研修医1年目の若月まどか（芳根京子）は、清桜総合病院での勤務が始まった矢先に、院内のコードブルー現場に遭遇。そこで謎の男・角田茂司（奥田瑛二）に声をかけられるまま誘われ、至近距離で先輩医師たちの迅速な対応を目の当たりにし感動していた。 しかし、研修医生活が始まると勤務時間は9時5時、ノーハラスメントという清桜総合病院での“お客様待遇”にモヤモヤがつのる。 一方、外科医の西山正樹（赤堀雅秋）や救命救急センター長の城崎智也（佐藤隆太）、内科医の手塚冴子（木村多江）らベテラン医師たちも、医師不足という現状、研修医たちの未熟さに対する苛立ちをグッと抑えながら指導に当たっていた。 そして同期の研修医・尾崎千冬（髙橋ひかる）、五十嵐翔（大西流星）、桃木健斗（吉村界人）、横川萌（小西桜子）と共に、“スーパーローテーション”と呼ばれる仕組みのもと、各科を回る研修が始まる。最初は外科に配属されるまどか、指導医は外科医の菅野尊（鈴木伸之）だ。しかし現実は希望とは裏腹で、点滴の針がうまく刺せない、手術中にトイレに行きたくなる、おまけに看護師に間違われるなど、立ち塞がる壁は多かった。 そんなある日、担当となった入院患者・湯川茜の元を訪れるまどか。腰の痛みを訴える茜に、菅野に相談しようとまどかが提案すると「寝違えただけだから大丈夫」と言われてしまう。だが、それが後に大変な事態に発展してしまい……。

研修医としてあっという間に１ヶ月半が経ちながらも未だ悪戦苦闘中のまどか（芳根京子）は、砂田（渡邊圭祐）とのデートで楽しく野球観戦…のはずが、頭は仕事のことで一杯。ビールを煽りながらも、資料を開いてベテラン医師から言われたことを愚痴っていると、応援に集中できないと砂田から苦言が。２人は険悪なムードになってしまう。 翌朝の出勤中、デートで起きたことを千冬（髙橋ひかる）、五十嵐（大西流星）、萌（小西桜子）に相談しているまどか。そこへ桃木（吉村界人）、が合流し、朝のカンファレンスでの報告準備は出来ているのかと尋ねられ、まどかは顔面蒼白になる。申し送りにあった「資料を暗記し空でプレゼンする」という、清桜総合病院にある“地獄のカンファレンス”ルールを読み飛ばしていたのだ。付け焼き刃で暗記しようとしたものの、演台に上がってベテラン医師たちの視線を一身に受けた瞬間に頭の中が真っ白になってしまい…！？

新たな科に配属された、まどか（芳根京子）と同期の研修医たち。消化器内科に配属されたまどかの目の前では、指導医・手塚冴子（木村多江）と外科医の西山（赤堀雅秋）が患者の治療方針を巡り、壮絶な舌戦を繰り広げていた。ドラマのようなやり取りに羨望のまなざしのまどかだったが、実際の冴子の指導はとても厳しいものだった。 だが冴子は、ランチタイムには看護師や他スタッフと楽しく会話して過ごす。その輪に加えてもらったまどかは、冴子に意外な一面もあることに気づいていく。 そんな中、まどかは腹痛を訴える外来患者・中山勇人（小久保寿人）の診察に立ち会っていた。付き添ってきた妻・美波（田畑智子）や幼い娘との仲睦まじい光景に笑みをこぼすまどかだったが、その後の検査結果で、医師として決して逃げられない辛い現実と直面することになるのだった…。

まどか（芳根京子）の3科目となるスーパーローテーション先は泌尿器科。新たな指導医は、清桜総合病院の泌尿器科を国内トップクラスに押し上げ、院内では「神」と呼ばれている角田（奥田瑛二）だ。 早速、角田と共に外来患者の診察を行うも、下半身の診察ということもあり、まどかは男性患者からのセクハラまがいの発言に辟易する。さらに、その様子を見た冴子（木村多江）から「女子か、医師か」と禅問答のような問いを突きつけられ、頭の中から離れなくなってしまう。 そんな中、外資系の金融コンサル会社で働くいわゆる“バリキャリ”の成田友梨（佐々木希）が、泌尿器科の外来を訪れた。男性医師に対する戸惑いを見てとった角田は、まどかに診察を任せて席を外してしまう。戸惑いながらも友梨と向き合うまどかだったが、のちにその病状を巡って葛藤を抱くこととなり…。 角田がまどかに診察をゆだねた真の目的、そして冴子から受けた問いにまどかが出した答えとは？

