右京（水谷豊）が『警視庁150年史』のまとめを命じられる中、元・国家公安委員長で現在は衆議院議員を務める芦屋（並樹史朗）が殺害される事件が発生。さっそく臨場した右京と薫（寺脇康文）は、一課の捜査を横目に動き出す。 いっぽう、事件を受けて、政治の中枢にも衝撃が走っていた。「キングメーカー」の異名を持つ与党幹事長の利根川（でんでん）にとっては、支持率が低迷する総理大臣の藤原（柴俊夫）に見切りをつけようとしていた矢先の青天の霹靂。また、内調のトップである社美彌子（仲間由紀恵）から一報を受けた藤原も、解散総選挙という窮余の策を封じられ、ショックを隠せないでいた。 現場に残された手掛かりを追っていた右京と薫は、思わぬ人物と遭遇する。それは、かつて右京が事件を通じて知り合い、新たな人生への一歩を手助けした高田創（加藤清史郎）という青年だった。現在、警察官として地域課に勤務する高田は、付近で不審な人物を見掛け、追い掛けていたという。高田の情報から新たな手掛かりを得た右京と薫は、手分けして事件を追うことに。今回の捜査に前のめりの高田は、同じ交番勤務の先輩・仁科（内野謙太）との関係も良好で、すっかり警察官の顔になっていた。しかし、その後、事件は異様な展開を見せ始める。今から約150年前、警察黎明期に起きた、時の内務卿・大久保利通暗殺など、当時の緊急事態をなぞるかのような重大な事件が次々に起きて…!? 議員殺害の背景に権力者たちの野望と陰謀が!? 共に事件を追う特命係と警察官になった“少年Ａ” 政治家、警察、事件関係者… 絡み合う思惑が思いも寄らない悲劇を呼ぶ!!

総理大臣の藤原 （柴俊夫）が、遠隔操作の爆弾で襲撃されるという不測の事態が発生。議員殺害事件から続くこの状況は、1900年代初頭、当時内務卿だった大久保利通と、時の総理大臣・伊藤博文が相次いで暗殺された歴史的大事件に通じるものがあったが、警察は犯人の狙いすら掴めずにいた。いっぽう、臨場した右京（水谷豊）は、現場の痕跡から、テロ実行に闇バイトが使われていた可能性に気づく。その推理は的中し、手掛かりをたどっていくと、一連の事件にある人物が深くかかわっていることが判明。警察はその線で捜査を進めるが、右京は一人、違和感を覚えていた。 そんな中、高田（加藤清史郎）が勤務する交番を訪れた右京と薫（寺脇康文）は、高田から「議員殺害事件の現場に同行してほしい」と頼まれる。右京の捜査手法を肌で学びたいのだという。改めて現場検証を行う一行。すると、残されていた血痕から、思いも寄らない事実が浮上。ところがその直後、手分けして捜査にあたっていた薫と高田が絶体絶命の窮地に。さらに、政界を裏で操る利根川 （でんでん）の周囲でも不穏な動きがあり…。 警視庁150年の歴史に刻まれる重大事件 狡猾な罠に落ちた薫と高田の運命は？ 右京の推理が巨大権力の闇を暴き出す！

右京（水谷豊）は、携帯の電波さえ届かない、山奥のペンションにいた。宿泊客は、小説家の岸（ふせえり）とお付きの編集者など、右京を含めて7人ほど。思い思いに過ごしている様子を見る限り、いずれもくせ者揃いのようだ。いっぽう、オーナーの樫村（福士誠治）は、黙々と仕事をこなす誠実な人物の様子。ただ、その表情にはどこか陰があって…。同じ頃、温泉宿で休暇を満喫中の薫（寺脇康文）は、美和子（鈴木砂羽）に促され、気になる映像を目にしていた。たまたま撮られたと思われるその映像には、ビルから転落する男と共に、右京らしき人物の姿が映っていた。翌朝、残りの休日を返上して出勤した薫は、自分の留守中、右京が違法薬物の摘発を手伝っていたと聞く。その捜査過程で浮上した怪しい人物の自宅を訪れると、男はすでに不審死を遂げていたという。そんな中、右京が滞在中のペンションでは、不穏な出来事が次々に起きて…!? 山奥の宿に逗留する右京の目的とは？ その足跡を追い、事件の背景に迫る薫 点と点が繋がるとき、予想外の真実が浮かび上がる！

