ある夜、杉下右京（水谷豊）は小手鞠（森口瑤子）と共に、亀山薫（寺脇康文）と美和子（鈴木砂羽）のマンションを訪れる。料理教室に通い始めた美和子が、腕前を披露したいと招待したのだ。もう一人、招かれていたのは、料理教室で知り合った上原阿佐子（栗山千明）という女性。阿佐子は、その食事会のさなか、“和製ホームズ”と紹介された右京に、行方不明になっている婚約者・牧村克実（市川知宏）の捜索を頼む。いっぽう、伊丹憲一（川原和久）たち捜査一課は、男性が自宅マンションから転落死した事件を捜査。男性は、『微笑みの楽園』という宗教団体の信奉者で、何者かに突き落とされた可能性が浮上していた。 翌日、右京と薫は、阿佐子をともなって牧村の捜索を開始。しかし、フリーの記者だという彼の仕事先では、口裏を合わせたかのように「そんな人は知らない」と突っぱねられてしまう。不審を抱いた右京たち一行は、手掛かりを求めて、彼が出入りしていたと思われるレストランを訪問。その店は1年前、『微笑みの楽園』の信奉者が起こした爆弾テロの被害を受けていた。同じ頃、転落死事件を調べていた伊丹たちは、被害者の男性が、10年前に警察や政治家を狙った大規模なテロ事件を起こした男の兄であることを突き止めていた。

阿佐子 （栗山千明）が捜している失踪中の婚約者は偽名を使っていて、実は鶴見征一（市川知宏）という公安部の捜査員だったことが判明する。鶴見は3年前、自ら志願して『微笑みの楽園』という宗教団体に潜入。しかし、その後、『微笑みの楽園』側に取り込まれ、懲戒免職になったという。公安部長は、保身のため、それを隠蔽していた。美彌子（仲間由紀恵）が銃撃されたのは、その一件を掘り返そうとしたためと思われた。公安と『微笑みの楽園』をめぐる一連の出来事に、ただならぬ闇があると感じた右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、カギを握る鶴見の捜索を続行。すると、潜入捜査員として様々な肩書きを使い分けていたと思われる鶴見に、驚くべき秘密があることが見えてくる。

特命係に配属された過去があり、薫（寺脇康文）とも面識がある、捜査二課の刑事・陣川 （原田龍二）が、特命係を訪ねてくる。また女性絡みの事件に巻き込まれ、右京（水谷豊）を頼ってきたのでは？と勘繰っていた矢先、風変わりな一報がもたらされる。公園の雑木林で男性の遺体が見つかったものの、周囲にスズメバチが飛び交っているため、現場検証どころか、近づくことすらできないらしい。右京と薫が様子を見に行くと、駆除業者の手配に手間取り、捜査一課が現場で立ち往生していた。そこに、交番の巡査が駆けつけてくる。犯人を名乗る人物から連絡があり、倒れている男性は「死んでいない」と告げられたという。緊急事態であることを察した右京と薫は、危険を顧みず倒れた男性に近づこうとするが…!?

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）が連れ立ってクラシックコンサートに向かっていたところ、血まみれの女性に遭遇。部屋をあらためると、ナイフが胸に突き刺さった男性の遺体が。署で事情を聞くと、女性は小さな劇団を主宰する久保崎美怜（藤井美菜）という女優で、死亡した男性は数日前、オーディションで審査員を務めていた舞台演出家だという。美怜は、男性にしつこくつきまとわれた上、突然マンションに押し掛けられ、乱暴されそうになったと証言。無我夢中で抵抗するうち、ナイフが刺さってしまったという。薫は正当防衛だと直感するが、右京は状況に違和感を覚え、彼女が“女優”であることに引っ掛かっていた。美怜の周囲を調べると、主宰する劇団は活動休止状態で、金銭的に困窮していたことが判明。それでも活動は続けていたというが、関係者からは美怜が、「才能に悩んでいた」との証言も聞かれる。さらに、彼女の過去についても、驚くべき事実が明らかになる。