砂田（渡邊圭祐）とベイスターズの日本一を嚙み締めたまどか（芳根京子）は、ローテーションで既に3つの科を経験したことで、次なる研修先の救急センターも、「なんとかなるっしょ」と気楽に考えていた。だが、一緒になった千冬（髙橋ひかる）といざ現場に臨むと、そこはまるで戦場。城崎（佐藤隆太）をはじめとする医師や看護師が目まぐるしく動き回る中、まどかも千冬も何をすればいいのか分からない。まるでふり出しに戻ったような感覚に陥ったまどかは、救急搬送されてきた患者の一人のルート確保を指示されるも、点滴の針を血管に通すことができず、突如“点滴スランプ”に陥ってしまう。それ以来、救急での研修に身が入らないまどかに、城崎は「なぜ医者になったのか」と問うのだった。そんなまどかを菅野（鈴木伸之）は、救急あるあるだと励ますが…。 そんな中、クリスマスイブに当直となったまどかの前に救急搬送されてきた患者が思いもよらない人物で…！？一方、千冬たち研修医メンバーは、各々の思惑が交錯する中、イブの夜を過ごすことになる。

まどか（芳根京子）たちは、先輩専攻医・遠山瑞希（堀田茜）の結婚式の二次会に出席する。そこで、全員参加の余興を披露するはずが、西山（赤堀雅秋）に伝わっておらず、最後はグダグダに。西山からはチームにおける“ホウレンソウ”の大切さを説かれ、さらに城崎（佐藤隆太）からも、どんな場面であれ“チームワーク”は重要と言われたまどかは、困惑してしまう。 医師にとってのチームとは何かを掴みきれないまま、救急搬送の患者を担当することになったまどかは、リーダーである救命医の榎本（菅野莉央）と共に処置にあたるが、連携が上手くいかず、足手纏いに。その様子を見ていた城崎は、残りの救命救急ローテの間に医療現場における“チーム”の意味を考えるよう、まどかに檄を飛ばす。 だが、その後もまどかは榎本の意図を汲み取れず、叱責されるばかり。その愚痴を聞いてもらおうと同期の研修医や菅野（鈴木伸之）に声をかけるが、なぜかよそよそしい態度を取られてしまう。孤独を感じるまどかに、城崎は早朝の病院のロビーにくるように促す。するとそこには病院関係者が職域を問わず大勢集まっており…。 そんな中、小学生の教師・園田麻衣（柳美稀）が腹痛を訴えて救急搬送されてきた。城崎は、その患者のリーダーにまどかを据えて処置に当たれと指示を出したのだった。その意図とは…？

まどか（芳根京子）の研修医生活も2年目に突入。新たな1年目研修医が入り、そろそろ専攻について真剣に考えなくてはいけない時期なのにまどかは未だノープランだ。そんなまどかに五十嵐（大西流星）は「精神科に向いている」とエールを送る。そう、次なる研修先は、精神科。シェイクスピアに心酔する野口（板倉俊之）が指導医だ。野口からは「距離感が大事」と説かれ、まどかは研修に臨むが、今まで回ってきた科と違い、「心の治療」を目的とする精神科に戸惑う。そんなある日、救命救急からリストカットをした患者・坂本裕乃（新井美羽）を精神科で引き継ぐことになった。やがて裕乃は真摯に話を聞いてくれるまどかに心を開き２人は連絡先を交換するのだが、あることが起こり野口から説かれた「距離感が大事」の意味をまどかは知ることに…。さらには、以前救急に運び込まれたベイスターズファンの吉岡（金田明夫）が再入院しており、その症状を聞きまどかは驚愕する。 一方、菅野（鈴木伸之）は、外科の人手不足の中、残業続きで疲切っていていた。まどかが心配して声をかけるも空返事で、責任感が強い菅野が仕事を抱え込みすぎて、抑うつ状態かもしれないと疑う。そんな菅野にまどかはある提案をする。互いの悩みを話し合った二人の距離感にも変化があり…。