廃墟ビルで二人の遺体が発見された。一人はビルの管理を委託されている高齢男性。死因は心不全と思われた。もう一人は、複数の前科がある加納（山口馬木也）という中年男性で、死因は絞殺。警察は仲間割れか口封じの線で捜査を始める。ただ、現場の状況が奇妙で、加納の背中や周囲の床には、なぜか発光するキノコが生えていた。その光景に興味津々の右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とともに動き始めるが、問題のキノコはネットにも図鑑にも載っていない珍しいものだった。2人は手掛かりを求め、キノコ研究の第一人者や環境保護専門の科学者を訪ね歩くことに。話を聞くと、そのキノコは莫大な利益を生む可能性を秘めた、世界が注目する幻の品種であることが分かる。さらに捜査を進めると、加納が環境保護団体を立ち上げていたことが判明。電話番の相場（中尾暢樹）が言うには、加納にはオモテとウラの顔があったらしく…!? 変死した男性に見え隠れする“2つの顔”背景には世界を変える新種キノコの存在が右京の好奇心が恐るべき陰謀をあぶり出す！

右京（水谷豊）が休暇で訪れていた山間のホテルで、客室スタッフが刺殺される事件が発生。遺体の手にはなぜか、東南アジアにしか生息していない珍しい蝶が握られていた。そんな中、宿泊客が“人魂”を見たという噂を耳にした右京は、興味津々で調査を開始。聞けば、このホテルは心霊スポットとして知られていて、わざわざ幽霊目当てで訪れる物好きもいるという。捜査に合流した薫（寺脇康文）は、館内で問題の蝶をスケッチしている少女と出会い、一緒に蝶を探すことに。しかし、療養中だという少女が体調を崩してしまい母親が保護。その場に父親も現れるが、夫婦は別居中らしく、関係はギクシャクしていた。さらに、殺害現場は父親がチェックアウトしたばかりの部屋だと判明。いっぽう、支配人の織田（遠山俊也）は、捜査に協力的なものの、最近悩んでいる様子だったという証言があり…!? 捜査のかたわら人魂探しに没頭する右京 殺人と幽霊騒動に意外な繋がりが…!? 連鎖する奇妙な事件に特命係が挑む！

特命係と親交の深いゲイバーのママ・ヒロコ（深沢敦）が、殺人事件の現場付近で目撃され、そのまま姿を消した。殺害されたのは、ＮＰＯを利用したマネーロンダリング疑惑が掛かったコンサル会社の社長・幸田。ヒロコが携わっているボランティア食堂を隠れ蓑に、脱税や援助の着服をしていたことが発覚。ヒロコが抗議に向かったというが、そのまま行方不明になっているらしい。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、ヒロコのボランティア仲間である泉川（西銘駿）らと協力して捜索を開始する。いっぽう、捜査一課は司法書士の矢野（柾木玲弥）から事情を聞いていた。矢野は、幸田に脱税方法を入れ知恵していた疑いがあり、最後に連絡を取っていたのも矢野だった。そんな中、幸田が10年前、いまだ解決されていない強盗事件にかかわっていた可能性が浮上してくる。 忽然と姿を消したヒロコを追う右京と薫 時効直前の強盗事件と奇妙な符合が…!? 理不尽な現代社会に特命係が光を当てる！

八王子の公園で刺殺遺体が発見された。被害者は、29年前に元交際相手を殺害した容疑で指名手配され、逃走を続けていた押見という男であることが判明。事件は時効を迎えていたが、捜査一課は29年前の事件の関係者が絡んでいるとみて捜査を始める。そんな中、右京（水谷豊）の携帯に、元捜査一課の三浦（大谷亮介）から連絡が。そして、薫（寺脇康文）との再会も束の間、思わぬ依頼が持ち掛けられる。三浦は、29年前の事件で遺族の対応を担当したといい、被害者の婚約者だった恒川（神尾佑）という男性が、自ら押見を見つけ出し、29年越しの犯行に及んだのではないかと心を痛めているのだった。三浦の切実な心情を汲み、動き始めた右京と薫は、手掛かりを求めて恒川が務めるスーパーで聞き込みを。すると、先日、店に押見が現れ、パートの女性ともめていたことが分かる。右京と薫は、直接その女性から事情を聞くが、どうやら彼女自身もワケありの様子で…!? 三浦が抱いた元刑事の勘は正しいのか…複雑に交錯していく29年前と現在の事件悲しき復讐劇の先には衝撃の真相が！