角田（山西惇）が課長を務める薬物銃器対策課に、所轄から桐生（小林亮太）という若手刑事が異動してきた。所轄では、特殊詐欺の拠点を二度にわたって突き止めるなど、腕利きと評判で、首席監察官の大河内（神保悟志）も一目置くほどの人物。いっぽう右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とのランチの帰り、とある路地のアパートで不審な部屋を発見。もろもろの状況から、何らかの犯罪に使われている可能性が高まり、薫と共に調べ始める。その結果、犯罪グループのアジトを割り出すことに成功し、角田たちと協力して急襲を掛ける。しかし、現場に居たのは闇バイトの若者だけで、指示役の姿はなかった。摘発の情報が漏れていたのでは…!?　そんな疑惑が浮上する中、大河内がなぜか、特命係に桐生の素行調査を依頼してきた。一計を案じた右京と薫は、意外な方法でアプローチを試みる。

『特命係の杉下右京（水谷豊）』を名指しで、匿名の情報提供がある。それは、「17年前に起きた当時5歳の少女の誘拐事件の犯人は殺された」という投書だった。問題の事件は、老舗デパート蔵本屋の令嬢・里紗（潤花）が睡眠薬で眠らされて連れ去られた経緯から、週刊誌が“眠り姫誘拐事件”と煽り、世間の耳目を集めた事件だった。結局、被害者の少女はすぐに救出され、犯人は投身自殺を遂げるという幕切れだったが、今回の情報提供は、その顛末に一石を投じるものだった。挑戦状とも取れる投稿を受け、捜査に乗り出した右京は、薫（寺脇康文）と共に蔵本屋の関係者のもとを訪れる。と、一族は丁度、里紗の婚約発表を大々的に行うために顔を揃えていた。しかし、会場のホテルでは、肝心の里紗が、何者かの手引きで会場を抜け出し、姿を消すという騒動が起きていた。防犯カメラの映像から、里紗の脱出を手助けしたのが、特命係と浅からぬ因縁がある私立探偵の矢木（高橋克実）だと気づいた右京と薫は、早速、彼の事務所を訪れるが…!?

再結成が決まった4人組ロックバンド『ディープクルー』のボーカル・矢崎（金子昇）が、路地裏で亡くなっているのが発見された。警察は、酔っぱらい同士のケンカによる傷害致死とみて、捜査を始める。と、矢崎の妻は元アイドルで、今も時々テレビに出ているタレントだが、別居して2年になり、離婚話が進んでいたと分かる。事件に興味を持った右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、所属事務所を訪問。バンドメンバーや事務所の社長、マネージャーたちから話を聞く。すると、全員に確かなアリバイが無い上、気になる話も聞こえてくる。矢崎は唯我独尊の人物で、22年前の解散も、今回の再結成も、一人で勝手に決めたらしい。最近も練習をめぐってメンバーと衝突。また、女性メンバーの一人は当時、矢崎と交際していたが、一方的に捨てられらしく、顔には最近できたと思われる痣が。さらに、メンバーが昔作った曲を矢崎が盗用したという話や、事務所の社長から多額の借金をしていたという噂も。すなわち、殺害の動機は、すべての関係者にあった。

角田（山西惇）が、旅行の日程をめぐって妻とぶつかり、離婚騒動にまで発展しているらしい。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は愚痴に付き合うが、当の角田は「一人旅にでも出ようか」などと言って、すっかり頑なになっていた。ところが数日後、“一人旅”に出たのは、なぜか右京だった。北に向かう高速バスに乗り込み、隣席の老婦人からそれとなく情報を引き出していく。やがて右京は、尾上絹（中尾ミエ）と名乗ったその老婦人について、犯歴の照会を角田に依頼。右京の単独捜査には、何やらのっぴきならない理由があるようだ。いっぽう、別行動の薫（寺脇康文）は、都内の工場街で不審車両を追跡していた。どうやら、犯罪者グループに拉致された女性を救出するべく、動いているようだが……!?

