星マラステアの巨獣ジロ・ビーストが覚醒してしまう。果たしてジェダイはこの怪物を、おとなしくさせることができるのか。

共和国軍が研究用にコルサントへ運んできたジロ・ビーストが逃走した。何百万もの人名を救うため、生存する最後の1頭であるジロ・ビーストを殺すべきか、ジェダイは決断を迫られる。

1人の少年が、自分に孤児の苦労と孤独を味わわせたジェダイの騎士に対して復讐を誓う。そのために彼は、銀河系でも残忍極まりないことで知られる賞金稼ぎに助力を仰ぐ。

惑星ヴァンコアで、賞金稼ぎ一味が仕掛けた恐るべき罠にはまったアナキンとメイス。R2-D2は無事脱出し、コルサントのジェダイに彼らの危機を伝えられるのか。

若き逃亡者の姿を求め、コルサントのアンダーワールドをくまなく模索したプロ・クーンとアソーカは、彼を追って、惑星フローラムで最後の決戦に挑む。