モン・カラマリとクオレンが内戦状態に突入。共和国軍はモン・カラマリの王を守ろうとする。

ジェダイたちがあわやクオレンと分離主義勢力に制圧されそうになった時、グンガンという思いがけぬ援軍がモン・カラマリに到着する。

アソーカとモン・カラマリの若き王リー＝チャーは友人たちを救い、惑星に秩序を取り戻すため、大胆極まりない行動を取る。

重傷を負ったグンガンの指導者と、ジャー・ジャー・ビンクスが瓜二つであることが判明。

R2-D2とC-3POは惑星アリーンの地下世界を巡る、摩訶不思議な冒険に出発する。

C-3POとR2-D2はコルサントへ戻ろうとする途上、奇妙な星から奇妙な星へと旅することになる。

影の惑星アンバラで首都攻略を命じられた第501大隊。ところが暫定的に指揮権を与えられた新しいジェダイ、ポング・クレルの存在が...。

アンブラン航空基地の制圧を強いられたレックス率いるクローン部隊は、自らの機転でおびただしい数の戦闘車両の間をかいくぐり生き延びようとする。

どうにか航空基地を制圧したレックスに、ポング・クレルは部下を率いてもう一度首都への攻撃を命じる。

部下の処刑という危機に直面して、レックスは血に飢えた将軍と自らの誇り高い部隊のどちらの側に付くべきか、厳しい決断を迫られる。

惑星の入植者がそっくり謎の失踪を遂げる。トグルータの植民惑星キロスに一体何が起こったのか、ジェダイが真相解明に乗り出す。

キロス入植者の失踪を調査するため、アナキンとアソーカは奴隷商人に変装して、ザイゲリアの奴隷市場に潜入する。

入植者失踪の真の理由がジェダイによって明かされた今、アナキン、オビ＝ワン、アソーカは奴隷を解放するとともに、自らも脱出しなければならない。

殺された母親の復讐に燃えるラックス・ボンテリは、分離主義勢力とドゥークー伯爵に対抗するグループを捜し出す。

賞金稼ぎに変装したオビ＝ワン・ケノービは、議長暗殺計画の背後にいる者を探り出そうとする。

変装したオビ＝ワン・ケノービはキャド・ベインと組んで追っ手であるアナキン・スカイウォーカーとアソーカ・タノを振り切ろうと銀河中を逃げ回る。

変装したオビ＝ワン、キャド・ベイン、その他の賞金稼ぎたちはトーナメントに参戦し、自分たちの中で誰が最強かを決めようとする。

オビ＝ワンは議長暗殺計画を、自らの素性を明かすことなく阻止しなければならない。

ドゥークー伯爵は敵対するナイトシスターを壊滅させようと、グリーヴァス将軍をダソミアへ派遣する。

ヴェントレスはボバ・フェットら賞金稼ぎの一味と組んで、彼らの次の大仕事に参加する。

サヴァージ・オプレスの失踪した兄ダース・モールを捜す旅は続く。

再会したサヴァージ・オプレスとダース・モールは力を合わせて、彼らの敵であるアサージ・ヴェントレスとオビ＝ワン・ケノービに復讐しようとする。