弓生（赤ペン瀧川）という青年実業家が、闇金トラブルでヤクザと揉め、組の№２を絞め殺す事件が発生。問題の組は、武闘派として知られる広域指定暴力団『扶桑武蔵桜』。その組長である桑田圓丈（大石吾朗）は、正義に目覚める前の内村（片桐竜次）と昵懇の仲にあり、特命係とも浅からぬ因縁を持つ人物。警察は弓生への報復を警戒し、実際、組の若い衆は暴発寸前だったが、トップである桑田はなぜか静観を決め込んでいた。そんな中、検察は弓生の正当防衛を認め、無罪放免を申し渡す。結果、弓生は警察の保護下から離れることに。それを知った内村は、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）に、弓生の身辺警護を指示。ボディーガードとして弓生に張り付くことになった右京と薫だったが、その矢先、桑田の子分から思い掛けない提案がもたらされる。

甲斐享（成宮寛貴）と笛吹悦子（真飛聖）の息子・結平（森優理斗）が、学芸会の演劇で主演を務めることになり、祖父の甲斐峯秋（石坂浩二）は早々に会場入りし、開幕を待っていた。学芸会といっても立派なホールを借り切っての催しで、峯秋は孫の晴れ舞台に、社美彌子（仲間由紀恵）とその娘・マリア（土方エミリ）も招いていた。同じ会場に、右京（水谷豊）、薫（寺脇康文）、美和子（鈴木砂羽）の姿もあった。右京は、享の逮捕後も悦子とその息子を気に掛け、交流を続けていたのだった。また、峯秋の長男で享の兄の甲斐秋徳（新納慎也）は、結平の父親代わりを務めており、この日も保護者として、悦子とともに舞台袖で結平を見守っていた。 そんな中、結平の担任・姉小路（福澤重文）が、悦子に声を掛けてくる。その言動には、単なる“担任教師”にそぐわない不穏な空気をはらんでいた。そうこうするうち幕が開くが、その最中、なぜか出演予定のない姉小路が、フラフラとステージに現れ、舞台上で卒倒する。背中には、深々と刃物が突き刺さっていた。騒然となる会場。右京と薫は、緊急事態を察し、即座に動き出す。 と、意外なほどあっさり、容疑者が浮上した。姉小路は異性にだらしなく、同僚教師だった栗原志津子（美村里江）との婚約を一方的に破棄した過去があった。そのいきさつは非道なもので、志津子が姉小路に強い恨みを持つのも無理からぬことだった。いっぽう、志津子のかたわらには、黒須（阿佐辰美）という若者がいて、彼女から何らかの指示を受けている様子が垣間見られた。この時点で、事件のあらましは判明したかに思われたが、やがて志津子が、姉小路からアプローチを受けていた悦子に対して、異常な執着を持っていることが分かってくる。

化学メーカーの研究員が、猛毒の神経ガスで殺害される事件が発生。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、下足痕の捜査に駆り出される。そのさなか、道端に人気キャラクター“ほっぺ丸”のぬいぐるみが、不自然に落ちているのを発見した2人は、事件性の有無を確認するため、持ち主を捜索することに。結果、小学生の男の子を持つ丹生初音（映美くらら）というシングルマザーに行き着くが、様子がおかしい。何者かに脅されていることを察知した右京と薫は、誘拐事件を疑い、手分けして捜査を開始。初音の勤務先である玩具メーカーを訪れた右京は、ほっぺ丸をめぐる意外な裏事情を知る。いっぽう薫は、何者かの指示を受けていると思われる初音を尾行。動向を注視するが、やがて、ほっぺ丸のぬいぐるみを使って、神経ガスがバラまかれる危険性が浮上し、体を張ってテロを阻止しようとするが…!? そのころ右京は、初音が務める玩具メーカーと深い因縁がある持永登紀子（山下容莉枝）という女性の、不穏な動きを捉えていた。

都内のうらぶれた地下道で、頭部を負傷した男性の遺体が発見された。警察は、何者かと揉み合って階段から転落したと見て捜査を始める。被害者は、フランチャイズ弁当店の店長。残されていた手帳には、本社の社員から受けていたと思われるパワハラの実態が生々しく書き記されていた。捜査一課は、その店を担当していた内田（前原滉）という本社の社員から話を聞くが、実際に指導していたのはチーフ社員だとかわされる。いっぽう、独自の捜査に乗り出した右京（水谷豊）は、被害者が磨かれたようにキレイな硬貨ばかりを所持していたことに注目し、薫（寺脇康文）と共に被害者宅を訪れる。妻や近隣住民に聞き込むと、1年前に近所でホームレス殺害事件が起こり、今も未解決であることが判明。ホームレス同士が金で揉め、周囲に小銭が散らばっていたという状況から、右京はある推論を立てる。さらに、事件を調べるうち、『ワイアット』『非凡人』『食物連鎖』といった謎の言葉が浮上し…!?