視覚障害のある女性・藍里（森マリア）の伴走者を務めていた薫（寺脇康文）が、ランニング中に刺された。薫に恨みを持つ者の犯行と思われたが、手掛かりは皆無。そこに、藍里と同じ生花店で働く、野瀬（レイニ）という男性が駆けつけてくる。野瀬は、藍里の伴走者を務めることが多いらしく、単なる同僚以上に親しげな様子。捜査に乗り出した右京（水谷豊）は、藍里が視覚を失った経緯を知る。2年前、藍里は偶然、強盗殺人の現場に居合わせ、犯人と揉み合いになった弾みで階段から転落。失明してしまったという。事件は未解決で、右京は薫が刺された今回の一件との繋がりを疑っていた。藍里が手術を受け、近日中に視力を取り戻す可能性が高いことも、その推理に信憑性を持たせていた。さらに捜査を進めると、2年前の強盗殺人が、区役所の巨額横領事件と絡んでいることが分かる。 視覚障害の女性が“目撃”した犯人の正体は？ 2年前の未解決事件には驚くべき闇が… 右京の推理が隠された真相に光を当てる！

大晦日。市民合唱団に入団した美和子（鈴木砂羽）と小手鞠（森口瑤子）は、年末コンサートを前に練習の真っ最中。その頃、右京（水谷豊）は、陣川（原田龍二）の付き添いでデパートの宝石店にいた。相変わらず恋多き陣川は、出産を控えた“運命の相手”にプロポーズするため、指輪を購入したいらしい。いっぽう、薫（寺脇康文）、伊丹（川原和久）、益子（田中隆三）の3人は、警察学校時代の同期・澤田菜穂（櫻井淳子）の自宅を訪れ、夫の正志（藤本隆宏）を紹介されていた。同じ頃、芹沢（山中崇史）と麗音（篠原ゆき子）は、角田（山西惇）の応援で、喫茶店に潜入中。容疑の掛かった反社会的組織の関係者を待ち伏せているようだ。 そんな中、右京は4歳の女の子とはぐれた母親と出会い、陣川と迷子捜しを手伝うことに。いっぽう、テレビ局では、人気ニュースキャスターの桧山（髙嶋政伸）が、付人の武部（高橋光臣）や局のお偉方に取り巻かれ、年末特番の準備を進めていた。ところが、ジョーカーを名乗る人物から、桧山に『娘は預かった』という脅迫状が届き、状況が一変。右京が捜す女の子こそ、桧山の娘だった。犯人からの要求は、『予定通り生放送を行え』というもので、意図は不明。 その頃、美彌子（仲間由紀恵）と峯秋（石坂浩二）は、与党の大物議員・伊地知（石丸謙二郎）の忘年会に招かれていた。伊地知は最近、ジョーカーを名乗る反社会的組織の関連団体が、自身の反対派に暴力をふるう事件が相次いでいることに頭を悩ませているらしい。いっぽう右京は、誘拐事件の目的が、番組内でジョーカーを批判した桧山を狙ったものではないかと考え、角田たちが確保したジョーカー関係者の男と接触。男は誘拐への関与こそ否定したものの、「テレビ局に仲間がいる」と証言して…!? 少女の誘拐事件を発端に絡み合う思惑 人気ニュースキャスターには隠された秘密が!? 局内に潜伏している“裏切り者”の正体は？ 大晦日の夜、特命係が“最後の一日”を迎える！

美術館を訪れた右京（水谷豊）が、突然の荒天で雨やどりをしていると、隣に誰かと待ち合わせをしている様子の青年が。右京は、青年の特徴的な傘が印象に残る。翌日、スナックのママが撲殺される事件が発生。現場には、殺害時に青年の傘がそこに置かれ、持ち去られた痕跡があった。それに気づいた右京は、薫（寺脇康文）と共に青年の行方を捜索。すると、青年は長年続く洋傘店の一人息子で、福丸健吾（碓井将大）という人物であることが判明。しかし、健吾は半年前、職人気質の父とぶつかり、今は家を出ているらしい。その後、福丸を捜し当てた右京は、偶然を装って接触。事情を聞くと、福丸は片想いしていた女性と雨やどりをきっかけに交流を持ち、逢瀬を重ねていた。ところが、塔子（青島心）というその女性は半年前に突然、姿を消してしまったらしい。右京は、現場から消えた傘は、福丸が塔子にプレゼントしたものではないかと推理し、塔子と被害者に何らかの接点がないか調べ始めるが…!? 不思議な縁から始まった数奇な事件 背後に見え隠れするのは親子の情 涙雨の先にあるのは、幸福か悲劇か