季節は間もなく夏。乳腺外科で研修中のまどか（芳根京子）は、消化器外科で研修中の萌（小西桜子）と指導医の菅野（鈴木伸之）の距離の近さにヤキモキしていた。そんなまどかに、萌は菅野に指導医以上の好意を抱いていると宣戦布告。それを阻止しようと、萌のことをずっと口説き続けている桃木（吉村界人）は、まどかに菅野を誘うよう後押しをし、恋の行方は混戦モードに？ そんな中、医局では冴子（木村多江）の論文が賞を獲得し、お祝いムードに湧き上がっていた。そして、その勢いで祝杯を上げようとする男性医師たちの誘いをかわした冴子は、まどかや、まどかの指導医・真奈美（森カンナ）、千冬（髙橋ひかる）、萌を誘い、女子だけの“ヌン活”（アフターヌーンティー活動）へ。 そこで日々の“選択”の重要性を冴子はまどかたちに説き始めるのだった。 その言葉が心に残ったまどかは、さまざまな場面において選択が行われていることに気づき、それがいかに大切なことかを学ぶ。そしてまどかは専攻医としての選択を心に決め･･･。 あくる日、まどかは乳がん患者の手代木美和（松下由樹）の外来診察に立ち会っていた。全摘か部分切除かの選択で悩む美和は、息子の遼太郎（望月歩）に全摘をすすめられ、再建の必要はないと押し切られてしまう。 だが後日、美和の本心を聞いた真奈美は、全摘後に再建手術という方法をすすめる。そして、美和のある願いを叶えるためにまどかは各科への交渉を始め奔走するも、一筋縄ではいかない調整に悪戦苦闘し･･･！

まどか（芳根京子）たちつぼみ隊の、長いようで短かった研修医期間がもうすぐ終えようとしている。すでに、桃木（吉村界人）と萌（小西桜子）は進路を決めていたが、千冬（髙橋ひかる）、五十嵐（大西流星）はどの科に進むか答えを出しきれずにいた。そして、まどかは外科を専攻しようと思う一方で、菅野（鈴木伸之）が病院を離れると聞き、心が揺れる。そんなまどかに、研修先の麻酔医で、菅野の同期でもある本郷（溝端淳平）は、ある助言をする。 そんな中、院内のゴシップに詳しいベテラン患者の橋口（森田哲矢）が、腎臓がんで再び入院してきた。橋口は、何度も入院する中で自暴自棄になり、今回の手術を拒否。自分を励まそうとするまどかや五十嵐のことも避けるようになってしまう。なんとか橋口に手術を受けてもらいたい、そんな一心で橋口にとってのドラマを作ろうと考えるまどかたち。ある時、角田（奥田瑛二）の患者ノートのことを思い出したまどかが、橋口への励ましのサプライズを思いつく。 秋になり、悩みながらも最後のローテーションに外科を選択したまどか。そんな時、菅野が引越しの手続きのために、古花島から一時的に戻ってくる…。

角田（奥田瑛二）が運び込まれ、膵臓がんと診断された。幸いステージ１のため手術をすれば助かると聞くが、不安が拭えないまどか（芳根京子）。そんな中、角田は手術の執刀医に離島から一時的に戻っていた菅野（鈴木伸之）を指名する。菅野は、経験を積むまたとないチャンスと西山（赤堀雅秋）らに激励され、一度は承諾するが、難易度の高い手術な上、患者が角田というプレッシャーから、執刀を変更して欲しいと申し出る。そんな菅野を奮い立たせようとまどかはある助言をする。 そして迎えた角田の手術の直前、救命救急のホットラインに工事現場の事故の一報が入る。重症患者が多数いる中、受け入れを決断する城崎（佐藤隆太）は、角田を手術する菅野のチームにある決断をするのだった。 一方、まどかは、末期の肝臓がんで入院している吉岡（金田明夫）の死への恐怖が少しでも拭えるように気遣っていた。そんな矢先、角田が倒れたことで、医師不足により清桜病院が危機に陥っているという噂が流れる。それを聞いたまどかは、病院に何か恩返しができないかとつぼみ隊に相談し、病院を盛り上げようとある計画を始める。そんな後輩たちの姿を見て、冴子（木村多江）や西山、城崎が病院を支えるために下した決断とは…。 さらに、明かされるドクターKの秘密。そしてまどかが抱く菅野への恋心の行方は果たして！？ 様々な想いを胸に、まどかはついに科を選択する―。