匿名で5通もの“ラブレター”を受け取った美和子（鈴木砂羽）は、色めき立って、右京（水谷豊）に差出人の割り出しを依頼する。その様子を横目で見ていた薫（寺脇康文）は、不機嫌モード。そんな中、伊丹（川原和久）と偶然、路地裏で出くわした薫は、喉を切られて死んでいる男性を発見。その手には、“亀山美和子様”と書かれた封筒が握られていた。被害者は、美和子が行きつけにしているカフェの店員で、封筒の中身は持ち去られていた。捜査に乗り出した右京は、被害者が戸倉充（モト冬樹）という画家の絵画展のチケットを所持していたことに着目。戸倉は12年前に失踪した妻の捜索を求め、地元警察署の前で座り込みを続けているいわく付きの人物だった。所轄の刑事によると、戸倉の妻は失踪直前、「男に襲われていた」との目撃証言があり、戸倉のパトロンが容疑者として浮上したものの、問題の男は暴力団同士の抗争に巻き込まれて死亡したという。いきさつを知った右京と薫は、戸倉のもとを訪れ、直接事情を訊ねるが…!?

ある休日。右京（水谷豊）は、著名な美術コレクター・道明寺（小林隆）とチェス喫茶で一局交え、その策士ぶりに舌を巻く。いっぽう、薫（寺脇康文）は美和子（鈴木砂羽）と共に、陶芸教室に参加。講師は“アート界の若きエース”と評される女性芸術家で、図らずも道明寺がかつて支援した人物だった。そんな中、道明寺のコレクションルームで男性の遺体が発見され、美術品がすべて持ち去られる事件が発生。警察は、ここ1か月で2件発生している、美術品強盗グループの仕業とみていたが、右京はこれまでの手口と違う点があることを指摘する。しかし、その後すぐ、遺体の男性が、マークしていた強盗グループの一員であることが判明。それでも独自の捜査を続行。すると、道明寺に強い恨みを持つ人物が浮上し、意外な事実が明らかになっていく。

サイバーセキュリティ対策本部の土師（松嶋亮太）が、特命係に奇妙な動画を持ち込んでくる。土師いわく、スイスの高山・マッターホルンの山中で“完全犯罪”が行われた証拠映像だという。動画には、「善ちゃん」と名乗る配信者が何者かに襲われ、テント内で息絶える姿が映し出されていた。現場がスイスでは完全に管轄外だが、興味を持った右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とともに独自の捜査を開始する。さっそく、映像から「善ちゃん」が何者かつきとめた右京は、勤め先の芸能プロを訪問。善ちゃんこと善家光明（加治将樹）は、「夢を追う若者を支える仕事に就きたい」と社長に直談判し、6年前から同社で働いていたと分かる。その事務所では現在、ジュニアアイドルグループを売り出し中で、善家はメンバーからも同僚からも慕われていたという。ただ、なぜ急に登山に熱を入れ始めたのかは判然としなかった。そんな中、善家には意外な過去があり、その過去をめぐって一人の少年と深い繋がりがあることが明らかになってくる。

右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）と連れ立って、橘亭青楽（小宮孝泰）の落語会を訪れる。青楽は、薫が特命係に配属された当初、元アイドルの妻・美奈子（大西結花）を脅迫していた男を殺害した罪で服役していた人物。出所後、落語界に戻り、世話になった右京たちを復帰公演に招いたのだった。ところが、その舞台の直前、青楽がどういうわけか姿を消し、そのまま行方不明になってしまう。そんな中、都内のバーでマスターが刺殺される事件が発生。現場には、青楽の物と思われる手ぬぐいが落ちていた。調べると、被害者は元受刑者で、刑務所で青楽から落語を教わっていたという事実が判明する。青楽が何かしらの事件に巻き込まれていると察した右京と薫は、独自の捜査を開始。青楽から特に熱心に稽古をつけてもらっていたという受刑者・根津（菅田俊）から事情を聞く。しかし、根津は何かを隠しているようで、多くを語ろうとしなかった。