特命係に飛び込んできた伊丹（川原和久）が、右京（水谷豊）に衝撃的な出来事を告げる。「亀山薫が殺されました…」。現場に向かった2人は、そこで驚きの事実を知る。殺害され、川に遺棄された亀山薫は貿易会社の社員で、特命係の薫（寺脇康文）とは同姓同名の別人だった。実は、右京はこの日、薫があるパーティーに参加していることを知っていた。それは、同姓同名の男女が親睦を深めるために集まった『亀山薫の会』という会合。殺害された貿易会社の亀山は会の代表で、特命係の薫は“ある理由”から総帥を務めているという。今回の初めての会合には、鳥取の役所に勤めていることから『役所の亀山薫（羽野晶紀）』と呼ばれる女性のほか、様々な経歴を持つ計33人の亀山薫が集まっていた。捜査を進めると、会場はパーティー開催中、ある種の密室状態になっていたことが判明。被害者が出た形跡がなかったため、犯人は犯行後、非常階段から遺体を遺棄したと考えられた。そのため容疑者は、被害者を除く32人の“亀山薫”に絞られた。 怪しい動きをする複数の“亀山薫” 犯行の裏には意外すぎる事実が…!? 二転三転する事件が特命係を翻弄する！

右京（水谷豊）の脳波に異常が見つかり、検査入院することになった。ただ、検査を担当する院長は研究が本職で、経営は素人。病院の存続が危ぶまれるほどの経営難に陥っていた。そこに、ライリー・櫻井（岩谷健司）と名乗るコンサルタント会社の代表が現れる。「病院再建のスペシャリストである我々に任せれば大丈夫」と力強く語り、院長の信頼を得て改革の提案を始めた。そんな中、入院中の右京は不穏な動きを察知し、ライリーをはじめ、コンサルタント会社の社員からも事情を聞くが、上手くかわされてしまう。入院中ということで自分では動けない右京は、見舞いに来た薫（寺脇康文）に協力を要請。薫が病院外での捜査を始めると、意外な事実が浮かび上がってくる。 経営に食い込むコンサルの怪しい動き 再建案の裏には巧妙に仕組まれた罠が… 安楽椅子探偵＝右京が隠された真相を追う！

未解決事件を取材していた美和子（鈴木砂羽）が、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）に相談を持ち掛ける。5年前、23歳の青年が公園で何者かに殺害された事件を、改めて調べてほしいという。2人はさっそく被害者の母親から事情を聞くが、そのかたわらには平井（和泉元彌）という男性がいた。元警察官だったという彼は、思うところあって未解決事件の被害者を支援しているらしい。ところが、その事情聴取中に平井が突然、「犯人は私です」と告白。支援者として被害者の母親に近づいたのは、隠蔽工作のためとも思われたが、右京は納得がいかない様子。そんな中、平井はさらに驚くべき罪を告白する。実は、青年を殺害する前、すでに3人もの人間を殺めているというのだ。 驚くべき告白を続ける男の狙いは!? 底知れぬ凶悪事件に翻弄される警察 特命係は闇の底の真相にたどり着けるのか？

中園（小野了）が突然、音信不通になった。内村（片桐竜次）は、自分の忠告により将来を悲観した中園が、衝動的に行方をくらませたと考え、特命係に捜索を指示した。聞き込みから始めた右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、中園が最近、老後の趣味を見つけようとしていたという情報を掴む。そんな中、内村のスマホに、中園が監禁されている動画が送りつけられてきた。犯人の要求は、私人逮捕系動画配信グループのリーダーの解放で、『名誉毀損罪で未決勾留中の男を自由にしろ。さもなければ、中園を殺害する』というものだった。実は中園は、警察の会見で、問題のグループを悪しざまに非難しており、それを逆恨みしての犯行と思われた。が、右京は別の可能性を視野に、中園が通い始めていた盆栽教室を訪問。主宰の結城江梨子（西山繭子）に話を聞くと、中園は教室の人気者で、トラブルはなかったという。ただ、さらに捜査を進めると、中園と江梨子の間に不穏な噂があることが分かる。 誘拐の引き金は遅咲きの不倫…!? 動画配信グループと事件の関係は？ 中園殉職の危機に特命係が立ち向かう！