五期連続で市長を務め、次期都知事の最有力候補と目される山田征志郎（升 毅）の自宅に爆弾が届けられた。差出人の欄には、右京（水谷豊）の名前と“INVISIBLE”（＝透明人間）という意味ありげな英単語が。幸い市長宅で怪我人は出なかったものの爆弾によって火災が発生。警視庁はテロ事件として捜査を始める。いっぽう、自分が事件にかかわるように仕向けられていると感じた右京は、薫（寺脇康文）と共に独自の捜査を開始。征志郎から事情を聞くが、私怨で狙われる覚えはないとの証言しか得られなかった。そんな中、警備会社に勤める男性が、宅配業者に届けられた爆弾で重傷を負う、第二の事件が発生。配達人は本城（吉田日向）と名乗る若い男だったが、警察は正体さえ掴めずにいた。そうこうするうち、右京は街角で山田（中川 翼）と名乗る顔見知りの少年と遭遇。山田は、右京が「チェスのライバル」と評するＩＱ150の天才で、右京は再戦を楽しみにしていたが、山田は意味ありげな言葉だけを残して去っていった。

右京（水谷豊）とチェスで互角に勝負できるＩＱ150の天才少年・山田（中川 翼）が、連続爆破事件の犯人“INVISIBLE（＝透明人間）”を名乗って所轄署に出頭してきた。抵抗する素振りを見せず、そのまま逮捕された山田だったが、右京以外とは一切話すつもりはないと主張し、取り調べ官に指名。しかし、右京の追及に対しても挑発的な態度で応じるだけで、本当の目的を明かそうとしなかった。いっぽう、薫（寺脇康文）は、第二の爆弾テロの被害者が、所轄署の元刑事だと判明したことを受け、何か隠している様子の副署長を追及するが、かわされてしまう。同じ頃、第一の爆弾テロの標的となった市長の山田征志郎（升 毅）は、一連の事態を受け、危機感を募らせていた。そんな中、山田と共謀していると思われる本城（吉田日向）が、再び不穏な動きを見せる。

法務大臣の下川（黒谷友香）が指揮権を発動し、与党幹事長の収賄容疑に関する強制捜査が見送られることになった。裏で糸を引いていたのは内閣官房長官の武智（金田明夫）だったが、官邸の横暴をほとんどのマスコミが黙殺。捜査を指揮していた特捜部長の尾上（甲本雅裕）も、圧力に屈さざるをえなかった。唯一噛みついたのが、「特捜部長の気骨に期待する」とテレビで発言したベテラン政治学者の乙部（佐戸井けん太）だった。そんな中、乙部が未成年の男性に襲われる事件が発生。興味を持った右京（水谷豊）が、薫（寺脇康文）と共に動き出すと、被害者である乙部から、意外な証言が飛び出す。

「警視庁の名探偵」を名乗る右京（水谷豊）が、一連の事件の黒幕は、武智内閣官房長官（金田明夫）に違いないと断言した動画が拡散され、波紋を呼んでいた。右京自身は「身に覚えがない」と否認していたが、警視庁上層部から謹慎を言い渡されてしまう。薫（寺脇康文）は、右京の潔白を証明しようと奔走するが、状況が好転する気配すらなかった。そうこうするうち、殺害されたプロデューサーのスマホに、下川元法務大臣（黒谷友香）からの着信履歴が残っていたことが判明。警察は下川に疑惑の目を向ける。いっぽう、下川が指揮権を発動したことで梯子を外された特捜部長の尾上 （甲本雅裕）は、左遷の憂き目に遭っていた。そんな中、“謹慎中”の右京は、政治学者襲撃事件を起こして拘留中の少年にアプローチし、背後関係に迫ろうとしていた。同じ頃、薫は驚きの情報を耳にしていた。それぞれの思惑が交錯する中、一連の事件の核心に迫る“右京の動画”が再び発信される。