右京（水谷豊）が山荘でチェスを指している。道に迷ったという口実で、その場に入り込んでいるようだ。チェスの相手で山荘の主は、奥田剛（佐野史郎）という男性。奥田は、今から15年前に都内で発生し、いまだ解決されていない母子殺害事件の被害者遺族だった。しかし、奥田自身にも疑わしいところがあり、警察に疑われた過去が。奥田と2人きりの山荘でチェスを指しながら、そうした事件の概要と現在の捜査状況について淡々と語る右京。そんな中、右京は都心に残っていた薫（寺脇康文）にメッセージを送り、奥田のアリバイ確認を依頼する。何か事情があると察した薫は、さっそく行動を開始。右京と奥田は、それを皮切りに、チェスになぞらえた壮絶な頭脳戦に突入していく。 チェスの相手は右京さえ欺く策士 孤軍奮闘する薰が絶体絶命の窮地に!? 15年前の事件の真相が今、暴かれる！

2か月前、小手鞠（森口瑤子）に誘われて一面の菜の花畑を訪れた右京（水谷豊）は、そこで虻川希美（松井愛莉）という女性と出会う。希美は、日本画の巨匠・虻川徹の娘で、自身もすでに高い評価を受けている美大生。小手鞠は、芸者時代に徹夫妻と交流を持ち、希美とも顔見知りだという。その菜の花畑は1年前、徹が心臓の病気で急死した場所でもあった。2か月後、画商の男性が刺殺される事件が発生。現場の状況などから、希美が容疑者として浮上する。警察は、画商が徹の死にかかわっていて、それを知った希美が殺意を抱いたのではないかと疑っていた。捜査に乗り出した右京と薫（寺脇康文）は、行方が分からなくなっている希美を捜すため、被害者の画商が最近、推していた倉田ひかり（山谷花純）という画家から事情を聞く。ひかりは、希美と同い年の美大生だが、境遇の違いから接点はなかったと語る。そんな中、徹の遺産をめぐって、驚くべき事実が明らかになる。

闇バイトを使って金庫泥棒を繰り返す反社組織『スカル』。警察は特別班を組織して、ユキチと呼ばれるリーダーを追っていたが、素性すら掴めずにいた。そんな中、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、スーツケースを盗まれたという少女と遭遇。事情を聞くと、少女は弱みにつけ込まれて“運び”の指示を受けたものの、中身が死体と気づいて逃走。しかし、報復の恐怖から現場に戻ったところで、右京たちに声を掛けられたという。その少女に指示を出していたのがユキチだった。同じ頃、ユキチを追う特別班の刑事が、何者かに拉致される事件が発生。さらに、その刑事の娘も不気味な集団に監禁されていた。いっぽう、右京と薫は、死体運搬に使われたスーツケースの遺留品から、被害者が住田（松岡広大）という反社組織メンバーの可能性が高いことを掴んでいた。 スーツケースの死体はなぜ消えたのか… 刑事とその娘を拉致した犯人の狙いは？ 同時多発する事件には驚くべき接点が！

匿名流動型犯罪の統合捜査本部に駆り出された右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、ここ2か月で相次いでいる4件の住居侵入・強盗事件を担当。被害者への聞き込みから、右京は橋迫倫子（愛希れいか）という都議の家だけ、犯行の様態が特殊なことに気づく。事情を聞くと、倫子の事務所に都の公共事業や助成金に関する怪文書が送られてきていたことが判明。それは都の税金が不可解な形で100億円以上も流出していることを示すものだった。一連の事件が巨大な利権と絡んでいる可能性を感じた右京と薫は、都知事の一岡（片桐仁）を直撃。しかし、取りつく島なくかわされてしまう。その頃、事件と何らかの接点がありそうな木原健二（平山祐介）という男や、不自然に右京に接触してきた浦神鹿（毎熊克哉）という男など、謎めいた存在が静かに動き始めていた。 匿流絡みの事件の背後に見え隠れする巨悪 その周囲でうごめく謎の男たちの正体は…!? 特命係が想像を超える怪物と対峙する！

各地で若者の遺体が相次いで見つかり、全員が、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）の追っていた連続強盗事件の実行犯であることが判明。ただ、不正な利権を追及していた都議・橋迫倫子 （愛希れいか）の家が襲われた件には、別の犯人が関与している可能性が高いと思われた。いっぽう、都知事の一岡（片桐仁）は、派手なパフォーマンスで熱狂的な支持を集め、総理の椅子に少しずつ近づいていた。そんな中、利権が絡んだ凶悪な事件が発生。世論さえ操られている危険な状況に。そして、不自然に右京に接近してきた浦神鹿（毎熊克哉）にも動きが。さらに、強盗事件の主犯格として木原健二 （平山祐介）という男が浮上して…!? 日本を飲み込む“怪物”の正体は!? 倒すための“聖剣”は存在するのか 力を持たざる者たちの逆襲が始まる！